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可以看出，谢林在这段时期仍然著述颇丰，其中《艺术哲学》和他的最庞大的“体系”——即1804年的《整个哲学的体系，尤其是自然哲学的体系》（通常简称为“维尔茨堡体系”）——这两部讲授录虽然是在他去世以后才发表的，但在耶拿大学和维尔茨堡大学的课堂上已经加以系统宣讲，并且取得巨大反响。在这些著述里，除了对于形而上学本身的探究之外，谢林也系统全面地论述了自然、宗教、艺术、哲学史等对象，甚至对于“学术研究方法”——不仅涉及一般的学术研究方法，更涉及近代新型大学的学科建制和安排——都有系统的论述，后面这些思想对于威廉·洪堡于1810年创立柏林大学时的办学理念也产生了重要影响，尽管洪堡同时也接受了费希特、施莱尔马赫、斯蒂芬斯等人的影响。[5]简言之，“同一性哲学”时期不仅是谢林本人哲学生涯中的一个辉煌阶段，而且在哲学和哲学史上面也具有伟大重要的意义。
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发表于1804年的《哲学与宗教》是谢林的“同一性哲学”的代表著作之一。在这部著作的序言里，谢林一开始就提到了其中内容与1802年发表的《布鲁诺》之间的联系（VI，13）。而在1809年的《论人类自由的本质》的序言里，谢林同样也指出，该书的主题与早先的《哲学与宗教》具有延续性（VII，334）。由此可见，在谢林从“同一性哲学”到后期哲学的过渡过程中，《哲学与宗教》扮演着一个重要的承前启后的角色。
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既然如此，我们首先有必要对谢林的“同一性哲学”的核心观点和基本内容进行一个简短的回顾，以便为接下来充分准确地理解《哲学与宗教》奠定基础。
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简单地说，要理解谢林的“同一性哲学”，最基本的前提就是要搞清楚作为最高本原的“绝对同一性”（die absolute Identität）究竟是什么意思。人们经常把“同一性”与“统一性”（Einheit）混淆起来，而为了克服或者预防这个误解，其实有一个方便的办法，即人们应当意识到，当谈到“同一性”的时候，其对立面是“差别”，同一性在逻辑上是先于差别的，而当谈到“统一性”的时候，其对立面是“对立”，统一性在逻辑上后于对立，以对立为前提，因此才有所谓的“对立的统一”之类说法。“同一性”强调的意思是：根本上而言，就本质而言，只存在着唯一的一个东西（无论人们把它称作“实体”“上帝”“精神”还是其他什么），只有“同一个东西”，而一切“差别”都仅仅是那唯一的一个东西的各种样式或状态，就此而言，就连“同一性”和“差别”之间的“差别”也不是一种根本的东西，因此谢林经常强调“绝对同一性”是“同一性之同一性”（Identität der Identität），是“同一性和差别的同一性或无差别”（Identität oder Indifferenz der Identität und der Differenz）等等。“同一性”是最原初、最根本的东西，它在逻辑上先于“统一性”，后者主要强调的是，那些差别或对立必然或最终是联系在一起的一个整体，而之所以能够如此，又是以作为最高本原的“同一性”为前提。简言之，“同一性”是前提，而“统一性”则是“同一性”的发展和结果。这就是这两个概念的基本差别。不过需要指出的是，从谢林本人的表述来看，有时候他并没有作这样的严格划分，而是偶尔也把“同一性”和“统一性”当作两个可以相互替换的术语来使用，都用来指代那个最高本原。而我们需要做的事情，就是除了牢记这两个概念本身的差别之外，同时也根据前后语境来考察谢林在使用这些术语的时候想要表达的特定意思。
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关于以上思想，谢林在1801年发表的《对我的哲学体系的阐述》中首次进行了清楚明确的表述。这部著作单是从标题看就豪迈十足，表现出少年得志、其时处于声名巅峰期的谢林的自负心态，因为迄今为止，还从来没有哪位哲学家这么理直气壮地把“我的哲学体系”放到一部著作的标题里面。类似的还有他于1802年发表的《来自哲学体系的进一步的阐述》，其中的“哲学体系”一词并不是泛泛所指，而是特指谢林本人的哲学体系。诚然，谢林并不是直到现在才开始建立体系的工作（参考1800年发表的《先验唯心论体系》），因此他如今对于自己的“哲学体系”的强调显然有着更深层次的原因，确切说来，即他与费希特之间的差异和争论日益浮出水面，谢林希望通过这个方式来强调他的哲学体系的独立性和原创性，避免让人错误地以为他只不过是费希特的“学生”或“追随者”。
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在《对我的哲学体系的阐述》的前言里，谢林一开始就指出，尽管他向来只有一套一以贯之的哲学（die eine und dieselbe Philosophie），但他过去对于自己的哲学思想的表述却是分别从“两个完全不同的方面，即自然哲学和先验哲学”来进行的，正如他早先的各种以“自然哲学”为题的著作和1800年发表的《先验唯心论体系》所表明的那样。但是，无论“自然哲学”还是“先验哲学”都还不是完整的哲学本身，而仅仅是从某一个方面着手进行的表述。在这之前，谢林一直把偏重于主观的先验哲学和偏重于客观的自然哲学看作是对立的两极，但如今他是从一个“无差别之点”（Indifferenzpunkt）亦即主客观的“绝对同一性”出发，阐释那个“完整的哲学体系本身”。在此谢林不忘强调，人们不能以为他现在改变了自己的立场或观点，因为现在的阐释只不过是此前各种表述的延续和系统化（IV，107）。也就是说，谢林并不是从早先的“费希特主义”转变到如今的“同一性哲学”立场。无论就“先验哲学”还是就“唯心主义”而言，谢林认为自己都不是费希特的附庸，毋宁说他们两人只不过是做了虽然方向不同，但最终殊途同归的事情。换言之，如果说费希特的哲学表明“我是一切”（Ich sey Alles），从自我推导出一切事物，那么谢林的哲学则是表明“一切是我”（Alles sey ich），把一切事物提升到自我的层次。二者的一致之处在于，他们都不承认任何存在于“自我”之外的东西，而这正是“唯心主义”的基本特征。
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但是，正如“主观唯心主义”“客观唯心主义”“绝对唯心主义”等名称头衔所表明的那样，虽然同为“唯心主义”，但这里的关键却在于怎么理解把握那个“自我”。“自我”究竟是一个与客观事物绝对对立的主观方面呢，还是一个凌驾于主观客观对立之上的东西？而这恰恰是费希特（他在这个问题上显然更接近于康德的立场）与谢林以及黑格尔最终分道扬镳的地方。费希特的“自我”始终是一个主观的、与客观方面处于对立关系中的“自我”，即使他在“自我”前面加上“绝对”这个修饰语，称之为“绝对自我”，也不能改变这个事实。与费希特相反，当谢林和黑格尔谈到“绝对自我”的时候，他们的重心是落在那个“绝对”上面，而“绝对”（absolut）这个词本身就意味着一个摆脱了一切对立（就像它的拉丁语词源ab-solere所表明的那样），凌驾于一切差别和对立之上的东西，意味着“绝对同一性”。就此而言，费希特的主观唯心主义哲学远远谈不上完满，因此谢林说道：“在我看来，费希特迄今为止完全只是做了一些最一般的东西……迄今所发生的事情只不过是将要发生的事情的开端，因此这整件事情还远远没有到达它的‘终点’”（IV，111）。
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要将费希特的工作推进到“终点”，就得需要谢林现在提出的所谓的“绝对同一性体系”（das absolute Identitätssystem）。为了正确地理解这个体系，首要的要求是，必须完全摆脱所谓的“反思的立场”（Standpunkt der Reflexion）。“反思的立场”是谢林和黑格尔经常批评的一个对象，它的最根本的特征，就是从对立出发，完全扎根于对立，执着于对立（IV，113）。我们只需看看，在康德那里主体与对象之间，以及在费希特那里自我与非我之间的不可克服的对立，就可以清楚地看出这是怎样的一种哲学立场。[6]诚然，对于人类意识来说，“反思”相对于朴素的反映论而言确实是一个巨大的进步，因为它不再单纯地受对象左右，而是把注意力从对象那里返回到主体自身——“反思”原本的意思就是“折返回自身”或“自身反映”（sich reflektieren），关注主体自身的活动。总之，“反思”本身并不是一件坏事，甚至可以说是一个极为重要的环节，但如果执着于“反思”，却是一个巨大的谬误。因为在这种情况下，“反思”并没有克服主体和对象之间的对立，相反却是强化了这种二元论，发展为一种根深蒂固的二元论立场，它先天地假定主体（自我）与对象（非我）是本质上截然不同的两个东西，以之为毋庸置疑的真理，然后再去探究主体如何可能认识把握对象等等。很显然，这不仅是康德和费希特的立场，也是之前的经验论乃至一切反映论的立场。但是，假若主体与对象是两个根本不同的东西，那么它们之间的联系究竟是如何可能的呢？对于这个问题，经验论把这种可能性归之于对象的影响作用，其结果是走向休谟的不可知论；而康德则把这种可能性归之于主体的先验规定，但这样仍然不能摆脱一个绝对不可认识的“自在之物”，因而归根到底仍然是一种不可知论。在这种情况下，主体与对象之间的联系，即所谓的“认识”，其真理性能有什么保障呢？
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在谢林1804年于维尔茨堡大学讲授的《整个哲学的体系，尤其是自然哲学的体系》（即《维尔茨堡体系》）里，对于这些情况作出了深入的分析。假若主体和客体是两个根本不同的东西，那么只有如下两种可能性：要么二者是绝对分离的，要么二者之间是有关系的。如果是前一种情形，主体和客体之间原本就没有任何关系，那么它们如何可能达到一致呢？如果这种“一致”竟然需要借助于一个主体和客体之外的第三者来解释，那么这种外在于知识的东西又是如何可能的？实际上，每一个人都会承认，主体和客体是相互关联的，即上面所说的第二种可能性，而在这种情况下，这种关系又有两种可能：1）要么它是单方面的（einseitiges）作用关系；2）要么它是交互作用的（wechselseitiges）关系。在第一种可能里，如果认为客体决定主体，那么这是符合普通人的观念的，但我们在这种情况下只能认识到客体的作用，而不是认识到客体本身。反之，如果认为主体决定客体，那么要么是绝对地决定（于是乎客体就是完全的虚无，不成其为客体了），要么是相对地决定（那样还会保留一个未知的残余，即康德的自在之物）。排除以上可能之后，最后就只剩下“交互作用”的选项，但这只不过是把之前的情况单纯地结合在一起，因此具有前面所说的全部困难，同样是一种完全虚妄的观点（VI，139—140）。
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同样，对于这种立场，黑格尔在《精神现象学》的导论里也有着犀利的批评。他尤其揭露那些捣鼓认识论的人预先已经假定这样一个观念（实即“反思的立场”）为真理：
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绝对者位于此一方，认识活动位于彼一方，仿佛一种孤立的、脱离了绝对者的认识活动仍然是某种实实在在的东西，仿佛认识活动在脱离了绝对者（亦即脱离了真理）的情况下仍然真实地存在着。……它们的归宿是假定这样一种关系：这边是一种脱离了绝对者的认识活动，那边是一个脱离了认识活动的绝对者。假定了这种关系之后，就出现了一些托辞，它们大谈科学的无能，以便从科学的辛劳中脱身出来，同时又装模作样地仿佛正在为一些严肃而迫切的事情奔忙着。它们不去解答各种问题，而是到处瞎忙活。[7]
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简言之，“反思的立场”是一种在根本上就陷入错误的二元论，而谢林和黑格尔所主张的“绝对同一性”（尽管黑格尔本人几乎不使用这个术语）则是一种绝对的一元论，它的根本要点在于，认识者和被认识者是同一个东西，任何真正的认识都是一种“自我认识”，这里虽然也区分了主观（主体）和客观（对象），但二者在本质上是同一个东西。本质上只有唯一的一个东西，无论你把它称作“绝对同一性”“自我”“理性”“绝对者”，还是称作“精神”“上帝”等等，实际上都是一回事，因为这些术语只是从不同的方面或不同的环节来陈述同一个对象。如果从一开始就具有这种本质上的绝对一元论，就会摆脱“反思的立场”，上升到另一个更高的立场——对于这个新的立场，谢林不厌其烦地强调其重要性，并且给予这个立场以许多不同的名称，比如“理性的立场”“绝对者的立场”“哲学的立场”“思辨的立场”等等。这些名称很容易让人联想到斯宾诺莎经常强调的那种最高认识，即“站在永恒的立场”（sub specie aeternitatis）来看待一切。实际上谢林（及黑格尔）和斯宾诺莎在这个问题上并无二致，即他们都是从一开始就摆脱了通常的主客二元对立，从唯一的一个真实存在（无论它叫做“实体”“上帝”“自然”“绝对同一性”“精神”或是其他）出发，复归到这个唯一的真实存在，认识到一切差别和对立都仅仅是那同一个东西所演化出来的现象。
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在《对我的哲学体系的阐述》里，谢林是从“理性”这个术语开始的。他的第一个命题就是把理性界定为“绝对理性”[8]或“主观和客观的完全无差别”，然后将其界定为唯一的一个存在（所谓“理性之外没有任何东西，一切都在理性之内”），再指出理性的存在的最高法则是同一律亦即“A=A”（IV，114—116）。在这里，同一律“A=A”究竟意味着什么呢？对此谢林指出三个要点：
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1）关键不是在于那个“一般意义上的A”；
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2）也不是在于那个作为主体或主词的A（等号左边的A）；
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3）更不是在于那个作为客体或谓词的A（等号右边的A）。
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也就是说，真正的关键在于那个等号，在于“绝对同一性自身”。无论“A”是什么，“A=A”都比单纯的“A”更根本，自然也比作为主体的“A”或作为客体的“A”更根本。绝对同一性作为本质，高于存在，因为说到“存在”的时候，存在者总是已经要么被看作主体，要么被看作客体。但绝对同一性也不是不存在，毋宁说它的存在恰恰通过“A=A”这个命题，通过这个形式而被设定下来。“A=A”是绝对同一性的存在的“形式或方式”（Form oder Art）。另一方面，由于“A=A”是“唯一的无条件的认识”，是一个最无可争辩的理性认识，所以理性与绝对同一性合为一体：理性就是绝对同一性，绝对同一性就是理性（IV，118，120）。
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就这样，“A=A”既表达出了作为本质的绝对同一性自身，也表达出了绝对同一性的存在。但这还不是全部，因为“A=A”同时也表达出了一种认识活动，即绝对同一性通过自身而认识它自己（IV，122）。“A=A”意味着绝对同一性自己认识它自己，即绝对同一性的自我认识，而由于认识活动必须区分认识者（主体）和被认识者（客体），所以这必然意味着绝对同一性同时把自己设定为主体和客体这两个东西。但是这个区分并不是“就本质而言”（dem Wesen nach），而仅仅是“就存在的形式而言”（der Form des Seyns nach）。换言之，认识者和被认识者在本质上仍然是同一个东西。
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“认识者和被认识者是同一个东西”——这也是《维尔茨堡体系》（1804）提出的第一个命题：“所有哲学思考或知识的第一个前提是：认识者和被认识者是同一个东西”（VI，137）。通过之前的论述，可知这里的“认识者”和“被认识者”都是指绝对同一性或理性自身。所有哲学思考或知识的最初出发点乃是绝对同一性或理性的自我认识：A=A。注意，这个出发点不是强调“我”或任何个人对于A=A的认识。因为A=A的真理性不是依赖于“我”或任何个人的认识，而是基于它自身，换言之，一个客观的（亦即普遍有效的）真理不可能依赖于“我”或任何个人。即使“我”确实认识到了A=A，那么这实际上也是绝对同一性或理性通过我或以我为中介认识到它自己，这个认识在本质上仍然是绝对同一性或理性的自我认识，而不是“我的”（惟有我才具有的）一个认识。任何真正的知识，亦即客观的或普遍有效的知识，都不是依赖于一个有限的、个别的认识者或主体，比如，虽然我知道“2+2=4”，但严格说来，这不能说是“我的”认识，因为“2+2=4”这个认识实际上根本不取决于我或任何个人是否认识到它。正是在这个意义上，谢林说道：
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当我说“我在认识”或“我是认识者”，这已经是一个［根本错误］。我不认识任何东西，换言之，我的知识，倘若它真的是我个人的知识，那么它就不是真正的知识。如果我所谓的“我个人的”知识是一个真实的、真正的知识，那么我并不是认识者，毋宁说仅仅是那个大全通过我而进行认识。只有唯一的一个东西，它是认识者，且惟有它才是真正的被认识者，在这里既谈不上差别也谈不上一致，因为认识者和被认识者并不是不同的东西，而是同一个东西（VI，140）。
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简言之，要到达任何真正的知识，任何个体之我都必须奉献出自己的个别性。此外，这里提到的“大全”（das All），以及随后提到的“永恒同等性”（ewige Gleichheit）、“绝对者”“上帝”等等，就是以前所说的“绝对同一性”或“理性”，只不过是在不同场合被冠以不同的名称。至于“理性是那种永恒同等性的自我认识”（VI，142）之类说法，仍然是之前思想的延续。
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值得注意的是，谢林在这里专门设计了一个“论争”，并指出这是一件“对于整个哲学来说都极为重要的事情”（Ebd.）。也就是说，事实上存在着一种把上述理性认识“主观化”的做法，这种“主观性哲学”（Subjektivitätsphilosophie）——实即费希特的主观唯心主义——会质疑道：究竟是谁认识到那个永恒的绝对同一性呢？如果你反思一下自己的认识，就会发现，是你自己认识到它，你会认识到，没有任何自在存在着的、独立于你的东西，就连那个最高的绝对同一性或上帝“也不过是一个作为你的对象而存在着的思想物（ein bloßes Gedankending für dich）”（VI，142）。很明显，这是标准的“主观唯心主义”立场，它的最终归宿就是那种号称在理论上不可反驳的“唯我论”，因为无论你说什么东西，哪怕绝对者或上帝等等，这个东西都是它的“对象”，因而就是依赖于它，依赖于它的思想或认识。
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对于这个质疑，谢林并没有直接进行“反驳”，而是去“揭示”它的错误立场。也就是说，当主观唯心主义意识到“绝对者是我的对象”时，它对于这个意识的事实的反思并没有上升到“理性认识”的层次；“绝对者是我的对象”对它来说仅仅是一个经验性的表象，如果这个命题要上升到真正意义上的“认识”，那么它必须意味着：“绝对者是理性的对象。”然而主观唯心主义不管是对于真正的“认识”还是对于真正的“理性”都还没有形成一个正确的观念，不知道理性已经扬弃了一切主观性，不再停留在主观的“个我”“小我”上面。这就是谢林所说的：
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理性之所以是理性，并不是因为在它那里，主观方面成为认识者，而是因为在它那里，同一个东西认识到同一个东西，并且主观性与客观性之间的对立达到了一种最高程度的平衡（VI，143）。
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