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第三，六部与军机处、内阁的关系，比较微妙。从中央行政结构全局看，军机处和内阁共同构成了朝廷中枢组织，六部则是施政机关。按照常规，六部是应该受军机处、内阁节制的。然而，清军机处和内阁，只是皇帝的御用秘书班子，“非如古所谓秉钧执政之宰相也”[202]。所以，军机处和内阁并不能名符其实地凌驾于六部之上，向其发号施令，指挥如臂。它们之间的联系表现为两重性：一方面，军机处与六部长贰人员上有交叉，不少军机大臣及内阁大学士就是由六部长贰兼任的。就是说，六部长贰也有资格被皇帝选入最核心的御用秘书班子；另一方面，军机处和内阁又能向六部下达皇帝诏敕，或受皇帝的委托对六部进行行政督责和指导。如内阁即负有稽查六部事体的责任[203]；六部上奏的“部本”，也要先送内阁审阅票拟，然后转呈皇帝。“明降”谕旨则由军机处和内阁下发给六部。在后一种情况下，军机处、内阁至少在行政权力运转上，是处于六部之前，并且在最高统治者皇帝与施政机关六部之间扮演了承上启下的角色。
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第四，汉唐寺监官进一步衰落，仅剩大理、太常、光禄、太仆、鸿胪五寺和国子一监。而且沿袭明制，寺监政务大体隶属于六部。同时，新出现的理藩院、通政使司、八旗都统衙门、内务府等机构，又在六部寺监以外发挥着较特殊的政务功能。
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第五，由于清朝皇帝勤政成风，六部官员面见皇帝的机会较多。如顺治、康熙时每日御门听政，六部官员届时分班面奏。“入朝则集议国事，朝散则各治部务”[204]，所以，六部的施政过程能与皇帝保持较直接的联系。
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中国古代官僚政治 [:1703103654]
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中国古代官僚政治 附录 历代中央行政权力运行图示
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下面，我们分阶段地编绘历代中央行政权力运行图示，并作简要的文字说明。
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秦西汉丞相开府秉钧九卿施政
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中央统治结构和权力运行，以皇帝及丞相为中心。处于外朝的丞相和丞相府，集参与机务的决策权和领导百官的行政指挥权于一身，无论在大政决策和政令执行中，都发挥重要作用。
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九卿分掌的各种职事，既有朝廷政务，又有皇室事务，而且后者比重较大。这表明中央执行机关的分工建置还不十分健全。九卿可以直接上奏和接受诏令，故在中央权力运行中也比较重要。
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从上奏、决策，到政令执行，中介环节较少，相应地行政效率也较高。
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皇帝与丞相的关系，因相权重而难以和谐，不利于皇帝专制。所以，此权力结构或模式，不可能长久维持。
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东汉尚书台三公九卿辅政
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中枢组织由外朝移入内朝，由一两名丞相负责制变为群体宰相负责制。宰相的名与实，品秩与权力开始出现较大差异。
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参与机务和决策的中枢组织与领导百官的行政节制机构分离，分别由内朝的尚书台和外朝的三公府充任。在朝廷决策机制中，皇帝及尚书台发挥主导作用。政令执行，则由三公九卿负责。
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由于中枢组织与行政节制机构的分离，运行环节有所增加，施政效率受一定影响。这又是魏晋尚书省及其诸部曹起而取代三公九卿充当施政机关的原因之一。但尚书台设于宫内，对皇帝依附性较强，可以减少皇帝与宰相间的权力分配摩擦，保持最高决策的一元化。
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魏晋南北朝三省递代秉钧六部九卿复合施政
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尚书、中书、门下三省递代充中枢组织，不仅使宰相群体进一步扩大到三省长官范围之内，而且三省在中枢组织中的地位轻重也有明显变动。有人说，东汉“政归尚书，魏晋政归中书，后魏政归门下”（《困学纪闻》卷十三《汉魏晋政柄所归》），大体反映了上述动向。
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尚书省逐渐演化为中央行政节制机关，取代原三公府的地位和职能。以尚书省六部为主，以九卿为辅的复合施政体制基本形成。
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无论是中枢组织，抑或施政机关，常处于新旧交替状态，前后变动较大，不够稳定。这既与政权频繁更迭有关，也和三省六部制取代丞相九卿制的历史性过渡不无联系。
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隋唐三省协同秉钧六部寺监复合施政