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在六点原因中，第一点或许并没有像亨廷顿说的那样真实；第五点只是一种观察经验，而不是理由。当亨廷顿认为，相对其他因素，“文化的特性和差异更缺乏易变性”时，他也许是对的，但他并不是在讨论战争的原因问题。因为，如果那些文化差异并没有引起不和，那么它们的不变性就与冲突的级别无关。虽然文明之间的差异确实助长、促成冲突，但它们与一些冲突并无必然的关联，而只是作为诸多因素中的一个在起作用，或许在有些情况下，文明的差异甚至有助于避免战争。
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其他四点原因，从根本上讲，并非文化事项。它们不是由文化引发的，而是导源于现代化和全球主义，即现代科学、技术、自由市场体制，以及代议制民主在全球范围的加速扩展。而且它们实际上维护的是一个完全不同的假说——冲突的真正原因是社会经济而不是文明；这些原因是暂时性的而不是永久性的；它们所指向的是统一的全球主义，而不是狭隘的文化主义。
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1996年，在《重建》中，亨廷顿进一步对他的文明冲突观作了深入的阐发。亨廷顿首先指出，“文明是人类的终极部落”，“文明的冲突就是全球规模的部落冲突”。文明间冲突，在亨廷顿看来，一般有两种形式，在地区或微观层次上，不同文明的邻国或一国内不同文明的集团之间的断裂带冲突；在全球或宏观层次上，不同文明的主要国家之间的核心国冲突。其次，亨廷顿认为断裂带战争具有相对持久、时断时续、暴力水平高、意识形态混乱、难以通过协商解决等特点，不仅如此，断裂带战争通常发生在信仰不同宗教、不同的神的人民之间。再次，亨廷顿从历史学、人口学和政治学的角度分析了断裂带战争爆发的原因：历史上的冲突遗产，恐惧不安和彼此仇恨的历史记忆；人口比例的巨大变化，一方对另一方造成政治、经济和社会压力；政治上新兴政治实体对民主化进程的强烈要求。最后，亨廷顿指出，由于断裂带战争是间断性的、无休止的，因此永久性地结束断裂带战争是不可取的，而只能暂时地休止断裂带冲突。这通常需要主要参与者的疲惫枯竭和非主要参与者的积极介入。“休止断裂带战争，阻止它们升级为全球战争，主要依靠世界主要文明核心国的利益和行动。断裂带战争自下而上，断裂带和平却只能自上而下。”(48)
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在《重建》中，亨廷顿把文明冲突的根源进一步归结为与冷战结束相伴随的政治忠诚取向的深刻变换。对于亨廷顿来说，冷战的结束是国家对抗的旧世界与文明冲突的新世界之间最重大的历史分界线。他认为，人们对国家的忠诚随着冷战的结束开始让位于对文明的忠诚。他说：“在冷战后世界，不同人民之间最根本的区别不在于意识形态、政治或经济，而在于文化。”(49)对国家的认同和忠诚正在转向对更大的文化实体，即“文明”的认同和忠诚，并且这种转换正在产生一种截然不同的世界秩序。因此，在对民族主义思想提出的直接挑战中，亨廷顿断定：不论精英还是大众都将越来越与那些与他们共享独特文化的其他国家认同，认同方面的这种变换将极大地减少同一文明内部的冲突，同时加剧文明之间的“安全困境”。
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亨廷顿认为，冷战结束以来，受现代化的驱使，全球政治正沿着文明界限进行重组，具有相似文明的人民和国家正在聚合，具有不同文化的人民和国家正在分离。由意识形态和超级大国关系界定的联盟，正让位于由文化和文明界定的联盟……文化社会正在取代冷战集团，文明之间的断裂带正在变成全球政治冲突的中心地带。
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但是，至于为什么冷战的结束会使忠诚以他所描述的方式发生变换，亨廷顿却从来没有给予让人信服的解释。他声称，全球化和不同文化之间日益增加的联系，使广泛的文明认同变得更加强有力，但他没有提供任何理论来阐释为什么会这样。为什么对“文明”的忠诚现在正在上升为主导力量？为什么文化或种族关系不再关注国家而是关注更广泛的文明观念？亨廷顿没有给这些问题提供答案。不仅缺少答案，而且他提出的分析和引证也是缺乏说服力的。
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尽管《重建》用了大约300多页的篇幅对世界政治作了文化分析，但亨廷顿从未解释为什么文明之间的冲突发生的可能性远远大于文明内部的冲突。他认为，文化价值观难以妥协，“对于那些异己的能够对自己构成伤害的人，人们会自然而然地表示出不信任，并把他们看作是一种威胁。”(50)然而，这却不能说明为什么文明间冲突将会决定未来的世界秩序。
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亨廷顿通过引证当代政治领袖使用文明辞令的例子来支持他的论点。毫不奇怪，他对这些言辞信以为真，并把它们看作是说明文明亲和力日益增长的具有说服力的证据。但是问题并不仅仅在于李光耀或卡扎菲说了什么，因为政治辞令可能具有多种功能，真正的问题在于这些领袖（或他们的国家）实际上将要做什么，以及为了“文明”的利益，他们究竟愿意付出多大的代价。
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亨廷顿不仅没有提供任何令人信服的解释，而且还在该书中提供了决定性的反面论据。亨廷顿为了证明当代伊斯兰国家的冲突本性，列了一个关于现代种族—政治冲突的图表，但是该图表却相反地证明各文明内部冲突发生的频率比文明之间的冲突高出50％（见下表）。
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种族—政治冲突（1993—1994）(51)
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这个结果是对亨廷顿核心观点的直接驳斥，它突出的只是如下事实：文化差异在解释后冷战世界全球冲突的起源问题上只居次要地位。
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二、冷战后的世界将是一个多极、多文明的世界
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亨廷顿在《重建》中，开宗明义地指出：“在冷战后世界，人类历史上第一次全球政治成了多极和多文明的政治。”(52)虽然国家仍然是世界政治的主要行为者，但它们越来越根据文明界定自身利益。结果，国家经常与那些具有相似或共同文化的国家进行合作或相互结盟，而与那些具有不同文化的国家发生冲突。由此，亨廷顿认为，在这个新世界上，超级大国之间的竞争正让位于文明之间的冲突；地区政治是种族政治，全球政治则是文明政治。
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亨廷顿将文明定义为“人的最高文化归属，人必不可少的文化认同的最大层面，人区别于其他物种的根本”(53)和“人们认同的最广泛的文化实体”。这里的“文化”意指“社会的整个生活方式”或“信仰、态度、取向、价值和哲学”等(54)。在汤因比、斯宾格勒、布罗代尔等历史学家的研究基础上，亨廷顿确认了六种现代文明（印度教文明、伊斯兰教文明、日本文明、东正教文明、儒家文明和西方文明）和两种可能的候选文明（非洲文明和拉丁美洲文明）(55)。他认为，冷战后的世界就是由这八种主要文明构成的，未来的世界新秩序则是这八种主要文明相互影响、合力作用的结果。
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亨廷顿将文明互动的新纪元的起点确定为冷战的结束。那么，冷战结束前世界政治的情形如何呢？从公元1500年到冷战结束，亨廷顿将全球政治的发展划分为两个阶段。第一阶段：冷战开始前的400多年，全球政治是单极的，即由西方主导，世界只分为西方与非西方两部分；第二阶段：冷战期间的40多年，全球政治是两极的，即由美苏两个超级大国主导，世界分为三个部分：自由世界、共产主义集团和不结盟国家。显然，亨廷顿的这一划分遵循的仍是现实主义理论的一般原则。
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但是，亨廷顿却没有进一步将这一原则用于分析冷战后的世界秩序。同样，他也没有将范式应用于冷战结束前的世界政治。但这并不表明，在冷战结束前的世界上文明不是多元的。
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根据亨廷顿，1990年前的大国冲突如果不是全部，也是大部分属于文明内部的冲突。他说：“在400多年时间里，西方的民族国家——英国、法国、西班牙、奥地利、普鲁士、德国、美国，在西方文明内部构成了一个多极国家体系，彼此间互动、竞争和开战。”(56)然而，这个定性却是错误的，因为它忽略了两个非西方大国，日本和俄罗斯，在这400多年中，也在与西方（及其他地方）“互动、竞争和开战”。
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若加进日本和俄罗斯，那么历史记载能说明什么呢？1800年以来，世界上主要发生了四次霸权主义冲突（拿破仑战争、一次大战、二次大战和冷战），其中每一次都卷入了两种文明以上的国家。另外，大多数其他有大国卷入的战争（包括它们的殖民战争）也是发生在不同文明之间的。因此，亨廷顿声称“在冷战后世界里，历史上第一次全球政治成了多极和多文明的政治”，显然与历史相背。
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另外，这个谬误还令人对亨廷顿的下面论断产生怀疑，即：冷战的结束是国家对抗的旧世界与文明冲突的新世界之间最重大的历史分界线。亨廷顿之所以把冷战后的世界看作是多极和多文明的，就在于它认为：（1）随着冷战的结束，人们的政治忠诚取向发生了从国家到文明的深刻变换；（2）冷战后，文明之间的冲突大大多于文明内部的冲突。他说，冷战后，“最普遍、最重要、最危险的冲突，将不再是社会阶级之间、贫富之间或经济集团之间的冲突，而是归属不同文化实体的人民之间的冲突。”(57)
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正因为此，亨廷顿才主张把冷战后的世界看作是多文明的，并以此建立新的世界秩序。他认为：“文明冲突是对世界和平的最大威胁，以文明为基础的国际秩序是防止世界战争最可靠的保障。”(58)在未来时代，主要文明间战争的防止需要各国遵守三个规则：（1）弃权规则，即核心国避免干涉其他文明的冲突，这是多文明和多极世界的和平的首要前提条件；（2）合作调节规则，即核心国相互协商和休止彼此文明间的断裂带战争；（3）求同规则，即所有文明的人民都应探寻并努力扩展与其他文明在价值观、惯例和习俗方面的共性。总之，人类必须学会如何在复杂、多极和多文明的世界内共存。
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在过去200年左右时间里，国家，特别是大国，一直是世界事务的核心行为者。人们一般都承认这些国家属于不同的文明，但却没有人认为这些差别对于理解国际政治至关重要。更没有人要求以文明为单位建构世界秩序。亨廷顿的观点可谓独树一帜。
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然而，亨廷顿的“文明”不具备国家的功能，缺乏作为国际关系行为者的基本条件。文明不同于国家，“文明”不做决定，不能决策。它是一种抽象的文化范畴，而不是具体的政治机构。相反，国家则具有明确的边界、选定的领袖、确定的决策程序和对政治资源的直接控制权。国家能够动员其居民、收税、施威、答友和作战。简言之，国家能够采取行动，而文明却不能。亨廷领本人也认识到了这一点，他写道：“由于文明是文化的而不是政治的统一体，因此文明本身不会维护秩序、建立司法制度、收税、打仗、商定条约，或做任何其他该由政府做的事情。”(59)
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于是，亨廷顿就用文明的“核心国家”对他的观点进行修正；他说：“在当代全球政治中，主要文明的核心国家正在取代两个冷战超级大国，成为吸引或排斥其他国家的首要支柱……文明核心国既是文明内部又是文明之间秩序的源泉……是以文明为基础的国际新秩序的核心要素。”(60)文明的核心国作为世界新秩序的基本单位似乎无可置疑，但是，在亨廷顿列举的八大文明中，只有五种分别具有文明性质的重要的核心国家，它们分别是：印度教文明的印度、日本文明的日本、东正教文明的俄罗斯、儒家文明的中国和西方文明的美国，而另外三种，即非洲文明、伊斯兰教文明和拉丁美洲文明却没有这样的核心国家。亨廷顿本人也不得不承认，“当文明缺少核心国时，在文明内部建构秩序或在文明之间协调秩序就会变得极为困难。”(61)
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文明的核心国与文明并不是完全对等的。文明的政治成分在不同的文明中是不同的，在同一文明内部也随时间而变化。一种文明可能涵盖一个或多个政治实体，一个国家也可能分享一种或多种文明。随着文明的进化，作为其组成部分的政治实体的数量和性质往往要发生变革。在极端情况下，文明和政治实体可能正好重合。例如日本，它既是一个文明也是一个国家。但在当代世界，大多数文明都包含两个以上的国家或政治实体。因此，文明的核心国家并不能完全代表文明行事。美国可以代表西方文明，但决不能代表与它同属西方文明的欧洲。