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宰相废除之后，朝中的大官，只有六部尚书和都御史，所谓“七卿”是也。这样的人，被太祖诛杀的有十一个。
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（三）杀言官
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杀害言官，一向是中国君主所忌。[40]明史一三九所叙钱唐等十位言官，竟有一半被太祖杀害：
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茹太素 李仕鲁（“使武士捽搏之，立死阶下”）叶伯巨 郑士利 王朴
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（四）杀文人
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明史文苑传（卷二八五及二八六）所载文人，被太祖杀害的有十三人：
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苏伯衡 郭奎 戴良 傅恕 王彝 张孟兼 高启（腰斩）张羽 徐贲 王行 孙蕡 赵介 王蒙
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被充军的有八人：
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危素 乌斯道 张宣 杨基 唐肃 黎贞 王绂 沈度[41]
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而所谓“吴中四杰”——高启、杨基、张羽、徐贲——没有一个逃出他的毒手。[42]
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另外还有所谓“文字疑狱”，就是因为在庆贺表中用了“法”、“则”、“生”、“坤”等字（音同“发”、“贼”、“僧”、“髡”），遭了当过和尚和作过贼的太祖之忌而被杀的许多学官[43]，从洪武十七年（1374）开始，一直到了二十九年（1396）颁布了“庆贺谢恩表笺成式”，才告停止。[44]
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（五）杀官吏
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太祖对待地方官吏尤为严酷。据当时的记载：
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“守令赃至六十两以上者枭首示众，仍剥皮实草。府州县衙之左，特立一庙以祀土地，为剥皮之场，名曰‘皮场庙’。官府公坐旁，各悬一剥皮实草之袋，使之触目惊心。”[45]
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洪武九年（1376），官吏谪笞以上，谪屯凤阳者万余人。[46]十八年（1385），诏尽逮天下官吏之为民害者赴京师筑城。[47]解缙上疏说：
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“陛下无几时不变之法，无一日无过之人……出吏部者，无贤否之分，入刑部者，无枉直之判。”[48]
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陆容的《菽园杂记》，也有一段说：
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“僧慧暕，年八十余。尝云：洪武间秀才做官，吃多少辛苦，受多少惊怕，与朝廷出多少心力。到头来小有过犯，轻则充军，重则刑戮，善终者十二三耳。”[49]
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（六）杀隐士
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无怪当时读书人，不敢出来做官。太祖却说这是“奸贪无福小人，故行诽谤，皆说朝廷官难做”，[50]因而在十八年（1385）的大诰里规定：
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“率土之滨，莫非王臣。寰中士大夫，不为君用，是自外其教者；诛其身而没其家，不为之过。”[51]
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因此贵溪儒士夏伯启叔侄二人，苏州儒者姚叔闵、王谔，皆被枭首抄家。[52]中国人一向尊重隐士，朝野皆然（从后汉书起，历代史书，大多有“隐逸传”）。他现在把隐士当作罪人诛戮，倒是开中国历史上的破天荒。无怪陶宗仪在洪武四年（1371）和六年（1373），两次被征，都却聘不出，可是到了“晚岁，有司聘为教官”，虽“非其志”，也只好乖乖的出来。[53]
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（七）大狱
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