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宪章第九（A）款规定，起诉书对于被控诉的罪行应有清晰、精确及充分的说明，并准备日语副本，尽早送达每一被告人，从而保证了被告人的知情权，同时也给予被告人足够的时间在审判前作辩护准备。第九（B）款要求审判同时以英语和被告人语言进行，还要求在必要时翻译证据和其他文书。
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与纽伦堡的先例不同，东京审判的被告人还被赋予充分的辩护权。宪章第九（C）款规定，每一位被告人都有权自行选择辩护律师，但法律保留审查和否决提名的权利；如无人为其辩护，法庭可以根据申请指定。第九（D）款确立了每个被告人自行辩护的权利，包括诘问证人的对质权，但只限于控方选择召集的证人。第九（E）款还保证了被告人书面申请本法庭传唤证人和调阅文件的权利。
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东京审判的被告人获得了堪称豪华的律师团。日本辩护团中包括两位杰出的日本律师高柳贤三和清濑一郎，以及知名法学家小野清一郎、戒能通孝等。美国律师团具有极高的职业精神和操守，这对于缺乏辩护经验，且不习惯英、美法体系的日本籍辩护律师而言意义重大。在这个庞大的律师团的努力下，被告人们获得了质疑法庭合法性以及起诉书中所有罪状的机会，仅在法庭上，辩方就获得了187天的时间来回应检方的控诉。在对抗制的诉讼模式下，可谓充分实现了检辩双方的平等武装。
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对照当时的历史情境，这项权利更显得难能可贵。1945年诺贝尔和平奖获得者，美国前国务卿德尔·赫尔（Cordell Hull）当时曾主张，关于战争罪的现有法律和公约已经不足以处置南京大屠杀这种性质和规模的罪行了，索性彻底舍弃法律的细枝末节，“一枪毙了罪大恶极之徒”，更有利于实现法律的追求。理由是，他们的“罪行太过黑暗”，已经“凌驾于司法程序的范畴之外”。丘吉尔也抱有相同的看法，认为最好“把他们排成一行，然后枪毙”。在这种倾向于立即处决这些战犯的强烈氛围下，被告人们获得的辩护机会实在令人惊叹。
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东京审判冗长乏味的刑事诉讼程序让所谓胜利者复仇的枪口哑了火。对被告人辩护权的保障正是对“胜者的法庭”进行反驳的有力明证。
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三、东京审判的司法公正性
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东京审判采用了一种混合式诉讼模式，以英、美法对抗式的诉讼模式为主，兼具纠问式诉讼模式的某些特点。整个审判过程遵循了《远东国际军事法庭宪章》中的程序规定和证据规则。
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法庭没有采用陪审团进行审判，依据宪章第十一（B）款，法庭有权审问被告人，如果被告人行使沉默权拒绝回答问题，法庭有权进行评论。这与大陆法系的法官可以通过纠问被告人来追求真相的司法特点相符合。
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法庭的官方语言是英语和日语。但为了知情权的充分保障，在不同的审理阶段还分别使用了法语和俄语。由于不同语系之间翻译的难度极高，法庭还专门建立了一个语言仲裁委员会，并在法庭上使用同声传译，同时结合书面证据进行审理。
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法庭依据宪章第十五（B）款的规定，允许检方与被告人或其辩护律师代表分别在案件的每个阶段进行开场陈述。检、辩双方均可各自提出证据，由法庭决定是否采纳。检、辩双方均可当庭进行质证和辩论。结案时，检辩双方再各自进行总结发言，由首席检察官作最终陈词。
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远东国际军事法庭的证据规则极其繁复，是军事委员会和英国皇家认证审判战犯时使用的证据规则的综合，不受证据的技术规则的束缚，并且供认和被告人的陈述都可以作为证据接受。虽然宪章规定法庭有权补充制定证据规则，但东京法庭并没有这样做。
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事实上，东京审判面临着比纽伦堡审判更大的困难：更多国家的角力、法律制度的差异、文化差异和日本对重要文件的破坏等。但东京法庭宁可舍弃宪章中对“迅速”的基本要求，也要用程序正义确保审判的公正。
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东京审判共计开庭817次，历时416天，其中检辩双方向法庭提交证据的两个阶段占去了一半以上的时间。1194名证人中，419人出庭作证，证人出庭作证率达到35%。在庭审中，被告人充分行使了辩护权、沉默权、质证权，对法官提出了回避申请、管辖异议。被告人的辩护律师充分发挥了作用，检辩双方甚至围绕大量不相关的材料进行冗长的辩论。
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东京审判符合正当程序的要求，也一定程度反映出创设综合国际刑事程序的努力。东京审判的宝贵经验和教训，被后来的国际刑事法庭和国际刑事法院的规则、规约所吸收。对被告人权利的保障，也特别得到了《公民权利和政治权利国际公约》第十四款的充分印证。
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1949年3月，来自新西兰的大法官艾瑞玛·哈维·诺斯克罗夫特（Erima Harvey Northcroft）在《给总理的备忘录》中写道：“法庭的决定是基于所有能够得到的证据，并且是在给予反对意见最充分的发表机会之后才做出的，而且我相信那是不偏不倚的。”
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东京审判的美籍辩护律师有许多出身军队，庭审初期他们统一着军装出庭。不过进入辩方立证阶段后他们又不约而同地穿上了西装
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小结
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如果说法律的演进，往往是人类历史一些最黑暗篇章的结果。二战后的东京和纽伦堡战争罪行审判无疑是黑暗后最令人欣喜的黎明。
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民族、宗教、种族、文化、国家之间常常因为不同的利益诉求和价值理念发生剧烈冲突，经过绵延数百年的战火洗礼使人们意识到——人类的某些共同利益可以超越单个国家的利益。
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20世纪初尚被认为是不可执行的道德规范的战争法则，已经获得了国际法的刚性地位，并使得国家及其领导人比以往任何时候都更加自觉地遵守国际法规范。道德力量、人道关怀和权利观念极大地推动了战争非法观向战争犯罪化的实质转变，反过来，通过战后的两大国际刑事审判，人类社会对和平和正义的诉求，对暴力和战争的厌恶也都达到了顶点。由此，战争成为国际社会公认的国际罪行，发起战争的国家领导人必须为破坏世界和平负起个人刑事责任。
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法律服务于正义的目的。“如果你想要和平，请为正义工作”，东京审判和纽伦堡审判体现了那个时代的法律共识，当时的国际社会成员第一次选择了“超国家”的国际刑事司法方式，完成了一次伟大的水到渠成的法律实践。
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东京审判遵循了程序正义的要求，有人甚至评价整个过程沉闷至极，在刑事诉讼程序下，“所有的事情都得一步一步来”。证据是庭审的中心，法官排除了庭内外的干扰，司法的独立、公正、公开得到了保证。在被告人辩护权对于当时的日本尚属新鲜见闻的时代，这场漫长的审判无疑是一场法律公开课和一本法治教科书，留给我们大量的法律成果，至今仍以深刻的方式贯穿在我们对现代国际法的理解和发展之中。
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东京审判区别于纽伦堡审判的，不只是参与到法庭中的国家更多，证据湮灭导致的犯罪认定更加困难，被告人共同谋议形成国家侵略政策的过程更加复杂难解；更在于这是一场跨越种族和东西方文明的审判。东京审判面临的非难，很多不是来自法律的批评，而是夹杂了许多难以言说的立场和情绪，打破这些隔阂，审判所追求的警示、宽恕和和解才会真正到来。
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著名国际刑法学家巴西奥尼教授（Mahmoud Cherif Bassiouni）曾说，法律是历史的一部分，历史如同一条长河在时间的河道里，时而停滞时而迟缓，或时而以其深蕴与强力冲向不可预知的目的地。法律有自己的生命，法律的演进和革新基于人类对自身命运思考和人类共同价值的追求。人们深信，世界建立在三大支柱之上——和平、安全和福祉。东京审判以深蕴与强力冲开了法律的障碍，开辟了历史的新航道，打开了国际法律进程和法治的新途。