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当时国事初安，儒书的编撰、集成多在礼乐、制度方面。思想文化方面，大型工程之兴动尚无足够条件，而成祖时此条件已经成熟。成祖编修三部《大全》，一是为了科举考试有系统的教科书和参考书，二是为了改变元朝统治者重军事、政治不重文化的现象，三是为了将全国知识分子的思想统一到儒学上来，四是为了大兴文教，在靖难之后扫除诛杀方孝孺在知识分子心中留下的坏影响，显示自己以儒学治国，崇文德、屏申韩的政略，同时改变朱元璋用法太严，文化气氛过于畏葸的局面。
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永乐十二年（1414），成祖谕翰林学士胡广，侍讲杨荣、金幼孜：
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五经四书，皆圣贤精义要道，其传注之外，诸儒议论有发明余蕴者，尔等采其切当之言，增附于下。其周、程、张、朱诸君子性理之言，如《太极通书》、《西铭》、《正蒙》之类，皆六经之羽翼，然各自为书，未有统会，尔等亦别类聚成编。二书务极精备，庶几以垂后世。【45】
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命胡广等总其事，仿修《永乐大典》例，命荐举朝臣与外省教官有学问者参与纂修，并命开馆东华门外，光禄寺供馔。由此谕可知，三部《大全》原拟撰二书：《五经四书大全》和《性理大全》。《太宗实录》卷一六八，永乐十三年九月条下也记载：“己酉，《五经四书大全》及《性理大全》书成。”【46】可能因“五经”、“四书”卷帙浩繁，尤其“五经”，士子难于遍学，一般人主一经，两书合在一起篇幅太大。也可能因为科举考试中“四书”、“五经”单独出题，分开便于诵习和检阅。而更有可能的是，“四书”在明代地位空前提高，反在“五经”之上，需要单独成编。从元仁宗皇庆二年（1331）十一月颁布的科举条制看，蒙古人、色目人，第一场考经问五条，题目从“四书”中出，答题参照朱熹的《四书章句集注》。第二场考策一道，以时务出题，不考“五经”。汉人、南人，第一场考明经、经疑二问，“四书”内出题，答题参照朱熹《四书章句集注》。除此以外，还要考经义一道。答题之参照，《诗》主朱熹《诗集传》，《书》主蔡沈《传》，《易》主程颐《程氏易传》和朱熹《周易本义》。以上三经，兼用古注疏。《春秋》用三传及胡氏传，《礼记》用古注疏。第二场，古赋诏诰章表内科一道。第三场，策一道，经史、时务内出题。蒙古人、色目人只考“四书”，不考“五经”，愿考者如考中，加一等授官。汉人、南人二者皆考。这说明，蒙古人、色目人比汉人、南人考题简单，适应其文化程度相对较低的现状，突出对其种族上的优待。同时说明，在元朝人看来，“四书”的内容可涵盖“五经”，“四书”在重要性上比“五经”要高。因“四书”主朱熹的《四书章句集注》，所以朱熹的地位要高于其他经师。
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到了明代这种情况不仅延续下来，而且还进一步发展。洪武十七年（1384）颁科举定式，乡试、会试皆各三场。三场以后成为定制，但“四书”的分量逐渐加重，经的分量逐渐减轻。出题主要在四书内，射策取科的士子也多在四书上用功，五经成了虚应故事。既不能遍通五经，专攻之一经也逐渐空疏。顾炎武说：
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明初三场之制，虽有先后，而无重轻，乃士子之精力多专于一经，略于考古。主司阅卷，复护初场所中之卷，而不深求其二、三场。夫昔之所谓三场，非下帷十年，读书千卷，不能有此三场也。今则务于捷得，不过于四书一经中拟题一二百道，窃取他人之文记之，入场之日抄誊一过，便可侥幸中式，而本经之全文有不读者矣。率天下而为欲速成之童子，学问由此而衰，心术由此而坏。【47】
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这是明代注重理学，经学因此废坠的主要原因。而朱熹的地位因科举之故，遂如日中天，确然而不可拔。
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成祖于三部大全寄望甚重，谕编纂儒臣“务极精备，庶几以垂后世”，但实仓促成书。下敕谕编书在永乐十二年十一月，书成上稿呈览在永乐十三年九月，实际编书日不足十个月，中间成祖曾下诏催促，并增拨人手。编纂者不得不由缓变促，书的内容不得不大量采辑前人成书而稍事补缀。【48】此点甚遭后人诟病。顾炎武至以为“上下相蒙，以饕禄利”之举，批评甚为痛切：
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当日儒臣奉旨修《四书五经大全》，颁餐钱，给笔札，书成之日赐金迁秩，所废于国家者不知凡几。将谓此书既成，可以章一代教学之功，启百世儒林之绪。而仅取已成之书抄誊一过，上欺朝廷，下诓士子，唐宋之时有是事乎！【49】
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此书稿成后成祖“览而嘉之”，赐名《五经四书性理大全》，并为之作序，命礼部刊印，赐六部、两京国子监及天下郡县学。【50】这篇序十分重要，虽极有可能出于侍从之手，但传达的是成祖编纂此书的设想与意图。序中说：
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朕惟昔者，圣王继天立极，以道治天下，自伏羲、神农、黄帝、尧、舜、禹、汤、文、武，相传授受，上以是命之，下以是承之，率能致雍熙悠久之盛者，不越乎道以为治也。下及秦汉以来，或治或否，或久或近，率不能如古昔之盛者，或忽之而不行，或行之而不纯，所以天下卒无善治，人不得以蒙至治之泽，可胜叹哉！……朕缵成皇考太祖高皇帝鸿业，即位以来，孽孽图治。惟虑任君师治教之重，惟恐弗逮。切思帝王之治，一本于道。所谓道者，人伦日用之理，初非有待于外也。厥初圣人未生，道在天地；圣人既生，道在圣人；圣人已往，道在六经。六经者，圣人为治之迹也。六经之道明，则天地圣人之心可见，而至治之功可成。六经之道不明，则人心之术不正，而邪说暴行侵寻蠹害。欲求善治，乌可得乎？朕为此惧，乃者命编修《五经》、《四书》，集诸家传注而为《大全》，以颁布天下。使天下之人，获睹经书之全，探见圣贤之蕴，由是穷理以明道，立诚以达本。修之于身，行之于家，用之于国，而达之天下。使家不异政，国不异俗，大回淳古之风，以绍先王之统，以成熙雍之治，将必有赖于斯焉。【51】
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此序表达了成祖治理国家的基本思路，这就是崇用儒家之道。雍熙之世是因为儒家圣人以道治国，后世之乱象是因为背离了儒家之道。儒家的道即天地万物之理，是一切事物产生和存在的法则。儒家之道集中地表现在四书五经中，诸儒的传注，是发明、羽翼四书五经的。修纂三部《大全》，从大处说，是为了探寻圣贤之蕴奥，树立诚身立本，以儒学作为治平基础的宏规。从近处说，是为了显示追踪太祖，宣扬文治，成就一代英主的意向。成祖借修《永乐大典》、颁布仁孝皇后的《内训》、亲自撰辑教皇太子以儒家之道的《圣学心法》，及编纂三部《大全》，明白地将自己以儒家治国的理想诏示天下，并希图以此改变自己诛方孝孺十族，肆力捕杀建文旧臣的凶残、鸷桀面目，给天下以文治明君、雄才圣主的印象。
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第三节 诛杀方孝孺事件对明代士风的影响
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明成祖所做的一件对永乐以后各朝士人影响极大的事是诛杀方孝孺和禁绝其书。
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方孝孺是明初著名学者，少时从宋濂学，后被推荐为汉中府学教授，深得蜀献王信任，受聘为世子之师，优礼异于常人。建文帝即位后召为翰林侍讲，咨以国政，诏敕多出其手，颇见亲信。“靖难”之役发生后，姚广孝曾向成祖请求：“城下之日，彼必不降，幸勿杀之。杀孝孺，天下读书种子绝矣。”【52】成祖首肯。燕兵下南京，建文帝自焚死。成祖命方孝孺草登基诏书，遭到拒绝，被成祖磔于市。关于此事之细节，《明史》记载甚悉：
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至是欲使草诏。召至，悲恸声彻殿陛。成祖降榻劳曰：“先生勿自苦，予欲法周公辅成王耳。”孝孺曰：“成王安在？”成祖曰：“彼自焚死。”孝孺曰：“何不立成王之子？”成祖曰：“国赖长君。”孝孺曰：“何不立成王之弟？”成祖曰：“此朕家事。”顾左右授笔札，曰：“诏天下，非先生草不可。”孝孺投笔于地，且哭且骂曰：“死即死耳，诏不可草。”成祖怒，命磔诸市。孝孺慨然就死，作绝命词曰：“天降乱离兮孰知其由，奸臣得计兮谋国用犹。忠臣发愤兮血泪交流，以此殉君兮抑又何求。呜呼哀哉兮孰不我尤。”时年四十有六。【53】
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孝孺弟与孝孺同就戮，孝孺妻及二子自经死，二女投秦淮河死。诛九族，死者共八百七十余人。永乐间，藏孝孺书者罪至死。建文诸臣自杀被杀的，著名者尚有练安、黄观、铁玹、张、陈迪、茅大方、周以德、王叔英、高巍、曾凤韶等数十人。【54】此事对有明一代知识分子的心理造成了极大影响。
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其影响首先在于，激起知识分子对于死节后果的议论并因而影响其出处大节。方孝孺未被戮时，已有清望。其师宋濂至有“如以近代言之，欧阳少勖、苏长公辈姑置勿论，自余诸子，与之角逐于文艺之场，不识孰为后孰为先也”【55】之誉。当时人皆以方孝孺为天下士林领袖，其一身进退所关士论非轻。其友人，也是同死于壬午之难的王叔英曾说：“执事之身，系天下之望，士之进退，天下之幸与不幸欤！侧闻被招，计此时必已到京，获膺大任矣，兹实天下之大幸也。”【56】及成祖渡江，“靖难”功成，孝孺被难，同僚原约与孝孺同殉难者，此时多投靠新主。在生死关头，对故主两种截然不同的态度无法掩盖地大白于世。以道自任，以诛十族惊天下的方孝孺向世人宣示了真正的读书种子所应有的道义担当，同时也反衬出争事新主诸臣风节上的缺陷。如郎瑛《七修类稿》中有《名人更无耻》一条，其中即议论士节：
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文天祥在燕京时，欲为黄冠去国，南官王绩翁欲合谢昌元等十人请保释之。世祖亦有然意。留梦炎曰：“不可，天祥倘出，复召号江南，置吾十人于何地？”遂寝其事。我文祖渡江靖难之时，廷臣胡广、金幼孜、胡俨、解缙、杨士奇、衡府纪善周是修同约死节。明日，惟是修诣国子监尊经阁下缢焉。他日士奇为之作传，与其子曰：“向使同尊翁死，此传何人作也？”呜呼！众固可责矣，若留、杨数言，尤为无耻之甚。读书明大义，至此尚尔云云，天理人心安在哉！【57】
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杨士奇是明代前期名臣，世人犹且不能曲掩其失节，一般士人之言行，则更不易掩饰。方孝孺作为知识人忠愤被难的典型，自然激起人们对立身大节的思考。如成祖的儿子明仁宗即位后即下诏：“若方孝孺辈，皆忠臣，诏从宽典。”【58】并下令赦免建文死难诸臣的罪名，给予田土，谪戍者放还，其在教坊司、锦衣卫、浣衣局及习匠、功臣家为奴者，悉宥为民。【59】其后清乾隆帝甚至下诏：
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兹复念建文革除之际，其臣之仗节死难者，史册所载甚多。当时永乐位本藩臣，乃犯顺称兵，阴谋夺国，诸人自当义不戴天。虽齐泰、黄子澄等轻率寡谋，方孝孺识见迂阔，未足辅助少主。然迹其尊主锄强之心，实堪共谅。及大势已去，犹且募旅图存，抗词抵斥。虽殒身湛族，百折不回，洵为无惭名教者。【60】
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虽谓方孝孺迂阔，不足以存建文、御成祖，但对其忠义与风节，却大力崇奖。也有人虽对他本人不失臣节的精神和做法持赞扬态度，但认为以一身而灭十族，则失于愤激，如王廷相说：“方逊学忠之过者欤！要亦自激之甚致之。忘身殉国一也，从容就死，不其善耶？激而至于覆宗，义固得矣，如仁孝何哉！轻重失宜，圣人岂为之？文山国亡被执，数年而后就死，人庶非之哉！”【61】清初方苞也说：“若正学方公之事，吾惑焉。国破君亡，缩剑自裁以无辱，可也。即不幸为逻者得，闭口绝肮，不食而死，可也。何故呫呫于口舌之间，以致沈先人之宗，而枉及十族哉！”【62】后世文天祥、方孝孺成了死节的象征。知识人赴死，多有至文天祥、方孝孺祠哭拜诀别，然后就死者。如南明吴嘉胤，《明史》本传：“嘉胤字绳如，松江华亭人。由乡举历官户部主事。奉使出都，闻变，还谒方孝孺祠，投缳死。”【63】影响所及，明清两代吟咏方孝孺的诗篇甚多，仅《缑城正气集》所收就有四百多首，迹遍故里宁海、台州及游处之地成都、汉中、济宁、华亭、南京、北京等。国子祭酒如谢铎，尚书如顾璘，大学士如叶向高、孙承宗，名士如陈子龙、汤显祖，学问家如杨慎等皆同心敬佩，哀悼切至。【64】由于各界人士的推阐激扬，方孝孺义声震天，对天下士子产生了极大影响。
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方孝孺影响所及，最初是浙东人。清人沈佳在其《明儒言行录》中说：“孝孺死，浙东之仕于朝者，以身殉建文君独多于天下，故夫行有劝而德有风。”【65】同时，方孝孺的弟子多浙东人，因属方孝孺门生而被诛者，亦有多人。遂以宁海为中心，形成一种赣直不曲之风。作诗赋吟咏方孝孺，到他的遗迹前致敬行礼，几乎成了莅任台州、宁海州县官和学官的成例。现在遗存下来的关于方孝孺的匾额，多为历届浙江学政、台州知府、宁海知县所题，对士风民风自有相当的影响。
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方孝孺殉难对有明一代影响最大的，是明遗民。刘宗周评论方孝孺说：
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既而时命不偶，遂以九死成就一个“是”，完天下万世之责。其扶持世教，信乎不愧千秋正学也。考先生当时已称程朱复出，后之人反以一死抹过先生一生苦心，谓节义与理学是两事，出此者入彼，至不得与扬雄、吴草庐论次并称。于是成仁取义之训为世大禁，而乱臣贼子将接踵于天下矣。悲夫！……惟先生平日学问，断断乎臣尽忠、子尽孝，一本于良心之所固有者，率天下而趋之至数十年之久，几于风移世变。一日乃透此一段精光，不可掩遏。盖至诚形著，动变之理宜然，而非人力之所几及也。【66】