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在学理方面，他们对伦理学了解最深，但因他们没有任何辩证法则，所以无论是讲或写的时候，都不按科学方法，而是想直觉能力之所及，毫无条理可言，提出一些格言和论述。（《利玛窦全集》第一册，第23页）
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这是一个在中国居留二十多年的外国人的看法，应该说，这个看法大体是准确的。一个具有异质文化背景和学术素养的人更有准确的目光，更少先入之见。中国在汉代之后，科学和人文分河饮水，文学和艺术在整个思想学术中地位逐渐提高，由此形成了重文辞轻逻辑，重新奇轻沉拙，重形式的华美轻理性的正确的风习。美学理论上的重气韵生动，轻实物摹写，思想方法上的重体验、轻思维等等倾向的推波助澜，使中国人整体上具有诗的、艺术的气质。细密的分析，精确的摹画，对整体各部分之间数量关系的考求的缺乏，都使中国人容易陷于笼统、虚浮等思维弊病。受过西方思想和学术训练的人对这一点感受特别强烈。他们大声呼吁改变这种性格气质和思想倾向。这一点在清末以来具有西学背景的人身上看得很清楚。比如胡适对乾嘉之学的表彰意即在此。徐光启、李之藻等人的卓越之处在于他们发现了艺术的、诗意的思维倾向对发展科学和实证性学术不利。从较为实证的观点看，中国人特别是文人处处皆躁心人、粗心人、满心人。尽管西方人已经开始反省他们自己的文化传统中工具理性过分膨胀，价值理性遭到贬抑而引发的社会弊端，但对一向缺乏实证分析的中国人来说，拒绝对西方人思想方法的接受尚为时过早。
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与徐光启同时的李之藻、李天经等重视实证科学的思想家也力图推广西方学术思想中所表现的思维优点，李之藻在为《同文算指》所写的序言中说道：
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数于艺犹土于五行，无处不寓。耳目所接，已然之迹，非数莫纪。闻见所不及，六合而外，千万世而前而后，必然之验，非数莫然。已然必然，乘除损益，谲诡莫掩，颛业莫可诳也。（《天学初函》第2782页）
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就是说，数学是具有最高普遍性的科学，数量的规定性是任何已经存在的事物和将要存在的事物的必然属性。已有的可凭感官把握的事物可由测定其数量关系来描摹它的存在与运动，已存在而尚不为感官所及的事物可由它与其他事物的数量关系推知，潜在的、尚未实现的事物可由它的性质推断它的数量关系。任何事物都无逃于数量性存在，任何虚假的东西在数量的尺度面前都会原形毕露。李之藻也批评当时由科举引领的重经史、轻科学的风习，并呼吁对西方传入的学术采取兼收并蓄的态度，以发展中国的科学事业，带来民生之利，他说：
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其在于今，士占一经，耻握纵横之算；才高七步，不娴律度之宗。无论河渠历象，显忒其方；寻思吏治民生，阴受其蔽。吁！可慨已。……若乃圣明在宥，遐方文献何嫌并蓄兼收，以昭九译同文之盛！矧其裨实学，前民用如斯者。（《同文算指序》，《天学初函》第2782页）
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李之藻这里非常沉痛地指出，吏治民生之不竞，很大程度上由于数学这种“百学之宗”不发达。数学的不发达，影响了许多实用学科如农田水利、天文历象的发展。接受西方传入的学术，对中国的学术发展和民生日用有益。
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李之藻和当时的一些士大夫认为，中国人可以接受西方学术的一个根据是，天地间的事物有同一的法则，人的理性具有相同的功用和规则。传教士可以学会中国的河洛象数，中国人也可以学会传教士传入的几何学、逻辑学等。李之藻说：
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西方远人安所窥龙马龟畴之秘、隶首商高之业，而十九符其用，书数共其宗，精之入委微，高之出意表。民亦心同理同，天地之然之数同欤！（《同文算指序》，《天学初函》第2783页）
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当时的名士孔贞时也有大致相同的意见：
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世固有奇文妙理发于咫闻之外者，第吾人罣涉方内，安睹所谓奇人而称之？予于西泰书，初习之奇，及进而求之，乃知天地间预有此理，西士发之，东士睹之，非西士之新奇而吾东士之未尝究心也。（《天问略小序》，《天学初函》第2622页）
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就当时人对西方文化的理解来说，李之藻和孔贞时的说法是卓越的，他们的思想中实有“科学无国界”的因素，天地间相同的事物具有相同的理则，东人西人具有相同的理性。这正好证明了人们可以研究异质文化的任何东西，也可以大胆汲取不同民族、不同人种的科学研究成果。
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当一般民众尚在注意传教士的虬髯隆准，尚在询问传教士的圣像和十字架的寓意时，一些目光敏锐的科学家已经把注意力转向西方人认识物理的方法。李之藻等人的特殊之处在于，他们除重视西方已取得的科学成果之外，还特别重视西方人的科学成果赖以成立的思想基础。徐光启注意的是几何学，李之藻注意的是逻辑学。徐光启对几何学的基础作用有一极好的说明：
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昔人云：“鸳鸯绣出从君看，不把金针度与人。”吾辈言几何之学，正与此异。因反其语曰：“金针度去从君用，未把鸳鸯绣于人。”若此书者，又非止金针度与而已，直是教人开丱冶铁，抽线造针；又是教人植桑饲蚕，湅丝染缕。有能此者，其绣出鸳鸯，直是等闲细事。然则何故不与绣出鸳鸯？曰：能造金针者能绣鸳鸯，方便得鸳鸯者谁肯造金针？又恐不解造金针者，菟丝棘刺，聊且作鸳鸯也！其要欲使人真能绣鸳鸯而已。（《几何原本杂议》，《徐光启集》第78页）
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“鸳鸯绣出”喻具体技艺，“金针”喻获得技艺的方法基础。几何学就是绣出鸳鸯的金针：“能精此书者，无一事不可精；好学此书者，无一事不可学。”（《徐光启集》第76页）它不但能给人实用利益，而且能给人根本科学方法。徐光启译《几何原本》的目的就是教人掌握这一科学方法，“执一以用万”。它较一般拿来主义又高出一层：不要拿来具体技艺，而要学习和培养指导具体技艺的思想方法。并且要在将科学方法贯彻到实用技艺的过程中，既握得金针，又自绣鸳鸯，收体用兼赅本末一如之效。此意可谓深远。
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精于历算并同是天主教中人的李天经对逻辑学的作用也有同样的看法。他在为传教士傅泛际和李之藻合译的《名理探》所作的序中说：
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研理者，非设法推之论之，能不为谬误所复乎？推论之法，名理探是也。舍名理探而别为推论，以求真实，免谬误，必不可得。是以古人比名理探于太阳焉。太阳传其光于月星，诸曜赖以生明。名理探在众学中，亦施其光照，令无舛迷，众学赖之以归真实。此为用固不重且大哉？（《名理探》第4页）
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逻辑学是研究思维形式的科学，符合逻辑规则是正确思维的保证。逻辑以概念、判断、推理（李天经谓之“一直二断三推”）的方法和规则为主要研究对象。而概念、判断、推理是研究任何科学都要涉及的基本思维要素。从这个意义说，逻辑学好比月星赖以得其光的太阳，逻辑之光照彻思维之路，它也可说是“众学之祖”。
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李之藻之子李次虨则在《名理探》又序中阐述了逻辑学的特点和作为诸学科基础所具有的重要作用：
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《寰有铨》详论四行天体诸义，皆有形声可晰；其于中西文言，稍易融会，故特先之以畅其所以欲吐。而此则推论名理，迪人开通明悟，洞彻是非虚实，然后因性以达夫超性。凡人从事诸学诸艺，必梯是为嗃矢，以启其倪，斯命之曰名理探云。（《名理探》第5~6页）
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他认为，逻辑学和各门具体学科不同。逻辑学是研究思想形式本身的规律的学科，它的目的是使思想通彻明敏，洞察思想形式本身出现的纰漏。逻辑把研究对象从具体事物转到无形无象的领域，由具体思维到纯概念思维，它可以训练人由具体的格物穷理提升到形上思辨的能力。
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以上诸人对几何学、逻辑学的认识在他们那个时代是非常卓越的，他们为其他具体科学的译介和传入做好了思想方法的准备。特别是《几何原本》，它的译介对以辞章艺能相尚相高，以形象思维、直觉思维为特点、为主流的中国文人，具有振聋发聩和补偏救弊的作用。就徐光启本人说，《几何原本》奠定的思想方法，是他注重实地调查、注重推步测算，甚至重视火器、训练新军的基础。这些方面与他富国强兵的志向、对国计民生的关注共同构筑了他一生的伟业。
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需要指出的是，利玛窦等传教士到中国来的目的并不是向中国人传播西方科学技术，他们的目的是传布福音，使更多的人皈依天主教。科学技术是他们叩开中国大门并吸引信徒归向的重要手段。徐光启在介绍利玛窦的学术时就曾谈到过这一点：
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顾惟先生之学，略有三种：大者修身事天，小者格物穷理，物理之一端别为象数，一一皆精实典要，洞无可疑。其分解擘析，亦能使人无疑。而余乃亟传其小者，趋欲先其易信，使人绎其文，想见其意理，而知先生之学可信不疑。（《刻几何原本序》，《徐光启集》第75页）
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这里徐光启不仅点明利玛窦之学中格物穷理为其小者，而且向世人告白：他译《几何原本》是为了使利玛窦征信于人，进而知其学之全。徐光启的初衷与他的工作实际所起的作用是不一致的。中国当时的知识界受益于利玛窦的，主要是他传入的科学技术和其中包含的西方思维方法。当时受洗入教的官吏文人并不多。手段和工具实际上起了目的的作用。
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