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他的着眼点在万物的节律、相状、性质和规律，它们既是各个不同的，又有共同点、一般原理，而这些都可以实证地加以考察。学者应该以静定的心态，对事物的这些方面加以个别的、会通的、对比的研究。这一方法贯彻于他早期的一切学术活动中，他儿子方中通记述他编著《物理小识》的方法说：“每有所闻，分条别记，如《山海经》，《白泽图》，张华、李石《博物志》，葛洪《抱朴子》，《本草》，采摭众言，或无征，或试之不验。此贵质测，征其确然者耳。”（《物理小识·编录缘起》）这是方以智早期学术方法的实录。
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应该说，方以智这些思想方法作为探求实证知识的步骤来说是相当精当的，他以此为纲领对许多具体事物的说明也是正确而深刻的。但他对理学家的批评却是片面的，因为理学家对事物的探求方法和目的都与遵循实证路向的哲学家不同。理学不是一种实证的学问，它是人文的、解释的。它重在境界及识度的高明而不在具体知识的精当与丰富，它的目的在于给人精神上的享受而非实际的知识。具体事物的道理只是理学家认识天理、提高精神境界的媒介和工具。理学是不同于实证哲学的另一种哲学形态。在实证的哲学家看来，理学家的论证和方法多笼统漫汗之处，肤廓而不着边际。而在理学家看来，实证哲学家见物不见人，拘拘于实证之理而不能至高明旷达之域。方以智早期实证哲学的倾向很明显，他继承家学中的象数学传统，采撷西学中的自然知识方法论，构成了他思想中实证的一面。这一面在他是很强固的，几乎影响到他的一生。即使晚年他吸收庄子和佛学而成的境界哲学占了主导的方面，他的实证的这一面仍有表现。比如，终其一生，他对理学家持批评态度，这一点与顾炎武对理学家的批评有相同的时代内涵。
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明代哲学史（修订版） 三 气与火、太极与心
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受实证方法和境界论两个方面的影响，方以智的本体论可以分成两个层面，一个是何为构成宇宙万物的物质实体，一个是如何在更广阔的层面解释和看待宇宙万物。在早期思想中，方以智以气为物质实体，而在中晚期特别是出家之后吸纳了其他思想，从宇宙终极处表述他对万物的看法时，他又以太极为宇宙的本体。
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1.气与火 天地间的一切存在，方以智认为都可以归结为物，他提出“盈天地间皆物”的命题，这是他的实证哲学的前提，他说：
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盈天地间皆物也，人受其中以生，生寓于身，身寓于世，所见所用，无非事也，事一物也。圣人制器利用以安其生，因表里以治其心。器固物也，心亦物也。深而言性命，性命一物也；通观天地，天地一物也。（《物理小识·自序》）
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事是物，器是物，心是物，性命亦是物，总而言之，天地间的一切存在皆是物。这里的“心亦物”、“性命一物”重在说明，作为人的思想器官的心是实在之物，性命所表示的人的存在和境遇也是实在之物，精神性的存在的最后依托是物，世间存在的一切皆可以考索其迹象，形容其状态。在方以智的眼里，一切都是有形质根据的。
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方以智对于物的形质的考察，继承了中国古代的气本论，把气作为物的实体，他说：
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一切物，皆气所为也。空皆气所实也。（《物理小识·气论》）
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质皆气也，征其端几，不离象数。（《物理小识·象数理气征几论》）
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虚固是气，实形亦气所凝成者。直是一气而两行交济耳。（《物理小识·四行五行说》）
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他认为不仅物的形质是气，即光声也是气，他说：
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气凝为形，蕴发为光，窍激为声，皆气也。而未凝、未发、未激之气尚多，故概举气形光声为四几焉。（《物理小识·四行五行说》）
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气是一切有形之物的本体，气凝结为有形体之物，有形之物蕴聚能量而发光，造成虚空之处而发声。光声皆气所成。气形光声是事物的四种形态，也是认识事物的四个入路。严格说来，气形光声之气与作为万物实体的气是不同的。作为实体的气是一种表示物的构成者所用的抽象符号,它实际上是没有名称的，说它是气是“强名之”。而气形光声之“气”是一种具体物，不过是一种不可见的物。由于是具体物，它才有所谓端几,即可以认识的细微表现。实体之气是没有表现的可能的，它只是一种形式上的、推论出的存有。但在中国传统哲学中，这两种“气”是不加区别的。方以智也没有区别作为万物实体的气和细微不可见的空气这种气，他在《物理小识·气论》中作为万物本体描述的，就是“空气”。他引他父亲对于气的描述说：
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世唯执形以为见，而气则微矣。然冬呵出口，其气如烟；人立日中，头上蒸歊，影腾在地；考钟伐鼓，窗棂之纸皆动。则气之为质，固可见也。充一切虚，贯一切实，更何疑焉！（《物理小识·气论》）
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方孔炤所说的气，也是指不可见的空气，而非表示物质构成的抽象符号的“气”。方以智一切皆气所为的思想，继承了他父亲的说法。方以智还说：
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气行于天曰五运，产于地曰五材；七曜列星，其精在天，其散在地。故为山为川，为鳞羽毛介草木之物，声色臭味，别其端几。（《物理小识·总论》）
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就是说，天地间一切物皆气构成，精粹者为列曜之星，粗笨者为山川动植。所有有内在属性和外部表现的，皆气所为。气是永恒存在，不生不灭的。所以他说：“考其实际，天地间及有形者皆坏，惟气不坏。”（《东西均·所以》）可以说，方以智所谓气，实际上是物的一种具体形态。
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由于方以智是在实证原则的指导下把气这一物质形态作为万物的本原，所以他也可以用另一种物质形态火来作为万物的本原。这在方以智并不矛盾，因为光和火是气的不同表现形态。为了更形象地说明万物的本原所具有的动能和本原在形成万物中发生作用的机制，他用火来代替气作万物的本原。在他这里，火就是气，火具有动能，具有不息的生命力，并且可以由其内部矛盾着的两个方面不断被打破和重新建立平衡来表现其动源和均衡。气着重表示物的构成基元，火着重表示物的动能和攻取生克这些构成因素。这一点实际上也是继承了他的家学，他的祖父方大镇就曾指出：“满空皆火，物物之生机皆火也。火具生物、化物、照物之用。”（《药地炮庄·养生主》引）他的父亲方孔炤也说：“两间之光,皆太阳之火也。”（《物理小识》卷一引）他还引元代医学家朱震亨的观点：“天恒动，人生亦恒动，则火之为也。”（《物理小识·火》）方以智引用这些话的目的，在于论证火是五行中最重要的，天地间的一切运动都以火为根据。这实际是把火的能动的、能改变其他物质的性质加于气之上。也可以说，在方以智这里，气只是构成物的基元，而现实的物是处在形质这一层面，形质则以五行为构成物，而五行中火最重要。方以智有《五行尊火为宗说》论证他的这一观点：
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世人但知火能生土，不知火能生金、生水、生木。盖金非火不能生成，水非火不能升降，木非火不能发荣。……今之土中石中金中海中树中，敲之击之钻之，无不有火出焉。则此火能藏神于万物，而又能生物也。（《周易时论合编·图象几表》）
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这里着重的是火能改变他物、火本身蓄有势能而蕴发为他种物质的性质。方以智也用“火”在人体中的作用来论证火的普遍性：“五行尊火，动静归风，人身以动物载静理，故以火为生死。病人者火也，所以生者即火也。”（《周易时论合编·图象几表·人身呼吸合天地卦气说》）人无一息不动，动灭则死，火为动源，故以火为生之所以然。病即火与其他四行失去平衡。所以他又说：“阳统阴阳，火运水火也，生以火，死以火，病生于火，而养身者亦此火。水火交济，主之者心。火无体而因物为体，人心亦然。”（《物理小识·火》）这里“火运水火”之火，“火无体”之火，指质的动能和生机。动能和生机要靠具体的水火发生作用，而这种动能也有驾驭、驱动具体火水的作用。这一说法吸取了朱震亨医学上表示主从、阴阳的概念“君火”、“相火”。朱震亨说：“太极、动静、阴阳而生五行，各一其性，惟火有二：曰君火，人火也；相火，天火也。火，内阴外阳而主动者也。”（《物理小识·火》）所谓君火，指人身具有的生机和动能，故曰人火。相火指人身体之外的各种物质因素，“内阴外阳而主动”指火的内虚外热而有动势这一性质。方以智发挥朱震亨的说法，提出：“明乎满空皆火，君相道合者，生死性命之故，又孰得而欺之？”（《物理小识·火》）这是说，世间一切物皆在运动中，运动有内因有外因，有主因有附因，所谓“君相道合”。事物内部的动能和外部的各种物质因素二个方面的配合谐调是一切事物存在的根据。人的生命活动如此，万物莫不皆然。火不能绝，亦不得纵，贵在谐调平衡。
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方以智论火和气，是在二个层次上：火以质言，气以构成物质的基元言，二者并不矛盾。但综观方以智的整个思想，他更重视的是火，因为火解释了运动的原因、内与外、天与人、主与从的关系。这是他的学说的重点。五行尊火的思想虽然不是他首创，但他借前人的思想成果对事物的动能及内外、天人、主从关系的说明却是有见地的。更重要的是，他突破了一般哲学家以气为万物本原而不肯向更深的层次钻研的弱点，从原素和原素发生作用的性质和方式二个层面寻求对事物的解释。这说明他更重视实证地探究事物的性质和形态而不仅仅思辨地泛论事物的本原。作为一个重视实证的哲学家，他对事物的探究已经从物的构成基元向物的结构和性质的层面延伸，尽管这种探究和说明还是很肤浅的。
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2.太极 方以智既是个象数学家，又是个本体论哲学家，他既在气与质这个层面探讨万物的构成和性质，又在万物与人的关系这个层面追索万物存在的根据、所以然。这个所以然，方以智认为是太极。他对太极作过这样的描述：
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