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我们知道，在宗教改革爆发前的几个世纪里，知识氛围的逐渐变化已经动摇了教会至高无上的旧观念。产生这一革命性变化的原因很多，也很复杂。从表面上看，我们看到的仅仅是人们对上帝的代理人职权的一种反抗，但是，如果教会本身的弊端没有使人们注意到它的言行不一的话，那么这个值得称道的原则也许就不会独自取得突破。事实上，教士们经常占有地产，如果不是因为牧师们的世俗举止违背了耶稣的教谕，他们拥有地产本身倒也不会引起人们的反对。至于教义的问题，奥卡姆早就坚决主张，即使没有至高无上的罗马主教，基督教也同样可以发挥作用。因此，对基督教徒的宗教生活进行彻底改革的条件，就存在于教会内部。最后是由于政治势力的介入，改革才导致了宗教分裂。
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◎马丁·路德，奥古斯丁派修士，宗教改革家，《圣经》译者。
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在智力方面，改革者虽然不如那些为改革打下基础的人文主义学者，但他们却提供了批判性思想家难以唤起的革命激情。马丁·路德（1483～1546）是一位奥古斯丁派的修道士和神学教师，教会出售免罪券的恶劣行径使他和别的许多人一样，在道德上感到十分的苦恼。1517年，他挺身而出，公开发表了著名的“九十五条论纲”，并将这份文件钉在了维登堡教堂的大门上。当他在这一点上向教廷挑战时，并没有准备建立某个新宗教，但是，这个争论不休的问题牵涉到向德意志大规模进贡的政治问题。当路德于1520年当众烧毁教皇开除教籍的训令时，问题就不再是单纯的宗教改革问题了。德意志的王公贵族和统治者们开始联合起来，于是宗教改革演化成了一场德意志人反对教皇敏感权力的政治起义。
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1521年的乌姆斯会议之后，路德隐居了十个月，潜心翻译了《新约》的德语版。作为一部文献，在某种程度上，它对于日耳曼人就像《神曲》对于意大利人一样重要。无论如何，它为福音书在民间的传播提供了很大的便利。现在，任何一个识字的人都能够发现耶稣的教义和现有社会秩序之间有着很大的差异。正是这种认识和以《圣经》作为惟一权威的新教观念，为1524年的农民起义提供了道德上的支持。但路德并不是一个民主改革家，他公然反对那些蔑视自己政治主子的人，他在政治上仍旧保持着中世纪的观念。农民起义在各个方面都导致了暴力与残杀，最终被残酷镇压了下去。这次社会革命的失败，也在一定程度上削弱了宗教改革的原动力。“新教（Protestant）”一词源自改良宗教支持者们所发出的一个呼吁。1529年，他们对会议条款表示抗议，该会议宣布路德及其追随者为非法，不过这一议案从1526年以后就暂时被搁置了起来。现在，路德由于再次遭到帝国的禁止，因而无法出席1530年的奥格斯堡会议。但这时的新教运动已颇具实力，要压制下去已经不可能了。1532年，皇帝不得不接受纽伦堡宗教和约，并很不情愿地保证：新教徒可以自主信教。
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宗教改革运动迅速蔓延到了低地国家、法国和瑞士。在路德之后影响最大的改革家是约翰·加尔文（1509～1564），一位定居日内瓦的法国人。加尔文二十岁出头就转向了改革运动，此后成了法国和荷兰新教的精神领袖。作为一种学说，加尔文主义的奥古斯丁教义要比路德的福音主义更为激烈和不妥协。它洋溢着清教徒理想，认为灵魂得救是一个宿命论问题。这是基督教神学缺乏吸引力的特征之一，罗马教会就明智地舍弃了这种教义。当然，在实践中它并不像看上去那么有害，因为人人都可以自由地认定自己就是上帝选中的获救者之一。
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◎约翰·加尔文，定居日内瓦的法国人，改革家。
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16世纪下半叶，天主教与改良后的胡格诺教派之间的宗教战争把法国弄得支离破碎。正如德国的情况一样，这类动荡的原因并不仅仅是宗教上的，倒是有部分的经济原因。更确切地说，宗教和经济两方面因素正是从中世纪到近代过渡期普遍变革的标志。因为改良宗教及其清教徒特征是与近代商贸的兴起密切相关的。1598年在南特颁布的宽容敕令曾一度弥合了法国的宗教分歧，当这一敕令于1685年被废止时，许多胡格诺派教徒离开家园，移居到了英国和德国。
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由于新教不是世界性宗教，因此它需要得到国家政治首脑的庇护，而后者也就容易成为国教领袖。从表面上看，这是一件可喜的事情，因为新教牧师们缺乏罗马教士那种权力，也就不会胡作非为了，尽管他们常常也像别人一样顽固而偏执。最终，人们发现宗教纷争是徒劳的，是不会有定论的，因为任何一方都没有强大到消灭另一方的地步。宗教宽容正是从这种消极意识中逐渐发展了起来。
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16世纪中叶，一场新的宗教改革运动在罗马教会内部爆发了。这场运动以耶稣会为中心，耶稣会由伊纳爵·洛约拉（1491～1556）创立，并于1540年得到了官方的承认。受早年军旅生涯的启发，洛约拉按照军事原则建立了耶稣会。耶稣会反对新教所采纳的奥古斯丁教义，并且强调自由意志高于一切。他们的实际活动包括传教、教育及铲除异端邪说，他们也是西班牙宗教裁判所的主要组织者。
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北方人文主义引出了一个新的基督教概念，而意大利的人文主义思想家们却不大重视宗教。像现在一样，那时的天主教在意大利只是日常生活的一部分，并没有深入到人们意识深处。在某种意义上，宗教在他们的生活中只充当了一个小角色，自然也就不大可能激发起他们的情感。另外，罗马是统治集团的中心，因此罗马天主教不可能削弱意大利人的民族自豪感，这正是古罗马帝国时代就存在过的国家崇拜原则的残余。在罗马教会的统治机构中，意大利影响一直到今天还保持着它的优势。
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在意大利人文主义者的观念里，更重要的是他们再次强调了毕达哥拉斯与柏拉图的数学传统。世界的数字结构再一次受到重视，并取代了亚里士多德传统，尽管后者曾经使前者黯然失色。这是导致十六、七世纪科学探索复兴的主要发展之一。在意大利文艺复兴的建筑理论和实践中，这一点尤为明显，这时的建筑与以前的经典传统，尤其是与维脱鲁维作品中所确立的传统有着直接的关系，维脱鲁维是1世纪的罗马建筑师。建筑物各部分之间的比例以及与美有关的数学理论受到了极大的重视。正如维脱鲁维基于希腊传统所说的那样，美存在于适当比例的和谐之中。这种看法可以追溯到毕达哥拉斯时代。同时它还表明，包含着理念论的另一种方式也是成立的。因为人的肉眼显然不能精确地判断某个结构各部分之间的数字关系，但如果有了精确的比例，似乎就可以产生某种美的满足感。因此，这些比例作为一种理想存在，就保证了完美。
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阿尔伯蒂（1404～1472）是意大利最重要的人文主义思想家之一，就那个时代而言，这位威尼斯人是一位多才多艺的工匠。他在建筑领域的影响最为持久，但同时他也是一位哲学家、诗人、画家和音乐家。诚然，正如要理解毕达哥拉斯派对希腊哲学的影响，就必须了解一些基本的和谐知识一样，在文艺复兴时期的建筑学中，为了领会设计中的各种比例关系，也需要用到同样的知识。简单地说，这一理论的基础就是把毕达哥拉斯音程中的听觉和音作为建筑设计中的视觉和谐标准。当歌德后来说“建筑就是凝固的音乐”时，他确切地表达了文艺复兴时期建筑师们所要实践的一些东西。这样一来，以调和弦为基础的和谐理论就为艺术提供了总的“优秀”标准，乔治奥与列奥那多·达·芬奇等人也作过这样的解释。比例原则还体现在人体结构和道德调节功能上，这一切都属于直接而严密的毕达哥拉斯主义。但数学在这里还进一步发挥了“极大地影响了后世科学复兴”的作用，只要带有数的特征，艺术立刻就能上升到一个新的高度。最明显的例子就是音乐，但它也适合其他门类的艺术。在某种程度上，这也反映了这一时期的人文主义思想家是多才多艺的，尤其是许多人既是艺术家又是建筑师，因为关于比例的数学为宇宙万物的设计提供了一把万能钥匙。当然，这种理论能否作为美学可靠的普遍基础，也还是有争议的，但无论如何，它都具有极高的价值。这种理论建立了不受情感或目的约束、无可争议的、客观的“优秀”标准。
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◎阿尔伯蒂，建筑师，人文主义思想家。
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◎毕达哥拉斯系数：乔治奥在设计中运用了这些比例。
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由于了解了事物中的数字结构，人们就有了征服周围环境的新力量。在某种意义上，它使人更像上帝。毕达哥拉斯派曾认为上帝是至高无上的数学家，如果人能够在一定程度上运用并提高自己的数学技能，那他就更接近于神的地位了。尽管这并不意味着人文主义就不虔诚，或者甚至反对公认的宗教，但它确实表明，流行的宗教习俗很可能被作为例行公事来接受，真正激发思想家想像的则是古代前苏格拉底学说。因此，一种新柏拉图主义的倾向就在哲学领域再次引起了重视。对人的力量的关注，使我们想起雅典鼎盛时期的乐观主义。
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以上就是近代科学得以成长的知识氛围。人们有时候会以为，在17世纪初，科学突然全副武装地闯入了生活，犹如雅典娜从宙斯的头颅里冒了出来。然而事实并不是这样的，科学的复兴直接地、有意识地源自意大利文艺复兴的毕达哥拉斯传统。同样应该强调的是，在这种传统中，艺术家与科学探索者的工作并不是对立的，他们都以各自不同的方式探索真理，并通过数字来掌握真理的实质。对于任何一位不辞辛劳的真理探求者来说，这些数字的模式都是清晰可辨的。这种对世界及其各类问题的新观点与经院哲学的亚里士多德主义截然不同，它是反教条的，因为它并不依赖书本，它惟一依赖的权威就是数字科学。在这方面，它有时候也许走得太远了，像一切别的领域一样，这种过度的危险性必须永远牢记。就拿现在的例子来说，做得过度则可能导致把数字当做魔术符号来依赖的数学神秘主义，这一点和一些别的因素，在以后的世纪里曾使比例理论声名狼藉。另外，人们还感到毕达哥拉斯的音程理论对设计师的发明天赋强加了许多不自然的、沉闷的限制。很显然，这种违背规则的不切实际的副作用，在我们这个时代也完全可能继续发展下去，然后在不久的将来再向着曾经激励过意大利文艺复兴的某些原则回归。
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总体上看，十五、六世纪的哲学本身并不是波澜壮阔的。另一方面，新知识的传播、书籍的发行，首先是毕达哥拉斯和柏拉图传统的重新焕发活力，为17世纪的伟大哲学体系铺平了道路。
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随着古代思维方式的复苏，伟大的科学革命紧接着开始了。它在一定程度上以正统的毕达哥拉斯主义为起点，并逐渐推翻了亚里士多德物理学和天文学的既成概念，最后深入到现象的背后，发现了极其普遍而强有力的各种假说。在所有的领域，精益求精的探索者们都清楚自己直接继承了柏拉图的传统。
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第一位重新提出亚里斯塔克“太阳中心说”的人是哥白尼（1473～1543）。这位波兰教士早年到过意大利，并于1500年在罗马讲授数学。正是在罗马，他接触到了意大利人文主义者的毕达哥拉斯主义。他在意大利的几所大学攻读了几年之后，于1505年回到了波兰，并于1512年重操旧业，在弗劳恩堡大教堂当了一名牧师。他主要做些管理工作，偶尔也给人看看病（他曾在意大利学过医），一有空闲，他就研究天文学。在意大利期间，太阳中心说的假说引起了他的注意，现在，他试图用当时所能搜集到的仪器来证实他的观点。