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当清军最终获得了胜利之后，顾炎武拒绝了在清朝当官的邀请，浪迹天涯，回归学术，开始了著述时期。不过他本人并没有因为与清朝的不合作态度而受穷，因为他重视实学，很有经济头脑，到了一个地方就购买田产，积累财物，但又自持不乱花钱，喜欢救济别人。整体看来，他的后半生选择四处漂泊，却过得十分惬意。
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因为他在明朝没有深入政治，缺乏像黄宗羲那样对于政治深刻的理解，也无法写出类似于《明夷待访录》那样彻底反思的著作，但顾炎武却博学多知，在许多方面都有极大的造诣。加上他在游走过程中，对于国家典制、郡邑掌故、天文仪象、河槽兵农全部穷原究委，考证得失，试图了解事情的来龙去脉，使得他成了一个博学家。
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他研究最深入（但不是影响力最大）的学科，是政治地理学。在这方面，他写出了两部规模巨大的书：《天下郡国利病书》和《肇域志》。这两本书以地理为经，将中国各个地区的政治、经济、资源、山川形势、军事险要全部考察了一遍。这两本书形成了中国意义上的博物学著作。这两本书可以和《徐霞客游记》做对比，同样是游览四方，《徐霞客游记》以记载山川地理为主，而顾炎武的著作却以地理为依托，考究各地社会和自然的方方面面。
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不过，就如同现代正经的地理历史著作永远比不上小年轻吃喝玩乐的旅游书一样，顾炎武的书虽然深入得多，知名度却要小得多。
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除了政治地理学之外，顾炎武还开创了许多专门的学问。他研究最多的是音韵学，特别是对古代读音的研究，通过对古代书籍的考证，来解读古代读音的问题，成了研究古文字学的一个分支。另外，在金石、考古上，他也都有创见。
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在明末清初的三大家之中，现在人们谈论最多的是黄宗羲，因为他研究政治和经济，特别是现代人总结的“黄宗羲定律”更是让他大出风头。其次是王夫之，因为他研究的是哲学，将人们对于天理的崇拜驱散，改为对人世的研究。顾炎武由于研究具体的学问，反而受到了轻视。但实际上，对于清朝学术影响最大的，反而可能是顾炎武。
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清朝学术的主要方向是：放弃宏大叙事，从细微处做起。也就是从方法论上形成突破，而不求建立统一的体系。
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这和现代科学与宗教的关系有点相似。宗教的态度是宏大叙事的，从一片叶子可以看到上帝的旨意，如果是汉儒，就可以从中看到老天爷；如果是宋儒，就可以看到天理，再从天理想到应该好好做人，听皇帝的话。但是现代科学却避免讨论如此宏大的主题，而是研究这一片叶子属于什么植物，有什么用途，或者这片叶子出现在这里，意味着什么样的地理什么样的天气，等等。这种方法看起来没有那么振奋人心，却更加贴近于实际生活。当越来越多的这种细微细节积累起来的时候，科学就可能获得突破，从这种植物中提取出何种化学成分，从而改变人们的生活。
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王夫之是利用宏大叙事来提倡实学精神，但他本人对于实学研究却兴趣不大。而黄宗羲已经开始实学研究，但他的实学主要表现在政治学和学术史，范围仍然有限。只有顾炎武真的对他能接触到的万事万物都有兴趣，并真正沉下心来做具体的研究。
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他研究地理学，就把古今地理著作拿来考证，并亲自跑过去查看，再考校着，加入各种与地理有关的人文、自然，形成统一的体系。
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他研究经学、金石、音韵，也是要大量阅读书籍，再从细微处考证每一个具体问题的答案，从而将这门学科专业化。
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他的做法更像是现代科学、社会学中的学者的做法，首先找到自己感兴趣的领域，再沉下心去做研究，找到前沿性的问题，最后寻找自己的答案。
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这种方法会将诸多的学科逐渐从大一统的理学中剥离出来，形成专门的学问。在清代，经过人们努力，地理、史料考证、文字考证、音韵、算术、金石这些具体的学问一点点专门化，形成了体系，而这些学科的专门化、研究的专业化，都可以追溯到顾炎武。
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在清代形成的一大批考据派中，顾炎武是最早的之一，也是成就最大的之一。后期的考据派不管是直接的还是间接的，最终都是在他的影响下，走向了实学之路。
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清朝的实学，看上去没有天学、理学那么波澜壮阔，但它蕴含的科学精神，不仅影响到了民国的学术，也是我们现在的榜样。
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实际上，我们现在的学术如此混乱，在很大程度上是因为背离了这种实学传统，又回到了天学和理学的教条之中，变成了政治的附庸。
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阎若璩：伪经的发现
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清初三大家对宋明理学百般质难，提倡学者们研究实在的学问。但对理学造成致命一击的，却是一个文弱、看上去无害的书生。
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与黄宗羲、顾炎武的侠客之风和王夫之的哲理大家相比，阎若璩的学问并不显山露水，用现代人的眼光看，他专门研究一些深奥而没有多少人能懂的学问，看上去像个书呆子。如果非要找出一个相似的人，那么顾炎武的学问和他还有几分相似，他们既研究经学，也研究地理、掌故，更重要的是，两者都是考据大家，对于古书之中的一字一句都揣摩来揣摩去，质疑每一个字的真伪，考查每一个例子的出处。
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但这个书呆子有一天却利用考据的功夫挖了理学的墙脚，也许他自己都没有想到，这一挖就让程朱建立的理学大厦轰然倒塌了。
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在程朱理学体系中，有一个仿照佛教心法的“十六字心传”，这个心传从《尚书》的一篇文章《大禹谟》中摘取了十六个字：人心惟危，道心惟微；惟精惟一，允执厥中。朱熹认为这十六个字包含了儒学的精华，据此把人类的心分成了两个部分——人心和道心，认为人心就是普通的心，而道心就是体会天道的心，这两个心共同构成了人类的心。体会天道的过程，就是压抑人心、通达道心的过程。要通达道心，又必须专注和中庸。
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包含这个心传的文章《大禹谟》出自《古文尚书》，这篇文章大意是，舜在传位给大禹时，进行了一系列的政治交代。人们认为这句心法是尧舜禹相传下来的，代表着圣人的最高智慧。
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所谓《古文尚书》，可以追溯到秦朝的焚书坑儒时期。由于秦始皇只保留农业、医学和占卜用书，其余的书都下令毁灭了，作为儒家经典的《尚书》也没有逃过劫难。但在毁书时，一位秦朝的博士伏生将一部《尚书》藏到了墙里，没有被发现。到了汉初，拿出来时，发现书已经坏了，本来大约有一百篇，最终只留下来二十九篇。伏生就用这部残缺的《尚书》教授学生。后来这一部分《尚书》就称为《今文尚书》。
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到了汉武帝末年，汉朝的鲁恭王为了扩大宫殿，拆除孔子家宅，在墙壁里又找到了一部《尚书》。这部《尚书》是使用先秦时期山东的古文字写的，后来由孔子的后人孔安国得到，这部书除了包含《今文尚书》的二十九篇之外，还多了十六篇，这就是《古文尚书》。[13]《古文尚书》和《今文尚书》的区别是：第一，二十九篇中有字词的不一致；第二，多了十六篇。
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汉代的学者因为《古文尚书》和《今文尚书》的不同，争执不下，实际上是为了抢夺政治资源。但没有料到，西晋末年的战火时期，《古文尚书》和《今文尚书》原本都已经失传了。东晋初年，豫章内史梅赜找到一本《尚书》，这本《尚书》包含了《今文尚书》三十三篇（与原来二十八篇相比，有了拆分）、《古文尚书》二十五篇，一共五十八篇。再加上一篇《孔安国传》和一篇序言。根据当时的说法，这就是孔安国当年的本子。
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