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但是，官府介入并不总是有用。有能力的州县官员设法让地方防御组织取得满意的成果，而愚蠢无能的官员却经常妨碍它们的正常运作。团练工作艰巨，必须有相当多的技巧和耐心才能完成。清政府的愿望常常因地方环境不利而不能实现。由于经常采取一些权宜之计，对清政府或地方村民都产生了一些不愉快的经验。
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在一些地区，团练只不过是在旧的保甲制度基础上成立的。[159]在另一些地区，地方武装与正规军一起使用；这种做法通常不利于地方武装。这里可以举一个例子，虽然并不一定典型，但可以说明问题。1800年，一名监察御史观察到有关情况后上奏清廷指出，官兵指挥官虽然认识到官兵战斗力低下，却仍然怀疑乡勇，因而利用乡勇单独承受敌人进攻，而以官兵在后压阵。其结果是：
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兵之待乡勇，以奴隶使之。常时则于营盘挖泥除草樵薪水火等事，晚宿则护于兵之外。有贼则兵在后督之，受伤则惟乡勇，有功则归兵。此稍有膂力之乡勇，亦尽逃散，而穷饿之乡勇始屈以就旦夕之须，至于临贼亦归逃散也。[160]
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团练与保甲及官军进行适当协调的问题，并不是团练在运作过程中所遇到的唯一困难。官府介入地方防御，有时加重了村民的负担。正如19世纪一位学者所指出的那样，清政府利用团练，其目的不只是用来填补毫无战斗力的正规军队，而且把部分军事花费转嫁到村民的身上。[161]
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然而，愿意为自卫而出钱的村民不愿意为清政府控制的地方军队买单，是可以理解的；或者说，村民们太贫穷了，根本拿不出什么钱。曾国藩就清楚地认识到这一困难，因而一时间拿不定主意是否推行自己的团练编组计划。在给朋友的信中，他这样警告说：
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团练之事，极不易言。乡里编户，民穷财尽。……彼诚朝不谋夕，无钱可捐，而又见夫经手者之不免染指，则益含怨而不肯从事。[162]
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有时，地方官和乡绅之间也有矛盾。即使在团练特别成功的湖南省，清政府也感到并不总是事事如意。与曾国藩同代的一位官员就指出：
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地方官之贤者……殆不数觏。其不贤者，深居简出，若无所事事，一以委之绅民。绅民乐其易与也，捐资教练，诘奸捕盗，致之于官，曰挞之，官则挞之；曰杀之，官则杀之。……或有傲岸之吏……动相违拗，至于龃龉。……又有贪墨之吏……无办团御贼之心，而诡秘，日与不贤之绅民，促膝耳语，按籍以稽部民之肥瘠，曰：某也应纳团费若干，某也应纳练费若干。不纳，则缧绁从事矣。绅民阳请缓其狱，出则曰：“官怒矣，倍蓰而罚尔。”入则曰：“某也非甚富，愿有私于君，而不著名于籍。”官乐其便也，于是绅民得十之八九，官得十之一二。[163]
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很自然，村民们在成立地方防御组织的过程中不断发出了自治的呼声。当时的一位学者，在评价一位1854年在家乡发起自卫组织的湖南团练领导人时就指出：
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余尝谓乡团御贼之事，独宜听民之所为，而官无多预焉。何则？彼其身家诚知自急。……若将以为法令而驱之使集，则民苟以其名相应，而黠猾之徒妄为侈张以取媚于官而渔猎闾伍之利。[164]
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然而，困难的根源，比政府介入更深一层，乃是并非所有村社和乡村头领都有能力承担地方防御的任务。有时，他们明显没有战斗意志。1861年春，蓝大顺率领起义军攻占四川潼川府。据当地一学者所说，当地团练被证明毫无用处：
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乡人窃望身独善，害未亲尝心不愿。练团御贼待贼来，贼未来时团已散。[165]
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另一名目睹太平军攻占南京的学者也说：“若团练土人，乃土人自为之以保其村，不能御外村之强者，无论贼矣。”[166]
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河南漯河县一名设法成立地方防御组织以打击捻匪的退职官员，描述了团练所遇到的一些困难。他在1853年（咸丰癸丑年）的日记中写道：
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五月十九日：闻贼匪过省城，至朱仙镇……意欲联络邻村为守御计，而人心不一，迄用无成。
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二十二至二十三日：贼遂分遣匪徒于平皋、陈家沟、赵堡镇等村抢掠……予南、保封等村一日数惊。
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二十四日：是日乡民皆逃散，予亦送眷属寄他村戚友。本村贫甚，守御无资，人心又不一。
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二十五日：陈家沟友人代予出名约……邻近各村互相防御。
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二十六日：巳刻，予率乡民下滩，各村参差不齐，所闻某村某村之人至滩，皆不见。……至柳林，贼张两翼而出……而乡民闻枪声，皆奔归。
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二十七日：贼掠南北张羌等村，居民不能御，皆逃散。[167]
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这名心地善良的退职官员，虽然在1853年遭到大败，但并不气馁。在1861年年末，他又设法保护自己的家乡：
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十月二十日：邀合村商筑寨。商妥量地，按地亩、人口、房间、牲畜派钱，各项先派钱三百文，不足续派。……外村只照地亩、人口派钱，每亩钱一百，每人钱一百文。本村则大户先出钱，小户做工抵所应出之钱。
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十一月初一：置筑寨公局。
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初二日至初六日：闻平皋、赵堡皆将筑寨，恐附寨村少人寡，难守本村……夜与村众议，趁未动工，不如中止为妥。