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虽然太平天国被镇压了，但是一部分太平军逃到了北方加入了捻军，当时捻军已在安徽北部、河南、山东和直隶南部进行了几年的反清斗争。1865年5月27日，曾国藩受命率军剿捻，李鸿章暂时代替他坐镇南京，但只被授予署两江总督的官衔。[47]这一任命是直接违反“回避法”的，因为李鸿章是安徽人，这样的话，安徽就将在他的管辖之下。然而，想必是朝廷认为形势紧迫，需作变通，因此只给李鸿章以“署”两江总督以自慰。
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在剿捻战役中，曾国藩不得不依恃李鸿章的淮军。然而，曾国藩比任何人都更清楚，尽管他指挥着这支军队，但是他取得成功的希望却很有限，因为他本人不是安徽人。他和这支以地域关系为基础的军队没有任何联系，而这种地域关系正是他自己所坚持的建军原则。曾国藩简单明了地阐述了这一情形，说：“贵部淮勇铭、盛、树各军，平日颇有一家之谊，不识离苏赴齐，尚能心性相浮否？”[48]但是，他认为如果李鸿章的弟弟李鹤章和李昭庆能陪侍左右，他对这支军队就会有较为直接的控制。因此，他敦促李鸿章劝说其弟助他一臂之力。曾国藩觉得李氏兄弟是会得到淮军将领们的支持的，他希望，由于他过去和李氏兄弟的兄长们及其父亲的关系，李氏兄弟会听从他的指挥。[49]更何况，李鹤章曾从1859年起在曾幕中参与过军事，直到1862年他作为淮军的一员随兄一起赴沪才离开了曾国藩。李鸿章在1865年6月11日信中告诉曾国藩，他的两个弟弟会随他一起去：“三、六弟仰蒙疏调，恐未能吃苦耐烦，有辜盛怀。”[50]结果证明，只有他最小的弟弟李昭庆一直跟随曾国藩剿捻，直到最后。
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在使用淮军剿捻中，曾国藩有他自己的计划和战略，他不希望这支军队真正的主人李鸿章予以于涉。然而，李鸿章认为对干涉及淮军的重大决定他有权利发表自己的意见，同样，也不能对其日常事务不闻不问。终于，在1866年，曾国藩致函李鸿章，直言相告：“目下淮勇各军既归敝处统辖，则阁下当一切付之不管，凡向尊处私有请求者，批令概由敝处核夺，则号令一而驱使较灵。”[51]然而，经过一年的实践，曾国藩终于相信，淮军只有在李家人的指挥下才能镇压捻军。李鸿章在他自己和他的部将们之间所建立起来的控制程度是曾国藩在他与其湘军将领之间所从未企及过的。在曾国藩看来，“淮军将领是永远匍匐在”李鸿章“脚下的”[52]。1866年初他就向李鸿章保证说，如果到夏天剿捻之役还没有进展，他将辞职并推荐李鸿章继其任。淮军各营并不是不听从曾国藩的命令，但是他们对剿捻也没有表现出什么热情。曾国藩坦率地承认：“鄙人不能上马督战，阁下（指李鸿章）能匹马当先，不过倡率一二次，而士气振兴百倍矣。”[53]
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1866年12月12日，朝廷收到曾国藩的辞职请求，于是命他和李鸿章互易其位。曾国藩回到南京，像李鸿章过去那样负责军需供应，李鸿章则接过钦差大臣关防负责剿捻。随着李鸿章重来指挥淮军，淮军士气重振，捻军终于在1868年被镇压了下去。
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捻军既已覆灭，淮军将被遣散乃是意料中事。然而，事实并非如此。[54]回民正在甘肃造反，随时还有其他叛乱爆发的威胁，朝廷对西方列强的侵略意图也忧心忡忡。淮军是中国最好的军队，安徽巡抚英翰建议，由淮“勇”代替直隶练军——一支仿照西法编练的帝国军队——防守帝国的首都。[55]左宗棠（他和李鸿章的关系并不友好）和左都御史毛昶熙建议任命淮军名将刘铭传为当时已成空缺的直隶提督。这些人中没有一个人对保留淮军怀有个人兴趣，但是直隶练军在剿捻战争中已经暴露出它的弱点，现在需要一支强大的军队来代替它。[56]起初，李鸿章以刘铭传的性情不适宜在京师的王公贵人下任职为由对此表示反对[57]，实际上他是不想失去对淮军任何一部的直接控制。但是，1868年9月，当他得知曾国藩被调任直隶总督时，便改变了主意，允许刘铭传的“铭军”、也是淮军中实力最强的一部归曾国藩指挥。1868年9月13日他致函曾国藩说：“昨知师节北来，属刘子务（盛藻）、丁乐山（寿昌）等暂留铭军驻张秋，以待从容定议，不可使吾师孤立无助、无以备缓急也。”[58]在这之前，曾国藩受命剿捻的时候，李鸿章曾表示，若有缓急，他们两人只可依恃他们自己的将领们[59]，既然现在曾国藩将要去一个陌生的省份担任一个新的职务，他想保证他的老师有一支可以依恃的军队。
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铭军接受曾国藩的领导，留在直隶防卫京畿；同时，1869年3月1日，李鸿章奔赴湖北就任湖广总督职。淮军的这一部与主力的分离只持续了一年多。1870年夏，李鸿章受命从武昌北上帮助镇压回民起义。然而，7月份行至西安时，他又奉命率军赶赴直隶以帮助曾国藩解决天津教案并在可能与法国开战时守卫京畿地区。在进军天津途中，他被任命为直隶总督，取代了曾国藩。曾国藩由于处理教案不力而失宠，重回南京做两江总督。李鸿章和法国缔结了条约，这实际上是曾国藩离开天津前已经谈好了的。[60]徒弟又一次取代了师傅的位子，而且也只有这一次二人职位的变换是永久性的，因为1872年李鸿章在直隶得到了曾国藩在南京去世的消息。
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李鸿章（天津，1871）。选自立德夫人：《李鸿章的生平和时代》（伦敦：卡塞尔出版有限公司，1903年），第72页。
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李鸿章一家（北京，1898）。由左至右，后排：李国杰的夫人（张氏）、李经述的女儿、李经（李鸿章的小女儿）、李经迈的夫人 （卞氏）、李经述的夫人（朱氏）。中排：李经迈、李经述、李鸿章。前排：李国熊、李国煦、李国燕、李国杰。照片由李国超提供。
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李国超和李经迈（约1910）。李国超提供。
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罗丰禄和李经方（伦敦，1896）。选自《伦敦画报》增刊，第109卷（1896年8月15日），第195页。
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李鸿章和他的幕友（香港，1899）。李鸿章左侧戴眼镜者为唐绍仪。李国超提供。
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海军衙门大臣（1886）。由左至右：善庆、醇亲王、李鸿章。选自立德夫人：《熟悉的中国》（伦敦：哈钦森出版有限公司，1899），第495页。
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李鸿章（伦敦，1896）。选自立德夫人：《李鸿章的生平和时代》（伦敦：卡塞尔出版有限公司，1903年，书前插图）。
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如果没有曾国藩，可能永远也不会有一个李鸿章。曾国藩培育了他，然后又推荐他出任地方高级官吏，给了他以展示才能的机会。即使是功成名就之后，李鸿章仍旧接受曾国藩的监督和指导，只是到了曾国藩的晚年，学生才超过了老师。在他们交往的整个期间，李鸿章一直认曾国藩为师，并清楚地意识到他欠了曾国藩一笔大债。1863年李鸿章致函吴棠（仲仙），说他自己是“骥尾之蝇”（a fly on the tail of a famous horse）。[61]