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远东国际法庭的筹建由美国国务——陆军——海军协调委员会（The State-War-Navy Coordinating Committee，SWNCC）负责。协调委员会制定了《美国关于远东战争罪犯的逮捕和处罚的方针》作为远东战犯起诉的指导文件，并希望迅速推动审判的筹备。杰克逊（Robert H. Jackson）大法官也认为，比起纽伦堡模式，建立多国协商基础上的统一的检察体制，更有利于整合审判筹备和立证工作，效率也会更高。因此，一系列审判筹备任务，诸如进行战犯调查、实施起诉的特别机构、任命法庭法官、遵循纽伦堡的先例制定适用法和审判程序等，皆由麦克阿瑟承担。然而，后来的事实证明，麦克阿瑟的这些权限大部分只是流于名目，绝非人们所认为的大权独揽、一手遮天。基于司法独立考虑，麦克阿瑟对宪章和法庭适用的法律并没有解释权，他的开庭前演说被拒绝，甚至开庭后基于宪章规定的迅速审判原则对法官和检察官加快审理进程的催促也没有产生什么实际效果。认为麦克阿瑟一手操纵了裕仁天皇的起诉豁免也没有得到原始文献的证实。事实上，麦克阿瑟并没有官方或非官方的决定裕仁天皇问题的权力。可以说，麦克阿瑟对东京审判的个人影响微乎其微。
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1946年1月下旬，8个同盟国都提名了法官人选。在此基础上，麦克阿瑟得以按照美国政府的命令，于同年1月19日宣告远东国际军事法庭成立，颁布《远东国际军事法庭宪章》，并在一个月后任命了包括美国代表在内的九名法官。成功设立法庭之后，美国政府向远东委员会寻求首肯。远东委员会予以承认。这表明，东京法庭是基于国家间的一致意见设立的。
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东京法庭的程序模型是简易程序，它基于美国军事委员会为审判外国人而设置，并在1942年奎瑞案（Ex Parte Quirin）中适用过，后在《纽伦堡宪章》中被采用，规定了法庭可以“尽最大可能采用并运用高效而不拘泥于技术性的程序”。
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这一程序模型采用了1946—1948年国际通用的外国人在本国受审应当适用的标准，其基础是基本的正义标准。根据1935年哈佛研究小组公约草案（Harvard Research Group Draft Convention），如果“对一个接受起诉或惩罚的外国人没有公正和人道的对待，没有在独立的法庭进行公正审判，而是对其实施了过度残忍和不寻常的惩罚以及不公正的歧视”，必定导致明显不公正的结果。战后审判必须保证外国人享有的正当程序权利，包括：自由进入法庭，接受正式指控，进行公开审理，有权雇佣律师，有当庭质证的权利，等等。其他国内审判的要求，如上诉的权利、询问判决理由的权利以及要求陪审团审判的权利，在国际法中不是必需的。
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这一程序模型和诉讼标准在东京法庭宪章中得到了充分的反映。东京法庭宪章用了五章17个条文，对“法庭的机制”“司法管辖权及一般规定”“对被告人的公正审判”“法庭的权力与审讯的运作”以及“判决与刑罚”作出了具体规定，明确了法庭组织、审讯程序和证据规则等重要程序问题。
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二、东京审判的司法独立性
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（一）检察机构的独立性
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东京审判遵循了起诉法定、起诉便宜和控审分离原则。
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如前所述，基于起诉便宜主义的考虑，东京法庭采用了统合性更高的阶层式的统一检察体制。承担控诉职能的是国际检察局（International Prosecution Section，IPS）。
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1945年11月30日，杜鲁门总统任命季南为首席检察官，起诉日本的首要战犯。按照宪章第8款关于检察官事宜的规定，首席检察官负责对属于法庭管辖权内的战争罪犯进行调查和起诉，并对最高统帅予以适当的法律协助。参加远东国际军事法庭的11个国家则各派一名检察官担任陪席检察官，它们必须富有检察经验和法学知识。首席检察官和陪席检察官职能各异，分别负责诉讼的不同阶段：前者主要负责开庭陈词和结案陈词，后者则负责准备证据材料，并将案件内容组合到一起。他们彼此经常就案件进行漫长的讨论。
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1946年4月29日，国际检察局向远东国际军事法庭提交起诉书，并送交巢鸭监狱内的嫌疑人。
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1946年5月3日，远东国际军事法庭开庭，法庭执行官当庭宣读起诉书。起诉书说明了这次起诉的基本理由，即受军国主义和种族集团控制的日本连同德国和意大利企图主宰世界。起诉书共分三大类55项诉因，指控28名被告人犯有反和平罪、谋杀罪和其他违反战争罪和反人道罪。它以纽伦堡为例，清楚写明了每名被告人在发动或深化这场侵略战争中的行为，并分别予以指控。但与纽伦堡在起诉书附录中综合详述各项指控不同，此次起诉对每名被告人犯罪活动的内容逐项进行说明，因此有很多重复内容。此外，起诉书后列了5个附录以翔实说明各个诉因。
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总体来看，起诉书篇幅庞大，编排繁复，每一项指控的罪名都包含了很多累计控告，导致个人控告过剩。比如，仅反和平罪一项就包含了750多个个人控告。检方的意图，是把起诉书留给法庭“来决定对法律和事实最重要的部分”。事实上法庭也是这么做的，最终判决书将55项诉因削减为十项。
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检方基本按照宪章和程序规则行使了起诉裁量权，符合起诉法定的要求，严格遵循了诉因原则，并实现了控、审分离。
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（二）法官与法庭独立
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经常有人批评东京法庭是“胜者的法庭”，实际上，这一看法源于只看到法庭的外在形式，而忽视或者误解了东京法庭的实质。
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在法庭组成上，东京法庭的法官拥有深厚的法律专业知识、丰富的司法实务经验，更为重要的是，他们都秉持公正不倚的司法立场。这对审判的公正实施产生了重大的积极影响。11位法官中的六位都具有英、美普通法专业背景，法学素养深厚。他们中的大多数人都是在国内颇具盛名的刑事律师。庭长威廉·弗拉德·韦伯爵士（Sir William Flood Webb）曾先后担任澳大利亚昆士兰法院院长和澳大利亚最高法院法官。所有法官在庭前签署了一份联合确认书，承诺将“依法履职，秉公执法，不带任何恐惧、偏向或感情”。如前所述，韦伯庭长和所有法官都是坚定的司法独立主义者，并积极抵制麦克阿瑟试图管理法庭的努力，最终导致麦克阿瑟对法庭和审判的影响到了可以忽略不计的程度。
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法官成员中没有日本法官，尽管日本是受降国，也是当事国。但正如审判时担任被告人大岛浩辩护律师的岛内龙起所言：“无条件投降的被审判者与审判者同列于法官席，无论理论上和实际上都是不可能的。拥有至高至平权力统合世界所有国家的法庭的存在也是难以想象的。即使委托中立国审判和处罚罪犯也只是乌托邦式的幻想。”
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在审判组织上，东京法庭和纽伦堡法庭在人类历史上第一次创立了真正超越国家权力的超国家审判组织。可以说，正是二战造成的灾难性后果促使人类重新思考国家及国家主权等基本问题，结论是万国之上还有人类，国家主权在国际上应受国际法的约束，在国内亦应受行使合法性的约束。东京法庭和纽伦堡法庭以此种有限国家主权理论为基础，正式掀开了人类处罚“与国家主权相关”的国际犯罪行为的序幕。而东京法庭的独立性在于，它不代表某战胜国或个别战胜国集团，而是具有“国际主权”的实体，是超国家的国际法共同体之“受托管理人”。东京法庭建立在国家间主权平等理念之上，是二战后国际社会新秩序重构的重要环节，其审判权有着充分的国际法依据，不应因其“占领军特别法庭”的外在形式而忽视了它的司法独立性。
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（三）被告人的权利保障
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《远东国际军事法庭宪章》第三章名为《被告人的公正审判》，阐明了正当程序对被告人的保护，赋予被告人充分的权利保障，以确保公平的审判。
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宪章第九（A）款规定，起诉书对于被控诉的罪行应有清晰、精确及充分的说明，并准备日语副本，尽早送达每一被告人，从而保证了被告人的知情权，同时也给予被告人足够的时间在审判前作辩护准备。第九（B）款要求审判同时以英语和被告人语言进行，还要求在必要时翻译证据和其他文书。
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与纽伦堡的先例不同，东京审判的被告人还被赋予充分的辩护权。宪章第九（C）款规定，每一位被告人都有权自行选择辩护律师，但法律保留审查和否决提名的权利；如无人为其辩护，法庭可以根据申请指定。第九（D）款确立了每个被告人自行辩护的权利，包括诘问证人的对质权，但只限于控方选择召集的证人。第九（E）款还保证了被告人书面申请本法庭传唤证人和调阅文件的权利。
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东京审判的被告人获得了堪称豪华的律师团。日本辩护团中包括两位杰出的日本律师高柳贤三和清濑一郎，以及知名法学家小野清一郎、戒能通孝等。美国律师团具有极高的职业精神和操守，这对于缺乏辩护经验，且不习惯英、美法体系的日本籍辩护律师而言意义重大。在这个庞大的律师团的努力下，被告人们获得了质疑法庭合法性以及起诉书中所有罪状的机会，仅在法庭上，辩方就获得了187天的时间来回应检方的控诉。在对抗制的诉讼模式下，可谓充分实现了检辩双方的平等武装。
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对照当时的历史情境，这项权利更显得难能可贵。1945年诺贝尔和平奖获得者，美国前国务卿德尔·赫尔（Cordell Hull）当时曾主张，关于战争罪的现有法律和公约已经不足以处置南京大屠杀这种性质和规模的罪行了，索性彻底舍弃法律的细枝末节，“一枪毙了罪大恶极之徒”，更有利于实现法律的追求。理由是，他们的“罪行太过黑暗”，已经“凌驾于司法程序的范畴之外”。丘吉尔也抱有相同的看法，认为最好“把他们排成一行，然后枪毙”。在这种倾向于立即处决这些战犯的强烈氛围下，被告人们获得的辩护机会实在令人惊叹。
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