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最终，将伏尔泰从这个羞辱中拯救出来的是他超凡的声望。路易十六在这位年老的作家回到巴黎之后就一直密切注意着他逐步脱离凡俗、加入古代圣贤行列的过程，因此无疑对这位哲学家的身后事同样关心。为了不让伏尔泰因其遗体所遭到的侮辱性对待而成为殉道者，路易十六最终做出了懦夫才会做出的妥协：允许伏尔泰的遗体离开巴黎，就好像他尚未离世一样。德·泰尔萨克还提供了一封信，澄清教廷已经放弃了一切有关此事的“教区权利”。负责处理伏尔泰遗体的几个人还收到了一份证明文件，确保他们一行人能够安全地离开首都。1778年5月31日，伏尔泰的遗体被抬上了他的马车，支撑起来，运出了巴黎。两天后，在塞纳河畔的罗米伊，伏尔泰获得了一个完整的基督教葬礼。[29]
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狄德罗的肉体很快就要失去生命，而他面对的很可能是更加危险的情况。在他去世之前八个月人们就想到了这个可能性。1783年11月，一位《秘密回忆录》[30]的记者叙述说，神职人员已经开始磨刀霍霍，就等着这位臭名昭著的无神论者殒命。根据这个新闻信札的解释，由于“这位无神论者……不属于任何学院，不属于任何大家族，他本人也没有极高的社会地位，而且没有位高权重的熟人和朋友，神职人员计划在宗教仪式上让他的遗体受尽怠慢，用这种方法来报复他，除非他的表现让他们满意［即承认耶稣基督的神性和基督教上帝的存在］”。[31]
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虔诚的天主教徒图瓦妮特不知如何是好。尽管她“为了让［狄德罗］成为上帝的信徒情愿献出自己的生命”，但她也希望丈夫不用为了获得一个体面的葬礼而被迫接受基督。在这期间，她还是认为有必要给狄德罗一个回归天主教信仰的机会。为了达到这个目标，图瓦妮特，也可能是范德尔家族的成员安排了圣叙尔皮斯教区曾经拜访过伏尔泰的那位代理牧师，让-约瑟夫·费迪·德·泰尔萨克，来到了塔兰内路。
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德·泰尔萨克没有成功说服伏尔泰，于是非常希望能让狄德罗这位当时最有名的无神论者皈依天主教。狄德罗的女婿在二人的多次见面中有几次在场，据他说，这位神父和友善的哲人相处得非常好（比起伏尔泰，狄德罗对神职人员的宽容度要高得多）。范德尔夫人甚至在她的回忆录中写道，狄德罗和德·泰尔萨克还对一系列道德准则表示一致赞同。[32]
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有关这些充满希望的会面的记述很快传到了朗格勒，在那里，这些消息激起了相当强的信心，人们都认为这位心中没有上帝的哲人或许终于要悔改了。但到了1784年6月底，德·泰尔萨克做出了一个过分的举动，他提议狄德罗发表一篇短文，在里面列出一些道德思考，批驳他之前作品中的观点。据范德尔夫人说，狄德罗坚决拒绝了这个提议，并且告诉这位牧师，写下这样的反悔文章“将是赤裸裸地说谎”。[33]
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在这个讨论后不久，也许是为了躲避德·泰尔萨克（甚至还有威胁说要来巴黎的狄德罗的弟弟）用更多的形而上学理论来骚扰他，狄德罗提出离开巴黎，搬到好友贝勒在塞夫尔的房子去住。狄德罗和图瓦妮特最终在乡间住了两个月，其间这位哲人的健康略有恢复。但到了7月中旬，他们觉得是时候回到格林（和叶卡捷琳娜大帝）为他们租下的位于黎塞留路的宽敞新居了。
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狄德罗生前居住的最后这间公寓位于一栋宏伟的石灰石连栋房屋的二层，这里之前是伯宗宾馆。范德尔夫人记录说，她的父亲非常喜爱这个公寓和周围的环境。他不但只需要爬一层楼梯，而且公寓还有四面巨大的落地窗，可以让阳光如瀑布一般洒入客厅。狄德罗非常喜爱这里。根据范德尔夫人的描述，父亲一生都住在简陋的小屋中，而现在“他身居宫殿之中”。[34]
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这个位于塞纳河右岸的公寓最大的好处并非其充沛的阳光或是精美的装修，而是距离圣罗克堂只有几个街区，这个教区有为作家乃至哲人提供适宜的葬礼的长久传统：丰特内勒、莫佩尔蒂，还有爱尔维修都得以安葬在此。狄德罗在7月中旬到达黎塞留路后不久，他就隐隐感觉到，自己很快就要走上去往圣罗克堂的旅程了。
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7月30日，两个工人把为狄德罗购买的更舒适的床运到公寓中，当时狄德罗正坐在公寓里。工人们把床架装好，礼貌地询问狄德罗想把床放在哪儿。狄德罗一直有一种病态的幽默感，直到此刻依然如故，据说他回应两个工人说：“我的朋友们，为了一件只会用四天的家具，你们可给自己找了不少麻烦。”[35]当晚，范德尔夫人路过公寓，像往常一样陪伴了父亲一会儿，心满意足地看着父亲招待他的几位朋友。在她准备离开前不久，她听到父亲解释了一个出自《哲学思想录》的名句，这句话总结了他一生的事业。狄德罗似乎说道：“迈向哲学的第一步是怀疑。”这是她听见父亲说的最后一句话。
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第二天早上，狄德罗几个月以来从未有过地感觉良好。他用一上午接受了医生的问诊，见过了女婿还有霍尔巴赫，然后和图瓦妮特坐下来吃了他几周以来头一顿正经饭：汤、炖羊肉和一些菊苣。狄德罗吃得很满足，接着看着图瓦妮特，请她递一颗杏给他。[36]图瓦妮特担心他吃得太多，于是试着劝他不要再吃了。据说狄德罗略带伤感地回应道：“我现在这个样子，几颗杏还能有什么鬼害处呢？”[37]他吃了几颗这种“禁果”，一只手托着腮，另一只手伸出去想再盛一些烩樱桃，然后便死去了。虽然这完全不是苏格拉底式的英雄之死，但狄德罗依然用一种与他的哲学相契合的方式离开了人世：没有神父，充满幽默，在尽可能地品尝生活里的最后一口快乐的过程中离开。
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加朗所作的狄德罗肖像画的版画（细节）
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狄德罗去世之后的三十六小时充满了各种准备工作、祈祷和正式拜访。圣罗克堂的堂区神父收到消息说这位久病的作家已经与世长辞之后，立刻派一位代理牧师前往狄德罗的公寓看护其遗体，并为其祷告。狄德罗的遗体被安置好以供前来吊唁的人们瞻仰，他的那位臭脾气的艺术家朋友让-巴蒂斯特·格勒兹，也来到寓所为已经去世的哲人绘制了一幅死亡象征素描画[38]。格勒兹的这幅肖像画将已故的狄德罗画得像一个憔悴的老妇人，在画中，这位哲人的鼻子甚至比真实生活中还凸出。
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德尼·狄德罗死后的肖像画，让-巴蒂斯特·格勒兹所作
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在这位画家离开后不久，医生对狄德罗的遗体进行了尸检，这是这位病人在去世前一再坚持的。据范德尔夫人说，这次解剖的报告结果非常令人震惊，总结出了长久以来缠绕狄德罗身体的多处重疾：他的大脑据说“保持得非常好，像二十岁的年轻人一样完美……但他的肺部积攒了大量液体，心脏严重肿大，膀胱没有一滴尿液，没有胆汁分泌，有二十一颗胆结石，最大的有栗子大小”。[39]
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狄德罗的葬礼于1784年8月1日星期日举行。晚上7点前，图瓦妮特、范德尔夫人、阿贝尔-弗朗索瓦-尼古拉·卡永里·德·范德尔，还有另几位卡永里家族的成员护送着德尼·狄德罗的遗体从公寓的楼梯上下来。送葬的人群中还包括50名神父，他们都是当时蒸蒸日上的范德尔家族雇来的，这个队伍从公寓出发，沿着黎塞留路缓缓向南，往圣奥诺雷路和圣罗克堂行进。在葬礼弥撒之后，装着德尼·狄德罗遗体的铅质棺材被降入了位于教堂的维耶日礼拜堂下面的巨大的中心地下室。在这一刻，关于狄德罗身后漫长的故事真正开始了。
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死后的人生
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在去世前的几个月，狄德罗已经准备好迎接他所希望的死后的荣耀了。正如他在《百科全书》的“不朽”这个词条中所揭示的，为后世写作是推动他高度自制、自我审查的事业唯一的，并且是最重要的原因。“我们在自己心中听到［后世］终有一天会向我们献上的颂词，于是我们牺牲了自己。我们牺牲自己的生命，我们放弃存在于当下，为的就是在后世的记忆中永存。”[40]
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追求死后名誉的作家远不止狄德罗一个。然而，他或许是唯一一个从坟墓中向我们说话，恳请我们特别注意他作品的作家：“神圣而崇高的后世啊！不幸和受压迫的人们的盟友！你是公平的、正直的，你为诚实的人复仇，你撕开伪善者的面具，你惩罚暴虐的君主；愿我永远拥有你给予的抚慰和你的坚定不移！”[41]
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事实证明，后世在狄德罗刚刚去世不久后的那几年中没有抛弃他。他的自然主义和感伤主义戏剧《一家之主》直到18世纪90年代依然一再被搬上法国各地的戏剧舞台。随着新的《方法论百科全书》的编辑出版，编辑人员热心地认可了狄德罗的贡献，感谢他对他们开展这个巨大的人类知识清单的编撰工作所起到的激励作用，《百科全书》的各种新的盗版也因而在欧洲各地传播。但是，与狄德罗的思想遗产相关的更加具有戏剧性的事件在1789年法国大革命爆发之后发生：在这位倡导人权和自由的哲人去世五年后，抨击他为人民之敌的声音愈发高涨。
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一名男子的肖像画，摆在他身后的是德尼·狄德罗的半身雕像，让-西蒙·贝泰勒米作品
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对我们来说，革命者为什么会将这位启蒙运动时期最进步的思想家视为他们自由主义价值观的反对者，或许并不能一目了然。[42]但是，政治敏锐度极高的法国大革命的领导者认识到，狄德罗所代表的无神主义思想对民众的污染将会是导致革命走上失败的绝路的重要原因。狄德罗的做法不但让全体法国公民失去了上帝，而且让人们失去了对某种形式的死后生活的期待，剥夺了这种期待能带给他们的精神慰藉。考虑到这些问题，大革命时期的领导人无论个人信仰如何，大部分都远离了无神思想，与此同时将狄德罗排除在他们所供奉的思想英雄的神庙之外。既是自然神论者，又是卢梭的信徒的马克西米利安·德·罗伯斯庇尔在讲述狄德罗的各种罪孽时用词更加言简意赅。在他看来，大革命需要一个无上的存在来确保公民们能够超越短暂的生命，同时把净化国家所必需的恐怖合理化，这样一来，狄德罗和百科全书派人士自然就是事实上的反革命分子：他们腐化、邪恶，而且被他们的思想以及他们与贵族阶层的紧密关联而污染。[43]