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吏、户、礼、兵、刑、工六部在内部机构设置上基本相同。总体看来，在帝国中央政府各机关任职的吏员大多数为汉人。但在较高层的官员中，最高统治者总是力图维持汉人与满人的平衡（在这种平衡局面中，蒙古族人常被看作属于满人一方的力量，因为蒙古族人协助满人取得了北京的政权）。在重要的政府机构中，通常设两名长官、四名副长官。长官、副长官的任职比例按满汉民族分授。根据这一授官原则，刑部设有两名尚书，一名汉人尚书，一名满人尚书；另外，设有两名左侍郎和两名右侍郎，分别包括一名汉人、一名满人。这六名长官，包括三名汉人和三名满人，共同组成刑部的最高领导机构，名之为“堂”。
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在堂之下，分设17个“清吏司”。每一个清吏司都以一个或数个省的名称命名。详见下表：
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（1）奉天（包括整个中国东北）；
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（2）直隶（今河北）；
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（3）江苏；
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（4）安徽；
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（5）江西；
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（6）福建；
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（7）浙江；
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（8）湖广（包括湖南和湖北）；
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（9）河南；
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（10）山东；
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（11）山西；
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（12）陕西（包括甘肃和新疆，新疆于1882年成为省）；
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（13）四川；
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（14）广东；
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（15）广西；
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（16）云南；
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（17）贵州。
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一般情况下，每一个清吏司设两名郎中（汉人与满人各一名），两名员外郎和两名主事（亦汉、满分授）。可见，在官职分授方面，清吏司完全仿效部堂的原则。当然，由于某些特殊情况，个别清吏司在职官满、汉分授方面也有一些出入。因此，17个清吏司郎中、员外郎和主事的总数并不完全表现满、汉分授的平分原则。刑部17个清吏司郎中、员外郎和主事的总数见下表[11]：
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这些人员数字只涉及清吏司的长官，并不包括各清吏司的内部属员。
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各省案件报到刑部时，即由分管的清吏司接受。北京本身分为五个城区（东城、西城、南城、北城、中城），各城区所发生的案件须报刑部时，由刑部分管其他省份事务的几个清吏司分别接受。例如：中城的案件由江西清吏司受理，西城的案件由陕西清吏司受理。同样，中央政府其他机关发生的案件，例如吏、户、礼、兵、工五部以及宗人府、理藩院等机关发生的案件，也分别由分管其他省事务的清吏司受理。涉及满族人的各种案件，不论该案件发生于奉天还是发生在其他省份，一律由奉天清吏司受理。
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清朝的军队以“旗”为基本建制，共包括二十四旗，其中满人八旗、蒙古人八旗、汉人八旗。军队实行世袭制，汉人八旗军即那些曾帮助满人夺取北京政权的汉人的子孙（在本书所辑案例中，常出现“旗人”一词，这是广义的“旗人”，它泛指军队二十四旗中的所有成员，包括满人、蒙古人和汉人官兵。而“旗人”一词最初的含义，仅指满人）。八旗军以旗的颜色不同，分为正白旗、镶白旗、正蓝旗等等。各旗分别常年驻守不同地区。各旗所发生的案件若须报刑部时，以其驻守地区所属省份，分别由分管的清吏司受理。在没有省级区划、仅由军事首领管辖的边疆地区发生的案件，也分别由指定的清吏司分管，这类地区如察哈尔、热河以及1882年设省以前的新疆等。
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据统计，一个清吏司仅有六名属员。而从上文可以看到，很多清吏司分别有着很广的管辖范围，包括政府机构、八旗军、北京城区以及某些边疆地区。分管区域如此大，而属员又如此少，人们不禁要问，清吏司是否能有效地开展工作，履行自己的职责？[12]我们认为，清吏司能够维持其正常工作的原因之一在于：很多政府机构——例如钦天监——并没有什么案件需要上报刑部处理。