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瑜伽行派的理论奠基人是无著（395～470）和世亲（400～480）。瑜伽行派认为，空与有应当互相结合起来，现象世界可以说是空的，但超现实的绝对世界——真如或佛性不能说是空的。他们断言：世界上的一切现象都是由人们的精神总体或作用——识所变现出来的，事物的一切属性——广延性、重量、体积、香味等都是人们的主观意识，即所谓“万法唯识”、“三界唯心”。
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胜论是在钵罗奢思波陀（因赞）作了《范畴与法的论纲》（《摄句义法论》）等注以后，才形成系统的哲学体系。
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古典胜论的基本主张可概括为：①原子论——物理世界上的一切现象都是由不同性质的原子所构成的，原子的运动是由一种类似自然势用的“不可见力规律”所控制的；②范畴说——认识的客体都包容于六种包罗万象的基本范畴（句义）之中；③因中无果论——因和果在概念、名称、结果、时间、形状、数量、质量上是不同的；④认识论——认识是“外界客体与我们认识判断中某种特性的符合”。
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胜论—正理论，把哲学喻为“一切科学的明灯和一切工艺的助手”。其范畴学说大体说明了一切存在的基本形式，胜论的分析虽然是机械的、形而上学的，但摆脱了印度古代唯物主义从整体方面把握世界的直观性质。它强调凡是符合外界事实并引起“实际成功”的是正确的认识，否则就是错误的认识。这已接近“实践是真理的标准”的现代科学概念。但是这两个学派还是披着宗教的外衣，在社会伦理观点上完全是唯心主义的。
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正理论着重探讨了认识的方法、逻辑推理等问题，《正理经》及其注释者们列举了十六个范畴。在十六个范畴中，有些是属于辩论技术的；有些是属于认识论和认识方法的；有些是认识的对象，在认识的对象中还包括一些本体概念和宗教解脱等在内的宗教说教。
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正理论把推论的形式分为五支：命题（宗）、理由（因）、例证（喻）、应用（合）、结论（结）。
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正理论指出在论证中逻辑上容易犯错误或招致失败的原因（堕负）有二十二种。如转移、破坏、违反及放弃命题、理由不当等。
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数论与瑜伽常常结合在一起。数论作为二元论在自在黑的《数论颂》以及《金七十论》、《乔荼波陀注》等著作中表述出来。
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数论认为，原初物质演化为世界上的各种现象，是由于它自己潜在的三种组成成分或属性（三德），即萨（喜）、罗阇（忧）和答磨（暗）相互作用的结果，当三德平衡时就成为原初物质，被破坏时就演变成为宇宙万有。数论在承认原初物质的同时也承认有神我，按照它的解释，神我是一种纯意识，是认识的主体，它的数量是多个而不是一个，当神我与原初物质结合时，神我虽然在场，但只是一个“观者”、“不活动者”，并不参与原初物质的演化过程。古典数论认为世界的演变是由其自身的原因——三德的活动所引起的。
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毗耶娑（约500）等人对《瑜伽经》作注以后，瑜伽的实践才完整起来。瑜伽严格地说不是一种哲学，它的实践为各个宗教哲学派别所摄取。瑜伽修持的方法类似我国的气功，在锻炼身心方面有着一定的作用，但是它的世界观无疑是唯心主义、神秘主义的。
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弥曼差派原是婆罗门教中研究祭祀仪式等问题的一个学派，但是他们在讨论祭祀的发声、语言和概念时常常涉及声音所表达的内容，因而也就涉及哲学上的问题。弥曼差派成为一个系统的派别大概是在四五世纪山隐师（公元4世纪以后）作注以后。弥曼差派主要讨论了语音的性质问题，他们主张“声常住论”（言语不灭论），认为声音是一种表示客观内容的存在，它不是人们自己观念的表示或者符号，吠陀的存在是永恒的，因此吠陀的声音也是永恒的。弥曼差派公开否认神的存在，他们认为，吠陀的仪式是机械地通过其自身产生它的果报的，在祭祀以前是“无所有”，在祭祀以后才能产生出一种“新生力”（无前），人们在祭祀中获得的“新生力”是由于自己的业力而不是出于神的力量。
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中世纪印度哲学中占统治地位的是吠檀多，吠檀多有很多不同的流派，其中主要的是不二论、制限不二论、二元论、二元不二论、纯粹不二论。
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吠檀多不二论的主要代表是乔陀波陀（450～600？）和商羯罗（700～750？）。商羯罗进一步发挥了乔陀波陀的《蛙氏奥义书》的思想，认为真实不二的梵是世界万物的始基。梵是纯粹的、统一的，既不具有任何差别、内外、部分，也不具有任何属性、运动和因果。梵本身是没有任何属性的实体，但是一般没有宗教修持的人由于无明从下智去看它却给它附上了种种的属性，如全智、全能等，神也是其中的一种，这样梵就有了上梵和下梵之分。上梵是非经验和非现象的，下梵是经验和现象的，下梵是主观化了的上梵。
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商羯罗认为，世界是梵的一种幻现或假象。梵转变为世界，从因果关系上看，因不过是假象地变成了果，它的本性是不变的，正像有人把绳看成了蛇，但蛇不过是一种假象而已。
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商羯罗对顺世论的知觉论、身心统一论和乐生的伦理思想等方面进行了攻击，同时也对数论的原初物质、胜论的原子论和佛教一切有部“三世恒有”的观点都进行了攻击。这说明中世纪唯物主义和唯心主义、辩证法和形而上学的斗争是十分激烈的。
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（2）后期（公元10～18世纪中叶） 这相当于印度封建生产关系停滞的时期。在这个时期中，印度受到外族频连的入侵，海外贸易一落千丈，商业的停滞反过来又妨碍印度工农业的发展，文化生活也显现出衰颓的现象，在这个时期印度教中的毗湿奴派和湿婆派取得了统治地位，密教也流行起来。前一个时期的各种哲学派别除佛教以外都被保存下来，正统派别都沦为神学的婢女，它们的理论家们集中力量，为印度教作出繁琐的哲学论证，写出卷帙浩繁的注疏。印度唯物主义的传统并未中断，但它们中间的有些派别投入了密教的怀抱，披着神秘主义的外衣，用迂回曲折的方式与唯心主义进行着斗争，在12、13世纪伊斯兰教在次大陆广泛传播以后，伊斯兰教的哲学思想也逐渐成为统治的思想体系，印度教和伊斯兰教的哲学思想有时融合为一。
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在这段时期内，印度各地掀起了一系列的反封建运动，反封建运动常常采取宗教异端的形式，在印度教中主要是反对印度教繁琐的祭仪及其神化了的种姓制度，与此相应的哲学斗争则是集中反对商羯罗的不二论思想体系。
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数论—瑜伽在这一个时期内彻底成为印度教神学的婢女。吠檀多的唯心主义者们假托了《数论经》并且作出了种种注疏，他们主要的目标是篡改古典数论中的原初物质学说，公开宣称世界是由自在神通过原初物质等质料所创造的。另外，把“三德”曲解成为天道、人道和兽道，从此数论成为神学的学说。瑜伽在这个时期内广为传播，成为各种宗教信仰的手段。
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胜论与正理论在这个时期中完全结合为一，这两派的思想家们力图把神学的色彩掺入古典胜论那种把世界解释为由原子所聚合的自然观中去。宣称“不可见力规律”是由自在神所指导的，神是世界运动的原因。例如湿婆迭耶（1150年前）断言，物理世界的一切都是按照“唯一永恒的大我”亦即自在神的意志通过实体、性质等范畴的材料所创造的，另外，在胜论的范畴学说中，与实体范畴相对立的非实在（无）范畴也显得突出起来。
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新正理派开始于13世纪的甘格霞（殑伽自在），这一派着重于对认识方法、论式等问题的探讨，很少涉及认识对象的内容，他们把正理派的逻辑理论发展成为一种纯然研究概念、词、命题等关系的形式逻辑。新正理派开始流行于密提拉，以后在孟加拉获得了迅速的发展。
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虔诚派运动的先驱者和理论奠基人是罗摩奴阇（？～1137）。他在批判商羯罗的不二论中提出了一种叫做制限不二论的学说。认为世界最高存在的梵也就是全智全能、公正慈悲的毗湿奴。梵和灵魂、物质有着相同的方面，也有着相异的方面，即在本质上是相同的，但在属性、形式和作用方面是相异的。这种关系可用泥土和瓶的关系来说明，泥土是因，瓶是果，泥土在本质方面是泥土，但泥土和瓶在属性、形式和作用上则是相异的。梵拥有创造、维持和毁灭一切的无限能力，而灵魂和物质则没有这种能力。梵用物质、时间（物质的形式）、灵魂创造了世界，在世界劫末，又回归于梵或毗湿奴。
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摩陀婆（1197～1276）是毗湿奴派一个分支的理论家和领袖，他提出了二元论的学说，认为梵（毗湿奴）和个体灵魂、物质是两种完全不同的本源。梵是唯一的、自存的存在，而灵魂和物质则是杂多的、依存的存在。梵和灵魂、物质始终是不可能融合在一起的。
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毗湿奴派的另一个领袖是尼跋伽（1052～1162？）。他提出了二元不二论的学说，按照他的看法，梵、灵魂和物质三者都是实在的，梵和个体灵魂、物质的关系是不一不异的，这种关系正像蛇和蛇团、太阳和光线一样。另外，他认为对神的皈依，是获得解脱的主要途径。这样，尼跋伽巧妙地把非逻辑主义的信仰和吠檀多的理论结合了起来。
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中世纪印度最后的一个著名哲学家是南方的筏罗婆（1473～1531），但他却在北方建立了大王派。筏罗婆提出了一种叫做纯粹或清净的不二论。他断言梵和个体灵魂、物质都是同一不二的，这类似商羯罗的不二论，但他又否定商羯罗世界是幻的观点。筏罗婆认为，作为原因的梵和作为结果的灵魂、物质在本性上都是清净纯粹的，即“实在——意识——喜乐”或“真、知、乐”。他把个体灵魂（我）作了三种不同的区分，即作为“自在力”的“纯粹我”、经验生死的“轮回我”和具有明知的“解脱我”。“解脱我”也就是梵或毗湿奴，人对毗湿奴的虔信也就是使“解脱我”与梵结合为一。这样，他一方面否定了罗摩奴阇、摩陀婆的创世说，另一方面又否定了商羯罗的世界如幻说。
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