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根据我国《行政诉讼法》的规定，中级人民法院对下列特殊的行政案件拥有一审管辖权：
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1.确认发明专利权的案件和海关处理的案件
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确认发明专利权的行政案件主要有三种：一种是关于是否授予发明专利权的案件；二是关于宣告授予的发明专利权无效或维持发明专利的案件；三是关于实施强制许可的案件。这类案件之所以要由中级人民法院管辖，主要是因为确认发明专利权是一项专业性、技术性很强的业务，需要较高的科技和法律水平。
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海关处理的案件主要是指由海关处理的纳税案件和有关因违反海关法被海关处罚的行政案件。这类案件由中级人民法院管辖的主要理由是：其一，海关大多设置在大中城市，职权范围与中级人民法院基本吻合；其二，海关的业务与政策要求较高，由中级人民法院管辖，可以保证办案质量。
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2.对国务院各部门或省、自治区、直辖市政府具体行政行为提起诉讼的案件
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被告行政机关是有级别的，级别越高，可施加影响、干预的因素也就越多。行政诉讼的级别管辖的确定适当考虑了被告行政机关的级别，此类行政案件即是体现。这类行政案件所涉及的行政行为的专业性和政策性较强，一般较为复杂、疑难或在中级人民法院辖区以内具有重大影响，由中级人民法院管辖，有助于人民法院排除干扰、公正审判。
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3.本辖区内的重大、复杂案件
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重大、复杂的案件一般都需要适当提高管辖级别，重大、复杂行政案件更需要通过提高审级来确保审判的公正性。但是何为“重大、复杂”，《行政诉讼法》并没有明确规定。根据自2008年2月1日起施行的《最高人民法院关于行政案件管辖若干问题的规定》，有以下情形之一的，属于“重大、复杂”案件，应当由中级人民法院管辖：（1）被告为县级以上人民政府的案件，但以县级人民政府名义办理不动产物权登记的案件可以除外；（2）社会影响重大的共同诉讼、集团诉讼案件；（3）重大涉外或者涉及香港特别行政区、澳门特别行政区、台湾地区的案件；（4）其他重大、复杂的案件。
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三、高级人民法院、最高人民法院的管辖
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高级人民法院和最高人民法院管辖的都是本辖区内重大、复杂的第一审行政案件，所不同的是各自辖区的不同。对于高级人民法院而言，“本辖区内重大、复杂的案件”是指在一个省、自治区、直辖市范围内，案情重大、涉及面广、案情复杂、影响重大的行政案件；对最高人民法院而言，则是在全国范围内重大、复杂的第一审行政案件。这主要考虑到高级人民法院还承担着对辖区内中级人民法院和基层人民法院的审判工作进行监督和指导以及对上诉案件的审理任务；而最高人民法院的主要任务是针对全国各级人民法院的审判工作进行监督和指导，并对审判中的法律适用问题进行司法解释，并且作为最高级别的法院，其判决为终审判决，如果管辖一审行政案件过多，将会影响两审终审制作用的发挥。而对是否“重大、复杂”的判断由高级人民法院和最高人民法院进行。
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行政诉讼法学（第三版） 第三节 地域管辖
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地域管辖是指同一审级的不同法院在受理行政案件上的权限分工。级别管辖是从纵的方向确定各级人民法院对案件的管辖权限，地域管辖是从横的方向上确定同级人民法院之间受理第一审行政案件的权限分工。由于同一审级存在着若干法院，因而在解决了哪一审级的法院管辖之后，进一步要确定同一审级的不同法院之间的权限分工。地域管辖一般是根据法院的辖区和当事人所在地、诉讼标的所在地等来确定行政案件管辖。行政诉讼的地域管辖可以分为一般地域管辖和特殊地域管辖。
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一、一般地域管辖
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一般地域管辖是指适用于一般行政案件、按照一般标准确定的管辖。地域管辖的一般标准是：行政案件原则上应该由最初作出具体行政行为的行政机关所在地人民法院管辖。该标准包含着两层含义：
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1.行政诉讼中地域管辖是根据被告行政机关所在地来确定管辖。诉讼管辖的一般标准是“原告就被告”，行政诉讼也不例外。行政诉讼的地域管辖不是根据原告所在地，也不是根据违法行为的发生地等因素确定。这是因为被告行政机关所在地，通常也就是原告所在地以及违法行为发生地。行政机关的职权有着地域的界限，他只能对所管辖地域范围内的人和事进行处理。影响地域管辖的几个因素，根据行政机关所在地来确定并无矛盾。因此，公民、法人或其他组织应该向被告行政机关所在地的人民法院起诉。
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2.公民、法人或其他组织应该向最初作出具体行政行为的行政机关所在地人民法院起诉。之所以加“最初”这一限定，是因为有些行政案件是经过行政复议的，这时客观上存在两个行政机关：原行为机关和复议机关，到底由哪个行政机关所在地法院管辖，需要予以明确。据此，一般地域管辖遵循的是“具体行政行为最初作出机关所在地”原则。
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二、特殊地域管辖
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特殊地域管辖是指适用于特殊案件，按照特殊标准来确定的管辖。行政案件是复杂的，有时因为某种特殊因素的存在，根据一般标准来确定地域管辖可能会导致不公平，因此需要按照特殊标准来确定管辖。行政诉讼中的特殊地域管辖具体包括以下三种：
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（一）经复议的选择管辖
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所谓选择管辖是指对于两个以上的人民法院都拥有管辖权的诉讼，原告可以选择其中任何一个法院起诉，从而确定具体法院的管辖。经过行政复议，复议机关改变了原具体行政行为的行政案件，既可以按一般标准由原行为机关所在地法院管辖，也可以由复议机关所在地法院管辖，根据原告的选择来确定管辖法院。因为此时的被告是复议机关。按照一般标准确定管辖应由原行为机关所在地法院管辖。但是，复议机关和原行为机关可能不在同一地域，甚至远离原行为机关所在地法院，因此，按照一般标准确定管辖对复议机关可能不方便。而且此时原告未必愿意在原行为机关所在地法院起诉。客观上存在着选择的可能，考虑到原告与复议机关可能不在一地，为方便原告起诉，该案件可以由作出原具体行政行为的行政机关所在地人民法院管辖，考虑到原告也可能愿意在复议机关所在地法院起诉，故将选择权交由原告，根据原告的选择来确定管辖法院。即此时不遵循“原告就被告”的原则，而是根据原告的选择来确定。
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构成此种特殊管辖的重要条件是复议机关必须改变原行为，但何谓“改变”，《行政诉讼法》未予明确，《若干问题的解释》对此作了补充规定：行政复议机关有下列情形之一的，即属于改变原具体行政行为：（1）改变原具体行政行为所认定的主要事实和据以认定事实的主要证据。这种变更必须是针对“主要事实和证据”的，而不是针对轻微的证据瑕疵。（2）改变原具体行政行为所适用的规范性文件，且对行为定性产生影响。这里的规范性文件包括法律、法规、自治条例、单行条例、规章以及规章以下的其他规范性文件。但如果虽然复议机关改变了原具体行政行为所适用的规范性文件，但却维持了原具体行政行为对相对人的定性的，不视为复杂机关改变了原具体行政行为。（3）改变了原具体行政行为的处理结果。对原具体行政行为处理结果的改变包括撤销或部分撤销以及变更原具体行政行为的内容。
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（二）对限制人身自由的行政强制措施不服而提起诉讼的选择管辖
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对限制人身自由的行政强制措施不服而提起诉讼的行政案件，可以由被告所在地法院管辖，也可以由原告所在地管辖，由原告选择确定。此时也是一种选择管辖。行政诉讼中的原告所在地包括原告的户籍所在地、经常居住地和被限制人身自由所在地。其中的经常居住地是指公民离开其户籍所在地起至诉讼时已连续居住满1年以上地方，但公民住院就医的地方除外。因此如果公民对限制人身自由的行政强制措施不服提起行政诉讼的，被告所在地、原告户籍所在地、原告经常居住地和原告被限制人身自由地的人民法院均有管辖权。
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