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1946年4月29日，国际检察局向远东国际军事法庭提交起诉书，并送交巢鸭监狱内的嫌疑人。
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1946年5月3日，远东国际军事法庭开庭，法庭执行官当庭宣读起诉书。起诉书说明了这次起诉的基本理由，即受军国主义和种族集团控制的日本连同德国和意大利企图主宰世界。起诉书共分三大类55项诉因，指控28名被告人犯有反和平罪、谋杀罪和其他违反战争罪和反人道罪。它以纽伦堡为例，清楚写明了每名被告人在发动或深化这场侵略战争中的行为，并分别予以指控。但与纽伦堡在起诉书附录中综合详述各项指控不同，此次起诉对每名被告人犯罪活动的内容逐项进行说明，因此有很多重复内容。此外，起诉书后列了5个附录以翔实说明各个诉因。
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总体来看，起诉书篇幅庞大，编排繁复，每一项指控的罪名都包含了很多累计控告，导致个人控告过剩。比如，仅反和平罪一项就包含了750多个个人控告。检方的意图，是把起诉书留给法庭“来决定对法律和事实最重要的部分”。事实上法庭也是这么做的，最终判决书将55项诉因削减为十项。
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检方基本按照宪章和程序规则行使了起诉裁量权，符合起诉法定的要求，严格遵循了诉因原则，并实现了控、审分离。
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（二）法官与法庭独立
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经常有人批评东京法庭是“胜者的法庭”，实际上，这一看法源于只看到法庭的外在形式，而忽视或者误解了东京法庭的实质。
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在法庭组成上，东京法庭的法官拥有深厚的法律专业知识、丰富的司法实务经验，更为重要的是，他们都秉持公正不倚的司法立场。这对审判的公正实施产生了重大的积极影响。11位法官中的六位都具有英、美普通法专业背景，法学素养深厚。他们中的大多数人都是在国内颇具盛名的刑事律师。庭长威廉·弗拉德·韦伯爵士（Sir William Flood Webb）曾先后担任澳大利亚昆士兰法院院长和澳大利亚最高法院法官。所有法官在庭前签署了一份联合确认书，承诺将“依法履职，秉公执法，不带任何恐惧、偏向或感情”。如前所述，韦伯庭长和所有法官都是坚定的司法独立主义者，并积极抵制麦克阿瑟试图管理法庭的努力，最终导致麦克阿瑟对法庭和审判的影响到了可以忽略不计的程度。
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法官成员中没有日本法官，尽管日本是受降国，也是当事国。但正如审判时担任被告人大岛浩辩护律师的岛内龙起所言：“无条件投降的被审判者与审判者同列于法官席，无论理论上和实际上都是不可能的。拥有至高至平权力统合世界所有国家的法庭的存在也是难以想象的。即使委托中立国审判和处罚罪犯也只是乌托邦式的幻想。”
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在审判组织上，东京法庭和纽伦堡法庭在人类历史上第一次创立了真正超越国家权力的超国家审判组织。可以说，正是二战造成的灾难性后果促使人类重新思考国家及国家主权等基本问题，结论是万国之上还有人类，国家主权在国际上应受国际法的约束，在国内亦应受行使合法性的约束。东京法庭和纽伦堡法庭以此种有限国家主权理论为基础，正式掀开了人类处罚“与国家主权相关”的国际犯罪行为的序幕。而东京法庭的独立性在于，它不代表某战胜国或个别战胜国集团，而是具有“国际主权”的实体，是超国家的国际法共同体之“受托管理人”。东京法庭建立在国家间主权平等理念之上，是二战后国际社会新秩序重构的重要环节，其审判权有着充分的国际法依据，不应因其“占领军特别法庭”的外在形式而忽视了它的司法独立性。
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（三）被告人的权利保障
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《远东国际军事法庭宪章》第三章名为《被告人的公正审判》，阐明了正当程序对被告人的保护，赋予被告人充分的权利保障，以确保公平的审判。
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宪章第九（A）款规定，起诉书对于被控诉的罪行应有清晰、精确及充分的说明，并准备日语副本，尽早送达每一被告人，从而保证了被告人的知情权，同时也给予被告人足够的时间在审判前作辩护准备。第九（B）款要求审判同时以英语和被告人语言进行，还要求在必要时翻译证据和其他文书。
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与纽伦堡的先例不同，东京审判的被告人还被赋予充分的辩护权。宪章第九（C）款规定，每一位被告人都有权自行选择辩护律师，但法律保留审查和否决提名的权利；如无人为其辩护，法庭可以根据申请指定。第九（D）款确立了每个被告人自行辩护的权利，包括诘问证人的对质权，但只限于控方选择召集的证人。第九（E）款还保证了被告人书面申请本法庭传唤证人和调阅文件的权利。
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东京审判的被告人获得了堪称豪华的律师团。日本辩护团中包括两位杰出的日本律师高柳贤三和清濑一郎，以及知名法学家小野清一郎、戒能通孝等。美国律师团具有极高的职业精神和操守，这对于缺乏辩护经验，且不习惯英、美法体系的日本籍辩护律师而言意义重大。在这个庞大的律师团的努力下，被告人们获得了质疑法庭合法性以及起诉书中所有罪状的机会，仅在法庭上，辩方就获得了187天的时间来回应检方的控诉。在对抗制的诉讼模式下，可谓充分实现了检辩双方的平等武装。
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对照当时的历史情境，这项权利更显得难能可贵。1945年诺贝尔和平奖获得者，美国前国务卿德尔·赫尔（Cordell Hull）当时曾主张，关于战争罪的现有法律和公约已经不足以处置南京大屠杀这种性质和规模的罪行了，索性彻底舍弃法律的细枝末节，“一枪毙了罪大恶极之徒”，更有利于实现法律的追求。理由是，他们的“罪行太过黑暗”，已经“凌驾于司法程序的范畴之外”。丘吉尔也抱有相同的看法，认为最好“把他们排成一行，然后枪毙”。在这种倾向于立即处决这些战犯的强烈氛围下，被告人们获得的辩护机会实在令人惊叹。
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东京审判冗长乏味的刑事诉讼程序让所谓胜利者复仇的枪口哑了火。对被告人辩护权的保障正是对“胜者的法庭”进行反驳的有力明证。
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三、东京审判的司法公正性
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东京审判采用了一种混合式诉讼模式，以英、美法对抗式的诉讼模式为主，兼具纠问式诉讼模式的某些特点。整个审判过程遵循了《远东国际军事法庭宪章》中的程序规定和证据规则。
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法庭没有采用陪审团进行审判，依据宪章第十一（B）款，法庭有权审问被告人，如果被告人行使沉默权拒绝回答问题，法庭有权进行评论。这与大陆法系的法官可以通过纠问被告人来追求真相的司法特点相符合。
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法庭的官方语言是英语和日语。但为了知情权的充分保障，在不同的审理阶段还分别使用了法语和俄语。由于不同语系之间翻译的难度极高，法庭还专门建立了一个语言仲裁委员会，并在法庭上使用同声传译，同时结合书面证据进行审理。
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法庭依据宪章第十五（B）款的规定，允许检方与被告人或其辩护律师代表分别在案件的每个阶段进行开场陈述。检、辩双方均可各自提出证据，由法庭决定是否采纳。检、辩双方均可当庭进行质证和辩论。结案时，检辩双方再各自进行总结发言，由首席检察官作最终陈词。
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远东国际军事法庭的证据规则极其繁复，是军事委员会和英国皇家认证审判战犯时使用的证据规则的综合，不受证据的技术规则的束缚，并且供认和被告人的陈述都可以作为证据接受。虽然宪章规定法庭有权补充制定证据规则，但东京法庭并没有这样做。
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事实上，东京审判面临着比纽伦堡审判更大的困难：更多国家的角力、法律制度的差异、文化差异和日本对重要文件的破坏等。但东京法庭宁可舍弃宪章中对“迅速”的基本要求，也要用程序正义确保审判的公正。
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东京审判共计开庭817次，历时416天，其中检辩双方向法庭提交证据的两个阶段占去了一半以上的时间。1194名证人中，419人出庭作证，证人出庭作证率达到35%。在庭审中，被告人充分行使了辩护权、沉默权、质证权，对法官提出了回避申请、管辖异议。被告人的辩护律师充分发挥了作用，检辩双方甚至围绕大量不相关的材料进行冗长的辩论。
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东京审判符合正当程序的要求，也一定程度反映出创设综合国际刑事程序的努力。东京审判的宝贵经验和教训，被后来的国际刑事法庭和国际刑事法院的规则、规约所吸收。对被告人权利的保障，也特别得到了《公民权利和政治权利国际公约》第十四款的充分印证。
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