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目前，一些地方已把第三方支付机构纳入“营改增”政策试点范围，不少地方政府也同意第三方支付机构参照金融机构享受金融扶持政策，或按照高新技术企业享受相关财税政策。这些政策实施对推动第三方支付发展起到了积极作用。
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但有关支付机构交易凭证的税收管理规定，与B2B发展中第三方支付机构提供服务的发展要求不相适应，应研究制定相应的管理办法。
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使用第三方支付服务时，企业客户遇到的最大问题是，信息流和资金流、物流虽然是完全一一对应的，但在银行回单上无法完整体现。具体来说，收款企业的银行回单只能显示收到支付机构付来的一笔款项，付款企业的银行回单只能显示一笔付到支付机构的款项，从而收、付款企业均无法提供银行回单，以证明真实的资金流向是从付款企业到收款企业的。
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根据国家税务总局发票管理的有关规定，增值税专用发票开具应当与实际交易相符。企业在使用创新型电子支付服务时，发票上记载的实际收、付款企业名称与银行回单上记载的信息（交易另一方为支付公司）不一致，这就导致了企业（特别是大型企业）虽然认可支付机构提供的支付交易凭证，却因可能会被税务机关认定为偷税漏税而不敢使用。这使支付机构无法有效开展B2B电子支付业务，制约了支付行业的发展速度。
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如果税务主管部门能够认定符合一定要求和规范的支付机构的支付凭证，可以作为报税做账的凭证，将大大推动第三方支付机构在B2B支付领域的发展，推进中国商务的电子化。
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法律法规
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支持第三方支付机构的发展，关键还要解决几方面的法律问题。
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提高非金融机构支付服务的法律位阶
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中国对非金融机构支付服务的规范管理始于2010年6月中国人民银行颁布的《非金融机构支付服务管理办法》（2号令），该办法属于法律体系中的法律、法规、部门规章中的最低层级。此后所有的制度规范均较2号令平级或位阶更低（如规范性文件）。横向比较来看，欧美发达国家关于非金融支付服务机构的监管法律体系均达到法律层级，例如，美国出台的《统一货币服务法》、欧盟出台的《电子货币指引》，其约束力更强，有助于不同政府部门间的协同和规范管理，更好地支持支付服务产业的发展。
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由于法律位阶不足，因此，对于支付机构的管理存在一些问题。
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例如，对支付机构合法权益保护不足的问题。根据中国人民银行2号令的要求，支付机构有义务采取各种手段减少利用其平台开展的违法犯罪行为，但和银行一样，由于信息不对称，一些经济纠纷的发生往往不受支付机构的控制，个别比较隐蔽的违法犯罪行为无法彻底杜绝。
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在银行合法经营过程中，由于客户原因造成的一些资金纠纷，只要银行没有违规行为，则很容易规避此类风险。在网络支付服务中，跨地域业务比较常见，个别司法机关在跨地区办案时，而未查清事实情况下随意冻结或处理支付机构生产运营的资金与账户，给支付企业及其客户造成严重影响。
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此外，在支付企业通过民事诉讼手段保护合法利益时，往往因支付业务无纸化、电子化的特点而导致举证障碍。又因为司法部门对支付业务不完全了解，额外增加了支付企业的诉讼资金与时间成本，许多支付机构对采用法律诉讼手段保护自身合法利益显得有心无力。
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从严格意义上讲，支付机构作为提供支付服务的主体，其客户资金应该和银行一样，不得在合法授权以外被查询、冻结、扣划。
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因此，一方面，有必要至少以国务院条例形式确立更高层级的法律法规，另一方面在相关法律法规出台之前，可以考虑协商最高人民法院对涉及支付机构的法律问题出台有针对性的司法解释，规范针对支付服务业务的司法行为，切实保障支付机构的合法权益。
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完善电子支付相关的社会信用体系立法
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电子支付作为一种新型的商务模式的手段，它的每一次交易活动都涉及多方参与者，包括参与交易的双方、电子商务网站、第三方支付公司、第三方物流公司、银行、税务部门、工商、公安以及其他机构，每个参与者都要承担一定的信用责任。它们需要在一个完善的诚信环境下进行交易，但建设这种环境不是单靠电子商务活动的某一参与者具有诚信意识就能解决的问题，这种诚信环境和机制需要社会各方长期共同的努力才能建设起来。
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尽管国务院已经原则上通过了《征信业管理条例》，为中国征信行业立法奠定了基础，但是其他一系列配套的法律法规还需要尽快跟上。
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有必要借鉴发达国家现行的相关立法，出台3部信用法律规范：《信用信息公开法》、《隐私权法》、《消费信用保护法》。
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同时，依法建立失信惩戒机制，对有不良信用记录的法人和自然人予以惩罚，加大失信行为所要担负的成本。
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完善电子商务配套立法
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市场经济是信用经济、法制经济，在电子商务背景下需要不断完善现行法律体系，在《专利法》、《商标法》、《版权法》、《反不正当竞争法》、《公司法》、《票据法》等相关法律法规的制定或修改过程中，充分考虑电子商务和电子支付的特点，为电子商务和电子支付的发展创造良好的法制环境，并留有发展空间。
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另外，根据电子商务和电子支付的环境和交易特点，建立电子交易法律和制度、电子支付制度、信用卡制度等。电子商务和电子支付涉及的法律问题还有很多：一是电子合同的法律地位问题，需要研究制定《电子合同法》；二是电子货币的法律问题，需要参考国际经验，研究制定《电子货币服务法》。
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此外，电子商务下的税收、电子商务的司法管辖权问题、电子商务的知识产权保护问题、电子商务的消费者权益保护问题，都需要有相应的法律法规做支撑。用电子支付的方式开展跨境支付服务，也需要有完善的法律法规。
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