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李之藻之子李次虨则在《名理探》又序中阐述了逻辑学的特点和作为诸学科基础所具有的重要作用：
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《寰有铨》详论四行天体诸义，皆有形声可晰；其于中西文言，稍易融会，故特先之以畅其所以欲吐。而此则推论名理，迪人开通明悟，洞彻是非虚实，然后因性以达夫超性。凡人从事诸学诸艺，必梯是为嗃矢，以启其倪，斯命之曰名理探云。（《名理探》第5~6页）
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他认为，逻辑学和各门具体学科不同。逻辑学是研究思想形式本身的规律的学科，它的目的是使思想通彻明敏，洞察思想形式本身出现的纰漏。逻辑把研究对象从具体事物转到无形无象的领域，由具体思维到纯概念思维，它可以训练人由具体的格物穷理提升到形上思辨的能力。
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以上诸人对几何学、逻辑学的认识在他们那个时代是非常卓越的，他们为其他具体科学的译介和传入做好了思想方法的准备。特别是《几何原本》，它的译介对以辞章艺能相尚相高，以形象思维、直觉思维为特点、为主流的中国文人，具有振聋发聩和补偏救弊的作用。就徐光启本人说，《几何原本》奠定的思想方法，是他注重实地调查、注重推步测算，甚至重视火器、训练新军的基础。这些方面与他富国强兵的志向、对国计民生的关注共同构筑了他一生的伟业。
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需要指出的是，利玛窦等传教士到中国来的目的并不是向中国人传播西方科学技术，他们的目的是传布福音，使更多的人皈依天主教。科学技术是他们叩开中国大门并吸引信徒归向的重要手段。徐光启在介绍利玛窦的学术时就曾谈到过这一点：
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顾惟先生之学，略有三种：大者修身事天，小者格物穷理，物理之一端别为象数，一一皆精实典要，洞无可疑。其分解擘析，亦能使人无疑。而余乃亟传其小者，趋欲先其易信，使人绎其文，想见其意理，而知先生之学可信不疑。（《刻几何原本序》，《徐光启集》第75页）
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这里徐光启不仅点明利玛窦之学中格物穷理为其小者，而且向世人告白：他译《几何原本》是为了使利玛窦征信于人，进而知其学之全。徐光启的初衷与他的工作实际所起的作用是不一致的。中国当时的知识界受益于利玛窦的，主要是他传入的科学技术和其中包含的西方思维方法。当时受洗入教的官吏文人并不多。手段和工具实际上起了目的的作用。
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传教士并没有忘记自己的使命，一旦他们叩开中国的大门并立定脚跟之后，他们就会宣说到中国来的真正目的，比如继利玛窦做在华耶稣会士首领的龙华民就曾说：“吾友之本业，则事天主讲学论道也。学道余晷，偶及历数耳。”（《表度说序》，《天学初函》第2536页）传教士对中国人在天主和科学仪器上的不同兴趣所表示的褒贬也明确地表明了他们的根本目的：中国教友问及天主则喜，问及他事则不欲答。这一点徐光启在《泰西水法序》中有清楚的记述：
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迄余服阙趋朝，而先生已长逝矣。间以请于熊先生（指熊三拔），唯唯者久之。察其心神，殆无吝色也；而顾有怍色。余因私揣焉：无吝色者，诸君子讲学论道，所求者无非福国庇民，矧兹土苴以为人，岂不视犹敝屣哉！有怍色者，深恐此法盛传，天下后世见视以公输、墨翟，即非其数万里东来，捐顶踵、冒危难，牖世兼善之意耳。（《徐光启集》第67页）
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“牗世兼善”即传教，这是本业；公输、墨翟之巧，其余事也。传教士时时注意不以余事妨本业。利玛窦在说到他译《几何原本》的缘起时也曾提到，徐光启与他“时得晤，言多咨论天主大道以修身昭事为急，未遑此土苴之业（指译《几何原本》）也”（《译几何原本引》，《天学初函》第1939页）。
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利玛窦在传教士中是持本土文化调和论最有力、译科学书最早且最多者，他尚且重视传教如此之甚，其他传教士可想而知。传教士“泛海九万里，历时三年”到中国，他们是被对天主强烈的爱和忠于传教事业的精神所鼓舞的。中国人对他们带来的东西的接受分为两个层次。社会精英——官吏学者主要接受了科学技术，下层劳动者主要接受了天主教。官吏学者中信教的也有，但毕竟不多。像“天主教开教三大柱石”徐光启、李之藻、杨廷筠及冯应京、王徵、李天经等，虽然他们在天主教圈内影响很大，但对于中国庞大的官吏学者群来说，只是极小部分。他们留给后人的真正遗产是他们所译的西方科技书。后来《四库全书》所收皆科技书而对介绍天主教教理的书摒弃不收就是明证。中国政治中枢对西学的去取原则是“节取其技能，而禁传其学术”（引自《四库全书总目提要》对《寰有铨》的评论）。这些移译过来的科技书，尤其是天文、算学类，对清初王锡阐、梅文鼎等当时第一流的科学家产生了很大影响。在清末民初大量介绍西学的浪潮中又不断地被重新提起。这些都对中国科学技术的发展起了促进作用。
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明代后期入华传教士的传教活动，是第一次真正意义上的中西文化交流。它使中国这个封闭的内陆大国第一次受到西方文化的影响。它和佛教传入的背景绝不相同。佛教的输入是中国主动地请一种异质文化进入中国（汉明帝感梦遣使求法），最早进入中国的只有经书，僧侣的进入也只是作为传译佛经的专家，没有强烈地改变中国人宗教信仰的愿望。西方天主教传教士是主动进入中国的，他们带着归化中国人的使命。随同印度佛教一起输入的印度文化中的其他成果如音韵、因明等，是为佛教服务的。它们在中国实际发生的作用甚微。而西洋传教士输入的科技，其目的虽是叩开中国的大门，但这些原本是传教媒介的东西实质上起了最为重大的作用。佛教输入中国时，有很长的格义阶段，它们是慢慢被中国人首先是具有老庄思想的人信受。这种信受是相当自由的。信奉佛家学说的人不必是佛教僧侣。西洋传教士传入的天主教没有格义阶段，他们恐怕中国接受者混淆了它与中国本土文化的界限，一开始就强调两者的不同。而且信奉天主教的即是信徒，这中间没有思想的缓冲带。天主教一开始就同中国本土文化处于尖锐的冲突之中。佛教传入中国后，它的主要敌手是道教，佛道之争的实质是争与思想界的主流儒家文化的联姻权。它们的争论对中国文化的主体发生的影响不大。而西洋传教士的主要敌手是势力非常强大的中国主流文化，与它抗争付出的代价要大得多。佛教与中国主流文化发生的冲突原因在文化之外，如三武灭佛主要是因为经济上的原因，政治上的原因是其借口。而天主教与中国主流文化的冲突是政治的（夷夏之防），不过这种冲突在明末还是潜伏的，到康熙、雍正朝才表现出来。佛教传入中国时，它的受体是强大的，中国的统治阶层对异族文化较为宽容。天主教传入中国时，它的受体则相当虚弱，它时时警惕夷人与民间推翻朝廷的秘密结社勾连，同时警惕它们有可能作为入侵海盗的眼线而对明朝造成危害。佛教传入中国时，它是仰慕中华文明的，而天主教传入中国时，虽然传教士对中国的物产、政治体制及礼乐声教持尊敬态度，但它的教义中的沙文主义成分（如把东亚人的始祖看做诺亚的后代）则使传教士中的许多人持强硬的不与中国本土文化调和的立场。而当时中国人的“天朝为世界中心”的心理及因闭锁造成的对于处理不同文化之间的冲突缺乏经验和心理承受能力，也容易激化本有的矛盾。所有这些不同，都造成了天主教与中国文化的潜在冲突。一有合适的机会便会将这种冲突公开化，甚至酿成严重后果。明代末期传教士的活动总的来说只是小范围的，明帝国对它采取了严密注视但相安无事的态度。这是传教士能取得丰硕的译述成果的原因之一。这种相对的平静随着传教活动的展开，由此引起的与中国本土文化的冲突的加剧而宣告打破。
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明代哲学史（修订版） 本书引用书目版本
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1.曹 端《太极图说述解》、《通书述解》 上海古籍出版社1992年影印本
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2.薛 瑄《读书录》、《读书续录》 万有文库本
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3.吴与弼《康斋集》 文渊阁《四库全书》
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4.胡居仁《居业录》 文渊阁《四库全书》
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5.陈献章《陈献章集》 中华书局1987年
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6.湛若水《甘泉文集》 清同治资政堂刻本
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7.王阳明《王阳明全集》 上海古籍出版社1992年
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8.王龙溪《王龙溪先生全集》 清道光刻本
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9.钱德洪《徐爱 钱德洪 董澐集》 凤凰出版传媒集团凤凰出版社2007年
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10.黄 绾《明道编》 中华书局1959年
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