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它首先涉及无极与太极的关系。持元气说者多倾向于将这两者视为“宇宙论”中的两个阶段，甚至视为“从无到有”的发生阶段。[17]由此而断定周敦颐的学说类似于《老子》的“有生于无”（40章）。[18]而陆象山也因此而与朱熹争论，说“无极”两字属道家，不会出于周敦颐之手。另一方面，持“太极即理”说的朱熹反对两阶段说，力言“无极而太极，只是一句。如冲漠无朕，毕竟是上面无形象，然却实有此理。……只言无极之真，真便是太极”（《朱子语类·卷九十四》）。在注释周子“无极而太极”这一句时，特别强调：“‘上天之载，无声无臭’，而实造化之枢纽，品汇之根柢也；故曰无极而太极，非太极之外复有无极也。”[19]所以无极之“无”，意味着“无朕”、“无声无臭”，或“不可（在任何意义上）对象化”，而非标示着一个特别的与太极不同的无极状态、无极阶段。这样，与持前一种立场的人的解图方式不同，朱熹不认为此太极图中第一个空圆圈只意味无极，或只意味着太极，而是意味着“无极而太极”。（按照前一种看法，“无极而太极”[20]一句该对应在“阴静阳动图”或“坎离图”之上的两个空圆圈才对。）因此朱熹认为《国史·周敦颐传》中所载的“自无极而为太极”一句应据图改为“无极而太极”。
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由此看来，对于《太极图说》第一句的理解就存在着两种不同的看法——两阶段说与一阶段说。朱熹的一阶段说后来成了正宗，主宰数百年的解释传统和文本。但现代多有翻案者，再据西方传统哲学的宇宙论[21]思路，坚持“自无极而为太极”的表达式，由此而倡宇宙论意义上的两阶段。但这种说法还是无法解释为何周氏太极图中黑白互间的“坎离图（又称为‘水火匡廓图’）”之上只有一个圆圈，而不是代表两阶段的两个圆圈。[22]将这个情况归为周敦颐太极图的“逻辑不严密”，毋宁暴露出两阶段说自身的“逻辑”问题。实际上，对于这个延续数百年的争论，一个合理的解决方式就是：首先看周敦颐自己如何具体阐述太极的含义，根据其中提供的理解线索，再回到两者都源出的《周易》，在那里寻找深层的或更本原的解释根据。
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在“无极而太极”一句之后，《太极图说》紧跟着讲：
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太极动而生阳，动极而静；静而生阴，静极复动；一动一静，互为其根。分阴分阳，两仪立焉。
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这话的意思是：太极一定会动，生出阳气；但这“动”与我们平日看到的运动现象大不同，与逻辑思考中的运动也不同。它动到极致处，并不就是“动本身”，反倒会静下来，由此而生出阴气。而此太极之静的极致处也不是本体之静，却是“复动”。也就是说，太极本身的动与静，是“互为其根”而无各自本性的。于是就有阴阳的区分，“两仪”就建立了。下面马上又写道：“阴变阳合，而生水火木金土；五气顺布，四时行焉。”由阴阳变合而生出了五行，五行的顺序分布就行出了四时。可见，这些关于太极的表述中最关键处是一个二项相对、相补而相成的发生结构，可简单称之曰“二对生”的结构。说它是“动/静”对生也好，“阴/阳”对生也好，或“柔/刚”对生也好，总之是一个“互为其根”的原本发生的机制。
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难道这个二对生的结构只是太极的表现而非太极的本体（无极）吗？如果这样，就又是宇宙发生的阶段论了。朱熹不同意阶段论的看法，但却说太极只是理，阴阳则是气或“寓于气之理”，而且从抽象的角度上讲“理先气后”，这样又为阶段论留下了可能。不过，他毕竟更多地强调：“自太极至万物化生，只是一个道理包括。非是先有此而后有彼，但统是一个大源。”[23]所以理先气后对于他并不是阶段论：“（弟子）问：‘太极动而生阳，静而生阴，见得理先而气后？’（朱子）曰：‘虽是如此，然亦不须如此理会。二者有则皆有。……’”（《朱子语类·卷九十四》）“问：‘太极动然后生阳，则是以动为主？’曰：‘才动便生阳，不是动了而后生。……其实此之所以动，又生于静；上面之静，又生于动。此理只循环生去，动静无端，阴阳无始。’”（《朱子语类·卷九十四》）最后一句（“动静无端，阴阳无始”）是程颐的话，可见程子与朱子都受周子《图说》的影响，并对其中的纯发生的意境有所领会。这也正是“无极而太极”的深义所在，无极不止是说太极无形而下之形（器之形），形而上之形（“端”、“始”）一样是“无”的。
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这种看法——不管是周敦颐的还是朱熹对周子的解说中所包含的——的根子就在《易》象数之中。所有易象，无论是爻、八卦，还是六十四卦，甚至所有与易象有关的图像，比如河图、洛书之象数，其最基本处都是一个“二项相对、相补、相成而发生”的二对生的原结构。在易象那里，就是“—”和“- -”这一对相辅相成的爻象，被《易传》命名为“阳”与“阴”，或“刚”与“柔”、“奇”与“偶”、“男”与“女”。全部易象都由它们组成。然而，这对易象各自是毫无意义的，无任何独立身份的，因为假如只有“—”而无“- -”，或反之，则无论多少爻象也组成不了卦象，表现不出“道”“理”。这对爻象的功能是造成最原初也是最必要的区别（difference），所以无论哪一个爻象，离开了对方就什么也不是（存在），什么也说（道）不出。而且，由于《易》诉求于最简易的区别方式（所谓“二进制”），也就是只使用这一对爻象来建构、推衍出全部象数系统，由此而从形式上不同于西方的象数系统，比如毕达哥拉斯学派“数是万物本原”说所依据的几何之象、算术十进制之数的系统，因而使得易象数表现出了几乎是最强的对生性、非现成性和生成性。为了表现这个“简易”[24]而造成的“变易”和“不易”，[25]画出爻象的伟大智者（伏羲、周文王等）尽全力找到至简至易的原初区别方式，也就是让这表面上的“两个”爻象尽量简单——都是直线（所以翻转过来还是它，由此不同于殷甲骨上的爻象）；尽量相似——两者的区别从正反面看都只是一个缺口，使得它们更像一个原象为了获得存在而不得不做出的最基本的区别相，或“区别性特征”，[26]因此它们天生地就“相摩相荡”[27]而“神鬼神帝，生天生地”（《庄子·大宗师》）。所以，《易·系辞上·章五》有这样一段引起周敦颐极大关注的话：“一阴一阳之谓道。继之者善也，成之者性也。”[28]所谓“一阴一阳之谓道”，[29]讲的正是易象的二对生的原本发生结构的根本性、“太极”性，所以同一章中还有一句：“生生之谓易”，点出这一阴一阳的道性的根本特点，即这种象数表达的不是“世界由阴阳两种元素（或元素意义上的气）组成”这一类的宇宙论，而是一种根本的意义发生、“存在起来”[30]的解释学存在论（hermeneutic ontology）。[31]
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由此看来，按照易象数，周氏的无极/太极与其动/静、阴/阳讲的确实“只是一个道理”，而不是先后两个阶段，理与气在周敦颐那里应该是还未有“先验逻辑的”分别，而“统是一个大源”的。“二本则一”（《通书·理性命第二十二》），这“一”即阴阳爻互补而生成的那一个意思或道理，就像我们只能通过二对生的区别性特征来道出语音，从而赢得一个确定的意义一样。所以周敦颐要在《太极图说》中写道：“五行一（于）阴阳也，阴阳一（于）太极也，太极本无极也。”五行不过是生自阴阳，阴阳则不过是最根本者（太极）生成和维持自身（及万物）的一对区别性特征；而太极也因此绝不可能被定于一尊，成为一个可由观念或理念设定的终极本原或最高级对象，而势必“二对生”，且不断地二对生下去，“生生”不已，故“本无极也”。这意思也就是：
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无极之真，二五之精，妙合而凝。乾道成男，坤道成女，二气交感，化生万物。万物生生，而变化无穷焉（《太极图说》）
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通过《易》的阴阳爻的象数特点，就可以贴切而“一以贯之”地领会《图说》的内在含义。通读它和《通书》，可知这“二对生”（二气交感，万物化生）的结构处处在表现，“天/地”、“日/月”、“坎/离”、“鬼/神”、“元亨/利贞”、“善/恶”、“仁/义”、“动/静”、“死/生”等等。
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故曰：立天之道，曰阴与阳；立地之道，曰柔与刚；立人之道，曰仁与义；原始反终，[32]故知死生之说。大哉《易》也，斯其至[33]也。（《太极图说》）
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以这样一段引用《易传》、赞叹《易经》的话来结束《图说》，可谓合宜之至！
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丙. “诚”与“中”之象数依据
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如上节据说，《太极图说》的前一大半所及者并不就是或只是“宇宙论”，而更是意义发生论和终极的生成论，所以它自然就与追求终极的人生意义与生存境界的圣人学说相贯通。“圣人”就是太极的人生体现，乃“人极”（《太极图说》）也。这种从《易》象、《易传》和太极图而严整地、合理地开启出、推演出儒家的终极圣人境界的做法是宋明理学的特征。《太极图说》后半及《通书》的主体部分都在探讨这个问题，为其后数百年的心性儒家开了一个关键性的头。
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《通书》或《易通》的开端就是：“诚者，圣人之本。”“诚”乃太极“纯粹”地“发挥”[34]于人生的“健行”状态，所以周敦颐认为它首先与《易》之乾卦相关，于是接着写道：
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大哉乾元，万物资始，诚之源也。乾道变化，各正性命，诚斯立焉，纯粹至善者也。
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这一段话将《易》之乾与《中庸》之诚打通，开无数新思路，宜乎而称此书为“通”也！但这“乾元”或“乾道”绝非只是孤阳而无阴。乾卦象虽是由六条阳爻组成，但按上节讨论的阴阳互根之说，此纯阳爻必“旁通”于阴，乾亦“旁通”于坤。[35]何况，乾卦的爻位本身亦含奇偶阴阳，有“潜/见”、“跃渊/飞天”的区别。正是基于这个理路，周子紧接着上段而引述《易·系辞上》：“一阴一阳之谓道，继之者善也，成之者性也。”可见“乾元资始”、“乾道变化”的根子还是在阴阳象数的二对生（即太极之终极发生），而“继之者”就是指顺继此二对生之道，由此而是“纯粹至善”（此处“至善”不尽同于伦理中与恶相对之善）的；而拥有此道所成就者就是人与万物的本性了。所以周子又要赞一句：“大哉《易》也，性命之源乎！”（《通书·诚上第一》）
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然而，另一方面，周敦颐认为发自此乾健之诚的圣人境界是“主静”的，由此而“立人极焉”。[36]并说：“寂然不动者，诚也；感而遂通者，神也。”（《通书·圣蕴第四》）有的学者，如张立文先生，据此而认为“‘诚’是‘寂然不动’的，它不同于‘太极’，自身空寂静止。‘诚’由于其‘静无’，相对于‘动有’而言。如果‘太极’为‘动有’，则‘静无’在其逻辑结构中相当于‘无极’。”[37]这种只认诚为“静无”，因而说它相当于无极，与太极相对的看法，与本文的及朱熹的理解都十分不同，也不合乎周子愿意，更不合乎《太极图说》所源出的《易》象数的基本精神。周子的太极图中的第二个圆圈，即所谓“坎离图”，左为离（火、阳）之卦象的半圆化，右为坎（水、阴）之卦象的半圆化。离火为阳，故其左边的文字为“阳动”；坎水为阴，故其右边的文字为“阴静”。此两截文字的位置不同于太极图所源出的道家《太极先天之图》，那里“阴静”在上面第一个空圆圈的两边（从右向左读），而“阳动”在下，标示坎离图之下的另一个较大的圆圈。[38]张立文对诚的图解，符合这张图的基本思路，即“阴静”是比“阳动”更原本的。可是（依据影响最大的朱熹本）周敦颐恰恰改变了这个关键处，使“阴静”与“阳动”处于相对而互补的位置，用来表示坎/离、水/火、阴/阳的关系，不能不认为是极有深意的，由此而从学说的基本结构上区别于道家的“有生于无”（《郭店楚简·老子》本表明老子最早也不是这么讲的），而契合于《周易》象数与《易传》的思路。而且，此阴/阳、静/动互根的见地还体现于图中“二”与“五”的关系中。坎离图与下面的五行图之间有两条交叉而过的线，分别相连于标为“火”与“水”的小圆圈，值得注意的是：从右侧的“坎水阴静”伸出的弧线却向左下方连接于“火”圈，也就是五行中最富于阳动之处；而从左侧的“离火阳动”处引出的弧线则右下行而至“水”圈，即五行中的阴静之处。此所谓“水阴根阳，火阳根阴；五行阴阳，阴阳太极”（《通书·动静第十六》）。这两条连线也是道家的先天图中所没有而为周子所加上的，由此而再次加强静/动与阴/阳互根的思路。“动而无静，静而无动，物也；动而无动，静而无静，神也。”（同上）
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朱震《汉上易传》所录“周氏太极图”
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因此，周敦颐所讲的诚亦必有阴/阳与静/动的对生，不然不为太极之人（仁）义。所以，乾元变化之诚与主静不动之诚之间并无什么“逻辑结构中无法克服的冲突”，[39]而恰是源自太极之圣诚的题中应有之义，不然就不是“大哉易也”之诚，因为太极与无极本非二事，而是“无极而太极”的一理贯通之二对生也。
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这样理解的诚就是让太极的二对生源头健行发挥，而不以私意阻塞的状态，所谓静，就是让欲望澄静、回复二五之精、妙合而凝的状态；而所谓动，就是让太极动而生阳、元亨诚通的状态。诚自能感通，自有神与几，“诚精故明，神应故妙，几微故幽。诚 神 几曰圣人。”（《通书·圣蕴第四》）说“诚无为”（《通书·诚几德第三》），是因诚之无为或不受观念私欲的干扰，一定就是无不为的大化流行。此“无为”之“无”，相应于“无极”之“无”。宋明儒的修养工夫，无论是“涵养用敬”、“默坐澄心”、“格物致知”、“读书沉潜”、“立志发心”，还是“致良知”、“赤子之心”，都是运作于这个无事（无私欲）而诚、至诚无息、至诚如神的道理之中。
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这里面还有一个问题，就是：为何“诚”可以做“圣人之本”呢？或者，为何“至诚”就一定“无息”而“如神”呢？为什么“诚”不只是一个人的主观精神状态，而必使人“与天地合其德，日月合其明，四时合其序”（《太极图说》）[40]呢？答案也还是可以到太极图的象数寓意中找。前文讲到，“无极—太极—动静—阴阳—五行—男女—万物”所言并非或不止于宇宙论，否则，后起者（被创造者）就不通于原初者（创造者，发生者），不管它是“退化”了还是“进化”了，由此也才有所谓宇宙论的演化“阶段”可言。因此也就不存在由人这个演化的末端的精神状态（诚）来对应原初的“无极而太极”的可能。只有将这一太极图式与图说理解为意义与生存的同时发生和维持（“化生”而非“演生”），才会有后起之“殊”与原初之“一”的相互充分贯通。所以周子在《通书》的“理性命”一章中讲：
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二气五行，化生万物；五殊二实，二本则一（切要！）。是万为一，一实万分；万一各正，小大有定。
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如果世界与生命体确是出于“二本则一”的化生，因而确是“是万为一，一实万分”的华严“全息”（holographic）生存状态，“易简而天下之理得”（《周易·系辞上》），那么《太极图说》、《通书》乃至《中庸》中所讲的“无思而无不通”（《通书·思第九》）、无息而如神的至诚状态就不难理解了，因为它正是回复到了世界与人性的本然联系之中。而且，从阴/阳二气到四时、五行的具体象数联系不仅可以在周氏太极图的坎离图与五行图中找到，如周敦颐所说的“水阴根阳，火阳根阴；五行阴阳，阴阳太极；四时运行，万物终始”（《通书·动静第十六》），而且还可在“……陈抟—邵雍……朱熹—蔡元定—来知德……”传承的周易先天方位图系列（“先天八卦方位图”、“先天六十四卦方圆图”、“心易发微图”等），乃至洛书、河图的先天转换之中或明或隐地看到。[41]