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东京审判行将结束之际，法官们裁定共同谋议不适用于普通战争罪、反人道罪和谋杀罪，而只能用于反和平罪。基于这一决定，在1948年11月的宣判阶段，法庭只对普通战争罪暨反人道罪的第54、55两项诉因做出判决和科刑。尽管只有两个涉及暴行的诉因被保留下来，但检方在暴行罪起诉中的策略，即力图证明各地广泛发生的暴行是自上而下有组织、有命令地实施的论证被法庭接受。判决书认为，日军的暴行不仅规模巨大、受害者众多，而且在庞大的亚洲——太平洋战场，又完全采取同样的方法，所以只能有一个结论，也就是说只能有一种暴行。这种暴行或由日本政府或个别官吏及部队指挥官所密命实行，或为他们故意纵容。判决书同时指出，日本的战俘管理机构和规章形同虚设。太平洋战争爆发伊始，日本政府也曾设立处理战俘的机构，并为此制订了规章制度，但法庭认为它们没有起到防止暴行的作用，这些制度只是做些表面文章，它们对阻止日军非人道的野蛮行径所为有限，同时也不符合通行的国际条约和惯例。最终，数名被告被认定在多起日军重大暴行中负有“直接责任”或“不作为责任”而被追究个人刑事责任。
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可以说，东京法庭的判决是以中日战争和太平洋战争之间的因果关系来明确日本的战争责任的。
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（三）罪状认定与量刑
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在对日本发动侵略战争的事实梳理完毕后，起诉书的诉因最终被精简到10项：诉因1:1928年——1945年对侵略东亚、太平洋、印度洋地域的共同谋议；诉因27:1931年9月18日——1945年9月2日以后对中国的侵略战争；诉因29:1941年12月7日——1945年9月2日对美国侵略战争；诉因31:1941年12月7日——1945年9月2日对英联邦侵略战争的实行；诉因32:1941年12月7日——1945年9月2日对荷兰侵略战争的实行；诉因33:1940年9月22日以后对法国侵略战争的实行；诉因35:1938年7—8月在哈桑湖区域对苏联侵略战争的实行；诉因36:1939年夏季在哈拉哈河区域对蒙古人民共和国和苏联侵略战争的实行；诉因54:1941年12月7日——1945年9月2日命令、授权及许可违反战争法规的行为；诉因55:1941年12月7日——1945年9月2日无视遵守对俘虏及平民条约的行为。
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法庭对25名被告的有罪认定和量刑见表4-2：
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表4-2 远东国际军事法庭被告有罪认定与量刑
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〇起诉——判无罪；●起诉——判有罪；△起诉——不作判定；空白——未起诉。
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说明：最初被告为28人，后因永野修身、松冈洋右在审判中病死，大川周明因精神问题免于起诉，故减为25人。
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概言之，除重光葵和松井石根之外的所有被告都被认定“共同谋议”一项有罪。松井石根（诉因55）、大岛浩（诉因1）和白鸟敏夫（诉因1）三名被告则只有一项有罪认定。而松井最终因普通战争罪的不作为责任判处死刑，另两人则都被判无期徒刑。也就是说，在东京法庭的量刑标准中，普通战争罪一项即罪可致死，但没有被告以单纯的反和平罪罪名被判处极刑。这应当是法庭出于慎重的考虑，在没有明确先例的情况下将反和平罪的最重惩罚定为无期徒刑。
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图4-2 宣判期间的被告席
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7名被宣判为绞刑的被告
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有学者认为东京法庭（纽伦堡法庭亦然）做出这种区别惩罚的背景在于：法庭认为相对于反和平罪，战争暴行是更加深刻的国际犯罪。另一种可能则是反和平罪的法理在当时还没有被广泛认知，因此才要避开极刑。以法庭对东条英机的量刑为例，尽管受到多条指控，但他被判绞刑的最直接根据是东条系日军多起暴行的责任人——法庭认定他以首相和陆相的身份允许甚至鼓励非人道和非法地劳役俘虏。而这一项有罪判决基本确定了东条最终的死刑刑罚。另一名被告，作为文官（外务大臣）的广田弘毅量刑同样如此。关于他的死刑判决在当时便引起争议，法官六比五的投票更是增添了戏剧因素，但如果从法庭重罚普通战争罪的角度看来，这一判罚并不难理解。
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二、庭长的个别意见
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庭长韦伯认为被告有罪的根据与多数派意见不同，单独撰写了一份21页的个别意见书。实际上他还撰有一份长达637页判决意见，内容与其简短的个别意见书保持一致，只是因其从未公开发表而少为人知，实际上它能够更完整、更具体地反映韦伯的法律观点。英美法系的一个惯例是由庭长撰写“先导判决”作为法庭最终判决的基础，远东国际军事法庭同样依循此例。
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1946年11月27日，韦伯就向他的法官同事们传达了这份《庭长判决》，并于1947年1月20日最终完成。从这份《庭长判决》来看，韦伯对共同谋议罪行的概念在法庭上的适用性提出了质疑。对于阴谋发动侵略战争，多数派意见判决书倾向于模糊参与者个人的作用而进行一个笼统的叙述，韦伯则集中讨论了导致日本对中国及其他国家进行攻击的一连串复杂事件中每一个人的作用。这部分内容在庭长判决中占据了约60%的内容。韦伯认定所有被告都应被判犯有战争罪行，只是在责任理论方面韦伯论述的核心与多数判决有所区别：日军犯下的战争罪行，如此之多，如此恶劣，所有日本领导人显然已经知道，这些被告更应该知道。但他们没有采取任何有效的措施制止这些罪行。同时庭长判决强调被告有职责将问题提交给内阁，如果内阁无法解决，就该提交给天皇本人。在量刑问题上，韦伯认为对犯有普通战争罪和反人道罪的被告都不应判处死刑，原因之一在于所有被告的最大上级，也就是日本天皇已经被授予了豁免权。他认为更合适的刑罚是终生流放海外。
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战争犯罪研究学者大卫·科恩（David Cohen）认为这份《庭长判决》几乎是一份完整的关于审判和被告法律责任根据的说明。但对它的评价却出现了两种截然不同的观点。科恩认为它“提供了多数意见判决严重缺失的东西：对事实裁决的依据和结论前后一致、论争充分和逻辑合理的说明”；“假设韦伯的《庭长判决》为法庭采纳作为多数意见判决，法庭受到的许多批判可能就会避免”。而日暮则在其书中表示韦伯“急躁”“神经质”，为其他法官所不喜。至于其判决意见甚至受到了“稳重谨慎的中国法官的批评”，新西兰法官诺斯克罗夫特更是讽之为“学生所写的糟糕国际法论文”。科恩则在著作中明确表示韦伯是位资深的战争犯罪方面的法律专家，拥有东京审判其他法官无人可比的经验。他在法庭上表现出的高压专制亦可解读为对审判进程的把控以及为实现公平审理所花的心思——从庭审记录来看，韦伯多次向检辩双方建议更加有效的法庭询问方式。对韦伯的庭长判决及其法律观点究竟应如何解读，仍有待法学研究者进一步客观地研究。
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三、印度法官的反对意见
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印度法官帕尔无疑是东京审判中极为特殊的一位，他是唯一主张全体被告无罪的法官。从庭审后期，帕尔便经常因为撰写个人意见而缺席审判，其长达1241页的意见书在1948年6月就告完成并进入了翻译阶段。帕尔的主要观点包括①不存在共同谋议罪；②反对侵略罪非法；③反和平罪是法庭事后法的结果；④个人不负国际法上的刑事责任；⑤不作为不构成犯罪；⑥日本袭击珍珠港属于自卫而非侵略。从意见书内容来看，尽管帕尔基本认同日军在各地战场大量实施暴行的事实，甚至认同检方关于同类型暴行在大范围内反复发生的主张，但他坚决否认被告应承担责任。其基本主张可以归纳为：“国际检察局在东京法庭上用错误的法律和错误的证据对战败国的领导人进行不实、不当的指控和处罚。”
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帕尔全员无罪主张的思想渊源与其本人在殖民地的成长背景有关。在帕尔意见书中能够强烈地感觉到他对当时国际法秩序正当性的怀疑。帕尔认为，目前国际社会秩序基础的法律原则都只是为了强国方便地压榨弱国而已，因此东京法庭无非是大国机会主义的延续。荷兰法官也曾表示：“虽然他（帕尔）引用法律观点替日本战犯开脱罪责，但实际指导他的逻辑却是他的反帝政治逻辑。”科恩指出它的最大问题在于“没有为他认为无罪的每一名被告提供一份个人的合理裁决”。这使得《帕尔意见书》更像是一份政治檄文。