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除了实现基本的网购支付功能以外，支付宝、财付通等账户还为用户提供转账、还款、缴付等初级金融服务。竞争中，支付服务商们各显神通，一个支付平台集群在这个阶段脱颖而出——支付宝、财付通、银联电子支付、汇付天下、快钱、易宝支付、环迅支付、通联支付等。此时，个人支付产品已经比较成熟，但用户较为关心的资金安全问题却开始进入人们的视线，监管开始关注支付行业。
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第三个阶段，即从2009年至今，是支付行业进入规范监管的阶段。
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支付业发展到现在，除了网上交易、个人金融服务、企业支付外，出现了新的支付方式，包括移动支付、线下支付、非接触式现场刷卡支付（NFC技术）。支付行业出现了大发展，仅个人支付应用产品就超过30个，分类更加细化精准。企业应用也有大发展，应用产品一度超过20个。另外，在这一阶段，电信运营商和金融资本陆续加入到支付行列，支付业首次出现繁荣状态。
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图4–1 “网关模式”和“账户模式”下的支付处理界面
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2011年5月，国家对支付业的监管终于迈出了实质性一步，那就是对支付牌照的发放。为了解决资金安全保障问题，同时也为了行业监管，从2011年至2013年1月，央行先后分6批颁发了超过200张《非金融机构支付业务许可证》。第三方支付行业的法律地位得到了国家的正式认可，并开始在央行的监管体系下发展。同时，牌照发放以后，央行针对备付金、互联网支付业务、预付费卡业务等发布了一些相关监管办法，使得第三方支付企业的业务在更明确、详细的规范下发展。
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表4–1 中国人民银行历次发放支付牌照统计
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发放日期 发放数量 互联网 支付 移动电话 支付 固定电话 支付 数字电视 支付 预付卡 发行 预付卡 受理 银行卡 收单 数量 其中 全国 数量 其中 全国 数量 其中 全国 数量 其中 全国 2011年 5月18日 27 25 13 9 1 1 10 9 16 13 18 14 2011年 8月29日 13 7 5 0 0 0 7 0 7 0 0 0 2011年 12月22日 61 21 11 4 0 0 34 0 34 0 14 10 2012年 6月27日 95 21 4 0 4 2 67 0 67 0 11 5 2012年 7月20日 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 2013年 1月6日 26 6 1 0 0 0 20 0 20 0 3 1 总计 223 80 34 13 5 3 139 9 145 13 46 30 数据来源：中国人民银行网站
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案例：支付宝——从“植根淘宝”到“独立支付商”
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在个人支付应用方面，支付宝可以说是国内支付平台发展的典型。今天，其注册用户数量已经超过7亿，成为全球最大的第三方支付平台。
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支付宝发展历程大体上经历了两个阶段，从最初的“植根淘宝”到后来的“独立支付平台”。与同时期诞生的其他第三方支付平台不同，支付宝一开始只面向淘宝，与淘宝网购物的应用场景相结合，服务于淘宝交易。后来随着电子商务的发展，支付宝逐步向独立支付平台转型，成为电子商务的一项基础服务，扮演起互联网“电子钱包”的角色。
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支付宝2003年最初上线主要是解决淘宝上购物的支付问题，它采取了“担保交易”模式，让买家在确认满意所购的产品后才将款项发放给卖家，降低网上购物的交易风险。
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当时支付宝只是一款专为淘宝网的发展需要打造的支付工具，主要面向淘宝网提供担保交易，解决淘宝网发展的支付瓶颈问题。淘宝能够在短时间超越易趣，不仅仅在于免费模式，支付宝的信用担保机制功不可没。
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反过来淘宝网的发展又为支付宝带来源源不断的用户，帮助支付宝由淘宝网的支付工具一步步发展为一家独立的支付提供商。
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2005年3月，支付宝与中国工商银行达成战略合作伙伴协议，在原有基础上进一步加强双方电子商务支付领域合作的广度和深度，随后支付宝又与农行、VISA（维萨）等达成战略合作协议。
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但当时网络消费仍处于初步发展阶段，支付宝外部拓展空间有限，淘宝依旧是其主要客户。这也与支付特性有关，即支付需要在某个应用场景下发生，网上支付工具的独立发展需要借助整个互联网电子商务的发展。
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支付宝首先介入的是网游、航空机票、B2C等网络交易占比较高的外部市场。在电子商务迅速发展的驱动下，截至2006年年底，使用支付宝作为支付工具的非淘宝网商家，如数码通信、游戏点卡等企业已经达到30万家以上，支付宝独立支付平台的身份也开始被外界所接受。
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2007年，支付宝分别与第九城市、南方航空等外部企业达成合作。支付宝全年交易额476亿人民币，其中大约70%来自淘宝，外部商家占比30%左右。这一年，支付宝针对商家开始收费。
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2008年8月，支付宝注册用户数突破1亿，超越淘宝网的8 000万用户，占网民总数的40%。10月，支付宝宣布正式进入公共事业性缴费市场，可以通过支付宝网上缴纳水、电、煤气以及通信费等日常费用，另外支付宝与卓越亚马逊、京东商城、红孩子等独立B2C展开合作，成为其平台的支付方式之一。2008年，支付宝全年交易额达到1 300多亿人民币。
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2009年，支付宝继续拓展应用行业，在上一年度与艺龙合作的基础上，2009年又与携程、芒果网达成合作。至此，国内前三大在线旅行社均成为支付宝的合作伙伴。7月，支付宝宣布用户达到2亿，在不到1年的时间里，支付宝用户实现翻番。随后支付宝又与友邦保险合作，共同拓展电子商务保险销售渠道。
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截至2009年12月，支付宝服务的商家已经超过46万家，全年交易额2 871亿人民币，市场份额为49.8%。2010年12月，支付宝用户突破5.5亿，同时推出“快捷支付”，用户无须开通网银便可用银行卡进行网上交易支付。另外，2011年5月京东商城宣布放弃与支付宝合作，京东CEO（首席执行官）解释主要是支付宝费率较快钱、财付通、汇付天下更高。
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就在同月，中国人民银行宣布27家公司获得央行颁布的首批第三方支付牌照。这也意味着第三方支付无序状态的结束，新一轮业务深耕即将开始。
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2011年7月支付宝推出手机支付产品——条码支付（Barcode Pay），进军线下支付市场。消费者和商家通过支付宝条码进行交易，无须银行卡，支付宝用远程支付模拟现场支付，推进线下支付网络化发展。