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尽管如此，中世纪盛期是一个个性解放、知识传播、思想活跃的时代。对那个时期的思想者来说，一个很重要而有趣的哲学问题是共相（universals）问题——无论对于亚里士多德（见第四章）还是对于当代分析哲学家（见第九章）而言，这个问题都不容忽略。简言之，问题是这样的：当一个词语（名词或名词短语）被用来指称多于一件的事物（即被用作“普遍”词语）时，它是否指称着人类心灵之外的存在者？举个例子。我们说“贝拉克·奥巴马是个男人”，第一个词语“贝拉克·奥巴马”指称一个存在于心灵之外的个体。但是“男人”这个词语呢？有人认为像“男人”这样的普遍词语指称的是存在于心灵之外的事物，他们就属于唯实论（realism）；有人认为这些词语仅仅对应于心灵中的概念，他们属于概念论（conceptualism）。还有人认为，既无须把共相看做世界中的真实存在者，也无须把它们看做心灵中的概念，人依然足以说明普遍词语——他们属于唯名论（nominalism）。这些理论中有正确的吗？正确者何在？这是哲学家中经久不衰的话题。或许你的老师会让你来对付一下这个问题。
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中世纪盛期和阿拉伯世界的接触重新燃起了欧洲教会的领导人物对亚里士多德哲学的兴趣。几个世纪以来，穆斯林世界与基督教世界比起来享受着更多接触古代希腊哲学的便利条件。许多基督教思想家首先是通过阿拉伯人对亚里士多德的评论以及由希腊文本的阿拉伯文译本进一步转译成拉丁文译本的著作才接触到亚里士多德的哲学的。因为亚里士多德对柏拉图的理念世界的否定似乎与表现为奥古斯丁和柏拉图哲学的基督教哲学并不一致，一些教会的思想者（著名的波纳文图拉［Bonaventura，约 1217—1274］）认为必须抛弃亚里士多德的学说。还有一些人（著名的大阿尔伯特［Albert the Great，1193—1280］）认识到亚里士多德是历代最伟大的哲学家，认为基督教信条和亚里士多德哲学之间在根本上必然是一致的。
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在中世纪盛期，大学纷纷建立，其中包括闻名遐迩的巴黎大学。这是索邦大学的照片，它是组成这所大学最有名的学院之一。它由法国神学家罗伯特·德·索邦（Robert de Sorbon）于 1247 年建立。
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在第二类思想者中，圣托马斯·阿奎那（St. Thomas Aquinas，1225—1274）是最为关键的人物。他的哲学在 1879 年被教皇列奥十三世定为天主教的官方哲学。直到今天，阿奎那的学说体系仍然是天主教学校里教授的正统哲学，因此阿奎那的思想仍然直接地影响着现在的人们。
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阿奎那有机会接触从希腊文直接翻译过来的亚里士多德的著作（不是由阿拉伯文译本再转译的拉丁文译本），他对亚里士多德有精深的了解。就像奥古斯丁将柏拉图哲学和基督教结合在一起，阿奎那也把基督教同亚里士多德哲学融合了起来，他实际上是将希腊哲学家的原理和特征嫁接到基督教启示的真理上，其结果是建立起了一个由知识论、形而上学、伦理学、政治哲学、法律哲学理论构成的完整的基督教哲学。在本书中我们还会再碰到阿奎那。
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阿奎那还有一方面值得一提。在阿奎那生活的时代，哲学和神学终于开始走上不同的道路。没有人能比阿奎那更关心两者之间的界限。他的主要观点是哲学建立在理性的认知上，而神学的基础是由信仰带来的启示真理。
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阿奎那确信存在一个秩序井然的真实的外部世界，人类可以获得对这个世界的知识。他不相信实在出自人类的思想，他对人们攻击科学的价值也不抱以同情。然而，阿奎那认为我们即使可以获得关于自然世界正确的知识，这样的知识也是不充分的。它没有考虑另外一个世界——超自然的真理世界。阿奎那认为人类理性无法理解这个世界的大部分内容，包括基督教信仰最深刻的方面：三位一体、上帝道成肉身，以及耶稣复活。这些奥义超越了我们的理智，是我们的能力无法企及的。
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尽管这些神秘的事物超越人类的理性，阿奎那认为它们并不与理性互相对立。真理只有一个，一部分可以通过理智达到，而一部分则要依靠信仰。对于阿奎那来说，人类理性能够知道上帝存在，也能知道有且只有一个上帝。然而，有关上帝存在的其他方面却不甚了了。最后一点，哲学只是神学的婢女——理性是信仰的工具。
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阿奎那形而上学的主要观点可以总结如下。阿奎那认为，变化可以用亚里士多德的四因说理论来解释：动力因产生变化；质料因是变化的材料；形式因是事物的形状；目的因解释了为什么存在变化。（见“为什么人类直立”一栏）
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他赞同亚里士多德的观点，所有自然物体都由质料和形式组成。质料就是组成物体的材料，在变化过程中保持不变，而形式决定了物体的种类。由于是不同的两团质料，两块石头不同，又由于形式相同，它们都是石头，因此两者相同。与柏拉图-奥古斯丁传统不同，阿奎那认为物体的形式不能独立于质料存在。
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为什么人类直立？
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阿奎那说有四个原因：
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（1）动物用它们的感觉器官来寻找食物。因为感觉器官大多在脸上，它们的脸朝着地面。相比之下，人类用感觉来寻找真理，为了这个目的，他们能够向上和向四周看就更好。
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（2）大脑在身体其他部分之上时能够更好地运作。
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（3）如果我们四肢着地，我们的手就不能空出来做别的事情。
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（4）如果我们四肢着地，我们就不得不用嘴来拿食物，这样我们的嘴唇就会变厚，变硬，妨碍说话。
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简言之，我们直立行走是因为这么做能最好地达成一些目的（交流，寻找真理，使用双手和大脑）。这是一种目的论解释，与第四章中的亚里士多德有关。类似这样的解释，如“目的因”一样，或许暗含着有一种具有规划能力的智能，它决定了物种的各种特征能达到某些目的。
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除了组成物体的质料和形式之外，阿奎那超越了亚里士多德的观点，他指出还有物体的本质（质料加上形式）和它的存在。是什么（它的本质）不同于是（它的存在）；不然的话，本质总是存在，与事实不符。更进一步，如果存在等同于特定存在者，那么任何存在者都会是特定的那一种——这又与事实不符。由于阿奎那强调存在是一切物体最重要的现实性，没有它甚至形式（本质）不能成为现实，他对形而上学做出了特殊贡献。
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此外，阿奎那还强调了没有事物可以成为自己存在的原因，因为在它存在（作为结果）之前已经有存在它的需要（作为原因），这是一个矛盾。因此任何将存在事物必须以已经存在的事物为自己存在的原因，而最终推至没有起始因的存在原因（Uncaused Cause of Existence）——上帝。因此阿奎那超越了亚里士多德把上帝理解为纯实现（Pure Act；因为上帝是不变的，没有起始）的概念，他把上帝理解成存在的纯实现（Pure Act of Existence）。
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我们能知道上帝本质的一些方面。我们知道上帝是自在的完美存在，是我们所知的宇宙的来源。然而只有通过《圣经》，人们才能够知道创造物是如何代表着神圣理念的实现（经过实质变化的柏拉图哲学）。
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根据阿奎那的哲学，这些石头是不同的几团质料，但是它们都有相同的形式，因此都是石头。同样，所有自然物体都由质料和形式组成。此外，是什么（它的本质：物质加上形式）不同于是（它的存在）。
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托马斯的宇宙论（宇宙是一个有序整体的理论）建立在宇宙以地球为中心的观点之上，阿奎那的心理学也是如此。地球是宇宙的中心，人类是地球存在的中心。请记住亚里士多德认为质料是被动的，而形式是事物中有效的、主动的原则。对于阿奎那来说，人类身体的“本质形式”是灵魂。当然灵魂不是物理的东西；它是没有质料的纯形式。作为纯形式，灵魂是不灭的、不朽的，是人类行动和生命的原则。个体形式的灵魂也是不朽的：他或她独有的灵魂都是不朽的。每一个灵魂都是上帝的直接创造，不是来自父母。它与身体互相依靠。人类的存在是身体和灵魂的统一。阿奎那认为没有灵魂，身体就没有形式，而没有身体，灵魂就不能获得来自感觉的知识。