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灵魂学说托马斯还将形式与质料学说运用来说明灵魂与肉体的关系，他把每一个人都看作是一个实体，其中肉体是质料，灵魂则是决定一个人的本质特性的“实体形式”。灵魂在与肉体结合之前是一个独立的精神实体，与其他精神实体（天使）一样是不朽的。当灵魂与肉体结合之后，它就不再作为一个实体，而是作为一个“实体形式”存在于作为实体的个别的人之中。他认为灵魂都是个别的、单一的精神实体，每一个灵魂作为“实体形式”与特定的肉体相结合就产生了个别的人，有多少人就有多少灵魂，每一个灵魂就其本性而言都是不死的。
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温和实在论托马斯在共相问题上既反对唯名论，也不赞同安瑟尔谟的极端实在论，他像阿伯拉尔一样，力图将辩证法引入关于共相问题的讨论中。他不是一般性地笼统回答共相到底是独立存在的，还是寓于可感事物之中，而是将其和形式与质料、理智活动的性质与过程等问题联系起来，历史地和辩证地说明共相的性质与特点。他由此提出了共相分别先于、寓于和后于个别事物的观点。托马斯的共相学说一方面坚持实在论者关于共相比个别事物更加真实、更加实在的观点，另一方面也承认唯名论者关于共相在现实世界中只能寓于可感事物而存在的观点，因而具有极强的理论解释力。由于他从根本上仍然把共相或一般概念看作独立的客观实体，因此他的共相学说被称为温和实在论。
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认识论托马斯在《神学大全》中也充分地讨论了认识论的问题，他在谈到感觉与（人类的）理智的关系时，坚持亚里士多德关于“知识来源于感觉”的基本立场，同时又强调：“决不能说感性认识是理智知识的总原因或全部原因，它只是在一个方面可作为原因看待。”知识固然源于感觉，但是仅靠感觉造成的印象和观念是不够的，知识的形成还需要“更高级的东西”，这就是“主动的理智”。托马斯承认人的认识是一个从感性到理性、从个别到一般的深化过程，但是他却认为理性形成抽象概念和进行判断、推理的能力是灵魂所固有的，上帝早在认识活动发生之前就已经把万物的“实体形式”潜藏于灵魂之中，然后又通过外部的启示使灵魂认识到这些潜在的“实体形式”，形成理性的知识。就此而论，托马斯似乎又回到了柏拉图的“回忆说”，差别只在于把感觉的刺激作用说成了上帝的外部启示。
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托马斯是中世纪基督教神学和经院哲学的一代宗师，他的《神学大全》几乎涉及到当时人类知识的所有领域，构成了中世纪哲学和神学的最全面、最系统的理论体系，它代表着经院哲学的最高成就。
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西方哲学史 三、反托马斯主义的方济各修会经院哲学家
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理性主义与神秘主义之间的矛盾，在中世纪基督教哲学中表现为托马斯主义与奥古斯丁主义的对立。在反对托马斯主义的理性神学方面，方济各修会的“三杰”——罗吉尔·培根、邓斯·司各脱和威廉·奥卡姆发挥了重要的作用。
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西方哲学史 1．罗吉尔·培根
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罗吉尔·培根（RogerBacon，1214-1292年）出生于英国桑莫斯特郡的一个乡村贵族家庭，他是中世纪经院哲学家中最早提倡进行科学研究的人。他认为，影响人们获得真理的“障碍”有四种：一是“屈从于谬误甚多、毫无价值的权威”；二是“习惯的影响”；三是“流行的偏见”；四是“由于我们认识的骄妄虚夸而来的我们自己的潜在的无知”。正是这四种障碍，使得人们深陷于愚昧无知的黑暗中而不自知，错把谬误当作真理，从而妨碍了他们去认识真正科学的奥秘。
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培根特别对托马斯主义进行了无情的揭露，举出了许多例证来说明经院学者只重推理不重经验而导致的谬见，并大声呼吁重视经验和科学实验。他把经验分为两种，一种是外在经验，即通过感官而获得的关于外部事物的经验；另一种是内在的启示，即通过信仰的天恩而获得的神圣的启示。但是相对于这两种经验，培根更加重视科学实验。由于罗吉尔·培根在实验科学方面的贡献，他被后人视为近代实验自然科学的先驱。
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在共相问题上，培根反对把共相实体化的实在论。他认为自然界的不同事物都具有质上的差异性，这些各有特质的具体事物就是实验科学研究的对象，而实在论者所主张的那些超自然的和独立存在的一般实体或本质是完全无助于科学研究的，因此应该予以摒弃。总之，无论是在对待经验和科学实验的态度上，还是在对于共相问题的理解上，罗吉尔·培根的观点在他所处的时代里都无疑是具有超前性的。他比三百年后的弗兰西斯·培根更早地成为了近代英国实验自然科学和经验哲学的始祖。
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西方哲学史 2．约翰·邓斯·司各脱
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约翰·邓斯·司各脱（JohannesDunsScotus，1265-1308年）出生于苏格兰，他虽然只活了43岁，却留下了许多讲稿和著作，其中最重要的有《牛津评注》、《巴黎记录》以及《形而上学精细论题集》、《自由论辩集》等。
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与托马斯·阿奎那的理性神学相对立，司各脱思想以其意志主义的特点而著称。司各脱坚持反对托马斯的神学决定论，他强调上帝的本质就是自由意志，因此上帝的意志要高于上帝的理性。只要上帝愿意，他可以做出任何令人不可思议的事情来。然而对于我们这些有限理性者来说是不可思议的事情，在上帝这个无限理性者那里却是完全合理的，因为上帝的意志与他的理性在一种我们无法理解的奥秘状态中是完全同一的。由于把上帝的意志凌驾于理性之上，因此在司各脱看来，上帝的属性与活动、灵魂不死、至善等神学信条都只能诉诸神秘的信仰，不能进行理性的证明，它们属于教理神学而不是自然神学。在关于上帝存在的问题上，司各脱沿袭了安瑟尔谟的本体论证明的思路，反对托马斯的宇宙论证明和目的论证明。
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司各脱把与上帝直接相关的一切问题，如上帝创世、三位一体、原罪与救赎等，都归于信仰，拒绝根据理性来讨论这些问题。但是对于上帝之外的一切创造物，包括天使和人类灵魂，他都试图用形式与质料的学说来加以理性的说明。
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在共相问题上，司各脱基本上站在唯名论一边，他把个别事物当作质料与形式的统一体，把个别化原则看作是无须任何解释的终极原则。
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在认识论上，司各脱表现出经验论的倾向，他既然认为个别事物是最真实的实在，自然会把个别事物当作科学认识的惟一对象和出发点，由个别上升到一般。司各脱强调我们的一切知识都是从感觉产生的，人的理智就好像一块“白板”，理性的观念说到底都是来源于对个别事物的感觉经验。司各脱的这种观点对于17世纪英国经验论者尤其是洛克的认识论产生了重要的影响。
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西方哲学史 3．威廉·奥卡姆
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