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一本万殊是黄宗羲的根本思想，这一思想贯彻在他包括哲学史方法论在内的一切方面。这一思想受其师刘宗周影响极大。刘宗周认为宇宙间只有一气，其流而为春夏秋冬；人心亦一气，其流而为喜怒哀乐（四端，非七情）。天地一道，分而为太极阴阳、四象八卦。故总摄则为一，分析则为殊。黄宗羲取《易传》“天下百虑而一致，殊途而同归”之意概括这一思想。黄宗羲把刘宗周的思想总结为四点：一曰静存之外无动察；一曰意为心之所存，非心之所发；一曰已发未发以表里对待言，不以前后际言；一曰太极为万物之总名。此四要点从宇宙本体（太极与万物）、心之本体（心与意）、心之动静（已发与未发）、心之修养（涵养与省察）各个方面，申言一本万殊之旨：
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天者万物之总名，非与物为君也。道者万器之总名，非与器为体也。性者万形之总名，非与形为偶也。知此则道心即人心之本心，义理之性即气质之性。（《子刘子行状》，《黄宗羲全集》第一册，第252页）
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这里一本是万殊的总合而非万殊之外的东西，是两种不同的观认角度而非两种不同的存在。这一思想有一明显的义旨，即排斥二本论：天、道、性等并非在万物万形之外别为一物，而是万物万形的总合。理学的许多成对概念，如天地之性气质之性、道心人心、已发未发、涵养省察等，在黄宗羲看来皆为二本之论，皆非立于坚实的基础之上。一本论才能穷达万物的根源，杜绝种种流弊发生。就这一点说，黄宗羲继承了王阳明以良知综贯一切哲学范畴和刘宗周以气为万物根源的一本论。
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黄宗羲的“盈天地皆心”，对其一本万殊之旨提供了绝好的说明。在黄宗羲，心既可表征具体事物的总合，视宇宙为一“大心”，亦可表征具体事物，视之为“个体的心”。心既可着眼于总体，亦可着眼于部分。着眼于总体，是整体性或浑全之思，此为道（宇宙本体）、太极（宇宙根本法则）、大化流行（万物之总过程）等的胜场，可以给人高远的襟怀，洞达的器识，有凌绝顶而小众山之长。着眼于部分，是具体性或析取之思，此为理（具体事物的根据或规律）、性（具体事物的性质）等的胜场，可以给人精细的思致，切实的路向，有登堂入室、探赜寻幽的好处。心不滞于方隅，可局部，可整体，变化万方，舒卷自如。若用周敦颐的“诚神几”概念拟之，则整体思维近于神，细部思维近于几，其变化万方，舒卷自如而皆不出心的范阈为诚。故心最善言变化。要找出一词概括宇宙万象的变化不测、动静无方，观物角度的灵活，则“心”为其首选。更重要的，黄宗羲赞同王阳明、刘宗周的基本哲学主张，以心学为宗旨。他要用宋明儒者的表达方式，以一字或数字概括天地万象的性质，不得不以“心”字为标的。
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一本万殊与“盈天地皆心”的这种关系，也贯彻在黄宗羲学术史编纂的指导思想中。收入其文集的《明儒学案》序有二，改本中有一大段文字为原序所无：
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人与天地万物为一体，故穷天地万物之理，即在吾心之中。后之学者错会前贤之意，以为此理悬空于天地万物之间，吾从而穷之，不几于“义外”乎？此处一差，则万殊不能归一。夫苟功夫着到，不离此心，则万殊总为一致，学术之不同，正以见道体之无尽。奈何今之君子，必欲出于一途，剿其成说以衡量古今，稍有异同，即诋之为离经叛道，时风众势，不免为黄茅白苇之归耳。夫道犹海也，江淮河汉以至泾渭蹄，莫不昼夜曲折以趋之。其各自为水者，至于海而为一水矣。使为海若者汰然自喜，曰：“咨尔诸水，导源而来，不有缓急平险、清浊远近之殊乎？不可谓尽吾之族类也。盍各返尔故处。”如是则不待尾闾之泄，而蓬莱有清浅之患矣。今之好同恶异者，何以异是！（《明儒学案》第7页）
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这段话大有深意，其中心义旨是申论“盈天地皆心”与一本万殊之旨，而且认为两者密切关联。穷理即在人心中求，而不在天地万物上求，因为“盈天地皆心”，“人与天地万物为一体”。这里所谓理，是“天理”与物理同一之理。物理必各个不同，而投射在物理上的天理则是同一的。此理与心中本具的性理亦是同一的。他不同意求理于天地万物之间，因为此“理”字是物理而非天理。物理各个不同，万殊不能归一。所谓“功夫着到”，即以特殊的识度与眼光将所格物理转换为天理，使它成为对精神境界有助益的东西。只有心才能囊括万象而归一，只有经过心体认的，才具有既天理又物理的品格。在黄宗羲，不同的学术是人类精神的不同表现，不必也不能使之同。这个共同的人类精神，即黄宗羲所谓心。不同的学术可以满足不同的精神需要。思想家提供的精神产品，必须是用过功夫，对万殊之理有所见因而对一本之道体有所发明的。这一义旨体现在他对明代各思想家的评价中。
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明代哲学史（修订版） [:1701942587]
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明代哲学史（修订版） 三 四句教
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王阳明晚年提出“无善无恶心之体，有善有恶意之动，知善知恶是良知，为善去恶是格物”四句话概括他的讲学宗旨，世称四句教。由于阳明弟子及门有早晚，资质有利钝，所得有深浅，对四句教的解释分歧甚大。终明之世，关于四句教的争论及与此相关的本体功夫问题的讨论一直嗣不绝响。刘宗周试图对这个问题作总结，但他的主张是在改首句“无善无恶心之体”为“有善无恶心之体”的基础上的。黄宗羲在这一点上不同于刘宗周，他认为，四句教是王阳明教人定本，不用改字，只要善做解人，四句教不仅不与王阳明一贯宗旨相悖，反而正是他全部思想的忠实概括。
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黄宗羲对四句教的评论，见于《明儒学案》多处案语，其中最详尽的莫过于《姚江学案》之总评：
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天泉问答，“无善无恶心之体，有善有恶意之动，知善知恶是良知，为善去恶是格物。”今之解者曰：心体无善无恶是性，由是而发之为有善有恶之意，由是而有分别其善恶之知，由是而有为善去恶之格物。层层自内而之外，一切皆是粗机，则良知已落后着，非不虑之本然。故邓定宇以为权论也。其实无善无恶者，无善念恶念耳，非谓性无善无恶也。下句意之有善有恶，亦是有善念恶念耳。两句只完得动静二字。他日语薛侃曰：“无善无恶者理之静，有善有恶者气之动。”即此两句也。所谓知善知恶者，非意动于善恶从而分别之为知，知亦只是诚意中之好恶。好必于善，恶必于恶，孰是孰非而不容已者，虚灵不昧之性体也。为善去恶，只是率性而行，自然无善恶之夹杂。先生所谓“致吾心之良知于事事物物”也。四句本是无病，学者错会文致。彼以无善无恶言性者，谓无善无恶斯为至善。善一也，而有有善之善，有无善之善，无乃断灭性种乎？（《明儒学案》第179~180页）
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除四句教的第二句“有善有恶意之动”之外，黄宗羲对其他三句都有自己独特的解说。
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第一句“无善无恶心之体”，历来争辩最多。前人对此有两种处理方法。一种认为王阳明的意思是，心之体即性，心有善有恶，心之体—性无善无恶。无善无恶方为至善。所谓性无善无恶是说，性是形而上者，心是形而下者，形而上的东西超绝善恶之评价，无法以善恶归之。故“无善无恶心之体”为阳明教人定本。第二种认为通观阳明一贯思想，其言“良知即性”、“至善是心之本体”、“天命之性粹然至善”，不一而足，故不可径言“无善无恶心之体”，而当为阳明改一字曰“有善无恶心之体”。刘宗周的处理方法更进了一步：阳明言“心意知物只是一事”，既是一事，决不是一事皆无。故欲为阳明易一字曰：心是有善无恶之心，则意亦是有善无恶之意，知亦是有善无恶之知，物亦是有善无恶之物。刘宗周这里的改易皆从他自己的思想出发：心体至善，意非心之所发，乃心之所存，即决定后天意念的先天倾向。知是受此意决定的好善恶恶的良知，物是体现天理于其上的“事”。黄宗羲的意见是，四句教为阳明教人定本，本无疵病。他反对把性本身说成无善无恶的，他主张性体至善无恶。他认为四句教头一句“无善无恶心之体”不是说性无善无恶，而是说心中本无善念恶念，善念恶念是意（即可经验的“念头”，非刘宗周之无法经验、只可推知的“渊然有定向”之“意”），是后起者，心中本无善、恶念头，其体段为湛然虚明。阳明答薛侃“无善无恶理之静，有善有恶气之动”二句，正是这一意思的完整概括。黄宗羲在评东林史孟麟时，对四句教第一句有明白的解释：
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夫无善无恶心之体，原与性无善无不善之意不同，性以理言，理无不善，安得云无善？心以气言，气之动有善有不善，而当其藏体于寂之时，独知湛然而已，安得谓之有善有恶？……独怪阳明门下解之者曰：“无善无恶斯为至善”，亦竟以无善无恶属之于性，真索解人而不得矣。（《明儒学案》第1473页）
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这是认为性与理相关，是一个表征本质的概念，心与气相关，是一个表征样态的概念。“无善无恶心之体”一句中的心之体，不是指心的本体一性，而是“体段”之“体”，心之体段即心本来的样态，心本来的样态是无任何意念的，意念是心中发生的，是后起的，非本然的。此即阳明所谓“人心本体原是明莹无滞的，原是个未发之中”之意。《传习录》关于四句教的记录对此未作发挥，而在《年谱》及王龙溪语录中，此意甚为显豁。错会未发之寂然湛然为性中本无善，此与黄宗羲深信之孟子性善说相悖，故黄宗羲斥之为“断灭性种”。而以无善无恶指摘阳明者，实不明阳明立言之旨。
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第二句“有善有恶意之动”除刘宗周据自己对于“意”与“念”的区别而作的解释外，学者对这一句理解大致相同。但第三句“知善知恶是良知”，黄宗羲的理解大不同于前人及同时期的学者，亦背离了阳明本意。以良知为是非判断的主体，王阳明说之甚多，学者亦多按阳明这一意义脉络去理解。但黄宗羲的理解与此不同。以上理解，指意念发生之后，良知对之作判断，看意念是善的还是恶的。但这里有一问题，判断何者为是、何者为非的标准是什么？王阳明自言：“某于此良知之说，从百死千难中得来。”阳明经过百死千难的磨炼，“良知越思越精明”，良知的判断才可有高度的准确性。道德理性由于“致良知”将之推致于实践而有的多次历练，已经具有当下即是的敏锐和不容私意阑入的明察，而这种敏锐和明察又反过来加强了判断的准确性。道德理性的自然流出和道德判断对意念的汰选，这样一出一入的反复运作，使心的内涵不断扩大和充实，也使王阳明有了越来越高的境界层次。黄宗羲借用王龙溪语对王阳明晚年所得有如下描述：
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所操益熟，所得益化，时时知是知非，时时无是无非，开口即得本心，更无假借凑泊，如赤日当空而万象毕照。（《明儒学案》第181页）
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这表示他的道德理性自内而外的流出和道德判断对自外而入的意念的判断和简别已然相忘，无意于流而愈流出，无意于判断而判断自在不知不觉中发生。判准在形式上已不存在。但一般人并没有达到这样的高度，意动于善恶后，良知从而分别之，他们所依的判断标准是有问题的。黄宗羲看到了这一点，想找出一个有普遍性的、不会言人人殊的准则。这就是，他把意动于善恶从而分别之变为“诚意中之好恶”。黄宗羲认为，阳明高于一般人者，在于其“诚意”。诚意中自有对善的喜好和对恶的憎恶。其严正程度非一般人所及。在阳明，善必好，恶必恶，这是道德理性本身，不是对于具体是非的判断。故当具体道德判断不发生时，此道德理性亦迥然不昧，直从性体透入心体层面，挺然做主。这就是他说的“知亦只是诚意中之好恶，好必于善，恶必于恶，无是无非而不容已者，虚灵不昧之性体也”之意。此道德理性挺立的前提是诚意，诚意保证其好恶一出于道德理性本身。而诚意的过程，同时是知识理性锻炼的过程，二者相得益彰，共同参与具体道德判断活动。这里所谓“诚意中之好恶”更多的是一种功用，一种潜在的心理势能而非现实活动。从这里说，黄宗羲对四句教第三句的解释中体现的思想更接近刘宗周而非王阳明。他在对东林顾宪成的评语中论到四句教时也说：
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知善知恶，非意动于善恶从而分别之为知。好善恶恶，天命自然迥然不昧者，知也，即性也。阳明于此加一良字，正言性善也。（《明儒学案》第1379页）
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这里也是以由道德理性所决定的好善恶恶之本有趋向来解释“知善知恶”。此“知”字是虚说，即先天趋向意，非意念发生之后对它的实然知觉。四句教的第三句在黄宗羲这里实是“好善恶恶是良知”。
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黄宗羲对四句教第四句“为善去恶是格物”的解释却更接近王阳明后期的思想。他认为为善去恶不是存理去欲的心理行为，不是“趋善如救火，避恶如探汤”的意志趋向，也不是经过是非判断然后去改过迁善的现实行动，他对为善去恶的解释是“率性而行”。率性而行不是罗汝芳式的“顺适当下”，也不是董萝石式的“从吾所好”，而是王阳明的“致良知”，即王阳明在代表他晚年思想的著作《大学问》中所说：
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今于良知所知之善恶者，无不诚好而诚恶之，则不自欺其良知而意可诚也。然欲致其良知，岂亦影响恍惚而悬空无实之谓乎，是必实有其事矣。……今焉于其良知所知之善者，即其意之所在之物而实为之，无有乎不尽；于其良知所知之恶者，即其意之所在之物而实去之，无有乎不尽，然后物无不格，而吾良知之所知者，无有亏缺障蔽，而得以极其至矣。（《王阳明全集》第972页）
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致良知包括意志和行为，致良知有善恶判断，有据此判断而生发的现实活动，及此活动之后的心理反应（快然或自歉）。致良知概括了诚意正心致知格物各个方面。黄宗羲的意思，是要把分别的、零碎的为善去恶变为一个系列性的连续活动，把功夫连贯起来，使它成为一个在善的原则指导下的自发行为。