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在性命理论中，焦竑着重者，在“有”“无”范畴对儒学的补充。这一点突出地表现在他对老子宗旨的阐释上。焦竑在《老子翼》序中说：
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老子非言无之无也，明有之无也。无之无者，是灭有以趋无者也，其名为断；有之无者，是即有以证无者也，其学为归根。夫苟物之各归其根也，虽芸芸并作，而卒不得名之曰有，此致虚守静之极也。盖学者知器而不知道，故《易》明器即道；见色而不见空，故释明色即空；得有而不得无，故老言有即无。诚知有之即无也，则为无为，事无事，而为与事举不足以碍之，斯又何弃绝之有！（《澹园集》卷十四）
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历代对《老子》一书的宗旨有各种解说。如唐王真以老子为兵书。焦竑的看法是，《老子》是“明道之书”。《老子》的宗旨在守柔贵雌，懦弱谦下，在于无为。但无为应是有无合一的，有无合一即有之无，无之有。有之无，是“即有以证无”，这相当于佛家所谓“色即是空”，非灭色以言空。灭色以言空，佛家斥之为断灭，庄子斥之为断。有之无，其宗旨在“归根”，“归根”即儒家所谓“物各付物”；“物各付物”即万物皆在其本性的必然性活动而无乖违。这是“自然无为”，无为无事而为与事皆不碍其有。这样，庄子所极力抨击的仁义圣智可不必弃绝。焦竑这里的解释，实际上是对郭象“无心以顺有”、“有而无之”等有无统一理论的发挥。此外，焦竑这里将《易》之器即道、佛家之色即空、老子之有即无同等看待，又可以看出他会通儒释道的旨趣。《易》是儒家的形上学，道是其本体，器是其现象，所谓“形而上者谓之道，形而下者谓之器”是也。释家认为万物的本质是空，“因缘所生法，我说即是空”，但空之本体与有之现象圆融无碍。老子以道（无）为本体，以物（有）为现象，本体从逻辑上说在现象之先，因而比现象更根本，所谓“有生于无”。但本体与现象，有与无也是圆融无碍的。焦竑这里认为，儒释道三家在本体和现象的关系上说到底是一致的。所以，儒家之仁义圣智不必弃绝，佛道之出世也非必遗世独立，入世即出世，仁义圣智不碍清净无为。
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在这一点上，焦竑借老庄而对儒家形上学有独特的理解，这就是，先进入一种境界上的超越，得到超然象外，绝然系表的“无”，然后再求其与“有”冥契。在这种超越境界的基础上所理解的仁义礼乐，就不像世儒所理解的那样肤浅。他曾说：
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仁义礼乐，道也，而世儒之所谓仁义礼乐者，迹也。执其迹不知其所以迹，道何由明？故不得已屏而弃焉。使人知道也者，立象先，超系表，而吾所挟者所以为也，庶几能进而求之乎有。如求之而有契焉，然后知象无非真，系无非理，仁义礼乐亦可以不必绝而弃之也。（《读庄子七则》，《澹园集》卷二十二）
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先超系表，立象先，明仁义礼乐之本体，然后会通本体与现象，使本体现象皆真，融通无二，使重“无”而以现象为假、重有而拘执不化等等偏颇得到调和。
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焦竑还认为，道家精神在无，这是不用讳言的，但道家之无正可以补儒家之有。而且这种补益，不是后世儒家见其有用而汲取之，而是道家老庄有见于儒者后学之不足而有意为之。他在《庄子翼》序中说：
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孔孟非不言无也，无即寓于有。而孔孟也者，姑因世之所明者引之，所谓下学而上达也。彼老庄者，生其时，见夫为孔孟之学者局于有，而达焉者之寡也，以为必通乎无而后可以用孔孟之有。于焉取其略而详之，以庶几乎助孔孟之不及。（《澹园集》卷十四）
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就是说，有无统一，无即寓于有，这是孔孟老庄都见得到的道理。而二家路径不同，孔孟是下学而上达，就昭然明白的“有”这一面引导，由有而趋无。世儒局限于有，只见下学而不能上达。老庄有见于此，以为通乎无可以帮助理解有，故重点提掇“无”这一面。老庄实际上是在帮助孔孟。焦竑这一说法认为，孔孟老庄根本上是一致的，只是路径不同，故各有提揭之侧重。这一意思在下面这段话中更加显豁：
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老庄盛言虚无之理，非其废世教也，虚无者世教所以立也。彼知有物者不可以物物，而睹无者斯足以经有，是故“建之以常无有”。不然圣人之业将以成变化、行鬼神，而欲责之胶胶扰扰之衷，其将能乎！御有者必取诸无。（《读庄子七则》，《澹园集》卷二十二）
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这里，焦竑是用王弼的理论去解释老庄与孔孟之互补的：众不能治众，治众者至寡者也；动不能制动，制天下之动者贞夫一者也。故“有物者不可以物物”，“无者斯足以经有”。儒家圣人大任在肩，必须有清净无为之心方能完成，所以必取无以辅有。由此足证老庄可以补益孔孟，老庄是孔孟的功臣而非反对者。焦竑指出，在这一点上，司马迁不如苏轼眼光宏阔，司马迁说庄子诋毁孔子，而苏轼说庄子对孔子是“实与而文不与”，言语上批评而实际上赞同。世儒皆不知此，惟苏轼独具只眼，故苏轼之论“得孔孟之髓”。世儒所执者孔子之迹，庄子所论者是孔子之精意，故“尊孔子者无如庄子”。
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从以上分析看，焦竑对于道家道教，也和他对于佛教的态度一样，屏除其属于宗教方面的东西，吸取其理论精华。道家思想养分也和佛教思想养分一样，是他学养中不可缺少的成分。而正由于儒释道三方面学养兼备，使他的思想呈现一种阔大而平舒的气象。他融合儒释道三教的态度，反映出明代后期三教融合的趋势。从这个方面说，他不是一般意义上儒家的卫道者，而倒像一个更平实、更全面、更不执门户之见的儒家之学的阐释者、发挥者。
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明代哲学史（修订版） [:1701942547]
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明代哲学史（修订版） 四 礼的形上学解释
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焦竑融合儒释道三教和经史兼取的特点，使他的思想呈现不偏不倚的温和色彩。另外他欲惩王学末流猖狂自恣之失，提倡有规范、重仪制，故对于“礼”做了独特发挥。他的哲学宗旨“知性”同时就是“明礼”。
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“礼”本是礼仪、礼节及社会等级名分借以表示的外在方面。儒家《礼记》一书，就是对于各种礼如冠婚丧祭等的解释与阐说。焦竑从形上学的高度对“礼”进行重新审视，把它解释成宇宙人心合规律性、合目的性这种特质，他说：
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吾人应事虽属纷纭，乃其枢纽之者却是一物。所谓随时体验云者，于纷纭中识取此一物而已。得此入手，如马有衔勒，即纵横千里，无不如意。此颜子之所谓礼也。颜子功夫只是复礼。能约于礼，则视听言动头头是道，奚繁且劳之虑焉！（《答陈景湖》，《澹园集》卷十二）
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这里，“礼”被解释成了“理”。在焦竑看来，礼是事物运作中表现出的节律、秩序。宇宙大化流行，万物各极其则而不乱，这说明宇宙运行有节律、秩序主宰其中。这种主宰并不具有人为的性质，也不是造物的安排，而是自然而然、不得不然的。这种自然而然、不得不然又是支配万物运行的所以然之理、所当然之则。所以“礼”即是“理”。不过“礼”重在秩序、节律义，“理”重在根据、本质义。孔颜之学精髓在复礼，体验者，体验此；依循者，依循此。在焦竑这里，礼不是外在仪节，而是人心本体，他说：
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礼也者，体也，天则也。是礼也，能视听、能言动，能孝悌、能贤贤，能事君、能交友，可以为尧舜，可以通天地，可以育万物。人人具足，人人浑成。所谓与天地万物为一体者，乃其体自如是，非强与之一也。盖孔颜之学只是礼之为体认得精。认得既精，则真礼在我，一有非礼之礼自无所容留参杂其间。（《答友人问》，《澹园集》卷十二）
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在焦竑这里，礼由于具有事物固有的节律、秩序之意，所以它是本体、天则。这个本体、天则同时又是人的道德理性，它是人的视听言动以及道德活动的根据。它既是道德理性、本体，所以是人人具有的。它同时是一种万物既相同一，又各具其性，“大德敦化、小德川流”的一体万殊境界。这又与《中庸》“诚者天之道，思诚者人之道”同一了。
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因为礼是本体，所以焦竑认为礼贯一切处。儒释道三教莫不有礼。礼在儒家不是修养道德的束缚，而是它的助力。这与释家戒能生定生慧同样道理。他说：
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释之有律犹儒之有礼也。佛以六度示人，禅那特其一耳。而不知者欲以一废五，则其所谓一者可知已。何者，仁义以礼而立，无礼则仁义坏；定慧以律而持，无律则定慧丧。（《赠愚庵上人说戒序》，《澹园集》卷十七）
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释家之戒可生定生慧，儒家之礼可立仁立义。阳明后学中的猖狂自恣派，以儒士而倡无碍禅，土苴道德，蔑弃礼法。焦竑斥责此派人说：