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陈确关于丧葬的主张是：“及时，族葬，深埋，实筑”八字。所谓及时，就是要及时殓，及时殡，及时葬，不迁延时日。应遵照古礼，三日而殡，三月而丧，停丧不能愈三月。有数十年不葬者，有数世不葬者，有数十棺不葬而终不可辨认者，皆非礼之宜。即使家贫无力者，薄葬而速犹愈于久待而欲厚葬。
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所谓族葬即合族而葬。陈确对此持之甚力。他曾作《族葬五善》盛言族葬的好处：其一，骨肉完聚；其二，不废耕地；其三，族葬按辈分排定墓穴位置，既速且不争；其四，葬师地主不能牟其利，葬家省丧葬之费；其五，所祭之人在一处，便于祭祀，不渎不烦。陈确还认为，族葬可以互通有无，族中贫无力者可免无葬地之虞。此为在丧葬事上扶危济困。陈确对诗文之类结社不甚积极，以为无益世道，惟积极参与葬社，作葬约。遇有葬事，葬社人员协同葬家办理。丧葬之费由葬社协助。据陈确“葬社启”：“葬者甚多，社事之盛，无过今日。”（《陈确集》第504页）可见收效甚大。
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深埋实筑之法，以穴深则阳寒，阳寒则死人之血肉凝而不化，并且狐兔不能穴，蚂蚁不能及，掘墓者不易为，竹木之根不易穿，地上之气候不易影响等。实筑则以石杵实捣，以防水渗漏。
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《葬书》是陈确的重要著作，其中论丧葬的性质与斥葬地择风水之非，持论皆有可取之处。表现了他以实事移风易俗的精神。他关于葬法的具体主张和遗留下来的图样，是研究民俗有价值的资料。
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陈确的著作生前没有刻印，只有少数篇章为友人所观，但他的主要哲学著作《大学辨》则广为同门所知。又因与多人往复辩论，故在刘门中引起不小的波澜。但总的说，陈确的思想在当时没有引起多大影响。他的著作中对于理气心性等当时讨论的重要问题都没有专门涉及，《大学辨》中关于大学诸问题的讨论亦较为肤浅，这在一定程度上减弱了他的思想的价值。他的价值在于敢于怀疑《大学》为圣经贤传，敢于指斥《大学》的谬误，敢于批评程颐、朱熹所作的解释这一点，与明末整个思想界的批判精神相呼应。其理欲之辨肯定人的基本物质需求的合理性，主张宽于义利之辨，反对某些过于严苛的修养方法，也表现了他的开放精神和与世俗社会生活紧密相连的特点。
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明代哲学史（修订版） 第三十章 方以智的哲学思想
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明清之际由于王学盛极而衰，一批倡导由虚返实，注重自然科学、博物等实证知识的思想家脱颖而出。他们同时研究哲学，但屏去心性及道德问题，专意于宇宙根本原理和事物的存在及运动法则的研究。但因身感明亡的苦痛，他们大多有存续、总结中国思想学术的壮心和强烈的统合儒释道三教的意图。但他们的哲学中又往往有一种捉摸不定、不知身家何处的悲凉感。方以智就是这些思想家中最突出的一个。
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方以智（1611—1671）字密之，号曼公，明亡后变姓名为吴石公，出家后名无可，号五老、药地、墨历、极丸等，安徽桐城人。青年时游学江浙，结交当时名士，为复社领袖之一，参加了驱逐阉党阮大铖的活动。三十岁中进士，授翰林院检讨。李自成军入北京，欲留用，他以死相拒，相机逃出，投奔南明弘光朝。为阮大铖所不容，于是南奔广州，卖药市中。后投奔肇庆桂王永历政权，擢为左中允，东阁大学士。为王坤所劾，挂冠隐居梧州，在仙回为清兵所捉，胁迫为官，威逼利诱皆不能屈，于是听凭他去悟州云盖寺出家。三年后在南京高座寺正式受戒，并在此闭关三年。回故乡服父丧，服阕后云游江西，入青原山净居寺。后为清兵所获，在押解赴岭南途中，病死于舟中。
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方以智有深厚的家学渊源，曾祖、祖父、父亲及三个儿子都是著名学者。他幼年聪慧，“年十五，群经史子略能背诵”。喜博物之学，“凡天人、礼乐、律数、声音、文字、书画、医药，下逮琴剑、技勇，无不究其旨趣，著书数十万言”。有《通雅》、《物理小识》等著作。晚年潜心哲学，著有《东西均》、《药地炮庄》、《易余》、《性故》、《一贯问答》、《愚者禅师语录》等，学识为黄宗羲、王夫之所敬畏。
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明代哲学史（修订版） 一 学术渊源
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方以智是个有着强烈的实证倾向的哲学家，他与以心性为学说中心的理学家很不同，与继承传统气本论、有鲜明的实学色彩的王廷相也不同。他的思想可以分为二个阶段，甲申（1644）国变前以研究各种具体知识特别是自然知识为主，在具体知识中概括出、抽引出哲学道理。下学上达兼致，质测通几并举。国变后经过颠沛流离的生活，特别是晚年出家之后，则倾全力于哲学研究。
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方以智早年的学术旨趣很大程度上得于家学。他的曾祖父方学渐曾师事耿定向之弟耿定理，为学崇实，其著作《庸言》即以“崇实”为篇名，其中说：“凡有始者，必有所为始始也者，故虚之不能不实，造化之不能不实而虚也。”注重考究事物的实际根据。这一点与方以智后来特别注重对事物之所以然的研究很有关系。方以智晚年的重要著作《东西均》就以“所以”为篇名。祖父方大镇著有《易意》，象数义理兼取，而归结于道德义理的阐发。父亲方孔炤于易学尤精，著有《周易时论》，特别注重象数，注重掘发《周易》中包含的一般哲学理论。方孔炤以太极为《周易》的最高范畴，同时以太极为宇宙本原。太极表现为有极与无极，有极即有形的万物，无极即未始有形而只有抽象之理时。太极贯有极无极，它自身不落有无。方孔炤的思想充满思辨色彩，不为具体物理所限。方以智晚年对《周易时论》原稿加以编排整理，在各章节中加了按语和解说，名《周易时论合编》并为全书作跋。
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方以智在哲学方面主要受家传易学的影响，他的博物学则受惠于王宣。王宣（号虚舟）是方孔炤为方以智选定的老师，亦擅长易学，常与方氏诸人研讨易理，亦精物理，著有《物理所》。方以智曾说：“智年十七八即闻先生绪论，旷观千世，间引人闻道，深者征之象数，其所杂著多言物理。是时先生七十，益深于河洛，扬（雄）京（房）关（朗）邵（雍）无能出其宗者。”（《虚舟先生传》，《浮山集·文集后编》）方以智自言他的《物理小识》即因《物理所》而增广之。方以智的实证思维方法多得自王宣。
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方以智对明代后期耶稣会士传入的西学也甚为喜好，他读过数十种传教士写的或译的西学书，内容涉及数学、天文、地理、医学、机械、水利等方面。他不喜好关于天主教义的书籍。这使他喜好博物、喜好研究物理的倾向得到充分发展，但也使他同中国典籍相比，得出“泰西学入，详于质测而拙于言通几”的看法。
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方以智的外祖父吴应宾（字观我，号宗一）对他也有较大影响。吴应宾精于佛学，以佛理解儒道经典，主张三教合一。著有《宗一圣论》，主“中理旁通，宗一三圆”。认为儒释道三教为同一精神的不同表现，故自号宗一。吴应宾的“三教合一”和“宗一三圆”对方以智有较大影响。
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综合起来，方以智的思想最主要的是三个方面，一是思辨哲学，受家传易学的影响；一是博物之学，受其师王宣影响；一是三教会通，受吴应宾影响。这三个方面在方以智青年时即植根。他早年为一贵公子，怒马轻裘，诗酒自娱，雅好博物。明清鼎革后，踉跄乱离中，对人生世事感悟渐深，这时以纯哲学的兴趣为多，但仍不忘情博物之学。出家之后广读佛书，以佛学统贯早年所得，烹炮于一鼎，三教义理，熔铸为一。从方以智身上可以清楚地看出时代影响和学术基础怎样互相作用，结出特定时代的思想果实。
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在中国典籍中，对方以智影响最大的是《周易》和《庄子》。理学宗主朱熹的思辨倾向和实证精神二者的结合，宋易中象数学宗主邵雍的太极演化为万有、万有既有象的表现又有数的规定的思想，对方以智也有一定影响。在佛家典籍中，天台宗的一心三观、三谛圆融，华严宗的一多相融最后归于一心诸说，对方以智也有相当大的影响。方以智不喜性理之学，《论语》、《孟子》这些对理学家影响极大的书，在方以智这里不占特别重要的位置。当然他的行为规范和道德准则不可能不受当时笼罩一切的理学道德信条的影响，但就构成他思想的主要因素说，易学、庄子、佛教最为重要。代表他晚年思想归趣和思辨水平的最重要的著作《东西均》，其思想架构的广大浑全，其行文的恢诡谲怪及随说随扫不执一法，都显示出所受庄子和佛学的影响。他一生都在实践着他早年就确定了的“坐集千古之智而折衷于其间”，将各种知识烹炮于一炉的志愿。
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明代哲学史（修订版） 二 质测与通几
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方以智对博物之学和哲学都有浓厚的兴趣。他不同于当时的理学家。理学家虽不排斥对具体事物的研习，但理学家研习具体事物是为了知体现在物理上的天理。知物理与知天理是手段和目的、媒介和归宿的关系，这种关系服从于理学家修身的需要。而方以智则要在具体物理上概括出哲学根本道理，这个道理不单单是对于宇宙法则的一种伦理体认，而是直认宇宙法则本身。方以智一开始就对杂多的具体事物之理、社会政治方面的治教之理和事物中体现的一般哲学道理作了区分，他说：
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