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我们必须记住，神学实际上可分为两类。一是所谓的自然神学，它通过分析造物主、第一推动力之类的话题来论述上帝。这也就是亚里士多德所说的神学，它可以归于形而上学。但作为基督徒，托马斯还提出了教条神学，它所涉及的问题只能通过启示来把握。在这个问题上，托马斯求助于早期的基督教作家们，主要是奥古斯丁。总的看来，他似乎认同奥古斯丁的“感恩祷告”及“灵魂获救”观点，这些问题的确是不能以理性的方式来理解的。教条神学与古代哲学精神自然是完全不相容的，在亚里士多德那里，我们看不到一点这样的因素。
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托马斯的形而上学正是因为其神学因素，才在某个重要方面超越了亚里士多德。我们可以回顾一下，亚里士多德的上帝是一位超然的建筑师，他并不认为必须把存在赋予个别事物，有些个别事物本来就存在着，其构成原料也是如此，而另一方面，对托马斯来说，上帝是一切存在的根源，他认为一个有限事物只有存在的可能性，并没有逻辑上的必然性，其存在与否直接或间接取决于某个必然存在物，也就是上帝。在经院哲学的语言里，这是用本质和存在的术语来表达的。某物的本质大体上是指它的一种性质，或者说该物是什么；而存在术语则用来表示某物存在的事实，该物正是借助于它而存在的，从两者都不是独立的这个意义上看，本质和存在这两个术语确实都是抽象的。一个具体事物总是同时兼有本质和存在的。但一些语言事实却使人觉得这里面还有某种差异。当弗雷格对含义和所指对象进行区分时，准确地暗示了这一点。一个词的含义是一回事，是否真的有与之适应的对象则是另一回事。因此有限物就具有可以区分的存在和本质，尽管不是什么可以分割的特征。只有在上帝的本质和存在之间才没有客观上的区别，在这里，关于有限存在的存在依赖性的形而上学理论，产生了《神学纲要》中论证上帝存在的五项证明中的第三项。从日常经验的事实中入手，万物的自生自灭说明它们的存在并不是必要的（单就这一意义而言），于是我们就可以进而论证说，这类事物实际上在某个时刻并不存在。但这样一来，又会出现一个不存在任何事物的时间，那么现在就可能什么也没有，因为有限物是不可能把自己的存在授予自己的。所以必须有一些必然存在的东西，即上帝。
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也许有必要对这一论证稍加评注。首先，它理所当然地认为，任何事物的存在都必须得到证明或解释。这是托马斯主义者形而上学的一个基点。如果不坚持这一观点（亚里士多德实际上就没有这样做），那么论证就无法进行下去。但如果为了讨论而事先承认前提，那么论证就会由于这一内在缺陷而失去说服力。从有限物有时并不存在的事实中，我们并不能推导出有一个不存在任何事物的时间。
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托马斯借助亚里士多德的潜在性及现实性理论，巩固了本质和存在术语。本质完全是潜在的，而存在则是现实的，因此有限物中总是包含了本质和存在的一种混合物。要存在，就必须参与某种活动，对任何有限物来说，这种活动必须来自别的什么东西。
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实际上，关于上帝存在的前两项证明是与亚里士多德派相符的。托马斯的论点是，有一种本身不被推动的推动力和一个没有起因的原因。在任何情况下他都认为，推动力和原因的无限循环是不可接受的。但这简直就等于推翻了论证的前提。以第二项论证为例，假如每个原因本身还有一个更深的原因，那我们就不能同时说，有一个没有起因的原因。这完全是矛盾的。然而应该提到的是，托马斯论述的并不是时间上的因果链，而是一个有关原因序列的问题。这里所说的原因序列是指一个原因取决于另一个原因，这很像悬挂在天花板钩子上的一根由链条组成的链环。天花板就是最初的原因，或者说是没有起因的原因，因为它并不是挂在任何别的东西上的一个链环扣。只要循环不导致矛盾，我们就没有充分的理由来否定循环。大于0而小于且等于1的有理数序列是无限的，它没有初始数字。拿运动来说，循环问题甚至都不必产生。相互围绕旋转的两团有重力的粒子，如太阳和行星，将继续这样无限地运动下去。
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关于上帝存在的第四项证明，是从承认有限物的种种完善程度开始的，也就是说，事先设定存在着某种十全十美的事物。第五项论证指出，自然界的非生命体似乎要顾及某个目的，即让世界充满某种秩序。这种观点是说一个外在智力的目的要如此来获得满足，因为非生命体不可能具有自己的目的，该论证被称为目的论证或设计论证。它假设必须对秩序加以解释，这样的假设当然是没有逻辑根据的，因为我们同样也可以说，无序也需要解释，那么论证也就走上了歧途。托马斯否定了圣·安瑟伦的本体论，但奇怪的是，他并不是从逻辑上否定，而是从实用角度否定它。既然被创造的（因此也是有限的）心灵不能理解上帝的本质，那么上帝的存在（隐含于本质）实际上就永远也不可能这样推导出来。
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新柏拉图主义的上帝似乎与世界一样广阔而悠久，而托马斯的上帝则是一种处于被创造世界之上的无形的天父，并且具有无限多的、一切肯定性质。这一点是从上帝存在的空洞事实中推出来的，尽管我们否定这一问题的答案。托马斯认为，有限的心灵不能做出肯定的定义。
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◎罗吉尔·培根
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正是由于托马斯的描述和改编，亚里士多德学说才能主导文艺复兴前的哲学界。但是在文艺复兴时期遭到拒绝的也并不全是亚里士多德和托马斯的教导，更多的只是某些愚昧的形而上学思辨习惯。罗吉尔·培根反对的就是这种形而上学思辨，他强调了经验研究的重要性。培根是一位弗兰西斯派学者，由于他们的影响，中世纪的思维方式开始瓦解。培根与托马斯是同时代人，但他从未反对过神学。在为后来的研究路线奠定基础时，他也无意去破坏教会在宗教事务中的权威。事实上，13世纪后期和14世纪初期的弗兰西斯派思想家也大多如此，不过，他们对信仰与理性问题的态度和观点，却加快了中世纪的崩溃。
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前面说过，托马斯主义认为理性与启示可以重叠。弗兰西斯派学者们重新研究了这一问题，并寻求两者之间更准确的定义。通过对智慧领域和信仰领域的明确划分，他们试图让纯粹的神学摆脱对古典哲学的依赖。但同时，哲学也由此割断了它对神学目的的从属关系。随着对哲学思辨的自主追求，科学研究开始了。尤其是弗兰西斯派再次强调了鼓励数学研究的新柏拉图主义的作用。理性探索被严格排除在信仰领域之外，这就要求科学与哲学不要再对信仰条款吹毛求疵。同时，信仰也不得随便宣布教义，它必须让理性的科学和哲学能够坚持己见。和以前相比，这种情形导致了更尖锐的冲突。因为，如果信仰的执行者对某件事发号施令，却又发现事实上这是错的，那么接着他们就得收回成命，否则就要在自己没有资格的领域进行论争。启示要想保持自己的独立性，惟一的办法就是不加入辩证法的论争。用这种方式，人们才能在献身于科学研究的同时，还能坚持对上帝的信仰。托马斯主义者试图证明上帝的存在，但这种论证不仅本身没有取得成功，而且还削弱了他们的神学地位。从宗教信仰的角度看，这意味着理性标准根本不适用，在某种意义上，灵魂可以自由、忠诚地对待它所喜爱的一切。
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罗吉尔·培根大约生于1214年，死于1294年，不过这两个年份都不很确切。他在牛津和巴黎求学期间，全面地掌握了所有学问分支的渊博知识，这有点像过去的阿拉伯哲学家。他在反对托马斯主义时是直言不讳的。托马斯在不能直接阅读原著的情况下，竟然只根据译本写出了关于亚里士多德的权威评注，这一点似乎令他很吃惊。译文是不可靠也不可信的，更何况，亚里士多德虽然很重要，但还有同样重要的东西，尤其是托马斯主义者不大懂数学。要获得新知识，我们必须依靠实验，而不是权威。培根并没有批判经院辩证法的演绎法本身，但他坚持认为，仅仅推导结论是不够的，要使人信服，则必须经得起实验的验证。
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◎阿西西的圣·弗兰西斯，弗兰西斯修士会的创始人。
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这种新颖的观点自然会引起正统派的反感。1257年，培根被逐出牛津，并流亡到巴黎。1265年，居·德·福勒克（前教廷驻英格兰使节）当上了教皇，即克莱门特四世。教皇对这位英国学者很感兴趣，就请他写一篇自己的哲学纲要。1268年，培根不顾弗兰西斯派的禁令，提交了这份纲要。他的学说得到了教皇的支持，于是获准返回了牛津。但教皇当年就去世了，这时的培根仍然没有学会圆滑的处世之道。1277年，大规模的定罪讨伐运动发生了，培根和别的许多人都被召去解释自己的观点。不知道是根据哪一条来认定他有罪的，总之他坐了十五年的牢，1292年才获释，两年后他就去世了。
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邓斯·司各脱（约1270～1308）对哲学的兴趣更大，我们从他的姓氏可以看出，他是苏格兰人，也是弗兰西斯修士会成员。他是在牛津上的学，23岁时成了牛津的一名教师。后来他到巴黎和科隆执教，最后在科隆去世。邓斯·司各脱更为明确地指出了信仰与理性之间的分离。一方面，理性的范围在逐渐缩小，另一方面，上帝恢复了完全的自由和独立。涉及上帝的神学，不再是一种理性学科，而是一种为启示所激发的有用信仰。正是凭着这种精神，邓斯拒绝接受托马斯主义者关于上帝存在的种种论证，因为他们所依赖的是感知经验。同样，他也拒绝接受奥古斯丁的论证，因为它们在某种程度上要借助于神的启发。既然论证与证明属于哲学，而神学又与哲学互相排斥，因而他就不能接受奥古斯丁的证明。另一方面，他并不反对将一种概念性证明建立在第一个无起因存在的观点之上，这多少有点倾向于阿维森纳。这实际上是安瑟伦本体论的一个变种。然而关于上帝的知识是不可能通过被创造的事物来获得的，因为它们的存在只是偶然的，而且取决于上帝的意志，实际上，万物的存在与本质是一致的。不妨回顾一下，托马斯认为这种同一性有助于对上帝进行定义。知识源于本质，所以它们与上帝心中的理念不同，因为我们不能认识上帝。既然本质与存在相一致，那么使个体得以存在的东西就不可能是物质，而必须是形式，这和托马斯的观点是相对立的。尽管邓斯认为形式是实质性的，但也并不赞同彻底的柏拉图实在论。在个体中就可能存在这各种各样的形式，由于它们只是在形式上有所不同，所以它们是不可能独立存在。
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◎邓斯·司各脱认为意志支配着理性；柏拉图则持相反的观点。
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正如上帝的意志产生了至高无上的力量一样，邓斯认为在人的灵魂中，正是人的意志左右着人的智力，是意志的力量给了人们自由，而智力则受其所指对象的限制。我们从这一点就可以得出结论，意志只能把握有限的事物，因为无限物的存在是必然的，因此就取消了自由。自由学说是符合奥古斯丁传统的，它通过弗兰西斯派的学者之手，极大地影响了怀疑主义。假如上帝不受世界永恒法则的约束，那么我们可以相信上帝什么，也就令人怀疑了。
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一种更为激进的经验主义出现在奥卡姆·威廉的著作中。奥卡姆是弗兰西斯派学者中最伟大的一位，他大约在1290～1300年之间的某个时候，生于苏黎的奥坎姆。他在牛津求过学，也授过课，后来又去了巴黎。由于他的学说不大合乎正统，1324年，他奉命去阿维农晋见教皇。四年后，他再一次与教皇约翰二十二世发生了争执。唯灵派（弗兰西斯修士会的一个极端教派）坚持清贫的苦行生活，曾引起教皇的不快。教皇在形式上拥有修士会产权的协定已经实行了一段时间，现在却被取消了，于是许多修士会成员公然蔑视教廷的权威。由于奥卡姆、巴都阿的马西哥利欧、西塞纳的米凯尔（修士会会长）站在反叛者一边，因此在1328年被教皇开除了教籍，所幸的是，他们逃离了阿维农，并在慕尼黑路易皇帝的宫廷中受到了保护。
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在两股力量的斗争中，教皇扶持了另一位伪皇帝，并开除了路易的教籍。路易针锋相对，也在一次全教会议上以异端的罪名指控了教皇。为了报答皇帝的保护，奥卡姆自愿充当了皇帝咄咄逼人的小册子的撰稿人，对教皇口诛笔伐，猛烈抨击其插手世俗事务的行为。1338年，路易去世，而奥卡姆仍然留在慕尼黑，直到1349年去世。
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巴都阿的马西哥利欧（1270～1342）是奥卡姆的朋友和难友。他也同样反对教皇，并且对世俗与宗教势力的组织、职能提出了十分现代的观点。在这两方面，最终的统治权都应当属于大多数人民，全教会议也应通过全民选举形成，只有这样的会议才有权开除人的教籍。全教会议可以独立制定正统标准，但教会不得干预国事。虽然奥卡姆的政治思想并不都是如此极端，但也深受马西哥利欧的影响。
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