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1946年1月下旬，由美国联络的八个同盟国（英、法、苏、中、加、荷、澳、新）分别提出了东京审判的法官人选。盟军最高司令部总司令麦克阿瑟按照美国政府的提案设立特别A级国际法庭。1月19日远东国际军事法庭成立，并在一个月后任命了包括美国代表在内的九名法官。而菲律宾和印度两国此时尚未确定参加，直到远东委员会在1946年4月3日召开会议讨论美国提案，将印度和菲律宾添补进审判参加国。至此东京审判的参加国确定为十一个，远多于纽伦堡审判的英、法、苏、美四国。
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在稍早于东京审判开庭的纽伦堡审判中，来自英、法、苏、美的四位法官积极合作，成功地结束了世界上首个国际刑事法庭的案件审理并达成统一判决。东京审判的情况则迥然不同：开庭不久，法官团之间就出现了明显的意见分歧，逐渐形成多数意见派及个别意见派，甚至连庭长本人都身处少数派阵营。这一情况与法官对反和平罪的不同理解和主张是密切相关的。
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如前章所述，反和平罪是二次大战后国际社会首次提出的适用于侵略战争的罪名，也是纽伦堡法庭和东京法庭的主要管辖范围。围绕着反和平罪是否为事后法的问题，不但辩方自始至终都在质疑其合法性，而且法官间的意见分歧也多由它而起。
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1946年5月13日，辩方向法庭提起管辖权回避动议，即认为法庭没有对反和平罪和反人道罪的管辖权。此后法官内部就该问题讨论时（主要围绕反和平罪问题），以英国法官帕特里克为首的宪章支持派成为多数，但反对的声音亦十分强烈，法庭一时难以达成一致。有鉴于此，法庭于四天后驳回该动议，并宣布“驳回的理由将在未来公布”。5月17日，姗姗来迟的印度法官帕尔（Radhabinod Pal）甫一到任，就向其同事明确地表达了“反和平罪系非法”的观点，于是法官团内部的意见对抗愈发激烈——原本九国法官已经同意即便彼此存在少数意见也不对外公开，但这一默契局面被帕尔打破：他拒绝在此前法官们就少数意见达成的书面协议上签字。
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可以说对反和平罪的立场成了区别多数派与少数派法官的标志。前者重视国际军事审判的普遍性和先驱性价值。他们认为，在日本投降之时，侵略战争已经是国际法上的犯罪行为。因此，作为职责仅包括事实认定的法官无权再对宪章评头论足。11国法官中，英国、加拿大、新西兰、中国、苏联、美国、菲律宾法官大抵都持这一立场，其中尤其以英国的帕特里克（William Donald Patrick）、加拿大的麦克杜格尔（Edward Stuart McDougall）及新西兰的诺斯克罗夫特（Erima Harvey Northcroft）的英联邦三法官为核心。多数派观点沿袭了纽伦堡审判的法庭观点，最终也反映在东京审判的判决书中。持不同意见的澳大利亚、荷兰、法国、印度法官则各自从不同理论角度出发，对法庭的反和平罪管辖权及事后法问题抱有怀疑甚至反对态度。这些不同意见的产生，与法官本人背景、审判运行体制乃至国家关系等均密切相关。
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1947年1月30日，意见不一的法官团终于在一件事上达成一致：有关管辖权问题的判定留待最终判决时再做宣布。如此，法官们的意见分歧一直持续到庭审终结，最后以少数派法官在判决书之外各自再撰写个别意见书告终。
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二、撰写判决书：分裂与合作
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鉴于东京审判法官团在几个基本法律问题上彼此难以调和的立场，法官们已感觉到撰写统一判决书的希望越来越渺茫。当确定印度、荷兰法官将出具反对意见后，帕特里克和诺斯克罗夫特法官分别于1947年3月和4月向伦敦汇报这一困境，暗示如果出现法官反对意见，非但东京审判要成为儿戏，连纽伦堡审判的成果也会受到波及。5月14日，英国上议院大法官法院形成关于此事的两种意见：其一，由麦克阿瑟从中斡旋；其二，由同盟国战争罪行委员会委员长，澳大利亚人莱特（Robert Wright）爵士前往东京说服反对派法官。然而，这两个方案均未付诸实现。
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就在同年11月10日，庭长韦伯被澳大利亚政府召回国内担任原职，缺席审判了一个多月。有学者认为韦伯被召回国的重要原因就在于他没有和宗主国英国站在同一战线，妨害了统一判决的形成。有趣的是，作为最大反对派的帕尔法官正巧也离开法庭回国。在两位重要的反对派人士缺席的情况下，1948年3月，东京审判判决书的“多数派起草委员会”成立，继而开始了判决书的撰写准备。
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图4-1 1947年11月至12月庭长缺席庭审期间，法庭将澳大利亚国旗旁置。代理庭长克拉默及美国国旗的位置挪至法官席中央
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多年以后，荷兰法官勒林（Bernard Victor A. Röling）回忆，判决书的“大体方针本应在由全体法官出席的内庭会议上讨论……不过事实并非如此”。梅汝璈法官在6月致外交部函电中亦表示：“十一位同仁间，以法律基本主张即对判决书写法意见之歧义，撰拟全判决书之则，已由多数派完全负起。”草拟判决书的工作具体被分为七个部门，由七个部门负责：①序论；②对中国东四省（满洲）侵略；③对华全面侵略；④日、苏关系；⑤全面侵略之准备；⑥太平洋战争之发动及扩大；⑦日军暴行。各部门负责之法官需“指导法庭助理人员，根据证据及记录，就日本侵略战争之准备，及对各国实行侵略之经过史实，各部门草拟初稿”。草案形成后再由多数派起草委员会进行修订和认可。一个月后，梅汝璈法官致电外交部，由他负责的“日本对华全面侵略史实确认之一”已经通过多数派法官会议审查通过。
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不过，少数派法官并非完全隔绝于判决书的撰写过程。多数派判决草案会分发给少数意见法官，如有异议可以通过书面方式相互告知。除了帕尔，其他少数派法官在观点上也并非处处针锋相对。梅汝璈法官甚至向外交部表示：“庭长与吾人见解相差甚微，表示会后仍将参加（多数派）。法、荷两国亦有参加可能。”当然在此事的判断上，梅法官多少有些过于乐观，法、荷两国法官最后并未加入多数派。需要指出的是，尽管由法庭多数派负责的部分即关于事实认定部分构成了东京审判判决书的主体内容，但判决书还有一项重要内容，即讨论及厘定被告个人之责任并决定量刑部分。此项工作系“全体法官十一人经长久讨论，热烈争辩后，而以投票表决方式而定”（梅汝璈）。从这个角度来说，并不能完全将东京审判的判决简单地归为“多数派意见”，而仍然可视之为某种程度上的全体“合作”。
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1948年7月下旬，判决书的一部分内容通过确认后，日文翻译工作随即启动。带领翻译组的是日本当时的知名法学家横田喜三郎，长洲一二及日本外务省官员真崎秀树。翻译工作在盟军的严密监视下于一处私人（服部钟表店社长服部玄三）宅邸进行。另一方面，少数派意见法官也继续各自撰写个别意见书，其中帕尔法官的反对意见早在6月就已在盟军驻日总部开展翻译工作。大约于正式宣判前一个月的时候，法庭判决书的全部内容得以完成并审议通过。就这样，东京审判的审理用了两年，判决工作亦花费半年之久。
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三、宣判、处刑与释放
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1948年11月4日，东京审判重新开庭，至11月12日，宣读判决书总共用了7天（不含两个休息日）。25名被告有7名被判处绞刑，16名无期徒刑，1人20年有期徒刑，1人7年有期徒刑，具体判决罪项以及法官关于死刑的投票情况见表4-1及4-2。韦伯庭长表示除了判决书，其他法官的少数意见并不会当庭朗读，仅作归档。
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表4-1 法庭关于是否判处死刑的投票结果（推测）
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说明：√“表示赞成死刑，“ד表示反对死刑。此结果见児島襄《東京裁判·下卷》，中央公論新社，1971年。
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11月24日，被告土肥原及广田弘毅的美籍辩护律师向美国最高法院提出上诉，要求释放被告。继之被告木户幸一、冈敬纯、佐藤贤了、岛田繁太郎、东乡茂德等亦提出上诉。美国最高法院起初以微弱多数通过受理日本战犯的上诉，但最终迫于国际舆论和本国政府压力，以此申诉不属于法庭管辖范围为理由，宣布不再审理土肥原等被告的上诉。12月23日，7名死刑被告在关押地巢鸭监狱被执行绞刑。
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此时巢鸭监狱内仍关押着许多A级战犯嫌疑人，而同盟国的战犯政策已经在内外诸多因素的影响下发生变化。1948年12月24日，盟军最高司令部将剩余17名A级战犯全部释放，并宣布不再进行审判。这批人当中就有后来重返政坛并于1957年成为首相的岸信介。1951年日本与同盟国签订《旧金山和约》后，日本国内关于释放和赦免战犯的运动逐渐兴起，1952年日本众议院全体会议多数通过了《关于释放战争犯罪受刑者的决议》，至1956年3月末，所有巢鸭监狱在押人员都被释放。
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