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今天，海军情报办公室在全世界拥有超过3000名雇员，由文官、军人、后备役军人和合同人员组成。它的客户包括“舰队司令、行动人员和分析专家、作战战士、海军采办部门、国家情报界所属机构、执法部门以及外国机构和合作伙伴”。海军情报办公室对如下关注重点进行分析：
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●世界范围科技发展；
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●军火研究、开发、试验和评估；
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●军火生产和扩散；
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●军火系统特征和性能；
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●外国海军部队领导机构、组织、战略、条例、战术、技术、程序和准备程度；
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●商船运输确认与跟踪。
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2009年2月，海军情报办公室进行重组，分为四个中心、若干办公室和一个业务处，如图4.3所示。“霍伯信息服务中心”（Hopper Information Service Center）“将任务相关的信息技术和服务提供给……海军情报办公室……下属的司令部以及舰队和联合部队”；“肯尼迪非正规战中心”（Kennedy Irregular Warfare Center）向国防部、“海军特种战司令部”（Naval Special Warfare）和“海军远征作战司令部”（Naval Expeditionary Combat Command）提供有关非正规战相关的情报支持。
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图4.3 海军情报局组织架构图
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海军情报办公室下属的两个情报分析部门分别是“尼米兹行动情报中心”（Nimitz Operational Intelligence Center）和“法拉格特技术分析中心”（Farragut Technical Analysis Center）。尼米兹行动情报中心所属的“舰队支援部”（Fleet Support Department）包括若干按地理区域设置的情报小组和一个全球海事观察站（Global Maritime Watch）（配有自己的地区部门），共同“向舰队、国防部、国家情报机构、美国执法部门和美国政府其他部门和合作伙伴提供当前及长期外国海军和海事行动的分析”。该中心的“海军作战部”（Naval Warfare Department）下辖四个部门：“海面分析评估与报告处”、“打击规划与防空战研究处”、“潜艇战行动研究处”和“针对美国海军海事的电子战和C5ISR/网络威胁专业研究处”。（C5ISR概念是美国2009年提出的一个军事概念，代表作战部队的“指挥、控制、通讯、计算机、作战系统、情报、跟踪/监控和侦察能力”。C5是指五个“C”，代表指挥（command）、控制（control）、通讯（communication）、计算机（computer）、作战系统（combat system）。[其余，I代表情报（intelligence），S代表跟踪/监控（surveillance），R代表侦察（reconnaissance）。——译者]正如这些部门名称所体现的，海面分析评估与报告处、打击规划与防空战研究处和潜艇战行动研究处，提供外国海军在海面、空中和潜艇军事能力、战术和行动的分析。而针对美国海军海事的电子战和C5ISR/网络威胁专业研究处，对“外国对美国海军力量的非动力学威胁的全部情报进行分析，对外国海军有关的指挥、控制、通信、计算机、作战系统、情报、跟踪/监控和侦察以及网络所存在的弱点和易攻击性进行评估分析”，以支持美国海军的行动。
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尼米兹行动情报中心下辖的“跨国威胁处”（Transnational Threat Department）编制海上反扩散、反毒品和民用船舶活动分析。内容包括海上战略贸易分析、基础设施、环境和货运。跨国威胁处还负责维护国家商船运输数据库。中心下辖的“舰队图像支持小组”（Fleet Imagery Support Team）向海军指挥官派出图像分析专家。该小组由一个直接支持部门和一个战术水运和港口部门组成，控制管理着一个24小时警戒中心，利用从政府部门和民用搜集系统获得的图像资料，负责提供威胁迹象和预警信息。
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技术分析中心负责编制分析报告，内容包括外国海军、海上平台和武器装备，外国未来能力战略评估，海军平台设施、标识特征、性能评估和规划分析，地理标识测量、建立模型与设计规划，声学和非声学传感能力分析，技术电子情报分析，指挥、控制、通讯、计算机、情报、跟踪/监控和侦察能力评估，外国材料开发与利用，外国武器系统和工程系统评估、建立模型和设计规划，关键信息和基础设施保护威胁评估，声学情报。
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如图4.4所示，法拉格特技术分析中心的主要部门是战略评估办公室（Office of Strategic Assessments），以及海军平台处（Naval Platform）、海军武器处（Naval Weapon）、信息优势处（Information Dominance）、C4ISR处（指挥、控制、通信、计算机、情报、跟踪/监控和侦察能力）和声学情报（Acoustic Intelligence）处。战略评估办公室负责“预测、规划美国海军将要面对的未来环境，分析、概括可能置美国海军力量于危险的任何外国努力”。海军平台处负责对所有水面舰艇、潜艇、飞机、无人驾驶飞行器和商船进行分析研究。海军武器处拥有一个外国材料实验室，专门研究鱼雷、水雷、海军舰炮、巡航和弹道导弹、地对空导弹和定向能量武器。
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图4.4 法格拉特技术分析中心（TAC）组织架构图
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C4ISR处（指挥、控制、通信、计算机、情报、跟踪/监控和侦察能力）负责分析外国传感装置和通信系统，包括雷达和光电传感装置、海底传感装置、电子战系统、C4系统（指挥、控制、通信、计算机）和网络，以及情报、跟踪和侦察系统。信息优势处的职能是识别、分析、预警来自地面和海上对美国海军的网络威胁，也包括针对海军采办计划的网络威胁。信息优势处的分析既具有防御性，也具有进攻性。声学情报处，如其名称所言，负责对声学情报进行分析，如海军声音监测系统（Sound Surveillance System）（将在第九章中详细介绍）捕捉到的声学情报。
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海军情报办公室的“情报搜集办公室”（Collections Office）以及它所下辖的技术搜集（Technical Collection）、情报需求管理（Requirements Management）、外国材料（Foreign Material）和知识信息中心库（Knowledge Center）等部门，“负责陈述并实施所有资源的情报搜集战略，以填补……由海军情报分析专家认定的信息空白”。“舰队情报搜集办公室”（Fleet Collection Office），曾是海军行动情报中心的一个部门，现在是单独的一个机构，直接向海军情报办公室汇报。该办公室成立于2009年，旨在提高海上行动情报官员和情报专家的图像解读能力。
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图4.5 海军犯罪调查局总部组织架构图
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海军犯罪调查局总部位于弗吉尼亚州的匡蒂科，地区办公室分布在美国，在世界许多地区设有办事机构，特别是意大利的那不勒斯（欧洲与非洲地区办公室），巴林的朱法尔（中东地区办事处），新加坡（新加坡地区办事处），日本的横须贺（远东地区办事处）。图4.5显示其总部组织图。
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海军犯罪调查局官方网站将其职责描述为“联邦法律执行部门，受权执行调查涉及海军和海军陆战队的严重犯罪行为”，并“通过调查和采取行动识别确定并阻止针对海军部的外国情报活动、国际恐怖分子和网络威胁”。情报与信息分享处（Directorate of Intelligence and Information Sharing）专门负责分析并分送涉及海军犯罪调查局或海军/海军陆战队所有行动的恐怖分子、外国情报机构和其他威胁。
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官方网站并没有提及，自2009年起，海军犯罪调查局的海外行动包括了承担海军人力情报搜集任务。海军情报办公室于2009年1月获准将其人力情报部门移交给海军犯罪调查局，其前提是，此举的最大优势就是将海军的反间谍情报和人力情报行动置于同一部门负责管理。
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从冷战初期直到2005年末，海军信号情报的搜集行动都是由海军安全小组指挥部负责实施。这个指挥部成立于1935年，是由“海军通信办公室”（Office of Naval Communication）所属的通信安全大队（Communications Security Group）派生出的部门。第二次世界大战后，该部门更名为“通信补充供应局”（Communications Supplementary Activities），1950年成为海军安全小组。1968年，该部门改编为海军安全大队指挥部。