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在中世纪盛期，大学纷纷建立，其中包括闻名遐迩的巴黎大学。这是索邦大学的照片，它是组成这所大学最有名的学院之一。它由法国神学家罗伯特·德·索邦（Robert de Sorbon）于 1247 年建立。
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在第二类思想者中，圣托马斯·阿奎那（St. Thomas Aquinas，1225—1274）是最为关键的人物。他的哲学在 1879 年被教皇列奥十三世定为天主教的官方哲学。直到今天，阿奎那的学说体系仍然是天主教学校里教授的正统哲学，因此阿奎那的思想仍然直接地影响着现在的人们。
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阿奎那有机会接触从希腊文直接翻译过来的亚里士多德的著作（不是由阿拉伯文译本再转译的拉丁文译本），他对亚里士多德有精深的了解。就像奥古斯丁将柏拉图哲学和基督教结合在一起，阿奎那也把基督教同亚里士多德哲学融合了起来，他实际上是将希腊哲学家的原理和特征嫁接到基督教启示的真理上，其结果是建立起了一个由知识论、形而上学、伦理学、政治哲学、法律哲学理论构成的完整的基督教哲学。在本书中我们还会再碰到阿奎那。
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阿奎那还有一方面值得一提。在阿奎那生活的时代，哲学和神学终于开始走上不同的道路。没有人能比阿奎那更关心两者之间的界限。他的主要观点是哲学建立在理性的认知上，而神学的基础是由信仰带来的启示真理。
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阿奎那确信存在一个秩序井然的真实的外部世界，人类可以获得对这个世界的知识。他不相信实在出自人类的思想，他对人们攻击科学的价值也不抱以同情。然而，阿奎那认为我们即使可以获得关于自然世界正确的知识，这样的知识也是不充分的。它没有考虑另外一个世界——超自然的真理世界。阿奎那认为人类理性无法理解这个世界的大部分内容，包括基督教信仰最深刻的方面：三位一体、上帝道成肉身，以及耶稣复活。这些奥义超越了我们的理智，是我们的能力无法企及的。
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尽管这些神秘的事物超越人类的理性，阿奎那认为它们并不与理性互相对立。真理只有一个，一部分可以通过理智达到，而一部分则要依靠信仰。对于阿奎那来说，人类理性能够知道上帝存在，也能知道有且只有一个上帝。然而，有关上帝存在的其他方面却不甚了了。最后一点，哲学只是神学的婢女——理性是信仰的工具。
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阿奎那形而上学的主要观点可以总结如下。阿奎那认为，变化可以用亚里士多德的四因说理论来解释：动力因产生变化；质料因是变化的材料；形式因是事物的形状；目的因解释了为什么存在变化。（见“为什么人类直立”一栏）
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他赞同亚里士多德的观点，所有自然物体都由质料和形式组成。质料就是组成物体的材料，在变化过程中保持不变，而形式决定了物体的种类。由于是不同的两团质料，两块石头不同，又由于形式相同，它们都是石头，因此两者相同。与柏拉图-奥古斯丁传统不同，阿奎那认为物体的形式不能独立于质料存在。
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为什么人类直立？
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阿奎那说有四个原因：
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（1）动物用它们的感觉器官来寻找食物。因为感觉器官大多在脸上，它们的脸朝着地面。相比之下，人类用感觉来寻找真理，为了这个目的，他们能够向上和向四周看就更好。
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（2）大脑在身体其他部分之上时能够更好地运作。
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（3）如果我们四肢着地，我们的手就不能空出来做别的事情。
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（4）如果我们四肢着地，我们就不得不用嘴来拿食物，这样我们的嘴唇就会变厚，变硬，妨碍说话。
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简言之，我们直立行走是因为这么做能最好地达成一些目的（交流，寻找真理，使用双手和大脑）。这是一种目的论解释，与第四章中的亚里士多德有关。类似这样的解释，如“目的因”一样，或许暗含着有一种具有规划能力的智能，它决定了物种的各种特征能达到某些目的。
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除了组成物体的质料和形式之外，阿奎那超越了亚里士多德的观点，他指出还有物体的本质（质料加上形式）和它的存在。是什么（它的本质）不同于是（它的存在）；不然的话，本质总是存在，与事实不符。更进一步，如果存在等同于特定存在者，那么任何存在者都会是特定的那一种——这又与事实不符。由于阿奎那强调存在是一切物体最重要的现实性，没有它甚至形式（本质）不能成为现实，他对形而上学做出了特殊贡献。
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此外，阿奎那还强调了没有事物可以成为自己存在的原因，因为在它存在（作为结果）之前已经有存在它的需要（作为原因），这是一个矛盾。因此任何将存在事物必须以已经存在的事物为自己存在的原因，而最终推至没有起始因的存在原因（Uncaused Cause of Existence）——上帝。因此阿奎那超越了亚里士多德把上帝理解为纯实现（Pure Act；因为上帝是不变的，没有起始）的概念，他把上帝理解成存在的纯实现（Pure Act of Existence）。
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我们能知道上帝本质的一些方面。我们知道上帝是自在的完美存在，是我们所知的宇宙的来源。然而只有通过《圣经》，人们才能够知道创造物是如何代表着神圣理念的实现（经过实质变化的柏拉图哲学）。
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根据阿奎那的哲学，这些石头是不同的几团质料，但是它们都有相同的形式，因此都是石头。同样，所有自然物体都由质料和形式组成。此外，是什么（它的本质：物质加上形式）不同于是（它的存在）。
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托马斯的宇宙论（宇宙是一个有序整体的理论）建立在宇宙以地球为中心的观点之上，阿奎那的心理学也是如此。地球是宇宙的中心，人类是地球存在的中心。请记住亚里士多德认为质料是被动的，而形式是事物中有效的、主动的原则。对于阿奎那来说，人类身体的“本质形式”是灵魂。当然灵魂不是物理的东西；它是没有质料的纯形式。作为纯形式，灵魂是不灭的、不朽的，是人类行动和生命的原则。个体形式的灵魂也是不朽的：他或她独有的灵魂都是不朽的。每一个灵魂都是上帝的直接创造，不是来自父母。它与身体互相依靠。人类的存在是身体和灵魂的统一。阿奎那认为没有灵魂，身体就没有形式，而没有身体，灵魂就不能获得来自感觉的知识。
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阿奎那的认识论建立在亚里士多德灵魂三种力量的概念上，也就是植物（比如繁殖）、动物（比如感觉）和人类（比如理智）。阿奎那也同意亚里士多德人类的认知是相对被动和接受的思想。只有思想中的图像与呈现的现实一致的时候（adaequatio rei et intellectus），才能获得知识。这是经验的知识，因为它从经验中来，建立在感官的观察之上而不是分有神圣的理念。然而，感观经验达到个别的存在物体，发现表示事物定义的本质才能产生知识。发现本质需要想象和人类的智慧。
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最后让我们来关注一下阿奎那思想中对上帝存在的证明。我们将在第十三章进行仔细的研究，但在这里先提一下。由于事物必须有一个终极原因、创造者、设计者、存在的来源或者善的来源，也就是上帝，对上帝的证明多种多样。然而我们凭借的是上帝不是什么来了解有关上帝本质的知识。比如，因为上帝是不动和不变的，所以上帝是永恒的。因为他不是物质的，不能分割，他是完全单一的。因为他不是由他物构成的，不是由本质和存在构成的：他的本质就是他的存在。
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阿奎那认为一个聪明人的任务是找到自然世界的秩序和理性。现实虽然错综复杂，却安排得井然有序，显示着人类的伟大。阿奎那在教会和教皇权力极盛时期创造了哲学-神学体系。在 19、20 世纪对他的哲学的兴趣经历了一次有力的复活。这些思想在教会机构和以宗教为主导的日常生活中，仍然扮演了至关重要的角色。
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