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接着，培根提出另一条人类认识世界的方法：首先不是制造理论和概念，而是观察世界，当搜集了足够的观察材料之后，再利用归纳法整理材料，总结规律；其次，当总结出规律后，再利用演绎法来验证规律，如果根据规律推导的结果与新的观察相符合，就证明这条规律是可行的，否则，规律就是错误的，要重新回到第一步。
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培根提出的这种方法至今仍然是科学的基石，将观察、归纳、演绎、验证有机地结合了起来，同时，将那些不可观察的概念排除在了科学之外。
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而在古代的学术研究中，没有观察、验证这两步，归纳也非常简单，而以想象和演绎为主，至于符不符合事实，没有人在意。这一点中外皆然。
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明代虽然产生了泰州学派这样的民间思潮，同时也取得了一定程度的资本主义萌芽，但受制于中央帝国的束缚，无法进一步解放出来，也找不到更加现代的思想来发展科学技术。事实上，在这个政权内部以及它提倡的哲学内部，已经不可能再找到答案。
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明朝灭亡后，一群知识分子开始痛定思痛，开始讨论明朝为什么变得如此僵化和不可救药。他们从哲学体系中寻找答案，认识到从两汉开始的儒教试验已经走到了尽头，将一切可能的扩展都已经做过了。
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他们虽然不知道世界即将进入另一个阶段，并由西方思潮引领，却本能地感觉到，哲学和思想不能仅仅为了统治服务，而是为了整个社会，甚至只为了纯粹的真相。
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在他们的引领下，清初成了一个消解中国哲学的时代，他们不是为了建立另一套大而全的哲学体系，而是首先质疑原有的体系，将两汉以来的儒教思想一一证伪，证明它们是错的。在他们证伪这些旧体系时，却建立了一系列的工具学科，比如考据学、政治学、金石学、声律学、考古学、地理学等，这些统称为实学的科目看上去不如哲学那么宏大，却更加有用处，也更加符合现代科学精神，与培根的归纳、验证暗暗相合。
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海通之后，当西方思潮进来时，人们发现，中国文人在学术方法上已经做了一定的储备，让有的人能够迅速接受西方的科学和哲学，完成了转向。
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从公元1840年到公元1911年，在短短的七十年里，中国人已经抛弃了两千年的积垢，迅速地拥抱了西方体系，并产生了许多名噪一时的大家。这比起印度、美洲、东南亚的集权国家都要短得多，唯一能够超过中国的只有日本，但从世界范围内来看，中国人学习的速度并不慢。
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从这个角度说，清前期的学术转向更应当受到我们的重视。当明朝灭亡的钟声刚刚敲响，学术界对于程朱理学、陆王心学乃至整个中国哲学的清理工作已经展开……
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王夫之：从务虚到务实
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在所有对程朱理学和陆王心学进行反思的声音中，王夫之是最有代表性的。
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王夫之是中国大一统哲学的最后代表人物。他生于公元1619年（万历四十七年），经历过明末张献忠的叛乱和南明战争。张献忠攻克他的家乡衡州之后，曾经拘禁了他的父亲作为人质，王夫之将自己的身体刺伤，前往替换父亲，贼人见他伤势太重，把他和父亲都放了回来。但这个家庭仍然没有逃过明末灾难，在清军攻克衡州之后，他父亲死难。
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清军战胜南明后，王夫之拒绝出仕，也不剃发。吴三桂反清时期，曾经让王夫之署名劝进表，也被他拒绝了。[3]他的后半生基本上就在做学问之中度过。后人将他和黄宗羲、顾炎武并列，称为明末清初的三大家。
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三大家中，黄宗羲主要兴趣在政治学和历史学，而顾炎武兴趣广泛，但都以研究具体的问题、考据为主，只有王夫之仍然是以哲学为方向。
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他的哲学主要是反对宋明理学的。宋明理学过于思辨化，和现实问题脱节严重，王夫之就是要在哲学上将人们的兴趣引向现实问题。
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比如，朱熹理学认为世间首先存在天理，由天理来引起气的变化，从而影响人类的认知。但在实际操作中，人们都不断地思考天理是什么，倾向于空想主义。
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王夫之为了扭转这种空想的风气，提出了气才是万物的本源，不是理产生了气，而是气中蕴含着理。
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他所谓的气，现代人可以理解成物质，他之所以提倡气，就是告诉人们，物质才是世界的本源，而所谓的理，只不过是物质的性质而已，离开了物质，就谈不上理。当一个人要谈理时，必须首先承认物质的存在，承认每一个具体问题的存在。当一个老农民种地的时候，不用去谈什么修身养性的大道理，也不用感谢老天爷或者感谢皇帝，他只要认清楚土壤的性质，确定好水源和肥料，找好季节种上种子，再施肥浇水和收获，全部是现实性的问题，和物质本身有关。先伺候好了物质，再去考虑所谓的大道理不迟。
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除了理和气的关系，另一对关系则是道和器的关系。[4]所谓道、器，也是指的物体和属性（规律性）的关系。所谓的道，必须是依附于具体物体的道，如果像道学那样把道说成是一个脱离了实体的“天道”，那只是骗人的。脱离了具体的世界，去谈论空泛的天道不仅毫无意义，也没有任何实用性。
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如果一个人不重视人类世界，不重视每一个凡夫俗子的具体生活，而去空谈天道，甚至用天道杀人，那么这个人不仅不懂得天道，反而是最违背人性的。
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朱熹还提倡“存天理，灭人欲”，在他看来，天理是好的，而人欲是坏的，是和天理相对立的概念，要天理就不能要人欲，这种看法是错误的。实际上，天理就是为了人欲而存在的，没有人欲，天理何用？
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有人欲，人们采用观察世界、改造世界的欲望，才能发现更多的规律性。如果没有了人欲，人们只剩下了打坐冥想，那么许多发明都不会成为现实。[5]
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这样的哲学改造，就把宋明以来的枯坐和否定人世的传统，改造成了肯定人世、积极去发现世界的哲理。清代的实学发展，就是在这样的哲学指导下开展的。
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