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其余针对伊朗的秘密行动主要是在伊拉克境内实施的。有报道称，2011年，美军和情报机构高层成功争取到了一项旨在削弱伊朗在伊拉克影响力的秘密行动计划授权。行动方案计划加强在伊朗和伊拉克接壤地区的封锁，阻止伊朗方面的武器走私活动。
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2011年和2012年，白宫批准由美国中央情报局负责训练伊拉克反恐局（Iraq’s Counterterrorism Service），该工作原由美军负责。伊拉克反恐局由从伊拉克国防部和内务部抽调的精锐部队组成。中央情报局负责训练的决定，是希望在美军撤出伊拉克后，“仍由美国方面秘密帮助伊拉克提高其实施反恐行动的能力”。一名官员称，“采取这种做法的目的是提高伊拉克独立应对其国内恐怖威胁的能力，改变完全依靠美军或中央情报局的局面。”
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利比亚
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除了授权国家安全委员会实施误导性情报行动之外，里根总统还批准美国中央情报局采取削弱利比亚卡扎菲政权的秘密行动。该行动计划的主要内容是中央情报局援助北非和中东地区反对卡扎菲的国家。1985年秋的一份总统指令提出，该项目的首要目标是干扰、阻挠卡扎菲的恐怖破坏活动计划，并采取先发制人行动。在这些计划之外，中央情报局还希望能够引诱卡扎菲对其他国家实施冒险性举动或者恐怖行动，以此为利比亚军队中逐渐成长的卡扎菲反对派势力提供夺取权力的机会，或者诱发阿尔及利亚、埃及等国采取军事报复行动。中央情报局实施的另一个秘密行动代号为“TULIP”，其主要内容是援助“利比亚全国拯救阵线”（National Front for the Salvation of Libya）等反卡扎菲的流亡运动以及埃及等国家的反卡扎菲行动。
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1988年，美国中央情报局开始利用美国训练的利比亚人突击队开展秘密行动，以达到破坏卡扎菲政权稳定的目的。该项目在里根总统任期内的最后几个月内开始实施，主要是利用乍得首都恩贾梅纳郊区的军事基地为600名原利比亚军队士兵提供军事援助和训练。这支利比亚人的武装主要由1988年利比亚与乍得边境冲突中被俘的利比亚士兵组成。不过，这些突击队从未真正实施过严格意义上的军事行动。乍得政府1990年12月下台之后，该武装转移至扎伊尔，后又转移至肯尼亚。这支武装在离开乍得前就被解除了武装，最终是被永久解散。
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虽然美国与利比亚的关系在卡扎菲2003年宣布终止核武器研发计划后显著改善，但是在卡扎菲2011年镇压反抗组织期间，美国中央情报局获准为利比亚的反抗组织提供援助。中央情报局向利比亚局部地区派遣了工作人员，为美军和联军实施空中打击提供情报，并与反抗组织建立联系。
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巴基斯坦
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1999年，美国中央情报局训练并装备来自巴基斯坦三军情报局的近60名特种部队士兵，利用他们协助搜寻和击毙本·拉登。该项行动是克林顿政府与巴基斯坦总理谢里夫及其情报部门负责人共同运作的，以经济利益作为交换条件。谢里夫被军事政变推翻的当年，该计划被终止。继任谢里夫上台的穆沙拉夫将军拒绝继续实施该项目。通讯监听情报显示，相关的训练计划也受到了拖累。
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近年来，在巴基斯坦实施的秘密行动主要是利用“捕食者”无人机携带地狱火导弹袭击基地组织领导人。“捕食者”无人机在2004年6月针对瓦济里斯坦省南部地区一次众所周知的空袭中，击毙了一名塔利班组织前指挥官纳·穆罕默德（Nek Mohammed）以及其他五人。2005年5月10日，阿布·法拉吉·利比的潜在权力继承人海赛姆·叶梅尼（Haitham al-Yemeni）在巴基斯坦被“地狱火”导弹击毙。2005年12月，美国方面确认的基地组织国际行动负责人哈姆扎·拉比耶（hamza Rabia），在巴基斯坦西部的一处安全屋内被“地狱火”导弹击毙。
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2006年1月，情报反映本·拉登的副手艾曼·扎瓦希里（Ayman al-Zawahiri）来到巴基斯坦西北部地区的一个村庄。美国中央情报局试图使用“地狱火”导弹消灭扎瓦希里，并在1月13日中午12点30分袭击了达马多拉（Damadola）村中的目标。当地官员称，有18名平民在袭击中丧生，有至少11名武装分子被击毙（其中有7名阿拉伯游击队员，另有4名来自旁遮普省的巴基斯坦籍武装分子）。除此之外，巴基斯坦官方称，虽然死者中未发现扎瓦希里，但是至少可以确认打死了2至3名基地组织高级成员以及扎瓦希里的女婿。在死者中，有一人名叫米德哈特·穆尔西·萨义德·奥马尔[Midhat Mursi al-Sayid Umar，又名阿布·哈巴布·马斯里（Abu Khabab Masri）]，是一名爆破和毒物专家，曾被列入美国“头号通缉”名单。此人负责管理阿富汗东部的一处基地组织据点，并且编制了介绍如何使用生化武器的手册。另一名已确认死亡的人名叫阿布·奥贝达·米斯里（Abu Ubayda al-Misri），是阿富汗南部库纳尔省叛军行动负责人。扎瓦希里的女婿在该地区负责基地组织的宣传工作。
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自2008年起，针对在巴基斯坦地区活动的基地组织和塔利班的头目及训练设施实施的无人机袭击数量逐渐增多，无人机袭击已经成为常用手段。2004年至2007年间，共实施了4次无人机攻击。2008年共袭击34次。2009年，仅在巴基斯坦境内已进行99次无人机袭击，使用的机型包括捕食者型无人机和收割者型无人机。2010年仅前9个月就实施了74次无人机袭击。有报道称，到2010年12月中旬，当年已经使用“捕食者”无人机实施了百余次空袭。无人机空袭架次增加的原因是在2008年进行了政策调整，新的政策获准攻击的范围扩大，不仅局限于原来已批准的目标，还可以根据“生命分析模式”（pattern of life analysis）进行攻击。
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无人机攻击已经击毙了一批基地组织和塔利班的高级头目。2009年年初，有报道称基地组织的20名领导人中已有9名被击毙。无人机空袭持续不断地在击毙或抓捕基地组织负责头目的行动中取得成果。2010年5月，谢赫·萨义德·马斯里（Sheikh Said al-Masri）被击毙，此人是基地组织的重要领导人，据信是纽约地铁爆炸实施者纳吉布拉·扎西（Najibullah Zazi）的幕后指使，还向3名“9·11事件”中的劫机实施者提供资金。由于有情报反映存在针对欧洲的恐怖计划，美国方面在2010年10月加大在巴基斯坦部族地区实施无人机空袭的频率。这些袭击成功击毙了多名德国籍恐怖分子。一名名为伊木拉姆·阿马尼（Imram al Amani）的德国籍炸弹袭击者在10月初的空袭中被击毙。根据军方确认，2010年实施的117次无人机空袭共击毙581人。
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2011年的无人机空袭击毙了多个武装派别的头目。2011年6月，“313旅”（313 Brigade）头目、巴基斯坦前特勤局成员伊利亚斯·卡什米里（Ilyas Kashmiri）在巴基斯坦南部的瓦济里斯坦被击毙，其领导的武装派别是基地组织领导的“基地组织的后援团”成员。当年8月，基地组织主要行动策划者阿亚提·阿布德·拉哈曼（Atiyah Hbd al-Sahman）在无人机空袭中被击毙。当年9月，被称为基地组织在巴基斯坦最高行动负责人阿布·哈夫斯·夏里里（Abu Hafs al-ShaririR）在同样的空袭中被击毙。在此之后，哈卡尼网络（Haqqani network）的高级领导人杨巴兹·扎德兰（Janbaz Zadran）也在瓦济里斯坦北部的空袭中被击毙。
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2011年11月中旬至2012年年初，由于巴基斯坦方面在误炸等事件（一次误炸导致了24名巴基斯坦士兵丧生）的反应强烈，无人机空袭中止了一段时间，后在2012年1月起恢复空袭。在巴基斯坦西北部距离边境城市米拉木·萨赫（Miram Shah）1英里的一次空袭中，有4名嫌疑武装人员被击毙，当地是伊斯兰武装组织活动的主要区域。巴基斯坦塔利班组织最高领导人班达尔·曼苏尔（Bandar Mansoor）在当年2月的空袭中被击毙。3名哈卡尼网络的武装分子在当年4月的空袭中被击毙，同年6月的空袭还击毙了重要人物阿布·亚哈·利比（Abu Yahya al-Libi）。一份报告称，“此人被视为基地组织的二号人物”，而且是“基地组织最具才干的领导人”。
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2013年初，穆阿维·纳齐尔（Mualvi Nazir）和五名随员在驾车经过巴基斯坦安哥安达地区（Angoor Adda）时遭遇空袭丧生。纳齐尔是瓦齐尔部落的领导人（Ahmadzai Wazir Tribe），其领导的武装人员经常穿越阿富汗边境参与袭击美军的活动。2014年9月和10月，美国中央情报局主导的一系列无人机空袭击在巴基斯坦多地毙了11名可疑武装分子。表16.1详细说明了空袭击毙的人员身份。
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表16.1 空袭击毙人员身份
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索马里
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2005年和2006年上半年，美国中央情报局在索马里实施的秘密行动有多个目标，包括消灭藏匿在索马里的少量基地组织成员。中央情报局驻肯尼亚首都内罗毕的情报站负责实施秘密行动，主要负责向索马里世俗派军阀提供资金，目的是消灭或抓捕基地组织嫌疑分子。在实施秘密行动的过程中，中央情报局派驻内罗毕的情报官偶尔会前往摩加迪沙军阀控制的机场，携带大量现金输送给索马里军阀。
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资助索马里军阀的计划，需要在当地部署相当数量的美方人员；1994年抓捕军阀穆罕默德·法拉赫·艾迪德（Mohammed Farah Aidid）的行动中，有18名美国特种部队士兵丧生，后美方人员从该国撤离。2002年11月起，美方代表与索马里家族成员建立了联系，通过该渠道获得索马里基地组织嫌疑人员的情报。结果，2003年4月基地组织嫌疑分子苏莱曼·阿卜杜拉·萨利姆·哈米德（Suleiman Abdalla Salim Hemed）被移交给美方。不过，这项计划没能获得更多成果，伊斯兰武装分子在2006年6月取得了该国政权。不过这个政权十分短命。当年12月，在美国军队的秘密支持下，埃塞俄比亚军队入侵索马里，该政权倒台。
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2007年1月上旬，一架AC-130空中炮艇向索马里南部的基地组织成员发动袭击。此次袭击的目标中，有与本·拉登关系密切的爆破专家阿布·阿拉·苏丹尼（Abu Tallha al-Sudani），还有支持基地组织的摩加迪沙网络头目古莱德·哈桑·康拉德（Gouled Hassan Courad）的贴身助理。有观点认为苏丹尼负责为1998年对美国驻肯尼亚和坦桑尼亚使馆的实施炸弹攻击的袭击者提供资金。
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到了2010年，除实施无人机袭击外，美国对索马里实施的秘密行动又增加了支持当地组织。据联合国索马里和厄立特里亚监督组2012年的报告称，美国方面还通过秘密行动项目支持索马里当地安全部队攻击伊斯兰青年党（Al-Shahab）。一项有中央情报局官员参与的项目支持索马里普特兰政府，派遣美国特种部队与普特兰政府士兵共同作战，但是该地区的半自治性质尚未获得美国官方承认。普特兰政府领导人的公共传媒顾问称，美国中央情报局向普特兰情报机构提供了非杀伤性的援助。美国方面还向索马里国家安全局提供援助，该机构负责运营的“阿尔法小组”，实质上是美国在政府控制地区实施情报行动的代理机构。
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2011年6月下旬，联合特种行动指挥部针对数名索马里基地组织成员实施无人机空袭，是2009年以来实施的首次空袭行动。2012年1月，另一起无人机空袭击毙了协助基地组织作战的外籍指挥官比拉尔·巴扎维（Bilalal Barjawi）。2013年9月，伊斯兰青年党组织的创立者之一艾哈迈迪·戈达尼（Ahmed Godane）被无人机空袭击毙。2014年以及2015年2月、3月的无人机空袭击毙了该组织多名情报和对外行动负责人，以及一名帮助该组织策划2013年袭击尼日利亚购物中心的高级领导人。
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