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在公开答辩之前，普拉德已经认真完成了其他所有的必需步骤。他申请到了许可，在索邦神学院的几位具有适当资质的博士那里将自己的论文印刷了出来。[12]他根据惯例，将长达八千字的论文排版，使用了纸张厚厚的、页面的长边长近2英尺的超大开本纸张，单面印刷，将论文印制了四百五十份。他还在答辩的几天前将论文寄送了出去。
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公开答辩在1751年11月18日举行，长达七小时，进行得十分顺利：原来，这位年轻神父的论文是对自然哲学和基督教的整合，而所有记录也都显示，他获得了答辩委员会的一致好评。但是，问题就出现在有人真的读了这篇论文。和斯宾诺莎和霍布斯一样，普拉德指出，《摩西五经》的内部时间线有问题。[13]和洛克一样，他也在文中暗示，所谓的先天观念（包括对上帝的先天认知）并不存在，所有知识都来自感官。普拉德还提出了一个对政治权力带有些许霍布斯主义色彩的理解，他在否定君权神授的同时，还认为被统治阶层的意志才是政治权力的根源。尽管这些思想已经以各种形式流传了几十年，但法国最富盛名的神学机构竟然允许这样有辱上帝的言辞传播开来还是第一次。很快，索邦神学院竟将神学博士的头衔授予了一个异端分子的消息就在巴黎传开了。不出所料，索邦神学院的教师们很快就后悔了。为了避免遭到惩罚，有一些教师称论文因为字体太小而无法阅读；但这个借口从普拉德的论文导师卢克·约瑟夫·胡克口中说出来毫无说服力，这个爱尔兰人也很快丢掉了他那令人艳羡的教职。[14]
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普拉德的论文给了《百科全书》的反对者很好的由头，他们很快借机对这部辞典及其正在制造的自由主义氛围提出指控。1752年初，辞典的第二卷刚刚问世，巴黎最高法院就谴责了普拉德的论文，宣布这篇论文代表了一种“用其自身来替代信仰和对人类理性的天然认识的新科学”。[15]另一些权威宗教机构也发出了类似的指控。1月27日，索邦神学院终于发声，谴责了出自他们自己学院的论文，宣布神学院虔诚的教师们因为强烈的厌恶而颤抖（horruit sacra Facultas），这个史无前例的表态令索邦神学院蒙羞。[16]两天后，《百科全书》最强劲的反对者之一，巴黎大主教也发出了同样的控诉。最后站出来批判普拉德的是教宗本笃十四世本人，他发布诏书称这篇论文令人深恶痛绝。
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到了1752年2月初，来自各方的压力日益增加，各方要求在谴责之外采取进一步行动。为了回应这些宗教团体的怒火，凡尔赛宫廷中作为国王顾问委员会的一群高级别大臣突然开始对《百科全书》展开了猛烈抨击，还发出了一个判决，指控百科全书派“破坏王室权威，助长独立和造反情绪”。[17]这个判决也影响了《百科全书》第二卷剩下的书的发售。
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巴黎最高法院的成员尝到了胜利的滋味，继而寻求对普拉德的惩罚。2月11日，法国的主要司法部门命令将普拉德神父押送到西岱岛上的中世纪监狱——巴黎古监狱，让他在那里为其罪行付出代价。[18]普拉德担心整个巴黎和凡尔赛宫廷保守派的盛怒很快会转移到他身上，于是明智地选择逃离巴黎，先到达了荷兰，后来去了腓特烈大帝在柏林的宫中，这位接受了启蒙思想的专制统治者一直试图吸引支持启蒙运动的哲人中身陷困境的成员，其中就有伏尔泰。[19]
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普拉德的遭遇对狄德罗来说触目惊心。1749年，在狄德罗出狱之前，贝里耶向他传达的那个基本信息——如若你因再犯而入狱，就别想再离开——一定仍在他耳畔回响。最简单的做法是像普拉德一样，逃亡到友好的国家，寻求赏识他的王室赞助者的庇护。[20]巴黎的一些闲话贩子散布消息说，狄德罗很快就要逃跑了。其他人暗地里嘀咕说，国王已经签发了对狄德罗的逮捕令，他很快就会被送入巴士底狱。虽然这些都是谣言，但有一个传闻完全准确：耶稣会会士正在四处游说，准备全面接手《百科全书》的工作，就等狄德罗和达朗贝尔被驱逐出该项目，甚至被送入监狱。[21]
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路易十五最终决定把这两位编辑关入巴士底狱。他还签发了诏令，没收了《百科全书》余下的手稿。马勒泽布作为图书行业总管不得不执行这一命令，或者至少是装装样子。那几天的气氛十分紧张，其间到底发生了什么存在很多不确定性，但现在的历史学家推测马勒泽布当时秘密地向狄德罗发出过预警，告诉了他国王准备没收《百科全书》的消息。无论真实情况如何，2月11日，当马勒泽布及其随员郑重其事地来到勒·布雷顿的印刷厂，准备没收余下的纸张时，却什么都没找到。这个充满戏剧性的场面达到了几个目的。除了让凡尔赛宫、耶稣会和詹森派这三方确信没有什么值得担忧的以外，马勒泽布的做法还使得巴黎最高法院对辞典更严厉的阻截变得没有必要了。
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狄德罗在这段紧张时期的策略是低调行事，同时秘密地继续着辞典第三卷的编撰工作。[22]达朗贝尔却威胁说要放弃这个项目。3月1日，他致信给普鲁士科学院的干事约翰·海因里希·萨穆埃尔·福尔梅。他在这封信中说：“我不确定辞典的工作能不能继续，但我向你保证，我是不会再继续了。”[23]
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同时，马勒泽布正不遗余力地在凡尔赛宫中活动，希望能够找到妥协的办法，让《百科全书》剩下的几卷能继续出版。蓬帕杜夫人主动站出来与宫廷中的宗教保守人士抗衡，在她的支持下，马勒泽布终于促成了一个令人难以理解的协定，这个协议反映了当时宫廷充满矛盾的氛围。最终的结果是，《百科全书》的第一卷和第二卷仍被定义为违法出版物，而之后的几卷则被默许继续编撰，尽管要经过更多一层的审查。作为这个协定的一部分，马勒泽布允许《百科全书》在宫廷中最有权势的天主教批评者布耶尔再选出三位审查官，他们可以在辞典出版前，仔细阅读辞典中的每一个条目，查找任何带有“反宗教”或异端思想痕迹的内容。[24]尽管对这样的工作条件造成的困难有颇多抱怨，狄德罗和达朗贝尔最终还是接受了。经过私下探讨，他们的计划是用海量的条目压垮这三个审查人员，直至他们因不堪重负而放松审查力度。[25]
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风暴眼
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先是遭到禁止，后又再次获准出版，这反而让大众对《百科全书》的兴趣更加浓厚了。这也给勒·布雷顿和与他合作的出版商带来了意外之财。《百科全书》新的几卷即将出版的消息刚刚传出，大批订阅者就开始预订了。到了1752年末，订阅数量增长了50%，达到了3000人。两年后，编辑们又收到了额外的1200单订阅，最终的印刷数达到了4200套。
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18世纪50年代中期，百科全书派度过了只能用“风暴眼”来形容的一段时光。尽管达朗贝尔在1752年3月向多方表明自己将不再参与《百科全书》的工作，但在同年7月，他又勉为其难地同意继续负责辞典数学部分的工作。两年之后，他甚至重新回到了编辑的工作状态，执笔了辞典第四卷的前言，在其中自豪地列举了辞典的杰出贡献者，并宣称辞典在与落后势力的斗争中取得了胜利。[26]
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《百科全书》的哲人们此时明显是顺风顺水。法兰西学术院之前基本由创作的作品少、发表的作品更少的高阶主教组成，现在却越来越多地纳入启蒙运动的成员。1746年，伏尔泰当选为学术院的成员，七年后，这个威严的组织吸纳了布丰伯爵乔治-路易·勒克莱尔，他是御花园的管理者，还创作了18世纪最重要的书籍之一《自然通史》（1749—1788）。次年，达朗贝尔也成为法兰西学术院的一员。和伏尔泰与布丰伯爵一样，在这位数学家接管之前，这个职位一直由高等神职人员占据。无论是哲人还是神职人员，都很清楚这个方向性变化意味着什么。[27]
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对狄德罗来说，18世纪50年代中期也是个好时候。此时，他和图瓦妮特已经结婚十年，这十年来的生活似乎不停地被一个又一个心碎的时刻打断。尽管图瓦妮特生养了三个孩子，但从没有两个孩子同时活着的时候。他们的女儿安热莉克在1744年9月死去，死时才刚刚满月。六年后，四岁的弗朗索瓦-雅克·德尼也因病死去。同年7月，灾难又一次降临。就在狄德罗和图瓦妮特的第三个孩子德尼-洛朗受洗的当天，他的教母失手把他掉在地上，他的脑袋砸在了圣斯德望堂的石阶上。五个月后，这个小男孩便死去了。情况终于在狄德罗和图瓦妮特的第四个孩子身上有所好转。1753年9月，一个女婴诞生在夫妇二人位于吊刑路公寓的二楼，这个名叫玛丽-安热莉克的小女孩（也就是未来的范德尔夫人）是狄德罗的孩子中唯一活过了危机重重的婴幼儿时期的。她很快就成为狄德罗快乐的源泉。
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随着这个里程碑式的事件而来的还有其他几个重要变化。到了1754年，《百科全书》的其他几位编辑清楚地认识到，狄德罗对于辞典的重要性已经远远超过了名声不小但脾气更大的达朗贝尔，真正成为这个项目的核心和灵魂人物。狄德罗肯定也意识到了这一点，不然他也不会在那一年谈妥了一个对自己更有利的合同。狄德罗用四位印刷商的资金购买的众多书籍，而合同将狄德罗规定为这些书的唯一所有者，他还可以在辞典每一卷出版时获得2500里弗尔的报酬。在这笔源源不断的收入之外还有更加丰厚的奖金：四位印刷商同意在辞典最后一卷出版时，支付狄德罗2万里弗尔。[28]
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杜尔哥绘制的巴黎地图，1734—1739，塔兰内路，位于图的右下角
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这是狄德罗有生以来第一次手头相对宽裕，生活欣欣向荣，于是他决定举家搬出吊刑路上拥挤的旧公寓，来到塔兰内路上的一栋楼房，将家安置在位于楼房第五层的公寓。这里处于圣热尔曼区，比狄德罗之前居住的区域要更接近中产阶级水平。这个新居所一年的租金是600里弗尔，有6个房间，4个壁炉，公寓后面还有专门的厨房区域。但这里最大的优势是楼的第六层还有一个单独的书房，头顶就是楼房的孟莎式屋顶。狄德罗就是在这里度过了他人生余下的三十年光阴，穿着他的家居长袍和拖鞋，在书海中笔耕不息。
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强烈反对
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这段平静的时光并没有持续多久。18世纪50年代中后期，《百科全书》的批评者们联合起来，发起了新一轮的猛攻。反对势力远及里昂，在那里，一个新的、影响力强大的耶稣会组织，针对当时“百科全书主义”导致的精神“流沙”，制造诽谤文章，组织研讨会议，开始高声反对《百科全书》，并产生了重要影响。在巴黎，新类型的批评也开始出现。在18世纪50年代加入这个阵营的最有力度的声音来自埃利·卡特林·弗雷龙，这位才华横溢的保守派批评者备受法国王后的青睐和提携。1754年，他开始出版法国第一本真正意义上的文学期刊《文学年代》。期刊每十天出版一期，影响力强，传播广泛，很快成为不断扩大的反对哲人们和《百科全书》的声浪中最尖锐的声音。弗雷龙尤其享受仔细审阅《百科全书》新出版的每一卷，一丝不苟地对其中所谓的剽窃行为进行嘲笑，并对其中的反宗教观点提出严厉的斥责。[29]然而，对《百科全书》产生最大影响的，并不是被指控剽窃和对上帝及宗教不敬，而是后来的一次政治刺杀行动。
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罗贝尔-弗朗索瓦·达米安，版画
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1757年1月5日，罗贝尔-弗朗索瓦·达米安——一名高大魁梧的男子，据说精神状态不太稳定，坚信自己的行动得到了上帝的准许——想办法进入凡尔赛宫宫殿周围的区域，意图杀害，或者如他后来坚称的，伤害路易十五。刚进入凡尔赛宫，达米安便查明国王当晚将离开自己居住的区域，前去看望病中的女儿维克图瓦公主。马车停在凡尔赛宫北花园和皇家庭院之间的道路上等候国王，达米安于是混进了一小群围观者和侍卫的队伍中，与他们一同在马车附近徘徊。
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下午5点45分，四十六岁的路易十五从位于主宫殿的小套房中走出，走下台阶，朝着等候的马车走去。[30]达米安一直按兵不动，等到路易十五要踏入马车时才突然从冬天黑暗的夜色中冲出，一下子抓住了国王的左肩，然后将一把袖珍折刀刺入了国王第四、第五根肋骨之间的位置。尽管厚重的冬衣保护了国王，但他依然血流如注。警卫迅速地将路易十五抬到了寝宫，而国王则感到自己受到了致命一击。尽管卧室内的所有人都告诉国王，达米安的武器造成的伤口并不会危及生命，但国王还是让人找来了自己的告解神父，并为自己给王后带来的所有痛苦而向她致歉。路易十五仅用了一周时间就完全康复了；唯一无法修复的伤口是他的精神和他作为君主的威望。