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然而，科学行为主义理论的缺陷也是显而易见的，它远远没有达到像现实主义传统理论那样的成熟程度。有的学者在借用数学、统计学、计算机科学和模型学等手段和方法时，故弄玄虚，越搞越使国际关系理论数理化，难怪批评者指出，科学行为主义学派要把国际关系理论变成只有少数人才懂得的学术领地。
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第四，传统主义学派与科学行为主义学派之间的分歧主要表现在：首先，科学行为主义注重国际关系的数量变化，把国际关系的一切活动看成是一个个参数和变量的总和，认为国际关系研究正趋于计量化；传统主义则注重国际关系的质量变化，把国际关系看成是一个历史进程，坚持传统的历史研究方法，反对计量化。其次，在具体方法上，科学行为主义学派强调数据的收集、整理和分析，着重于行为经验的实证研究；传统主义学派则强调历史事件的起因、经过、结果以及相互内在联系的研究，称之为“事例分析”，着重于历史与现实的规范研究，认为法律、哲学、历史、伦理学仍是国际关系理论研究的基础。传统主义学派对科学行为主义学派的批评主要集中在以下三点：（1）科学行为主义过于局限实证范围，未能更好地把握事物本质；（2）科学行为主义将理论研究降格为臆造的“模式”，致使所提出的“分析理论”无法最终形成严格意义上的理论；（3）科学行为主义过分地强调计量化，往往忽视国际关系不同现象之间的本质。
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第五，第二次论战中传统主义与科学行为主义之争在一定程度上反映了一种英美研究方法的比较。斯蒂夫·史密斯所作的英美国际关系分析十点比较便是一典型的实例：（1）英国强调传统分析，美国强调比较分析；（2）英国强调规范方法，美国强调实证方法；（3）英国注重历史分析，美国注重科学分析；（4）英国注重国际关系中的独特性和行为的个人特点，美国注重国际关系中的普遍性和行为的一般规律；（5）英国认为“本能”、“直感”和“想象”大于“前提”、“推断”和“理论”，美国反之；（6）英国侧重国际关系中的行为程序，美国并不侧重；（7）英国重视个人、伟人和精英集团的作用，美国不如英国那样重视；（8）英国不怎么重视社会科学方法论对国际关系的影响，美国极为重视；（9）英国的政府决策机构与学术研究机构之间的关系不密切，美国的政府决策机构与研究机构和思想库之间的关系非常密切；（10）英国学术界视国际关系和外交政策为“艺术”，美国学术界视之为“科学”(59)。近几年，以上十方面的比较内容已引起人们广泛的注意。
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第六，同第一次论战（现实主义学派取代理想主义学派并占据支配地位）不同，第二次论战的任何一方（传统主义学派或科学行为主义学派）结果都没有能够取代对方，而是获得了“双赢”。学术界普遍认为，不是科学行为主义赢了传统主义，也不是传统主义赢了科学行为主义(60)。两派通过各自的努力，均在国际关系理论领域攀登上了一定的学术高地，两派相互渗透，互为补充，对西方国际关系理论的发展作出了贡献。不久以后，在这次论战的基础上出现了一个新的学派——新现实主义学派。
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(1) Klause Knorr and James Rosenau, Contending Approaches to International Politis, Princeton University Press, 1969, p. 12．
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(2) Arend Lijphart, “Karl Deutsch and the New Paradigm in International Relations” , International Security Quarterly, March 1978．
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(3) David Easton, “Political Science in the USA—Past and Present” , in David Easton and Corinne Schelling (eds. ), Divided Knowledge, Sage Publications, 1991, p. 41．
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(4) 同上书，第41—43页。
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(5) Klause Knorr and James Rosenau, Contending Approaches to International Politis, Princeton University Press, 1969, p. 14．
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(6) Morton Kaplan, “Traditionalism and Science in International Relations” , in Morton Kaplan (ed．), New Approaches to International Relations, 1968．
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(7) Steve Smith, International Relations—British and American Perspectives, Basil Blackwell Ltd．1985, p. 25．
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(8) 同上书，第x页。
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(9) 同上书，第140页。
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(10) Steve Smith, International Relations—British and American Perspectives, Basil Blackwell Ltd．1985, pp. xi—xiii．
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(11) Karl Deutsch, The Analysis of International Relations, Prentice Hall, Inc．, 1978, p. 198．
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(12) Arend Lijphart, “Karl Deutsch and the New Paradigm in International Relations” , International Security Quarterly, March 1978．
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(13) Arend Lijphart, “Karl Deutsch and the New Paradigm in International Relations” , International Security Quarterly, March 1978．
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(14) Arend Lijphart, “Karl Deutsch and the New Paradigm in International Relations” , International Security Quarterly, March 1978．
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(15) Morton Kaplan, System and Process of International Politics, John Wiley and Sons, Inc．, Publishers, 1957, pp. 21—85．
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(16) 同上书，第149页。
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(17) Barry Bugen, “Level of Analysis” , in Ken Booth and Steve Smith (eds. ), International Relations Theory Today, 1995, p. 199．
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(18) 同上书，第200页。
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(19) W．B．Moul, “The Level of Analysis Revisited” , Canadian Political Science, 1973, 61 (1) ．
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(20) Barry Bugen, “Level of Analysis” , in Ken Booth and Steve Smith (eds. ), International Relations Theory Today, 1995, pp. 214—215．
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(21) David Singer, “Inter-nation Influence: A Formal Model” , in James Rosenau (ed．), International Politics and Foreign Policy, p. 380．
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