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不管保甲的历史根源是什么，非常清楚的是，通过从当地居民中挑选代理人，清王朝把它当作清查当地居民人口、迁移与活动的工具。清廷所规定的方案相对简单，大体说来就是：10户为1牌，设牌头（有时称为牌长）1人；10牌为1甲，设甲长（或称为甲头）1人；10甲为1保，设保长（或称为保正），综理全保事务。[14]
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这里可以引用一两个例子。根据《南宁县志》（云南），该县1851年施行的保甲组织情况如下：[15]
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1873年版的湖南《浏阳县志》，提供了类似的资料：[16]
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由层级数和各层级头人数来看，该县与上述南宁县一样，相当严谨地遵照官方规定的十进制。
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不过遵照官定十进制的例子并不多见。随后我们就会看到，地方上在实际执行中经常极大地偏离了政府的规定。现在应先厘清保甲与“乡—村”之间的关系。村并不是一个官方认可的保甲组成要素，但在实际中，村的界限是受到尊重的。比如，19世纪声名卓著、富有才能的知县刘衡就说，他在四川巴县整顿保甲组织时，如果每村的户口数少于政府所规定的限额时，就准许这种小村单独构成一牌或一甲。[17]《通州志》（直隶，1879）提到该地区共有608个村镇，设置了567个保正。村一般被当作和保共存的单元。[18]在河南临漳县，村成为保的组成单位，从6个到20多个不等。[19]
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乡和保甲也有非正式的关系。但有时，乡成为保之上的高一级的单位（或者位于那种户数充足的村之上而与保平行），这似乎是一位18世纪作家所说“联村于乡，而保甲可按”[20]要表达的含义。
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下面的例子可以说明这种类型的关系。1669年，在保甲体系推行后不久，山东滕县知县就将该县旧有的8个乡重新命名，并在各乡设保如下：[21]
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从其他事例中，我们可得到保、乡之间另一种不同的关系。陕西靖边县呈现的画面特别有趣。1731年该县刚设置之时，乡村地区划分为3个乡，其城区和每乡的牌数如下：
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难以理解的是，提供上述材料的《靖边县志》修纂者既未提到保，也未提到甲。到19世纪末，该县重新划分，在原有3个乡的基础上增设两个乡，其设置情况如表2-1中所示：[22]
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表2-1：靖边县保甲设置情况
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“保”明显仍未出现。该志的修纂者解释说：“每牌头管花户十名，散绅而外，另设帮查（即助理检查员）以代甲长。每帮查一名准管牌头十名。四乡各有散绅，以稽司之。”在地方行政体制上，这种散绅大概起了保长的作用。
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不过，乡有时被视为保，或被当作与保相当的单位。例如康熙年间，一名在华北几个地区供职过的老练知县，就把乡视为保甲体系中最高的机构。他说：“今保甲之法，十家有长，曰甲长；百家有长，曰保正；一乡有长，曰保长。”[23]该知县所下的定义虽然偏离了官方的规定，但是这里乡的组织形式实际上同保是一样的。无独有偶，某些19世纪的作者也有相同的看法。其中一位说：“设保甲以综理一乡，立甲长以稽查十户。”[24]另一位也观察指出：保甲之法“十家一甲长，百家一保正，一乡一保长”。[25]
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我们或许应该引用一些实际例子来证实他们的看法。根据1891年贵州《黎平府志》，该府的保甲编组如下：“以十一户立一甲长，十甲立一保正，东、西、南、北四乡各立一保长，以总之。”[26]同样的，1904年河南《南阳县志》的修纂者说，乡是保甲组织体系中的顶层，占据保的位置。[27]
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上述事例非常清楚地表明，最晚到19世纪，实际上就有两个版本的官方保甲方案中提到乡：
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或许有人会问，既然地方官吏发现乡、村这种自然产生而且大家熟悉的单位非常有用而且必须加以重视，可是为什么清朝统治者并没有以之来作为设置保甲组织的基础呢？一个原因可能是，由于村庄里的户数变化幅度大，因而这种自然单位总是同政府所规定的十进制保甲编组规则相矛盾。另一原因或许就是，由于设置保甲的目的在于监督并控制乡村居民的行动，因而朝廷认为最可行的，是在村组织影响之外设置一套同村完全分开的组织体系。的确，清朝皇帝设置保甲组织的目的，就是利用这个体系来抵消乡村社区发展出来的任何力量。为了这一目的，尽可能地在现存乡村组织之外设置一套完全独立的保甲组织体系，也许要好得多。
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不按照乡、村的自然组织来设置保甲组织，其真正原因不管为何，清朝皇帝并没有成功地在自然的乡村组织之外设置并保持一套独立的基层行政组织体系。正如前文所述，地方官吏不断发现利用乡村自然组织拥有的功能是最方便的。因此，乡与村不可避免地成为保甲组织体系中运转的单位；这有悖于朝廷设置保甲组织的意图。保甲组织同乡、村自然单位相混合，让前者不可避免地处于各地特殊情况的影响之下；而这也部分地说明了上面所指出的矛盾。[28]
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