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第二个阶段是在基督教传入欧洲以后，对同性恋者实行严厉的惩罚措施。因为《圣经》中明确规定：“人若与男人苟合，像与女人一样，他们二人行了可憎的事，总要把他们治死，罪要归到他们身上。”（《圣经·利未记·第二十章》）既然《圣经》中称要把同性恋者“治死”，所以教会对同性恋者实施严厉的处罚，包括阉割、判苦刑、烧死等等。
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关于教会对同性恋者实施惩罚的具体措施，刘达临在《世界古代性文化》中有详细的描述：
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到了公元6世纪，情况有所变化。当时的拜占庭帝国（东罗马帝国）独身与修道制开始得较早，惩罚同性恋也早。538年，皇帝查士丁尼在把罗马法和教会法综合的基础上颁布法律，说同性恋“引起饥荒、地震和瘟疫”，对个人则“丧失灵魂”，因此，为防止国家和城市的毁灭，必须严禁，惩罚的手段之一是公开示众后加以阉割。到了541年至544年，拜占庭发生大鼠疫，人们都归罪于同性恋者。……
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当时，对不同的同性恋行为有不同的惩罚方式，根据当事人的年龄、职业、主动或被动、初犯或惯犯等情况不同来量刑。例如，中世纪初期忏悔室内的《牧师手册》对同性恋者的处罚有以下的规定：20岁以下的男子“单纯接吻”者禁食六天；“放肆接吻”者禁食10天；20岁以上的男子“互相手淫”者判20天或40天苦刑，再犯者判100天苦刑，惯犯者判隔离和一年苦刑；将阴茎置于对方大腿间摩擦者，如是初犯，判100天苦刑，再犯者判一年苦刑；口交判四年苦刑，惯犯判七年苦刑；肛交判七年苦刑。
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在教会内部，也是大张旗鼓地惩罚同性恋。公元567年，基督教会在第二次图尔宗教大会上宣布，禁止两个男修士同睡一张床，以后又禁止两个修女同睡一张床。693年，在西班牙托莱多的宗教大会上又宣布，任何一级教士若有同性恋，将受到从降职、降级到终生放逐、到死后下地狱的惩罚。100年后，西班牙国王又加上一条：处以阉割。
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这种迫害同性恋的做法在欧洲中世纪的中后期更趋严重，只是到近一二百年才有所好转。法国在放弃火烧女巫的陋俗以后，有很长一段时间改为火烧同性恋者。（刘达临：《世界古代性文化》，第535～536页）
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第三个阶段始于20世纪中期，渐渐地不再把同性恋看作一种罪行，而是视为病态的表现，从而想出各种办法来治疗同性恋者，努力使他们变成异性恋者。对此，《我们的性》中说：
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在20世纪中叶，对同性恋的社会态度有了一个转变。认为同性恋者是罪人的想法在一定程度上被认为他们是“病态”的想法所代替（Estabag，1990年）。医学和心理学工作者使用了很多激烈的治疗方法来努力治愈同性恋这种“疾病”。在19世纪诸如切除生殖器这样的外科手术得到开展。后来到1951年，脑白质切除术（分离大脑前叶的神经纤维的脑外科手术）作为对同性恋的一种“治疗方法”开展起来。心理治疗、药物、激素、催眠、电击疗法和厌恶疗法（在同性恋刺激的同时给予使人呕吐的药物或电击）也都曾被应用过。（克鲁克斯等：《我们的性》，第279页）
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中国古代性学报告（增补版） [:1703170698]
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（3）对待同性恋的现代态度
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随着社会的发展，人们越来越倾向于承认同性恋是一种自然而正常的状态。此正如《我们的性》一书中所说：“如今，通过几十年的研究，推翻了同性恋是‘病态’的观念。”（同上）《海蒂性学报告》中则明确指出，把同性恋视为违背自然的错误行为，是一种很狭隘的观点：
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同性恋或想跟同性发生亲密的肉体关系者，都可视为人生“自然而正常的”体验之一。“不正常”的问题，只出现在社会将性爱局限在生殖功能之上，并且将生殖功能视为唯一正常而健康的性爱模式。就如同探讨异性恋的成因为何，迄今一样并无具体的结论。因此，将所有不具生殖功能的性交视为“违背自然的错误”，是一种很狭隘的观点。（海蒂：《海蒂性学报告——女人篇》，第281页）
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一些学者甚至从动物界盛行同性恋的事实来证明人类的同性恋行为是正常的。如美国社会生物学家E.O.威尔逊认为：从昆虫到哺乳类，同性恋都是常见的，因此，同性恋在生物学上完全可能是正常的：
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完全可能，同性恋在生物学上是正常的，是作为古代人类社会组织的要素进化而来的。从昆虫到哺乳类，同性恋都是常见的。在罗猴、猕猴、狒狒和黑猩猩等大多数高智力灵长类中，同性恋作为异性恋的对等物得到了充分的表现。这些动物的同性恋行为证明大脑中潜存着性的二元化机制，雄性完全可用雌性姿势接受雄性交配行为，雌性也常常能接受雌性交配行为。（E.O.威尔逊：《论人的天性》，第132页）
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霭理士在《性心理学》中也认为，同性恋在动物界、至少在哺乳类动物里是相当流行的现象：
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同性恋原是动物界的一个相当流行的现象。至少在其他的哺乳类动物里是很普通的，特别是在和人类在血缘上最为接近的灵长类的动物里。海密尔顿医师研究过猕猴和狒狒的性的发展，说“未成熟的雄性猴子通常总要经过一个时期，在这个时期里他在行为上所表现的性的兴趣，几乎完全是同性恋的，而一到性的发育成熟，这时期便突然终止，而性的兴趣与活动就变为异性恋的了”。祝克曼（Zuckermann）很近密地观察过狒狒和黑猩猩的同性恋的行为，有时候发现在雌的一方面，此种行为比雄的更要显著，他甚至于觉得在猿类中间，同性恋和异性恋的行为根本上仿佛是一回事，找不到显然的分别。（霭理士：《性心理学》，第283页）
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既然人是由动物进化而来的，因此，在其本能中保留有同性恋的习性是毫不足怪的。所以，对于同性恋者，我们完全没有必要用怪异的眼光去看待。弗洛伊德曾经说过，搞同性恋虽然毫无好处，但人们用不着为此而害羞：
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的确，搞同性恋毫无好处，但并非恶习和堕落，也算不得是一种疾病，用不着为此害羞。古往今来，有许多极可尊敬的人物是同性恋者，其中有些是伟人如柏拉图、米开朗基罗、达·芬奇等等。将同性恋视为犯罪而加以迫害是极不公正和残酷的。（转引自刘达临：《中国历代房内考》，第1100页）
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在《性心理学》中，霭理士甚至提出了一个对待同性恋的“最圆满的办法”，就是顺其自然，但是努力不表现出来：
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在今日的社会形势之下，为先天逆转的人计，大抵比较最圆满的办法是：尽管由他保留他所特有的性观念与性理想，特有的内在的种种本能倾向，根本放弃去变就常的企图，对于他变态的情欲，也根本不追求什么直接与比较粗率的满足，间或不免就自动恋方面觅取情欲的出路，虽不满意，亦属事非得已，只好听之。这是不足为奇的，不少操行很好的逆转的人就这样做。例如有一个和我通讯的男子，他在十九岁以前是有过同性恋的经验的，但后来就停止了，他写道：“间或我可以连上几个月不手淫，但偶然手淫一次以后，我的精神上就觉得比较的自足，不过我对于其他男子的爱慕，从此就更觉得情不自禁；我的最好的朋友们当然不知道我对他们如何的倾倒，假若知道，一定要引为奇事。这种倾倒的心理和一般同性恋的情绪，只有我自己知道。从朋友的立场看，我的性生活是没有什么不正常的。我相信从我形于外的品性与行为看去，决没有丝毫的痕迹可以教别人疑心我在情欲方面竟可以和一般人所知道的‘退化的人’属于同一个流品。不过我自己并不觉得我是一个退化的人。我对我自己的情欲也并不以为有什么可耻的地方，不过我不愿意人家知道，人家一知道便不免看不起我，因而影响到我的身份与地位，身份地位若有变动，那就可耻了。”（霭理士：《性心理学》，第318～319页）
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当然，对于今人来说，霭理士的办法还算不上是“最圆满的”，因为在当今世界，有不少国家不但承认同性恋是合法行为，而且允许同性恋者结婚，组成同性家庭。
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我们无法肯定承认同性婚姻是当代世界的必然趋势，但是，我们必须明白的一点是：一个真正的同性恋者，在他（她）的心中，只有同性才是他（她）性爱的对象；让一个同性恋者接受异性恋，正如让一个异性恋者接受同性恋一样，是令人十分痛苦的事情。因此，在这个问题上，唯一正确的态度，就是如孔子所说的“己所不欲，勿施于人”，既不把同性恋者看成反常、变态，也不强迫同性恋者改变其性取向，而是给他们一个能按其本性生活的宽松的环境。
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中国古代性学报告（增补版） 第十一章 性与疾病
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