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查理曼的目标并不仅仅是巩固边疆，他自视为西罗马帝国的合法继承人。公元800年圣诞节，教皇在罗马为他举行了皇帝加冕仪式，这标志着日耳曼民族的神圣罗马帝国开始了。与拜占廷的决裂起初是由丕平的馈赠引起的，但最终完成却是因为西罗马产生了一位新皇帝。查理曼为自己的做法所找的理由是站不住脚的，因为当时伊琳女皇还占据着拜占廷的宝座。查理曼辩解说，这是不符合皇室惯例的，因而王位仍然空着。而他认为自己获得教皇的加冕后，可以作为凯撒的合法继承人行使权力。同时，教廷也通过这事件与帝国势力联合了起来。尽管后来一些独断的皇帝为了达到自己的目的而废黜或拥立教皇，但他们仍然需要得到教皇的加冕来确认其皇帝身份。这样一来，世俗势力与宗教势力便谁也离不开谁了。当然，分歧是不可避免的，教皇和皇帝为了各自的目的，一直在进行激烈的“拔河”赛。产生冲突的一个主要原因就是主教的任命问题（下文将详细介绍）。
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到了13世纪，冲突双方已经没有妥协的余地了。在随后的斗争中，教廷占了上风。但是在文艺复兴初期，教皇们日益沦丧的道德水准却使得他们失去了来之不易的优势。与此同时，民族君主制在英格兰、法兰西和西班牙的兴起，导致了新的势力产生，从而破坏了在教会精神领导下的团结局面。帝国摇摇欲坠地维持着，直到拿破仑征服欧洲。教廷则幸存至今，尽管它至高无上的地位已经在宗教改革中不复存在。
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◎查理曼，公元800年在罗马加冕称帝，恺撒的继承人。
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查理曼在世的时候，为教皇们提供了深受欢迎的保护；作为回报，教皇们也谨慎地不去干涉他的意愿。查理曼本人不怎么有学问，对宗教也不虔诚，但他并不敌视别人的学问和虔诚。他鼓励文学的复兴，并且向学者们提供庇护和资助，尽管他自己的娱乐缺乏文化色彩。对于纯粹的基督徒行为，他认为这对人民是有益的，但绝不应该过度约束宫廷生活。
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在查理曼的继任者统治期间，皇权衰落了，尤其是国土被虔诚的路易的三个儿子瓜分的时候。这些事件所产生的矛盾，最终导致了日耳曼人与法兰西人的对立。当帝国在世俗冲突中丧失力量时，教廷的实力却大大增强了，但另一方面，罗马教廷又必须对主教们实施权威。如前所述，主教们已经在各自的地盘上获得了不同程度的独立，尤其是当他们远离权力中央所在地时。在教皇的任命问题上，教皇尼古拉一世（公元858～公元867年）基本上成功地保住了罗马的权威。但是所有的问题不仅在世俗力量中，而且在教会的内部仍然是有争议的。一位聪明、刚毅的主教很可能对教皇毫不退让，如果后者不怎么刚毅的话。尼古拉死后，教廷的权力终于衰落了。
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公元10世纪，教廷为罗马当地的贵族所掌握。由于拜占廷、伦巴底和法兰克军队之间的战争所造成的多次破坏，罗马陷入了野蛮、混乱的状态。在整个西方，由于封建主们无力控制各自为政的诸侯们，这片土地变得动荡不安。无论是罗马皇帝还是法兰西国王，都无法有效地约束那些不守法纪的贵族。匈牙利人突袭了意大利北部，而北欧海盗们的恐怖行为却在整个欧洲的海岸和河岸蔓延。诺曼底人最终在法兰西得到了一块狭长的土地，作为回报，他们改信了基督教。来自南部的萨拉森人的威胁从9世纪起就日益加强，直到公元915年东罗马在那不勒斯附近的嘎里戈里阿诺河击败了入侵者，这一威胁才得以解除。然而帝国的力量大弱，已经不可能再像查士丁尼时期那样试图去控制西方了。在这种普遍的混乱中，教廷被迫服从于为所欲为的罗马贵族，不仅丧失了原本在东正教事务中可能存在的残余影响，而且当西罗马帝国的地方主教们再次宣布独立时，教廷对这些教士的控制能力也在逐渐消失。不过，地方主教们在争取独立方面却并不成功，因为，他们虽然与罗马教廷的联系有所减弱，但是与当地世俗势力之间的联系却加强了。在此期间，圣·彼得宝座下众多教士的品质，也无法阻止道德和社会解体的洪流。
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11世纪时，民族大变动已经接近尾声。外来的伊斯兰教威胁也已得到遏制。从此，西方开始转守为攻。当希腊文化在西方的大部分地区已经被人们遗忘的时候，却在爱尔兰这样偏僻的角落幸存了下来。总的说来，当西方经历衰落的时候，爱尔兰文化却出现了一派繁荣景象。后来，由于丹麦人的到来，这一小块文明之地才遭到了破坏。因此当时最有学问的人是一位爱尔兰人也就不奇怪了。他就是约翰·司各脱·厄里根。
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这位9世纪的哲学家是一位新柏拉图主义者，也是一位希腊语学者，他在观点上属于裴拉鸠斯派，而在神学上却是泛神论的。尽管持有非正统的观点，但不知为什么，他竟然没有受到迫害。当时爱尔兰文化的活力是由于环境的有趣组合造成的。当高卢开始连续遭到野蛮侵略的时候，大批知识分子纷纷跑到最西部，希望得到保护。然而英格兰却没有那些人的立足之地，因为到处都是盎格鲁-萨克逊和朱特人这些异教徒。而爱尔兰却提供了安全保障，于是许多避难的学者就到了那里。我们也必须对英格兰的“黑暗时代”进行某种不同的评价。在盎格鲁-萨克逊入侵时期，曾经出现过一个文化停顿期，但是阿尔弗莱德大王统治时期又出现了复苏。因此，“黑暗时代”的开始与结束都提前了两百年。九、十世纪丹麦人的入侵，致使英国的发展出现了一次中断，也使爱尔兰的发展出现持续性倒退。这时候，学者们又开始沿着来路往回撤。这一时期，罗马由于相距太远，也无法控制爱尔兰的教会事务。主教的权威并不是至高无上的，修道院的学者们时刻都在为教义争论不休。约翰·司各脱的自由观点如果在别处还有可能产生，在这里却将迅速被纠正。
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◎法兰西国王秃头查理，约翰·司各脱·厄里根的庇护人。
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至于约翰的生平，除了他在法兰西秃头查理的宫廷里生活的这段时间，别的我们就不清楚了。他的生卒年似乎是公元800～公元877年，但并不能确定。公元843年，他应邀到法国宫廷主管宫廷学校。在这里，他陷入了宿命论与自由意志问题的争论。约翰支持自由意志说，认为一个人自身对德行的努力是有价值的。招人不快的并不是他的裴拉鸠斯主义本身（尽管这也很糟糕），而是他用一种纯哲学的方式来处理这一问题。他说，理性和启示是真理的两个独立的源泉，互不重叠和冲突；但是，假如在某个给定的情况下，看起来好像有冲突的话，那么首先应该相信理性，而不是启示。事实上，真正的宗教正好也是真正的哲学，反之亦然。呆板的宫廷教士们并不接受这一观点，约翰关于这些问题的论文也受到了批判。只是靠了他和国王的私交，才免受惩罚。国王查理和这位爱尔兰学者都死于公元877年。
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从经院哲学术语的角度看，约翰在哲学上是一位实在论者。搞清“实在论”这一术语的用法是十分重要的。它最早源于柏拉图及苏格拉底对理念论的阐释。实在论认为共相即万物，它们先于个体而存在。它的对立面则建立在亚里士多德的概念论基础之上。这一理论被称做唯名论，它坚持认为共相仅仅是名称，个体要先于共相而存在。在整个中世纪，实在论者和唯名论者在共相问题上吵得不可开交。直到今天，科学和数学之中还存在着这个问题。由于经院派的实在论与理念论有关，所以现代人也称它为唯心主义。我们应该把这一切与它们后来的非经院用法区分开来。在适当时候，我们将对此做出解释。
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（1）上帝是创造者，但不被创造。
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（2）理念是创造者，但被上帝创造。
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（3）时空被创造，但不是创造者。
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（4）作为总体目标的上帝，既不创造，也不被创造。
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约翰在他的主要哲学著作《论自然的划分》中，约翰清晰地展示了他的实在论。他提出了自然的四重划分法，划分依据是事物创造或不创造；被创造或未被创造。首先，能够创造而又不被创造的显然是上帝。第二，能够创造而又被创造的是柏拉图和苏格拉底意义上的理念，它们创造个体也依附于个体，其本身又为上帝所创造。第三，不能创造，但可以被创造的一类，就是时空中的诸事物。最后是既不创造也不被创造的东西，在这里，我们转了一圈又回到了万物为之奋斗的终点——上帝。从这个意义上看，上帝与其目标同一，因此不创造。
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到此为止，虽然涉及的都是存在事物，但也包括了自然中不存在的事物。首先，在这些非存在事物中，按照新柏拉图学派的观点，普通的物理对象就被排斥在可理喻世界之外。同样，罪恶被视为一种缺陷或沦丧，一种缺乏神性模式的堕落，因此它属于不存在的范畴。所有这些最终都回到柏拉图的理论上去了，前面说过，该理论认为善就是知识。
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“上帝与其目标同一”的观点直接导致了非正统的泛神论神学的出现。上帝的本质，无论对于人，还是对于他自己，都是不可知的，因为他不是一个可知的对象。其逻辑上的理由（尽管约翰没有明说）就是：上帝就是一切。所以，不可能出现既有知者又有所知对象的情形。约翰的“三位一体”理论与普罗提诺的没有什么不同。上帝的存在正是通过万物的存在来显示的，其智慧体现于万物的秩序，其生命体现于万物的运动。这与圣父、圣子和圣灵相一致。至于在理念的范畴，它们则构成了逻各斯，通过圣灵的作用导致或产生不存在独立物质性的个体，上帝从虚无中创造了万物，其含义就是这种虚无就是上帝本身，因为他超越一切知识，所以就是虚无。于是约翰藉此来反对亚里士多德允许“个体具有物质性存在”的观点。另一方面，根据创造和被创造标准做出的前三种划分，则源自亚里士多德类似的原动和被动划分标准。第四种划分则派生于狄奥尼修斯的新柏拉图学说。狄奥尼修斯这位圣·保罗的雅典弟子，是一篇论文的假定作者，该论文融合了新柏拉图主义与基督教义。约翰曾从希腊文中翻译了该著作，他很可能因此而受到了保护，因为凭着与圣·保罗的关系，这位罗马的假狄奥尼修斯被误以为是正统人士。
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11世纪，欧洲终于进入了新生时代。诺曼底人遏制了来自北方和南方的外来威胁。他们征服英格兰后，结束了斯堪的纳维亚人的侵犯，而他们在西西里的战争则使该岛彻底摆脱了萨拉森人的统治。修道院改革进展顺利，教廷选举和教会组织的原则也在重新审议。随着教育状况的改善，文化水平不仅在教士中间开始提高，而且贵族在一定程度上也是如此。
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圣职买卖和禁欲问题是当时困扰教会的两大难题。从某种意义上说，两者都和多年发展起来的教士地位有关。由于教士是宗教奇迹与权力的执行人，他们就逐渐对世俗事务产生了很大的影响。这种影响要发挥其作用，必须要人们在总体上不怀疑这些权力的真实性。在整个中世纪，人们的这种信念始终是真诚和广泛的。然而权力总是刺激人的欲望。如果没有强有力的道德传统加以指导，那些地位优越的人很可能就会营私舞弊，中饱私囊。这样一来，靠授予教职来换取金钱，就成了那些掌握了这种权力的人敛财和加强势力的一种手段。这些做法最终腐蚀了教会本身，于是人们又不时地向这种邪恶行为宣战。而在教士禁欲的问题上，效果却不那么明显。这个问题在道德方面从来没有得到最终解决。无论是东正教还是西方后来改良后的宗教，都从未认为禁欲在道德上有多少价值。另外，伊斯兰教甚至对禁欲问题大加抨击。但同时，从政治角度出发，当时的种种变革并不是所有的根据都那么合理。如果教士结了婚，特别是当其中还有保留财产的经济动机时，他们就有可能发展为一个世袭的阶层。另外，教士应该与其他人有所区别，禁欲就宣扬了这种区别。
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修道院改革的中心是创建于公元910年的克律尼修道院，一项新的组织原则就是在这里首次得到了实施。修道院只直接对教皇负责，院长又对克律尼所属的机构行使权力。新体制致力于防止走向奢靡和禁欲两个极端。紧随其后的其他改革者建起了新的修士会：卡玛勒多兹修士会创建于1012年，卡尔图斯修士会创建于1084年，而奉行本笃教规的西多修士会则建于1098年。