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王廷相的气种说与他的气一则理一、气万则理万的气本论是一致的。但气种说在说明万物的差别上却比朱熹的理气说倒退了。根据朱熹的解释，理是一事物的所以然之故和所当然之则。事物的不同由于构成此物的“所以然之故”不同，这种不同在此物未形成之前就已存在了，而所当然之则，则是表现在物上的条理、法则，它在此物形成之后表现于此物之上。朱熹的格物穷理，包括穷究体现在事物上的条理、法则，也包括探究形成此事物的根据、原因。这样的探究对于事物是全面的、科学的。而气种说则只能探讨表现于事物之上的条理、法则，事物的成因则因为它的先在性、强制性、自生性而不在探究之列。这虽不是王廷相所言，却是他的学说合乎逻辑的推论。朱熹曾说，只探讨事物已成的现象是不够的，已成者是“已”辞，还要探讨事物之所以成的各种根据、条件。从这里看，王廷相的气种说在说明事物的成因上不如朱熹的理气说深刻。也正因为如此，王廷相关于格物的学说没有朱熹那样精细。虽然朱熹由于过分强调理在形成事物中的决定作用而导致理在气先、理生气等说法，但他用理的不同说明事物的不同因而强调通过格物穷理去认识、把握这种不同却比王廷相的气种说更为深刻。
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王廷相和朱熹都是具有突出理性精神的哲学家，朱熹的学说由穷究物理、洞观性理而贯通宇宙根本法则，由分殊达理一，从理一观分殊。王廷相的学说集中于阐明宇宙本原，即他的太极元气说，其他方面则不如朱熹学说广大精微。他把事物的多样性归结为气之不同，气之不同由于气种不同。这就由强调元气说而堵死了多方面探究事物成因的道路。
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王廷相在天道观上的论述有比罗钦顺深刻的地方，这主要是因为，王廷相对实证科学有浓厚的兴趣，他对天道的认识是以当时的天文学成就为根据的，这一点同罗钦顺以哲学思想为根据而对天道所作的阐述大不相同。王廷相哲学上的代表作《慎言》，首篇《道体篇》阐述他对宇宙实体、大化流行的根本观点，次篇《乾运篇》阐述他对天象运动的种种解释，如行星运行轨道，风霜雹雪之因，流星陨石之理，日食月食之象，昼夜长短之由等，中间亦有形上思辨的猜测，但大多是根据当时所具有的关于天体的知识所做的解释。这些解释有的即使现在看也是有相当科学性的。比如他解释日食月食现象说：“月食日，形体掩之也；日食月，暗虚射之也。日光正灼，积晕成蔽，故曰暗虚，观夫灯烛，上射黑焰，蔽光不照，足以知之。”（《王廷相集》第758页）又如他解释月亮中的暗影说：“月中暗黑，非地影也，质有渣滓，不受日光者耳。”（《王廷相集》第758页）解释冰雹成因说：“雹之始，雨也，感于阴气之冽，故旋转凝结以渐而大尔。”（《王廷相集》第756页）解释陨石说：“星之陨也，光气之溢也，本质未始穷也，陨而即灭也。……陨而散灭者，光气之微者也；堕而为石，感地气而凝也。”（《王廷相集》第757页）其他如取验雪花的形状，观察土蜂与果蠃的关系以解释“螟蛉之子”的含义等，表现出很强的实证科学精神。中国学术在汉代表现为极强的实证精神，此时阴阳、五行、八卦等与天文学相结合，其影响笼罩一切。整个汉代哲学，其思维方式上的特点就是具体的、实证的、直观经验性的、象数的。它在哲学上的突出表现就是纬书中的宇宙生成模式、《易经》中的卦气说、《黄帝内经》的系统论经络学说。魏晋玄学空灵的、艺术的、思辨的思维特点一反汉人的思维模式，使哲学形态别开生面。这种哲学革新的结果之一便是科学与哲学的分途。哲学不再越俎代庖扮演科学框架的角色，而还其思辨的、解释的、标示价值根源等等本来面目。它与佛教哲学的思维成果一起被宋明理学吸收。宋明理学中道家学养深厚的学者如邵雍等试图恢复实证（尽管是自假设前提推论而得，如邵雍的数的宇宙演化学说）思维方式的地位，但他们的努力终究不能挽回整个理学思辨性、诠释性的思维大势。朱熹是个科学精神极强的学者，他的格物穷理学说中有强烈的穷究具体事物实证之理的趋向，虽然他的目的最终在豁然贯通以明天理，但贯通须以具体知识的积累为基础，他的思维方式是分析的。心学的结果之一就是使程朱学说中所具有的实证科学因素返回伦理的框架中，清除其中的实证成分。从向外格物穷理转至向内明心见性。陆九渊之“先立其大”，此“大”即伦理原则。而王阳明清除实证科学因素的倾向更为明显，在他看来，科学活动是知识活动，而伦理活动是意志活动、审美活动。心的认识、意志、审美诸种功能中，意志活动是最主要的，它可以统括其他活动。王阳明的著名话头“纵格得草木来，如何反来诚得自家意”、“学者当务为急。算得此数熟，亦恐未有用，必须心中先具礼乐之本方可”（《传习录》下）,正是惟恐对实证知识的探求逸出正心诚意的道德修养终极任务的。所以王阳明对邵雍、蔡元定、朱熹等具有实证倾向的学者皆加以批评，讥之为支离。王廷相则惩心学之空疏，力图恢复真正的广义的哲学，从阳明学的较狭窄但却代表中国哲学泛伦理倾向的思想风气中返回来。他的学说受天文学影响很大，这一点与张载相似。中国哲学中的实证科学因素一直在试图打破泛伦理主义的束缚，占据它应有的地位。但这一努力的真正实现一直要到鸦片战争后中国人吃尽了科技落后的苦头，思欲革新哲学传统时，才算真正牢固地站稳了脚跟。王廷相身处明代中期理学占绝对统治地位的时期，他的科学主义因素、实证思维倾向（尽管是微弱的）是对当时理学潮流的一种反叛。这种反叛预示着实学思潮的兴起与壮大。在这个意义上，有的论者将他说成反理学的思想家。但统观王廷相的思想，特别是他的性论，我们仍然可以说，他是一个理学家。
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明代哲学史（修订版） 二 性论
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性论是王廷相哲学的重要方面。王廷相所谓“性”包括人性物性，但他着眼最多的是人性。对于性王廷相有明确的定义：
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性者，阴阳之神理，生于形气而妙乎形气者也。
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性者，言乎其生之主也。精气合而灵，不可离而二之者也。（《王廷相集》第767页）
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在王廷相眼里，性是气的作用，是宇宙间事物之所以为此物的性质和主宰。王廷相关于性的定义贯彻了他的气本论，一切性质皆以气为根据，一切性质皆不能离气而有，并且这种性质是气自然具有的，非外力强加或人给予的。这就是他所说的“阴阳之神理”。王廷相由此反对在人性论上一切离气言性的说法，他尝言：
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离气无性。气外有本然之性，诸儒拟议之过也。（《王廷相集》第814页）
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性生于气，万物皆然。宋儒只为强成孟子性善之说，故离气而论性。使性之实不明于后世，而起诸儒之纷辩，是谁之过哉？明道先生曰：“性即气，气即性，生之谓也。”又曰：“论性不论气，不备；论气不论性，不明。二之，便不是。”又曰：“恶亦不可不谓之性。”此三言者，于性极为明尽，而后之学者，梏于朱子本然、气质二性之说，而不致思，悲哉！（《王廷相集》第837页）
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在宋儒中，王廷相服膺程颢性论，因为程颢性论以气为基础，反对气外别有性。宋儒皆尊崇孟子四端之说，以为人性本善，而以此善性作为人之所以为人之理，故有“性即理”之说。王廷相多次指出，孟子性善论并不废性恶论。孟子说性善，是就人善的方面说，而人的不善的方面并非不存在。孟子说人皆有四端之心，就是从善的方面说，孟子说人之口要嗜美味，目要视美色，耳要听美声，四肢要安逸，此并非不是性。孟子以此种性为人与禽兽所共有，所以单指四端之心为性善的根据。这是为了给人指出一条“反身而诚”、“尽心知性知天”的便捷的修养途径。孟子并非以人出于形气的要求为非性。孟子说“性也，有命焉，君子不谓性也”就是明证。所以王廷相指出：“是性之善与不善，人皆具之矣。宋儒乃直以性善立论，而遗其所谓不正之说，岂非惑乎？意虽尊信孟子，不知反为孟子之累。”（《王廷相集》第850页）
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王廷相认为，性中有善恶，性中善恶皆是气的作用，皆以气为基础。他说：
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余以为人物之性无非气质所为者。离气言性，则性无处所，与虚同归；离性言气，则气非生动，与死同途。是性与气相资，而有不得相离者也。但主于气质，则性必有恶，而孟子性善之说不通矣。故又强出本然之性之论，趋于形气之外而不杂，以傅会于性善之旨，使孔子之论反为下乘，可乎哉？（《王廷相集》第518页）
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王廷相将其气本论贯彻于一切处。既然性以气为基础，就不可能是仅有善而无恶的。程颐提出“性即理”之说，将人之善与宇宙根本法则会通，意在为性善论寻找天道上的根据。张载为了调和本然的人性和现实的人性的矛盾，提出“天地之性”和“气质之性”二种性。天地之性出于清通湛一的太虚，气质之性出于摩荡攻取的阴阳二气，“合虚与气，有性之名”。朱熹继承了张载天地之性、气质之性之说，但以天地之性出于理，气质之性出于气，天地之性是宇宙伦理法则在人心里的表现，气质之性是天地之性受人的气禀的影响之后的表现。现实的人或物，其天地之性为气质所遮蔽，须用存理去欲功夫，恢复天地之性。程颐、朱熹都承认有一个不基于气质的“天地之性”，虽说天地之性并不能离气质而存在，但天地之性却不来源于气。这与王廷相“性者，阳明之神理”的根本看法不同。王廷相公开表示自己在性论上与程颐、朱熹存在着矛盾：“程子以性为理，余思之累年，不相契入。”（《王廷相集》第518页）他批评他的学生薛君采笃信程颐论性之说：
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今君采之谈性也，一惟主于伊川，岂以先生之论苞罗造化，会通宇宙，凡见于言者尽合道妙，皆当守而信之，不须疑乎？（《王廷相集》第517页）
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他也批评朱熹“性即理”之说：
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朱子曰：“性者理而已矣，不可以聚散言，其聚而生，散而死者，气而已矣。若理，则初不为聚散而有无也。”由是言之，则性与气原是二物，气虽有存亡，而性之在气外者卓然自立，不以气之聚散而为存亡也。嗟乎！其不然也甚矣。（《王廷相集》第602页）
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朱子答蔡季通云：“人之有生，性与气合而已。即其已合而析言之，则性主于理而无形，气主于形而有质。”即此数言，见先生论性劈头就差。人具形气而后性出焉，今曰性与气合，是性别是一物，不从气出，人有生之后各相来附合耳，此理然乎？（《王廷相集》第851页）
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在王廷相看来，人性以气为基础，故有善有恶。所不同者，圣人形气纯粹，所以圣人之性无不善，众人形气驳杂，所以其性多不善。但亦非全无善。人之善不是出于理，而是出于气。绝无在气外之性。
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王廷相对性之动静中和亦有辩论。他反对《中庸》所谓“喜怒哀乐未发谓之中，发而皆中节谓之和”，更反对朱熹对于中和的解释。朱熹认为未发是性，是静；已发是情，是动。修养功夫在未发时涵养，已发时省察。动静皆主敬。王廷相认为，未发之中，只有少数圣人能达到，大多数人则难以企及，他说：
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夫中者，无过不及之谓也。惟圣人履道达顺，允执厥中，涵养精一。是以此心未发之时，一中自如，及其应事，无不中节矣。其余贤不肖、智愚，非太过则不及。虽积学累业，尚不能一有所得于中，安得先此未发而能中乎？（《王廷相集》第520页）
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王廷相指出，《中庸》及朱熹性论之误，在于气质之上，另寻本然之性，作为未发之中的根据。应该在修养功夫之后求中。若不论修养功夫，不区别圣贤与庸众，以为皆有未发之中，则是不通之论。
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王廷相又批评了静善动恶之说：
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