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古今以智相积，而我生其后，考古所以决今，然不可泥古也。……生今之世，承诸圣之表章，经群英之辩难，我得以坐集千古之智，折中其间，岂不幸乎！（《通雅》卷首一）
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知识是世代探索、积累的，后人实际上都是折中者。方以智个性中对知性活动的喜好，使他对集前人的知识而重新加以衡定充满了自信。这一点是贯穿终身的。他强调须积累而后贯通，贯通靠识度之高明，见解之融通。但具体知识的积累须精密。他非常赞赏明末大儒黄道周的一句话：“吾家物事，切忌笼统，混帐不得。”（《东西均·象数》）这种对积累和贯通的见解使他不契禅宗屏除渐进积累、直下顿悟的学风，即使晚年在禅宗圣地青原山依然如此。他多次对禅宗提出批评，以宗悟为“鬼话”，贬斥那些不学经典、没有知识、专守一个悟字、除此别无伎俩的禅客。他赞成在广泛积累、融会贯通基础上的悟，他说：
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讵知后世之门庭张网者，偶窃一知半见，谓入悟门，便住门限上，登曲录床，此生不可复下。习便遮遣，偏畏多闻，三学十支，挥斥禁绝。一语及学，则（颧骨）为之赤；稍涉质核，曰：“落教家也，罣义路矣。”何况通三教，收一切法乎？（《东西均·道艺》）
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门庭张网者，以一家自限，拘守门户，无往来游学增广见闻。住门限上、登曲录床，谓执著一偏之见，抱残守缺终生。习便遮遣者，习熟于否定法，以一空字抹去积年苦求所得。此类僧人以渐修为大忌，不可语学。吐纳儒释道三教，收摄教门宗门一切法而融会贯通者，何能梦见！方以智的志愿是，集古今中外一切知识，从中提炼出某种识度，然后据这种识度对一切现象进行重新判释。这就是他所谓“且劈古今薪，冷灶自烧煮”所表达的意思。
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明代哲学史（修订版） [:1701942601]
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明代哲学史（修订版） 四 一与二与三
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从以上的论述可以看出，方以智既是一个知识渊博的学问家，也是一个哲学家。他的哲学是中国传统的辩证思维和实证思维的混合物。他的思维方式中，实证和思辨并重，呈现出思想纵横恣肆、知识底蕴深厚、思辨的广大与实证的精微相结合的特点。他的哲学体系，以一二三、交轮几、统泯随为中心，以随说随归、不落一地为归结。
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1.“二” 方以智曾说：“一与二为三，此教父也。”（《东西均·三征》）意为，一、二与三的关系，是他的哲学的核心，他的其他命题无不可归到这三者中来，无不是对这三者的不同侧面的阐发。方以智哲学中一二三都是重要范畴，一指对立双方的统一。二是统一中的二个对立面，矛盾着的两方。三指超越此对立面的矛盾统一，在更高的层面上与之形成新的对立的绝对体。在方以智眼中，一切皆可视作对待之物，一切事物皆以相对待的形式存在，他说：
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一不可量，量则言二。曰有曰无，两端是也。虚实也，动静也，阴阳也，形气也，道器也，昼夜也，幽明也，生死也，尽天地古今皆二也。（《东西均·三征》）
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这是说，统一体是不可量度的；可以量度，可以用感官感知的，皆是对立之物；两间无无对立者。他在《东西均》的《反因》篇中也说：
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昼夜、水火、生死、男女、生克、刚柔、清浊、明暗、虚实、有无、形气、道器、真妄、顺逆、安危、劳逸、剥复、震艮、损益、博约之类，无非两端。
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这些互相反对的范畴包括了自然现象、人的生理心理现象、社会人文现象等，包容十分广泛。方以智认为事物的又对立又统一的性质是世间根本的道理，对立统一是事物本身具有的，他说：
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吾尝言天地间之至理，凡相因者皆极相反。何其颠倒古今而臆说乎？此非我之臆，天地之臆也。（《东西均·反因》）
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这里方以智提出了一个深刻的哲学命题：凡相因者皆极相反。因指根据，相反相因，指以与自己相反的东西为存在的根据。相因者皆相反，互为根据的双方必是异质的，对立的，如生死、男女、刚柔等。这是现实存在的实际情况，不是哲学家的向壁虚造。相反相因可用一与二、奇与偶来表示，这就是：“千万尽于奇偶，而对待圆于流行。夫对待者即相反者也。”（《东西均·反因》）天地间皆相反之物，而相反者必相因。相因相反者在运动中必圆通为一。方以智认为，这个道理虽极平常，但溺于耳目闻见而无形上思考的人则看不见，因此需要打破实证的局限，进入哲学的慧境，这就是他所谓“开顶门背面之目”，也就是他的“扩信”所要达到的目的。“扩信”者，破旧有结论，开睿识新见，除耳目之障，信难信之至理。他的扩信秘诀是：“小中见大，大中见小，虚中见实，实中见虚，长中见短，短中见长，此中见彼，彼中见此。”（《东西均·扩信》）也就是，世界上的事物，必在相反相因的关系中存在，必在相对待中才能显出，才有意义。相反者相因是一切物的存在形式，所以方以智用以展开他的哲学讨论的，也是这样成对的范畴，如奇与庸、全与偏、神与迹、道与艺、张与弛、象与数、疑与信、源与流、消与息等。这些互相对待的范畴构成了方以智哲学的各个侧面，其核心观念是相反相因。
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方以智的相反相因是存在着层次的，就是说，对待着的两方各包含对待，如天地为一个对待，天地中各有阴阳，阴与阳中又各有对待，如此层层无尽。方以智说：“两端之中，又有两端。”（《一贯问答》）这和王安石“物有奇偶，耦之中又有耦”的思想是一致的。而在一个对待中，对待之两端所起的作用不同，二者不是均衡的，而是有主次、轻重的区别。方以智说：“衍古太极者，始皆阳而无阴，阳之所不足处，则为阴，盖主阳也。”（《东西均·公符》）意为，太极最初只有阳，而阳所不足的，就是阴。在这二者中，阳是主动者，阴是补足者。他还说：
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其先阴者，阳藏阴中，阴拱含阳，由静而动，破阴而出。所谓奇冲偶为参两，天贯地中而周乎地外者也。当阴含阳之时，亦重阳也；当阳冲阴而包之之时，亦重阳也。自此对待相交而生生不已，皆阳统阴。犹天统地，夫统妻，君统臣也。（《东西均·公符》）
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这是说，阳的活动总是最先的，即使是阴处于显、阳处于隐之时。此时阳藏于阴中，支配着、统御着阴的活动。而当阳由隐变为显时，便冲破阴的包围，明显地与阴处于相对待之中。此时阳以阴为它的补充者而宰驭之、包笼之，犹天贯地中而同时包围着地。所以，阳始终处于主导的、统领的地位，故时时重阳。这是宇宙的法则。方以智说：
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由此论之，于变易无定之权，而有一定不易之权，则此天统地，阳统阴，夫统妻，君统臣，体统用，善统恶之权也。……重体贱用，而无不用之体；重阳贱阴，而必用阴。（《东西均·颠倒》）
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就是说，天地间之物皆无时不变，不时不动，但主阳主动乃永恒的法则。重体贱用，重阳贱阴，才能使体、使阳始终处于主导地位，它的作用也才能充分发挥。而体和阳的作用的发挥过程，就是带动、提携用和阴的过程。这一思想或有取于魏晋玄学家王弼。王弼有“崇本息末”和“崇本举末”两个方面，从充分发挥本的作用说，须息末方能崇本，而从本末体用相须相济共同发生作用说，崇本必能举末。故崇本息末正所以崇本举末。
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阴在阴阳对立统一体中的作用是补充，是辅助。方以智说：“阴者，阳之臣，阳之余，阳之用也。”（《东西均·颠倒》）这一思想与宋代著名道士陈抟的易学暗合。方以智说：“希夷尝曰：‘阴者阳之余。’凡贞悔卦皆曰：‘坤者乾之余，蒙者屯之余。’以此知恶者善之余也。”（《东西均·公符》）即在卦义或卦象既对立又统一的两个卦中，必有一个处于主导地位，另一个则起补充、辅助的作用。处于主导地位的必是表示能生、能动、积极意义的，如乾（健）、屯（生）、善等。方以智把这一原理用于观察往古的道德生活，认为从古到今皆是一“主善”的局面。他说：
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圣人尊阳尊善，故一以阳为主。（《东西均·颠倒》）
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名教因之，以中道立邪正之大防而主于劝善。故伯夷盗跖等死而右伯夷，学问利禄等累而褒学问，末世皆乡愿盗跖而宁容乡愿，以诈者善也。究竟为善即有恶，有真即有伪。（《东西均·公符》）
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实际上善是相对于恶言，真是相对于伪言，两者是一个统一体中的两个方面。但方以智认为，无论主善还是善恶平等，皆以俗世的眼光立论，犹落第二义。第一义则无善恶可言，所谓“混沌视之，三教皆刍狗也”（《东西均·公符》）。
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