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鉴于以上所论，为了大幅度提升近代中日关系研究的水准，当务之急，应当努力提高研究者的素质，大力加强资料建设。对于中日关系史料的整理出版，应当尽可能在时段和层面上做到全面系统。最为理想同时也最具可操作性的方式，是在全面调查掌握国内外所有资源的基础上，设计出覆盖完全的整体大框架，进而设置有机联系的合理分支结构，以求“竭泽而渔”地囊括所有时段、层面和类型，然后根据先易后难、先内后外的原则，循序渐进地推动整理出版工作的展开，最终达到既包罗万象又具有条理系统的境界。就观念和当前的需求而论，应特别注意以下方面：
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其一，日本人写作的汉文文献。这里并非指日本出版的中文书籍，而是幕末明治以来日本人士用汉文写作的著述。现在日本研究日本史的学人利用汉文多少存在一些困难障碍，研究中国史的日本学人则一般并不重视日本的汉文书。作为中国史研究，日本人撰写的汉文文献固然价值相对较低，可是对于日本研究尤其是中日关系研究，却有着不可替代的重要作用。如明治乃至大正时代，不少日本人用汉文记日记或写游记，尤其是来华游历之际。今日的日本学者，包括研究中国史的学者在内，利用这些资料存在不小的困难，即使翻译成日文，对于相关人事乃至文本字义，也每每发生误会。
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不仅如此，一些著名的幕末明治思想家如中江兆民等人都有汉文著述，有的还有汉文文集，如岛田重礼的《篁村遗稿》，中村正直的《敬宇文集》等。岛田重礼作为汉学家，用汉文写作当在情理之中，其观念上或有落伍之嫌，不受重视可以理解。而中村正直是明治六大思想家之一，其日文著述以及所翻译的西书，受到日本明治思想史研究的充分重视，可是其线装本的汉文文集却很少有人利用。幕末明治时期，日本思想界兼采中、东、西学，且通过汉语古典理解西洋，忽略日本人写的汉文书，不免片面，不仅会漏掉许多关乎大节的重要信息，而且难以深究相关的论说。例如关于日本的“支那哲学”如何发生，中日两国的研究者长期努力，依然不能找到确证，而存在于前述汉文文集中的关键证据，却一直被忽略。
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明治时期即使不用汉文写作的日本人士，要想承接对应西学知识，也离不开程度较高的中文典籍和汉语词汇。在这方面，井上哲次郎编辑《哲学字彙》的出版，具有重要的历史地位。《哲学字彙》所收词汇，较弗列冥（William Fleming）的《哲学字彙》增加一倍有余，经过几度调整，逐渐形成并固定了一整套表达新知识的专门术语。尤其重要的是，诸多学科知识概念的发明者西周助虽然使用汉字，却并未刻意从中国典籍中寻求对应式的解读。而井上哲次郎等人从儒佛经典取名定义的解读取向，与西周助明显有别。《哲学字彙》并未详尽注出所依据的中国文献，除井上哲次郎的“绪言”指名的几种之外，注释中提及的相关经典包括《易经》、《书经》、《庄子》、《中庸》、《淮南子》、《墨子》、《礼记》、《老子》、《传习录》、《俱舍论》、《起信论》、《圆觉经》、《法华经》以及杜甫、柳宗元的诗文，涉及的词汇有形而上、转化、俱有、解脱、凝聚、轮回、伦理学、无限观等。其余广泛参考的儒佛诸书，因各词条未加注释，无从查考。此书对于哲学的普世化以及“东洋哲学”或“支那哲学”的合理化无疑起着至关重要的作用，迄今为止，相关问题仍然在中外学术界争论不休，意见分歧极大。[3]
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其二，应有效整合及利用保存在中国的日文文献以及日本人在华主办的各语种文献。今日中国学人研究中日关系，往往喜欢到日本去寻找日文文献，误以为日本文献理所当然地主要保存在日本。实则涉及中日关系的许多重要文献不一定都在日本，不一定都要到日本才能找到。这种灯下黑的情况，使得研究者严重忽视在中国各地各机构保存的日文文献。实际上，中国各地的图书馆、档案馆、博物馆之类的机构，不仅收藏了数量巨大的日文文献，而且有的方面较日本的收藏更加丰富完整。
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例如，日本关于中国情况的各种调查报告，以往学界主要利用满铁的惯行调查，而晚清民国时期日本对中国的调查，由各个机构系统分别进行，除了满铁之外，日本领事馆、东亚同文会、兴亚院、军部特别班以及各大会社（有时以个人研究室的名目出现）、占领军当局都会展开调查活动，各有侧重，各具特色。日本领事馆按照各馆的地区分布，将中国整体划分为若干区域，其调查活动长时期、有系统、全方位地持续进行，并定期刊印调查报告，其内容包含人口、交通、出产、贸易、资源等多项详细信息，虽然每期分量有限，累积起来，则数量庞大，内容丰富，覆盖完整。相比之下，东亚同文会虽然也由各分会划区分片负责，但是分会数量较少，各自负责的区域面积大，无法长时期、全面系统详细地进行调查统计。当然，东亚同文会也有其特长，如关于南中国的调查较早，有的方面相当深入。该会清季对广东缫丝业的调查统计，甚至超出中国官府的掌握。对于海南岛的调查也发端甚早。而军部特别班关于山西各县妇女缠足率的调查统计，其完整详尽程度堪称首屈一指。
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值得注意的是，这些调查报告战前战时大都属于“极密”文件，战后局势急剧混乱之际，部分散出，日本各大学和其他学术机构只有零星收藏，即便已经公开的外交史料馆、国会图书馆等处亦无完璧，反而中国的个别图书馆集中保存了相当数量的底本，虽然同样不全，却已是这方面有数的收藏。可惜中国所藏此类文献受到种种限制，开放度很低，难以利用，使得学人在灯下黑的惯性之外，还不得不舍近求远。这些因为各式各样的因素而形成的限制，固然有其可以理解的理由，但也造成严重后果：其一，由于能够接触使用的各类文献不足，尤其是外文文献缺乏，又没有条件到世界各地寻访资料，相当长的时期内，中国学人在国际学术界明显处于不利地位。即使近年来条件大为改善，普遍而言，外文文献不足，以至于利用能力不强，已成整体提升研究水准的瓶颈。其二，无法利用相关资料，积极主动地揭穿日本方面故意湮没战争罪行证据所做的手脚。例如国内一些档案馆藏有不少关于强制劳工的资料，若能及时披露，战后日本政府的掩饰便难以奏效。
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此外，从1890年到1931年，日本人在中国至少创办过260种报刊通信，包括中、日、英、俄、韩、蒙等多个语种，有日报、双日刊、半周刊、周刊、旬刊、半月刊、月刊、双月刊、季刊、年刊以及通信等多种类型，分布于奉天、上海、青岛、天津、北京、大连、哈尔滨、济南、汉口、安东、长春、铁岭、厦门、福州、广州、汕头、重庆、思明、烟台、江西、香港等地。在日本本土，也出版过专门针对中国读者的中文报刊，如《华文大阪每日》。在日本占领的台湾，则同时出版了日文版和汉文版的《台湾日日新闻》。日本在华传媒的势力还特别体现于通讯社的组织与营运。民初北京政府时期，袁世凯当政及军阀混战期间，日本在华传媒的影响急剧上升，实际上控制了中国官方的资讯。识者指出：“中国的内战，给日本的通讯社和报纸一种机会，把持国内新闻凡十余年之久。”[4]直到北伐成功，北京政府倒台，日本垄断中国新闻界的势力才随之崩溃。[5]
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自晚清始，来华日本人及在华日本机构就在中国搜集书籍文献，除运回本国外，还在中国各地设立图书馆资料室，持续时间长且效果显著的如东方文化事业总会北京人文科学研究所图书馆、满铁图书馆、新京图书馆、天津日本图书馆等。作为支持海外扩张以及推进“皇民化”的重要一环，日本曾经有组织有计划地向包括伪满洲国、朝鲜、台湾在内的殖民地图书馆赠送日文图书。战后这些图书大都归入当地图书馆。此外，从1920年代起，日本各学术机构就陆续与北京大学研究所国学门研究所等机构建立起常规化的资料交换机制，而中国方面则加强对日问题的研究，成立了为数众多的对日研究团体机构，陆续收藏了丰富的日文书刊。
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日本侵华期间，除了搜集中国的图书资料外，在华的日本官方和学术机构出于种种动机目的，还在占领区各地专门设立了军事性或半军事性的图书资料整理机构，进行各种形式的编制工作。昭和十五年即1940年，设于上海的兴亚院华中联络部中支建设资料整备委员会，就组织兴亚院、满铁、中支振兴、华中矿业、华中铁道、华中水产等机构召集专家，利用中支建设资料整备事务所图书整理部的2600种中文杂志，选取其中350种杂志所载重要论文编制出版《支那文雜誌内容索引目錄》，该事务所所长清水董三所定“凡例”称：分类旨在实用，不拘科学分类。所谓实用，其实就是掌握中国各方面的详情，以便进行殖民统治和资源掠夺。并计划续编另外400种杂志的内容索引作为第二辑。这些以中文为内容的目录索引书，一般收藏机构依据书名、编者等信息，也分在日文图书之列。
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总之，中国各图书馆、档案馆、博物馆数量不等地收藏了各类日文书刊，虽然分开看每一单位均谈不上完整，但是全面整合，则相当丰富，而且有些方面甚至超过日本一些重要机构的收藏。有鉴于此，应当适时调查各地馆藏的所有相关资源，进行整合编目，以便系统整理出版，为相关研究提供便利。
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其三，与中国关系密切的日本人关于中国的著述。由于分科治学的制约，一些对近代中国影响重大的日本人士，迄今为止仅在不同的分科涉及其人其事之际略有触及，缺乏全面综合的研究，以致很难真正理解其言行。不仅中国方面如此，日本学界也存在类似情形。如晚清民初长期在华担任顾问的有贺长雄，日本编辑其文集，仅包括关于日本法政方面的内容，而关于中国方面的大量论著则付诸阙如。而中国方面的研究，则仅仅提及几篇与清季民初宪政尤其是袁世凯称帝问题有关的文字，望文生义的指摘，与理解本意差距不小。
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东京美术学校教授大村西崖，是该校创始人冈仓天心的弟子。冈仓天心与井上哲次郎是东京大学的同学兼舍友，与井上将哲学普世化并使东洋哲学、支那哲学合理化相类似，冈仓天心是明治日本创立所谓与西洋美术对应的“东洋美术”的最重要人物。此事后来看似轻而易举、自然而然，但在近代的东亚，在欧风美雨的强烈冲击之下，人们往往因为无法对应门类繁多的西学而根本怀疑固有文化的价值。这样的对应一方面可以面向西学重建对于固有文化的自信，一方面则有助于在东亚取得话语权。冈仓天心倡导“东洋美术”，目的之一，就是重构以日本为中心正统的东亚美术传统，压抑中国等其他东亚国家传统“美术”的地位。而后来中国的学人如陈师曾、蔡元培、顾颉刚等，正是在冈仓天心的传人大村西崖等人的影响下，重新确立了文人画以及古代雕塑的美术价值，才避免国画陷入国学、国医等等国字号事物所遭遇的同样尴尬，并且亡羊补牢地开始保护硕果仅存的历代文物。当然，如此一来，也难免用了西洋的美术眼光重估固有的作品，并陷入日本式话语的笼罩支配。
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诸如此类跨越两国的历史人物，要恰如其分地理解其言行，必须将两面的资料事实联系贯通，才能认识其思想理念。应深入了解他们在明治日本的各种学历阅历等活动交往，认识其人，尤其要关注其长期在华以及与中国有关的言论行事。中日双方若各执一偏，要想认识到位，相当困难。中方至少应将他们有关中国问题的所有文字编辑成书，与日方编辑的资料相互参照印证，才能避免由于学科有别、国家各异以及视角不同而导致的各说各话，切实推进相关研究。如此，见仁见智才不至于成为盲人摸象的遁词。尤其像大村西崖，日本的中国史和日本史研究均视而不见，美术史研究也鲜有论及，更不要说其对中国的影响，而中国学术界，也只有在陈师曾、顾颉刚等人的年谱传记之中，才略有涉及。
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近代日本来华人数众多，军人、商人、学人、浪人、记者等，或走马观花地游览，或无孔不入地调查，足迹遍布大江南北的城乡各地，乃至深入西南西北边陲，采访会见各界的名流闻人，或在大杂院里一住经年，撰写了大量游记、报告、散文、小说、访谈录以及学术专著。这些一定程度上具有情报价值的文献，虽然成为各种专题研究必不可少的参考，但是就中日关系研究的整体而论，它们究竟处于何种位置，具有什么价值，由于未经系统汇集梳理，未免给人以支离破碎之感。实际上，这类文献对于近代中国许多问题的研究，都有不可替代的价值。例如，清代以来商帮对于各地的经济贸易乃至社会组织、社会生活的影响日益重要，可是商人的自用账本却很少留存示人，抗日战争以前来华的一些日本学人，由于各种机缘，有幸得窥庐山真面，并将亲眼目睹记录下来，成为后来者接近历史的重要凭借。
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一些来华日本人士背后多少有些政府背景，或者说，作为身在异国的日本人，不可能脱离与本国政府的关系，用后来的观念眼光审视理解，如果不注意回到历史现场，很容易解读过当。或者据大连博物馆所藏某日本人士的日记，指来华多年、后任职于满铁图书馆的松崎鹤雄恶意攫夺嘉业堂珍本图书，并指松崎鹤雄本人受日本侵华机关指使甚至代表侵华机关。而据相关当事人刘承幹以及与松崎鹤雄交好的邓之诚的日记所记，再参照松崎鹤雄与陈垣等人的来往函札，则显示从清季就来华、师从湘中大儒王闿运学习中国学术文化的松崎鹤雄，对于中国甚有感情，与中国学人广泛结交，且能够尊重中国学人的人格。至于嘉业堂收藏的珍贵文献，松崎鹤雄其实是在特定的情势下利用各种关系试图保护，仅仅依据片面的记载斥为攫夺，未免言过其实。战后松崎鹤雄被迫返回日本，临行恋恋不舍，怆然就道，还违反约束，怀揣一部中国古籍，其事不可取，其情可悯。回国后松崎鹤雄其实相当寂寞，虽然身边有柔父会的小群体，但对于自己在华期间的交游作为，很难向同胞完全敞开心扉。对此，相关研究应该更进一步，追究各人与本事的关联，以及其何以如此记录，进而多层面地探究本相。
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与之相似的还有曾任东京大学副教授、上智大学教授的鸟居龙藏，这位清季就到中国台湾和西南边疆进行民族调查的人类学家，抗日战争期间来到中国担任教职，燕京大学的中国学人其实是为了抵制日本占领当局派人来校主政，才特意请鸟居龙藏到燕大任教。局势更加恶化之后，燕大的师生陆续被捕入狱，鸟居龙藏虽然很难从根本上反对日本的侵华行径，却对占领当局的暴行不满，对中国同行的遭遇表示同情。战后鸟居龙藏仍然滞留中国，直到1951年才返回日本。虽然1970年代日本编辑出版了鸟居龙藏的全集，可是关于中日战争期间其在华的经历，几乎是一片空白。其故乡德岛修建了鸟居龙藏纪念馆，可惜同样缺少这方面的内容。
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其四，沦陷区的资料，语种包括中日文和其他西文，类型则有档案、报刊、日记、函电、文集等。在整个中日关系研究中，沦陷区的研究尤其显得薄弱，相对而言关注稍多的沦陷区文学研究，由于资料不够充分，有关论著，也难免错误百出。1981年出版的《1833—1949全国中文期刊联合目录》增订本，依据编辑者所定“编例”，“仅收录比较有参考价值的品种”。“至于纯属反动宣传、诲淫诲盗以及反动宗教会道门等毫无学术史料参考价值的期刊，不予收录。伪满、伪华北、汪伪等汉奸军政机关出版的期刊，除自然科学方面的期刊酌收外，其他的不予收录。”也就是说，编者当时看来，沦陷区军政机关的刊物毫无学术价值。可是以今日的眼光看，这些刊物的学术参考价值当然不言而喻。所以，从1985年底起，由国家图书馆和上海图书馆共同主持，全国56个省、市、大专院校图书馆参加，编辑了一本补充目录，共补收期刊16400余种。与1981年版的《1833—1949全国中文期刊联合目录（增订本）》相比，数量已经增加了百分之八十有余。其“编辑说明”还特意强调，补录的部分包括原来认为毫无学术史料参考价值的“抗日战争时期敌伪刊物”。
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抗日战争期间的沦陷区，除了日伪机关所办报刊通信外，一些具有日伪背景的团体组织或人员也创办了不少报刊，仅以涉及文史掌故类的为例，就有《中和》、《大风》、《古今》、《天地》、《风雨谈》、《子曰》、《朔风》、《逸文》、《学文》、《艺文杂志》、《文史》、《雅言》等。这类刊物的出版，背后难免有适应政治军事形势的变化以及日本侵略政策调整的需要。为了建立稳固的殖民统治，日本占领当局除了继续使用武力高压手段外，吸引中国人士，培植文化汉奸，制造中日共荣的假象，成为当务之急。长期处于日伪统治之下的北京，作为近代中国的学术文化中心，曾经聚集了大批对社会具有广泛影响力的文化人士。战时不少人因为种种缘故，滞留沦陷区。日伪在北京的文化统治、文化组织与文化政策，国民党和国民政府在华北文教界的地下组织与活动，以及沦陷区各界人士对于各种政治势力的态度关联，尤其是他们的生活、工作、情绪、心境等等，以往的研究很少触碰。文学史的研究涉及稍多，其余只有在牵扯个别人物的汉奸问题时，才会有所提及。
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如此一来，不要说深入研究，就连一般性地了解相关史事，也很不容易。近年来关于华北沦陷区的问题逐渐引起海外学术界的关注，研究者日渐增多，如果不能予以重视，很难掌握发言权，更不要说具备平等对话的能力。例如伪北大问题，牵涉的学人以及牵扯的史事甚多，抗战光复时曾经因为处理办法或有过当而引发激烈冲突，成为不少在世之人的心中之痛。除了研究周作人、容庚等人时有所论及，整体的情形缺乏深入探究。此事涉及战后关于文化汉奸的处理审判，而中国历史上的汉奸问题，更是需要认真解读的一大难题。近年来虽然有所研究，但错判事实甚多，断章取义之处也不少，且未能贯通所有问题和时段。对此人类历史上并非常见的文化现象，从其他文化系统的观念加以解读，毕竟隔靴搔痒，而在本文化研究失位的情况下，他者的解读势必占据主导，以致混淆视听。
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扩而大之，抗日战争期间沦陷于日寇统治的地区不仅是华北。除了西部，中国广大区域在或长或短的时期内被日本占领，并建立过伪政权。由于战争迅速结束，各沦陷地区遗留下来大量日军和伪组织的档案，后来分别归入各地档案馆、图书馆、博物馆，甚至公安局等系统。在沦陷区的研究相当薄弱的情况下，这些档案在相当长的时间里没有得到充分开放，因而接触使用者为数不多，有的甚至未经系统整理，具有很大的利用空间。其中固然不乏日本国内保存有诸多副本的印制文件，也有许多连日本也没有任何记录的原稿底本。
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其五，应当以影印的形式，大规模出版没有版权障碍的日文文献，方便并且促使研究者直接使用日文文献，以便切实推进相关研究，从根本上改变中国的日本研究远不及日本的中国研究的状况，大幅度提升中日关系研究的水准。中日两国学术界研究中日关系史的显著差距之一，就是利用和理解对方文献的程度一般而言很难同日而语。其中当然有过去经济状况反差明显等客观条件限制的因素作用，但是中国学人的日语能力不足则是无可避讳的主观原因。能力有限，接触不够，自然解读不深。以近代中日关系文献的丰富程度而论，如果都要翻译，既不现实，亦无必要。更为重要的是，必须想方设法改变研究全靠翻译的非正常现象，大力促使所有相关学人使用原文文献。唯有如此，才有可能充分利用中日双方的各种资料，使得中国的中日关系研究全面提升。为此，保存于中国的图书、报刊、档案、函电、日记、图册、照像及其他未刊稿本，都应当全面系统地影印出版，方便研究者接触使用。随着利用条件的改善，自然会促进语言学习的需求增长，并推动研究者素质的提升。
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此外，一些关于日中关系的大型文献汇编，因为读者有限，成本又高，在日本出版颇具难度，也可以争取在中国出版或再版。如近代日本人的来华游记，总共大约有500种，东京大学的小岛晋治教授编辑出版了明治时期10册，大正、昭和时期各20册，收录了其中的相当部分，还有不少因故未能刊出。而近代中国人的日本游记，东京都立图书馆的实藤文库收藏加上其他中日各馆所藏，大约有350种，迄今为止出版的还不到一半。诸如此类的文献为数甚多，均为研究中日关系的重要凭借。只有打破资料壁垒，使其便于利用，促使研究者掌握相关技能，近代中日关系研究才能得到坚实的基础支撑。
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在这方面，应当分别收藏家与研究者对于文献取舍眼界标准的差异，适时变通有关部门关于古籍整理出版的观念办法。依照黄侃、钱锺书等人对于版本的意见，以及傅斯年史料越生越好的说法，应当采用影印的形式，尽可能保持原状，减少所谓增加学术含量的加工过程中很容易造成的诸多错误。要抓住未来十年左右的良机，通过大规模电子化或影印出版，多快好省地一举突破抢救性保护与研究急需的两难困境，最大限度地夯实研究基础，争取掌握中日关系研究的主动性和主导权。
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其六，在以多种形式大规模编辑刊布相关资料的基础上，聚合中日两国高水平学人，编辑大型《近代中日关系史事编年》，尽可能将涉及中日关系全过程各层面各领域的资料汇于一炉，相互比勘印证，力求近真并得其头绪，有效地改变近代中日关系研究在取材、时段、问题、方面等往往执于一偏的状况。通过系统梳理相关的材料史事，确立检验中日关系研究的标尺，改变将随心所欲当作见仁见智的状况。
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