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国家反情报与安全中心
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国家反情报与安全中心（National Counterintelligence and Security Center, NCSC）于2014年12月1日成立，它是国家反情报执行局（National Counterintelligence Executive, NCIX）（1995年成立）的延续。2002年颁布的《反情报促进法案》指定反情报执行官为国家反情报执行办公室（ONCIX）的负责人，并使他/她负责美国政府的反情报与安全工作。2004年的《情报改革与防范恐怖主义法案》规定国家反间谍执行局（NCIX）和国家反情报执行办公室归国家情报总监办公室管理。
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NCSC负责编制《国家威胁识别和优先级评估报告》（NTIPA）、其他反情报分析材料以及美国国家反情报战略。此外，该中心还负责为反间谍情报的搜集、对间谍活动的调查以及反间谍行动等工作设置优先级。其工作职能还包括监督和管理反情报计划预算和成果评估以及培训和提高反情报意识（counterintelligence awareness）。此外，该中心还负责进行损害评估（damage assessment），其中就包括安娜·贝兰·蒙特斯事件——这位供职于美国国防部情报局的高级古巴情报分析员向古巴情报部门提供了情报。
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2010年，国家反情报执行局吸收了国家情报总监特别安全中心（DNI Special Security Center）——该中心后来整合为国家反情报执行办公室特别安全理事会（ONCIX Special Security Directorate, SSD）——和安全评估中心（CSE）两个部门。国家反情报执行办公室特别安全理事会（ONCIX SSD）的职能包括制定、管理和监督情报系统的密级评级系统，并作为国家情报局与安全管理部门的对接单位。图17.6是美国国家反情报执行局组织结构图。安全评估中心负责在情报系统和国务院之间协调情报相关事务。
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图17.4 美国国家反情报执行局组织结构图
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网络威胁情报整合中心
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2015年2月28日，依照奥巴马总统在备忘录中的指示，国家情报总监成立了网络威胁情报整合中心（Cyber Threat Intelligence Integration Center, CTIIC）。在此之前，白宫网络安全协调办公室的某位工作人员曾提出过应成立类似部门的建议，但被一些机构否决。2014年11月，索尼影业的计算机系统被黑客入侵，没有任何机构能够整合相关信息并对这次入侵事件进行分析，这促使奥巴马总统作出了成立网络威胁情报集成中心的决定。
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该备忘录阐述了网络威胁情报整合中心的五个职责，其中第一个职责就是“整合各个源头的情报，并对外来网络威胁或有可能影响美国国家利益的行为进行分析”。备忘录还规定，该中心应为一些网络组织提供技术支持，这些组织包括国家网络安全与通讯集成中心、国家网络调查工作小组、美国网络指挥部等。
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此外，网络威胁情报整合中心还要监督情报共享能力的开发与实施，强化特定情况下的情报意识，这使得相关人员有意识发现和识别网络攻击，或涉嫌影响美国国家利益的网络事件。该中心还要通过情报渠道对网络攻击和涉嫌影响美国国家利益甚至是私营组织的网络事件做出提示。最后，网络威胁情报整合中心要促进和支持跨部门之间的合作，以便抗击有损美国国家利益的网络威胁。人们期待，在中心成立之时，将有大约50名员工和3500万美元的经费支持。
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美国情报界（第7版） 第十八章 国防情报的管理
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在中央情报主任作为总统的主要情报顾问和情报系统总负责人的那些年里，情报系统包括了隶属于美国国防部的一些国家情报机构，包括国家安全局、国家侦察局、国家成像与绘图局以及国家地理空间情报局。即使是1977之后，中央情报主任有权批准这些部门的经费预案，国防部长和他任命的负责情报的其他官员还是实际负责这些机构的日常运营。
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在那些日子里，国防部长和他的几个重要的助手负责管理隶属于国防部的国家情报机构以及国防部自有的情报部门，尤其是重点经营着美国国防部情报局。20世纪70年代，国防部设有主管情报的助理国防部长一职，之后又任命了一名副国防部长，负责情报、指挥、控制和通讯。2001年，时任国防部部长唐纳德·拉姆斯菲尔德提议设立专门负责情报工作的副国防部长，该提议被国会批准。
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除此之外，美国国防部还以其他方式管理情报活动，这些方式包括：军事情报计划（包含一系列的理事会和委员会）、侦察部门参谋长联席会议、国防情报指挥官、指令以及法规等。
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负责情报工作的副国防部长
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时任国防部长唐纳德·拉姆斯菲尔德上任不久便意识到，在他的管理体系中需要一名直接听令于他且专职负责国防部情报工作的官员。两个事件促使拉姆斯菲尔德得出这一结论：一是2001年4月份的一次会议，那次会议有11名来自不同的军方情报部门的官员出席，讨论EP-3型飞机在中国迫降后的情报损失；二是中央情报主任在预算问题上一直拒绝与国防部长属下低级别官员打交道。
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2002年8月，拉姆斯菲尔德表示，他需要一名更加资深的官员负责处理国防部的情报工作。克林顿政府时期的一名五角大楼高级官员也站出来表示，如果有一位新的副国防部长负责处理国防部情报部门的预算工作，将是国防部工作的一大进步，因为这些工作“确实耗费了国防部长太多的时间”。
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约翰·麦科恩在担任中央情报局长（1961-1965）时一直认为，如果国防部能有一位官员来帮助处理情报工作，那么他将更好的完成自己的工作。2002年春天，拉姆斯菲尔德试图说服时任中央情报局局长乔治·J·特纳，表示自己希望能够设置一个职位官员，专门负责与中央情报局高级官员在情报政策与情报资源事务上的沟通工作。这样的提议引起了一系列的担忧：有些人害怕这样一名官员可能会最终成为中央情报局长的强有力的竞争对手，还有些负责国防情报的官员害怕会因此失去一部分权力和自主权。
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尽管有这样那样的担忧，国会还是在《2003年国防授权法案》中批准设立该职位，随后在2003年3月份，拉姆斯菲尔德提名史蒂芬·坎博纳出任这一职位。其工作职责在名为“调整国防情报及相关事务实施指导”的备忘录中有详细论述，而且该备忘录中还明确规定这名副部长办公室将拥有114名雇员。后来这份备忘录中的要求被2005年11月23日美国国防部发布的国防部指令第5143.01号指令所取代，这份指令由拉姆斯菲尔德和国家情报总监共同签署。国防部指令第5143.01号指令后来在2014年10月又被修订并重新发布。
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这份重新修改的21页的指令与修订之前的国防部指令相比内容多很多，它具体规定，这名国防情报副部长作为国防部长和国防部副部长的主要助理和顾问，处理情报、反情报、安全、敏感活动以及其他情报相关事务，其具体职责包括代表国防部长行使监督国防部情报局、国家地理空间情报局、国家侦察局、国家安全局和国防部情报部门的职责。该指令还反映了国防部长和国家情报总监在2007年5月签署的协议：主管情报的副国防部长还应同时被任命为国家情报总监办公室内的国防部情报局长。国防部情报局长应负责提出国防部的国防情报搜集要求，推动国家情报活动和国防情报活动的合作、协调与冲突的消除，为同步和整合国防部与情报系统的情报职能提出建议与支持。该指令还规定，负责情报的副国防部长要负责监督和指导各种情报活动，如国防情报分析、国防人力情报、技术搜集情报、公开来源情报、国防部反间谍情报、国防部安全计划、国际情报合作、情报信息共享等。