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1946年1月19日《远东国际军事法庭宪章》作为盟军最高统帅部《盟军最高统帅部特别通告》之附件被公布（1946年4月26日修订）。宪章是远东国际军事法庭的主要法律条文，共五章十七条。其中规定了法庭的组织和管辖权等内容，确立了以英美法为主的诉讼程序。宪章以纽伦堡审判的《国际军事法庭宪章》为模板起草，同时根据远东国际军事法庭的情况作了一些变更。宪章体现了对反和平罪这一罪名的重视以及美国对审判的主导局面。《远东国际军事法庭宪章》同《国际军事法庭宪章》共同确立了一些重要的国际法原则和制度，特别是对反和平罪与反人道罪这两个新型罪行的法律实践，对战争法以至整个国际法的发展具有深远意义。
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法官选定
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1946年1月19日公布的《远东国际军事法庭宪章》规定：远东国际军事法庭的法官人数不得少于五人，不得多于九人。1945年的10月18日，美国国务院知会各同盟国将要进行的国际审判的概况和准备情况，并邀请同盟国派法官和检察官各一名参加。1946年2月5日，盟军最高司令麦克阿瑟任命澳大利亚法官韦伯为远东国际军事法庭庭长，同时任命其余八名法官。这九名法官各自代表在日本投降文书上签字的国家。4月26日，《远东国际军事法庭宪章》经过修改，法官的人数为了与远东委员会构成国数目一致，增补了印度法官和菲律宾法官。两人到任时已在开庭之后。
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国际检察局
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国际检察局（International Prosecution Section）。1945年12月8日由麦克阿瑟下令成立，主要负责对日本战犯的侦查、收集证据以及对日本战犯提出诉讼。局长为美国检察团首席检察官季南。1946年1月2日，以柯明斯——卡尔为首的英国检察团继最早抵日的美国检察团之后第二个到达日本，此后各国检察团陆续前来。2月16日的检察局成员会议上，已有英、中、加、澳、新各国检察团参加。此前美国检察团已经展开工作，但战犯名单迟迟未能制作完成。此困难局面在柯明斯——卡尔检察官全面介入此项工作后得到改善。到1947年，国际检察局的总人数达到了487人，其中美国工作人员占压倒性多数，其余国家的检察团队大多由两三名法律专家和事务人员组成。同时国际检察局对战犯的侦查活动也先后由两位前美国联邦调查局成员负责。
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东京审判法庭
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东京审判的法庭的常设地址位于东京市谷区的原日本陆军大厦，故亦称“市谷法庭”。此处曾是日本陆军士官学校，太平洋战争爆发后为日本陆军省本部。大厦共有三层，第一层即审判大厅所在，同时被告休息室、证人休息室、辩护律师会议及休息室、记者发报及休息室、旁听人休息室等都紧靠审判大厅。此外，书记官室及其管辖下的各机构工作人员办公室以及法庭记录、翻译、印刷人员、警卫、收发传达人员、勤杂人员等的工作和休息处均设在这一层。第二层主要是法官办公、休息及会议之用。第三层主要是供国际检察局人员办公及会议之用。
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审判大厅是远东国际军事法庭的中心所在，由原日本士官学校的礼堂改建而成。法官席在大厅上首靠墙处的高台，前方稍低处为法庭登记官、书记官和法官私人秘书工作桌。被告席位于大厅下首。大厅正中则是证人坐台、控辩双方律师发言台、控辩双方律师座席、翻译人员席和语言仲裁小组。大厅两侧分别是贵宾旁听席和记者席。此外，在记者席上方还有录音室和普通旁听席，后者大约有六七百人，其中一部分可供日本人旁听。不少被告亲属及普通日本人都渴望亲临审理现场，因此这部分座席的入场券往往一票难求。
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日本政府的审判对策
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战败后日本政府对即将到来的军事审判的着意点主要表现在三方面：（一）随着盟军最高指挥部开始对甲级战犯嫌疑人展开逮捕，日本政府迅速召开终战处理会议和临时内阁会议，决定“为使盟军的审判尽量公正，日本决定进行‘自主审判’”。然而此决议随即被盟军最高指挥部否决；（二）天皇的战争责任问题是日本政府最为关心的问题。内阁为此通过了作为日本政府与军部“关于战争责任之文件”，目的在于为天皇免责；（三）1945年11月23日的终战处理会议确定了以国家辩护为主的辩护方针，并有政府出面组织国家辩护，但首席检察官表示政府可向辩护团提供材料，直接出面辩护则违反《波茨坦公告》。东京审判的辩护团最终虽然为民间背景，但各政府部门包括外务省、海军均高度参与资料的搜集、调查。
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国家辩护和个人辩护
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日本在1945年9月12日的终战处理会议就东京审判的最高辩护方针做出了三项决议：（一）使天皇免于战争责任追究；（二）为国家进行辩护；（三）在前两项的范围内，尽力进行个人辩护。1946年6月18日，日本辩护团总会提出的“辩护根本方针”与日本政府的立场保持一致，强调国家辩护优先。然而辩护团内部对此项方针并未达成意见统一，一部分辩护律师对国家辩护先于个人辩护表示异议，一方面是由于不少辩护律师与一些被告原有私交，他们希望为作为个人的被告进行辩护；另一方面则是因为一些辩护律师本来就对日本国家和政府持批判态度。随着审理的推进，被告的各自立场逐渐显现，个人辩护的倾向也逐渐加强。尤其到了个人反证阶段，被告各自的辩护方针也有了明显的差异。一个突出的例子发生在审理偷袭珍珠港一段时，被告东乡茂德及岛田繁太郎的辩护出现了相互对峙的局面，其背后则反映了当时外务省与军部之间的对立。
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东京审判辩护团
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东京审判的辩护律师员最初大多是从战犯嫌疑人所属的政府相关部门（外务省、陆军部等）或是辩护律师组织中直接产生。1946年4月29日决定了28名被告之后，5月4日，“远东国际军事法庭日本辩护团”也随即成立，由鹈泽总明担任团长，清濑一郎担任副团长。为准备东京审判的辩护工作，各主辩护律师成立了东京审判辩护委员会，下设六个分科，组织收集证据、辩护企划以及联络等事务。另外，不同于纽伦堡审判，东京审判允许由美国律师出任被告辩护律师。1946年5月中旬，以海军大校科尔曼为首的第一批美籍辩护律师到达，后又在驻日美军中增加了两名辩护律师。他们的到来对于缺乏辩护经验并且不习惯英美法体系的日本籍辩护律师而言意义重大。在法庭上除了清濑一郎等少数几名辩护律师外，大部分出庭发言的工作都由美籍律师来承担。
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东京审判的翻译
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根据远东国际军事法庭宪章第三章第九条“公正审判之程序”规定，东京审判的工作语言为英语和被告人的母语。翻译包括口译和笔译两大部分。法庭开庭时，有每日当值的翻译人员，负责英、日语之间的互译。若有证人或律师使用中文、俄语、德语、法语、蒙语等其他语言，还需将它们翻译成英日两种语言。同样的，对一切向法庭提出的书面文件也须事先译成日文或英文（或同时译成两种文字）。担任口译和笔译的大部分工作人员是精通英语的日籍人员。偶尔法庭会借调其他部门人力帮忙，例如中国证人出庭时，他们证词的翻译工作大部分是有当时中国驻日军事代表团派人担任，一小部分是由中国法官的私人秘书担任的。法庭设有三人的“语言仲裁委员会”，当法庭上控辩双方在口译或文件翻译问题上出现分歧而请求法庭仲裁时，由该委员进行会商并立即向法庭报告，故该三人委员会开庭时须时时在岗。在实际执行过程中，翻译问题自始至终是一个重要而棘手的问题，表现在翻译人手的严重不足、英日两种语言准确互译的高难度以及审讯过程中临时涉及的其他许多语种的翻译等。
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起诉书
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东京审判的起诉书由国际检察局负责制作完成。1946年4月29日下午四时，首席检察官季南向法庭呈递经所有盟国检察官签署的起诉书原本。法庭命令将起诉书和宪章的副本提交给每一被告。起诉书分为前言、罪状和附件三个部分，起诉的时限从1928年1月1日到1945年9月2日为止，起诉的对象限于个人，并未同纽伦堡审判一样将“犯罪性组织”包括在内。在前言中简要说明了所控告的各名被告以及日本统治集团之犯罪活动的特征和政治意义。在第二部分也是起诉书的主要部分中提出了55项诉因。其中有对全体被告提出，也有对部分被告提出。诉因分为反和平罪、杀人罪、其他普通战争犯罪及反人道罪三大类。第三部分列出了五个附件，作为说明及充实各项控诉罪状的重要参考资料。然而起诉书的庞大篇幅和繁杂编排也成为自身最大的缺陷，以至于最终在判决书中，法庭将原先的五十五项诉因削减为十项。
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东京审判的诉因
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国际检察局起草的起诉书共分三大类55项诉因。其中第一类“反和平罪”共计三十六项（诉因一至三十六），系指控全体或部分被告参加、制定以及执行一个共同计划或阴谋，以发动侵略战争以及违反国际法、条约、协定和保证之战争；第二类“杀人罪”共计十六项（诉因三十七至五十二），系指对全体被告共同谋议进行屠杀和对部分被告在攻占某些城市时命令、指使及纵容大规模地屠杀当地平民和已解除武装的军人的指控；第三类“其他违反战争罪和反人道罪”系对部分被告共同计划或阴谋违反战争法规之控诉，以及对他们通过积极行为（命令、授权或准许）或消极行为（藐视自己的法律且不加制止）致使其部下得意肆意从事违反战争法规之行为的指控。起诉书划分的三大类诉因与远东国际军事法庭宪章规定的三类罪行（反和平罪、反人道罪、普通战争罪）并不完全一致，而是突出了普通战争罪中的杀人罪将之单列为一大类。而起诉书的第三类诉因仅仅对普通战争罪关于杀人罪以外的罪行进行指控，故单纯对被告进行反人道罪进行的指控在东京审判起诉书中式不存在的。起诉书这些特点被法庭认为缺乏逻辑和平衡，最终在法庭的判决书中这些诉因被削减为十项。
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东京审判的审讯程序
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东京审判的实际审讯程序基本按照《远东国际军事法庭宪章》第十五条的规定步骤进行，分为：（一）检方宣读起诉书；（二）法庭询问每一被告是否承认有罪；（三）首席检察官作开场陈词；（四）检方向法庭提交人证和物证；（五）辩方向法庭提交人证和物证；（六）检方对辩方证据进行反驳，可针对辩方证据提出己方新的证据作为驳证；（七）辩方对检方证据进行反驳，可针对检方证据提出己方新的证据作为驳证；（八）检方作总结发言；（九）辩方做总结发言；（十）首席检察官作最终陈词；（十一）法庭作出判决并宣读判决书。由于东京审判不论从法庭宪章还是法庭组成人员都带有明显的英美法系特征，其证据法则极为繁复。在耗时两年半的审判过程中，检辩双方向法庭提交证据以及法庭对于证据价值的讨论占据了大部分的审理时间。
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证人田中隆吉
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田中隆吉是日本军人中的“中国通”之一，毕业于日本陆军大学。1924年进入日本参谋本部“支那班”，1927年开始长期在中国从事情报活动。曾策划1932年“一·二八事变”及1936年“绥远事件”。1940年作为第一军参谋长赴太原进行针对阎锡山的工作，同年就任陆军省军务局长。后因对战争的立场与东条英机发生分歧，被编入预备役。1942年更是因“老年抑郁症”送入国府台医院住院。在东京审判的法庭上，田中以检方证人的身份数度出庭作证，对东条英机、武藤章、木村兵太郎、梅津美治郎、板垣征四郎、桥本欣五郎等被告作出不利证言，被当时的舆论指为“日本的犹大”。另一方面，他又作为辩方证人于1947年5月和9月分别就“张鼓峰事件”和被告畑俊六出庭作证。田中在审判结束后一度疑似精神崩溃，于1949年自杀未遂。在遗书中记述“作为日本军阀的一员，我就应该死在大东亚战争中……我也是主要战犯之一，特别是在北支那和满洲。我无法因免罪而释然。”1972年6月5日田中死于直肠癌，终年78岁。
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证人溥仪
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