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13世纪，经院哲学运动达到了顶峰，教皇与皇帝之间的斗争也同样达到了顶峰。在很多方面，这一时期都可以算欧洲中世纪的高潮。在后来的世纪里，即从15世纪意大利的文艺复兴到17世纪科学与哲学的再次兴起，各种新势力纷纷登台。
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从政治上说，最伟大的教皇是英诺森三世（1198～1216），在他的治理下，教廷的权威达到了后无来者的高度。巴巴罗撒的儿子亨利六世已经征服了西西里，并娶了该岛罗曼王室的后裔康斯坦斯女王为妻。亨利死于1197年，其子弗里德里希继位时才两岁。教皇英诺森三世就职后，小皇帝被母后置于教皇的监护之下。教皇表示尊重弗里德里希的权力。作为回报，皇帝也承认教皇的地位至高无上。教皇获得了大多数欧洲统治者类似的承认。但是在第四次十字军东征中，教皇的计划却毁在了威尼斯人手里，威尼斯人为了实现自己的目的而强迫教皇攻取君士坦丁堡。不过，他对阿勒比占西斯派采取的冒险行动却大获全胜。在这次行动中，法兰西南部的异教被彻底摧毁和清除。在德意志，皇帝奥托被废黜，弗里德里希二世此时已经完全长大成人，于是被选中继位。这样一来，英诺森三世就真正地控制了皇帝和各地王侯。在教会内部，罗马教廷获得了更大的权力。然而从另一个角度看，教廷在世俗方面的成功恰恰预示了它的没落。因为教廷对现世的控制越牢固，它在来世问题上的权威就越小，正是这种情形后来导致了宗教改革。
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◎教皇英诺森三世，教皇至上的倡导者。
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弗里德里希二世虽然在教廷的支持下被选中继位，但也付出了承认教皇地位至高无上的代价。除非迫不得已，年轻的皇帝是不愿意信守这些承诺的。这位年轻的西西里人有着日耳曼及诺曼血统，在他成长的社会里，正在形成一种新的文化。穆斯林、拜占廷、日耳曼和意大利的影响在此汇聚，并产生了一种现代文明，这一文明为意大利文艺复兴注入了原动力。由于深受这些传统的影响，弗里德里希才能够赢得东西方同样的推崇。他的观点远远超越了他所处的时代，他的政治改革也颇具现代色彩。同时，他还喜欢独立思考，做事雷厉风行。其强有力的建设性政策使他获得了“人间奇才”的盛名。
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英诺森三世和日耳曼前皇帝奥托（败给了弗里德里希）在两年内先后去世。霍诺留斯三世继承了教皇一职，年轻的皇帝很快就和他闹僵了。熟悉阿拉伯文化的弗里德里希不同意进行十字军东征。另外，伦巴底也出现了麻烦，因为日耳曼文化在那里普遍不受欢迎，而教皇却得到了伦巴底各个城市的支持，这就进一步加剧了皇帝与教皇的冲突。1227年，霍诺留斯三世去世，格里高利九世继任后立刻开除了弗里德里希的教籍，理由是后者没有进行十字军东征。然而皇帝并没有对此感到惶恐不安，因为他已经娶了耶路撒冷诺曼王的女儿为妻。1228年，他前往巴勒斯坦。他虽然被逐出了教会，但却在那里通过协商，解决了与穆斯林之间的问题。耶路撒冷的战略价值虽然不大，但基督教徒却对它有着很深的宗教依恋感。于是圣城便按条约的规定交了出来，弗里德里希被加冕为耶路撒冷之王。
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按照教皇的想法，这种解决纠纷的方式实在太理性了，但是在成功面前，他又不得不于1230年同皇帝讲和。随后就进入了一改革时期，其间西西里王国有了一套现代管理模式和一部新法典。国内所有关税壁垒的取消刺激了商贸的发展，那不勒斯大学的建立推动了教育的进步。1237年，伦巴底再次出现了敌对情绪，于是弗里德里希又忙于和历任教皇进行持久战，直到1250年去世。斗争的残酷性掩盖了他早期开明时代的光辉。
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◎皇帝弗里德里希二世，西西里一个现代国家的缔造者。
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对异教的清除进行得很投入，尽管并不是完全成功。阿勒比占西斯派（法兰西南部的一个摩尼教派）的确在1209年被十字军全部清除了，但其他的异教运动仍然存在着。1233年创立的宗教裁判所从未彻底消灭过西班牙和葡萄牙的犹太教徒。12世纪后期，瓦勒都教派掀起了一场运动，这预示了宗教的改革。该派在彼得·瓦勒都的率领下，从里昂流亡到了阿尔卑斯山的丕德蒙特河谷，该河谷位于都灵的西面。他们在那里作为新教徒和讲法语的社团一直存在到了今天。从这类事件中，人们也许会认为后世的人已经懂得，采取政治迫害的手段是不可能轻易扼杀思想的，但是历史却似乎表明，这类教训并没有被人吸取。
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◎阿勒贝尔图斯·马革努斯，当时最重要的亚里士多德派哲学家，正给阿奎那授课。
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13世纪的宗教尽管处于极有影响的地位，但也不是高不可及的。即使在纯教会领域，如果现有的教会未能与其创立者的宗旨保持基本一致，那么它的内部就会产生两个修士会。刚开始，它们还起到了一些平衡作用，早期的多米尼克修士会和弗兰西斯修士会都遵循创立者圣·多米尼克（1170～1221）和圣·弗兰西斯（阿西西人，1181～1226）的戒律。这些修士会最初都坚持托钵化缘，但安于清贫的誓约却并没有束缚他们多久。多米尼克和弗兰西斯这两个修士会都以处理宗教裁判所的事务而著称，所幸的是，宗教裁判所从来没有传到英格兰和斯堪的纳维亚。也许曾经有人一度认为，尘世间的暂时苦痛能够拯救灵魂，使其免受永恒的诅咒，因此宗教裁判所施加的酷刑正是为受刑者的未来着想。然而毫无疑问，实用方面的考虑往往也增强了法官们的虚伪。于是英格兰人眼睁睁地看着圣女贞德被酷刑处死，却不敢提出任何反对意见。而多米尼克和弗兰西斯修士会却背离了其创立者的初衷，逐渐致力于追求学问。阿勒贝尔图斯·马革努斯及其学生阿奎那属于多米尼克修士会，而罗吉尔·培根、邓斯·司各脱和奥卡姆·威廉则是弗兰西斯修士会的成员。他们对当时的文化所作的真正有价值的贡献是在哲学方面。
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如果说教士们主要是从新柏拉图主义的源泉中找到了自己的哲学灵感，那么13世纪他们则目睹了亚里士多德思想的胜利。托马斯·阿奎那（1225～1274）试图在亚里士多德哲学的基础上建立天主教教义。运用纯粹的哲学方法，究竟能使这一事业取得多大程度的成功，这确实是令人怀疑的。首先，亚里士多德的神学与基督教认可的上帝概念是完全不同的。但毫无疑问，作为教会内部的一种哲学影响，托马斯的亚里士多德主义得到了完整而持久的坚持。托马斯主义成了罗马教会的官方教义，并按原样在教会所有的学校里讲授。除了辩证唯物主义（马克思主义的官方学说），今天已经没有任何其他哲学能够享有如此显赫的地位和强大的后盾了。诚然，托马斯的哲学也并不是在他的时代一下子就达到了这种特权地位的。但随着他的权威日益牢固，哲学的主流再一次走进了世俗道路，并恢复了独立精神，这种精神渗透了整个古代哲学。
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托马斯来自离蒙特卡西诺不远的阿奎那村的一个伯爵家庭，并在那里开始了他的探索。他在那不勒斯大学呆了六年之后，于1244年加入了多米尼克修士会，并在科隆的阿勒贝尔图斯·马革努斯门下继续研究，马革努斯是当时一流的多米尼克教士会教师和亚里士多德派学者。在科隆和巴黎住了一段时间之后，托马斯于1259年回到了意大利，并在其后的五年里埋头撰写《异教徒驳议辑要》，这是他最重要的著作。
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1266年，他开始写作他的另一部主要著作《神学纲要》。在这期间，他还为亚里士多德的许多作品撰写了评注，他的朋友威廉为他提供了直接来自希腊原著的译本。1269年，他再次动身去了巴黎，并在那里住了三年。当时的巴黎大学对多米尼克教士会的亚里士多德学说怀有敌意，因为后者含有与当地阿威罗伊派的某种联系。关于灵魂的不朽，前面说过，阿威罗伊派的观点更接近于亚里士多德派，而不是基督教义。这对亚里士多德派来说是十分危险的，于是托马斯绞尽脑汁把阿威罗伊的观点逐出了自己的领域。他在这一方向上的努力是十分成功的，这一胜利也为基督教神学拯救了亚里士多德，尽管这意味着托马斯要舍弃自己的部分原文。1272年，托马斯回到了意大利，两年后在前往里昂出席会议的途中去世。
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◎托马斯·阿奎那，教会官方哲学的创始人。
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托马斯的哲学体系很快就获得了承认。1309年，它被宣布为多米尼克修士会的官方教义，1323年又被确定为经典。也许托马斯体系的哲学意义并不像其历史影响那么重要，基督教义事先就毫不客气地把结论强加给了这一体系，这一事实损害了它的哲学意义。苏格拉底和柏拉图允许论证不受约束地进行，但是在这里，我们却看不到这种公正和超然了。但在另一方面，伟大的《神学纲要》体系却是脑力劳动的丰碑，对立的观点被阐述得清晰而完整。在对亚里士多德著作的评注中，托马斯表现得仿佛是这位斯塔基拉人聪明的学生。这一点是他所有的前辈，包括他的老师，都不可能做到的。他那个时代的人们称他为“天使博士”。对罗马教会而言，他是一位真正的使者和导师。
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早期新柏拉图主义神学家把理性与启示的二元论排斥在了体系之外。而托马斯主义则提出了与之对立的学说。在存在领域，新柏拉图主义有一种二元论，如共相与个别。更确切地说，他们可能有一种表示存在级别的等级，这种等级开始于“太一”，并通过理念下达到个别，即最低的存在级别。而逻各斯就是共相与个别之间鸿沟的桥梁。用更现实的话来说，逻各斯完全是一种可以感知的观点，因为语词虽然具有普遍含义，但也可以用来特指个别事物。除了这种存在二元论，我们还有一种认识一元论，即智力或理性具有一种本质上属于辩证的认识方式。托马斯的立场正好相反。在此，按照亚里士多德的方式，存在只有在个体中才能看到，并由此推导出上帝的存在。在个体被看成原材料的限度上，这一观点是经验主义的，它与试图演绎出个体的理性主义形成了对比。另一方面，托马斯主义者虽然坚持存在一元论，却又发明了一种认识领域的二元论。它假设了两种知识来源。首先，正如前面所说，我们有理性，理性从感知经验中，为我们的思维提供食粮。经院哲学有一个著名的原则，就是如果理性在感知经验里不是第一位的，那么这种理性里就一无所有。此外，启示也是知识的一个独立来源。在理性产生理性知识的地方，启示则赋予人信仰。有些东西看上去完全超出了理性的范围，如果它们还能够被掌握的话，那么就必须借助于启示。宗教教义的一些具体观点，如超出理解范围的信仰条款，就属于这一类。比如上帝“三位一体”的本质，复活以及基督教研究死亡、末日审判、天堂、地狱等的“末世学”。上帝的存在虽然可以通过启示为人所接受，但也可以建立在辩证的理性基础之上。为了达到这一目的，人们做出了种种努力，以求证明这一命题。因此，在宗教准则经得起理性论证的范围内，我们就能与非信仰者进行辩论。至于其他方面，启示则是通向大彻大悟的惟一途径。总之，实际上托马斯主义并没有完全站在同一立足点上来论述这两种认识来源。似乎在能够探询理性知识之前，人们就必须先有信仰，也就是说，人们必须先相信，再推理。因为虽然理性真理都是自主的，但要探求它们，则全靠启示（启示赋予人们信仰）。这种说法还是具有某种危险性的，因为通过启示获得的真理具有很大的随意性。尽管托马斯认为理性与启示之间、哲学与神学之间都没有任何对立，但在事实上，其中一方总是在暗中损害和削弱另一方。在理性能够应付的地方，启示就是多余的，反之亦然。
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