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斯宾塞的著作有：《政府的适当权力范围》，1842年；《社会静力学》，1850年；《心理学原理》，1855年；《论教育》，1858年~1859年；《第一原理》，1860年~1862年；《生物学原理》，1864年~1867年；《社会学原理》，1876年~1896年；《伦理学原理》，1879年~1893年；《个人对国家》《论文集》，第5版，共3卷，1891年；《事实与评论》，1902年；《自传》，共两卷，1904年。
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研究著作有：F.H.Collins的《综合哲学摘要》（包含斯宾塞所做的前言，概括了他的哲学），第5版，1905年；W.H.Hudson的《斯宾塞哲学导论》，1900年；D.Duncan的《斯宾塞的生平及书信》，1912年；J.Royce的《赫伯特·斯宾塞》，1904年；J.Rumsey的《斯宾塞的社会学》，1934年；E.Asirvatham的《斯宾塞的社会正义理论》，1936年。
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第一节 关于知识的理想
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斯宾塞的知识理想是一个完全统一的思想体系。普通人的知识是散乱的、断裂的、前后不一的；各个不同的部分不能整合在一起。科学为我们提供了部分统一的知识。而哲学则是完全统一的知识，一个有机的体系：其问题在于揭示最高的真理，从中可以推演出机械力学、物理学、生物学、社会学和伦理学等学科的原理。这些命题都必须彼此协调。《第一原理》构成了整个体系的基础，其中推出了基础性的公理，后来被应用到了《生物学原理》《心理学原理》《社会学原理》和《伦理学原理》等著作中。《伦理学原理》一书重述了此前著作中作出的概括，以使伦理学的真理以其他所有知识领域中的结论为基础。这些学科的概括可以得到经验的证实，也可以通过第一原理演绎出来。
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斯宾塞称自己的哲学为综合哲学，并认为这样一种大全科学的功能就是将得自各门具体科学的普遍真理整合成一个统一的体系。就此而言，他不同于汉密尔顿和穆勒。汉密尔顿根本没有提出任何哲学体系，并认为人类的能力不可能完成这一任务，绝对是不可知的。穆勒批评孔德在试图统一各门科学的时候堕入哲学之中。尽管穆勒也设想了一个由他的道德科学逻辑的普遍原理统和在一起的理想真理体系，并且也暗示了关于自然的先验科学的可能，但他没有去尝试将自己的思想体系化；从他的总体立场来看，根本就不可能实现这样一个大全性的综合，他的前辈休谟早就清晰地看到了这一点。
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斯宾塞也与经验主义者不同，他试图把知识建立在康德所谓的心灵的先验形式之上，并把其功能归约为简单的原则。在这方面，他受到了批判哲学的影响，他主要是通过汉密尔顿的著作认识了批判哲学。他认为，人类所有的知识都来源于思想的基本活动；即便是试图否定知识之可能性的怀疑论者也要以思维的基本功能为其前提。若不是心灵要求逻辑的一致性并且具有揭示相似和差异的能力，知识就是不可能的。没有任何一项功能是个人经验的结果。通过运用进化论假说，斯宾塞试图将它们解释为族类经验的结果，如此一来，便在经验主义的立场上调和了直觉主义和经验主义。经验的绝对齐一性催生了思想的绝对齐一性。外部的齐一性在不计其数的年代中重复出现，就形成了固定的观念联想和必然的思想形式。在今天，没有心灵的先验综合就不可能实现联结，但在知识初生之时这种联结是如何实现的，斯宾塞并没有告诉我们。他也没有把知识的有效性建立在遗传的基础之上：原则是对人类在不计其数的年代中传承的经验的概括，但这一事实本身并没有保证这些原则是绝对真理。
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第二节 知识的相对性
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与汉密尔顿一样，斯宾塞关注知识的相对性，并论证说这一结论可以通过对思维过程的审查和思想成果的分析推导出来。解释是具有相对性的事件，并且进行解释的基本原则是无法解释的。我们获得的最普遍的认知无法被纳入到一个更具普遍性的认知之中，因此也无法被理解、被阐释或说明。解释最终必然会引我们走向无法解释的事物；而我们所能够得到的最深刻的真理必然是无法解释的。此外，思维过程本身包含着关系、差异和相似；凡无此表现的事物，均无从认知。思维就是进行关联的过程，除了关系之外，思想没有表达出任何多余之物。我们用以揭示相似和差异的基本思维行为是我们知识的基础，既包括知觉知识，也包括推理知识。没有了这种基本的思维行为，哪一种知识都将不复存在，因此，必须预设心灵的这一主要功能的有效性。
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哲学的职分就是要拟制出根基于意识之中的观念体系，揭示出我们的基本直觉的含义，并构建出一个相互关联的命题体系。思想有效性的标准就是它的必然性。一方面，对真理的验证即反面的不可想象性，另一方面，就是结果与我们的实际经验的符合。斯宾塞采用理性主义标准的同时也采用了经验主义的标准。
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如果知识在上述意义上是相对的，那么，我们就只能认识一定范围内的事物和有限的事物。绝对、无限和第一因均无法认知，因为无法将之与其他任何事物进行比拟或区分。然而，我们却总是能够把事物同绝对联系起来；的确，我们必须有一个绝对者以便同这些事物相关联。若不是与一个真正的非–相对者关联起来，相对自身就是不可想象的—相对以绝对为前提。因此，我们能够依照事物的彼此关系以及它们与绝对的关系来认识事物。如果我们不能将之与绝对者相关联，也就无法认识它们；的确，它们自身就会成为绝对者。我们形成了支撑所有现象的实体意识。根本不可能消除那种存在于现象背后的实在观念；并且这种不可能性产生了对于那种实在观念的不可摧毁的信仰。因此，斯宾塞坚持实在论。然而，绝对自身无法与任何事物发生关联：既然没有可以将之引出的头绪，它就是不可知的。绝对的不可知性不仅从人类智力的本性中得到了推演证明，也经由科学事实而被归纳证明：我们无法理解终极的科学观念，比如时间、空间、物质、运动、力和心灵的起源。
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尽管如此，我们不能形成关于绝对者的任何概念，却不是否定其存在的理由。科学和宗教能够在这一点上达成一致：一切现象背后有着一个绝对的存在。宗教竭力向我们阐释这个普遍的实体；为我们提供了关于它的各种定义，但是，宗教越是趋向高级，它就越是发现绝对者是彻底的神秘。思想也在继续寻找对它的定义，以形成关于它的概念，如此做法无可厚非，只要在心中切记下述事实：人们用以表述它的所有形式都仅只是符号而已。我们被迫将它含含糊糊地认知为肌肉紧张或主观情感活动的客观关联物，即能量或力量。本体和现象是统一过程的两个方面，只是后者的真实性次于前者而已。
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第三节 力的持久性
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这一客观的能量，是主观的情感力量的关联物，必须被看作是持久的。认为某物会变成无物是无法想象的；因为当我们说某物变为无物时，我们是在两个实存之间建立一种关系，而其中一个实存是不存在的。力的持久性是指超越我们的知识和知觉的某种原因的持久存在。在我们断定它的时候，我们就断定了一种没有开端和结束的无条件的实体。在背后支撑着经验而又超越经验的唯一真理就是力的持久性。它是经验的基础，因此必须是对经验进行任何科学组织的科学基础。终极的分析必然会引我们与这一力量照面；我们的理性综合必须建构在它的上面。
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物质不灭意味着物质作用于我们的那种力是不灭的。这一真理经由对于先验认知和后验认知的分析而变得非常明显。另一普遍真理是运动的连续性。某物—在此即运动—居然化为无物是不可想象的，然而运动却是不断地消失的。事实上，穿越空间的平移本身并不是一种存在，因此，运动的终止，就其被单纯地看作平移而言，就不是存在的终止，而是某种存在符号的终结。换言之，运动中的空间因素本身并不是一项事物。位移不是一种存在，而是存在的表现。这种存在可能会停止以平移的方式表现自身，但只能通过将自身表现为张力来实现。活动的原理是不可见的，它时而表现为平移，时而表现为张力，但常常是两者兼有；在运动中展现出来的活动原理是我们主观努力感觉的客观关联物。运动的持续性确乎是以力的方式为我们所认识的。
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力分为两种：物质借以向我们展现为存在的那种力，和物质借以向我们展现为作用的那种力；后者被称为能量。能量是微粒运动和大体积物质运动所表现的能力的通称。每一种力的出现都可以解释为是先行的力的结果，无论其是无机的运动、动物的运动，还是思想或感情。心理能量和身体能量要么与产生它们的某种能量以及它们所引发的某种能量有着量的关联；要么，无物必须生出某物，而某物又变化为无物。我们要么否定力的持久性，要么就得承认：任何一种物理或心理的变化都是由某种先行的力所引发的，给定量的如此这般的力只能够产生不多也不少的如此这般的物理和心理变化。
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因此，科学的基本原理就是能量守恒的原理：没有能量产生，也没有能量消失。斯宾塞并没有尝试用实验方法证明这条原理；事实上，照他看来，这是所有实验的前提。这是思想的必然性和基本公设：我们无法设想某物化为无物，或是无物生出某物；这条原理暗含在因果律之中，或者说是与因果律相等同的。我们被迫假定某物的持久性。
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第四节 心灵与物质
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绝对者或不可知之物在对立对称的两组事实之间展现自身：主观和客观、自我和非我、心灵和物质。但那是在两方面表现自身的同一种力量或能量；我们所思维之物与我们的思维自身是不同种类的力量；物理的和心理的事物都受到同样的经验规律的支配。如果心理的和物理的事物被认为是绝对者的不可归约的两个阶段，那么，心灵就不可能是从物质中派生出来的；物质的无法转变成心理的，就像运动转化为能量那样。在《第一原理》和《心理学》的早期版本中，斯宾塞假定转化是可以发生的；事后他发现以物理方式阐释的能量守恒原则无法解释意识。但是他继续将以物质、运动和力之类的术语表述的进化论公式运用到了包括生命、心灵和社会在内的所有现象之中。正是这样的做法使得他的体系具有了唯物主义的表象，并因此而时常受到攻击，尽管他自己警告我们不要以这种方式进行解读。绝对是不可知的；我们可以用唯物主义或者唯灵论的术语来解释它，但无论是哪种情形，我们都不过是在使用符号而已。一种能量在我们身上产生了某种作用，这种能量的性质我们无从得知，我们也无法将这种能量设想为是受时空限制的。我们用物质、运动和力之类的术语来概括其中最普遍的作用；在绝对产生的作用中存在着某些相似的关联，其中最恒常的那些关联被拟定为具有最高确定性的规律。
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第五节 进化的规律
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在知识领域，我们被局限于相对的现象，局限于绝对的内在和外在表现。我们哲学家的事业就是要揭示所有现象中共有的特征，或是发现事物的普遍规律。这样的规律出现在进化规律之中。进化过程包含了不同的阶段：（1）集中，就像云、沙堆、原始星云、有机组织和社会的形成那样；（2）分化，或是物质从环境中的分离，并在自身之中形成特殊的物质；（3）确定，或是不同部分形成一个统一的、有组织的整体，其组成部分互不相同，然而彼此都处于共同关系之中。这就是进化与分解的不同，分解中只有分化，没有组合。在确定阶段，既有部分的分化，也有部分形成整体的整合或集中。在此意义上，进化就是从不确定的、不连贯的同质性状态向着确定的、连贯的异质性状态的过渡。这一规律是通过归纳法得出的，但也可以从力的持久性这一基本原则中推演出来，如我们此前所见，斯宾塞将力的持久性等同于因果律。从因果律中可以得出物质不灭和运动的连续性—潜在与实在—各种力之间的关系的持久性，力之间的对等与转化—包括心理的与社会的—运动方向的规律以及运动不停顿的节奏。普遍综合的规律就是物质和运动的连续不断的再分配的规律。进化在于物质的整合和运动的消耗；分解在于运动的吸收和物质的解体。当集中和分化达到了平衡状态的时候，进化就到达了高潮。平衡不可能长期存在，因为外在的影响总是要破坏它。换言之，分解注定要出现，整个过程会重新开始。这一切不仅适用于宇宙整体，对于在我们的经验中出现的具体部分也是如此。
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得自于《第一原理》的普遍原则被斯宾塞应用到了各种存在形式之中—生命、心灵、社会和行为。它们被假定为真理，并被拿来证明生物学、心理学、社会学和伦理学中的具体真理：后者是对前者的证实。于是，进化规律适用于所有的现象；不同研究领域中揭示出的特殊规律因此也可以被归属到普遍规律之下，或者当作是普遍规律的表现。当这些经验规律或真理被证明是普遍规律的特殊实例时，它们就以演绎的方式得到了证实。
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第六节 生物学
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