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但是，在尼尔斯于2000年刚接任时，公司正处于黑暗时期。因为财务困难，在他接任后的几年里，公司先后放弃了其海洋工程服务业务和鲑鱼养殖业务——这两块业务均由雅各创立并扩展。
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不久，情况变得更加糟糕——非常糟糕。2004年3月27日，雅各和尼尔斯收到了来自美国司法部反垄断部门费城办公室的信件，通知他们，因和其他人涉嫌在化学品船行业违反了反垄断法，他们成为一个联邦大陪审团的调查对象。
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虽然当时的情况如此令人生畏，思多尔特·尼尔森父子却没有知难而退，尼尔斯和他的父亲并肩作战。公司对各种指控以及就司法部撤销对其公司的一个豁免交易的决定进行了积极的法律辩护。经过近4年的苦战，在2007年11月，所有指控都被驳回，思多尔特·尼尔森公司赢了。这一年，该公司还主动从纳斯达克退市，终止了其美国存托凭证（ADR）计划，但仍在奥斯陆证券交易所挂牌。在公司2007年的年度报告中，雅各将这段经历称之为“思多尔特·尼尔森公司历史上最糟糕的插曲。我们付出了很大的代价，在资金成本上——花费了1.5亿多美元——这是非常糟糕的。而更糟糕的是变白的头发以及这件事所带来的压力……我们证明了在美国实现正义的艰难方式：足够的财力和战斗勇气。我很高兴这件事已经结束了。”
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在公司的财务和法律危机之后，思多尔特·尼尔森父子专注于自己的核心业务：思多尔特油轮公司、思多尔特码头公司（Stolt Terminals）和思多尔特罐式集装箱公司（Stolt Tank Containers）。但在2007年，在剥离思多尔特海工公司（Stolt Offshore）后短短4年，公司再次扩大，建立了思多尔特·尼尔森燃气公司（Stolt-Nielsen Gas），用以在液化石油气物流行业内寻找机会。随着在2008年收购“Althea Gas号”超大型液化气船，思多尔特·尼尔森燃气公司开始运作，随后不久便签订了对“Yuhsho号”超大型液化气船的3年期租。
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思多尔特·尼尔森有限公司也在为其全球码头网络的扩张进行投资，增加其已有码头的容量，购买世界各地的新仓储码头。思多尔特罐式集装箱公司的增速也加快了，该公司在船队扩张力度上远远超过了与其最接近的竞争对手。
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在2009年12月15日暨公司创立50周年之际，雅各卸任董事长，但他仍然是董事会成员。雅各很自豪地退居幕后，看着他的儿子领导公司。当提到尼尔斯·格瑞格斯时他便流露真情，“他很优秀。”
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当被问及家族航运模式在行业的未来中是否有一席之地时，雅各迅速而充满激情地回应道：“当然！”“家族企业不仅适用于航运业，也适用于其他许多行业。我认为，家族企业能运行得更好，家族成员会更加努力地工作，他们的工作时间更长，而且因为这是家族企业，所以发生盗窃或欺诈行为的可能性会小很多，成员之间的联系也更加紧密。”他说。
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“家族企业更能够从长远考虑，”雅各继续说道，“如果我们一开始便是上市公司，我们就不会进入水产养殖业。我们花了15年的时间进行研究和实验，学习养殖多佛比目鱼！上市公司可不会有那样的时间。当一家公司被家族所拥有并且他们有所信仰时，他们便会具有优势，因为他们可以坚持他们的信仰。上市公司则必须每季度公布利润情况，他们无法耐心地等待。”
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尼尔斯认可他父亲的长期理念。从他记事起，这个策略便是他家族业务的一种经营方式。当他还是个孩子时，这个策略就经常在饭桌上被讨论。“你忍不住去听，”他回忆说，“用挪威话说，这如同母乳，因为航运是我的父母生活的重要组成部分。”
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思多尔特·尼尔森公司在奥斯陆证券交易所上市，尼尔森家族控制着这家公司，拥有该公司50％的股份。尼尔斯说，员工都明白，没有家族的同意，业务便不会有任何调整。“至于股东，他们知道我是保守的。你在许多家族控制的企业中经常会看到这样的管理方式，这是一个行之有效的方式，也是世界上许多优秀公司所采用的经营方式。”
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在当今依靠短期激励和高奖金吸引人才并影响决策的世界中，尼尔斯认为，太多的公司都是目光短浅的。“难道大多数管理者都不关心公司在未来10多年内会如何发展吗？他们只盯着如何在短期内获益而已。作为一个家族企业，我们看的是10年、20年，甚至30年后的发展。我们更保守、更谨慎，当然，更注重长远。”
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一代领导风格
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思多尔特·尼尔森父子的管理风格有着很大的不同——雅各是一个有着钢铁般意志的激进企业家，而尼尔斯则是一个保守的公司首席执行官。展望公司的未来，尼尔斯说，义务和责任不仅维持着业务，也让他肩负着沉重的负担。“我将继续发展和扩大业务，但我不打算以我父亲那样的速度进行。我不希望承受同样的风险。我觉得我的责任是确保维持我们已经有的，然后更加稳健地壮大公司，”他说，“我觉得我的父亲能承担那样的风险，是因为这是他创建的公司，如果公司在发展过程中因他而破产，那只能说这就是他的经营方式。虽然如果当时他未能把握住机会，他将永远不会把公司打造成现有的规模，但我仍倾向于保守。”当有一个机会摆到尼尔斯的办公桌前，他会首先提出一个问题：这会是在长期内对公司最有利的事情吗？
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在回应他的儿子的说法时，雅各快速地笑着反驳道：“在我的整个生命中，我从来没有冒过风险！”
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当谈到未来，雅各的激情仍然在燃烧着。“机会是无穷的。我认为明天将会像昨天一样有如此多的机会。”
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当被请求分享他父亲的一些智慧结晶时，尼尔斯若有所思地搜寻着词语。“有太多了，他的一生都充满智慧，确实如此。他令人惊讶。他通常都如此正确，以至于令人很恼火。他一直对我强调说，‘你需要了解你在做什么、了解所有的细节、对你的人保持忠诚、从来不说谎、直接而坦诚、努力工作也努力放松。’我要让公司成长，适当地成长，但须按照我的方式来做，而不是试图模仿我父亲做事的方式。”
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改变航运业格局
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雅各说，在过去的半个世纪中，他看到了航运业正在变得越来越专业化，有冷藏船、重吊船、散货船、集装箱船、汽车轮渡、液化石油气和液化天然气船，以及化学品船。这些进步为雅各等开拓者们指明了安全可靠的海上运输之路，这样做有助于加强全球贸易和促进世界经济发展。有着全球各主要化工和石油企业作为其客户，思多尔特·尼尔森公司运输着必不可少的生产原料。“我们穿的和用的许多物品，以及所有经常被忽略的物品，都需要化学品作为其制造过程的一部分。计算机、汽车、服装、油漆、肥皂、化肥……名单是无止境的。如果没有我们运输的化学品，那么这些产品也不可能被制造出来。我们已成为全世界客户供应链的关键环节。”尼尔斯说。2011年，思多尔特油轮公司为全球410家客户运输了12 179船、共计1 740万吨的货物。
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雅各补充说，无论经济周期的起伏，有些产品的需求是必不可少的。“化学品成为越来越多的产品和越来越多的行业的基础材料。当全球经济不景气时，化学品的运输需求是最晚受到影响的，又是最早恢复的。这并不意味着我们不会有困难时刻，但我认为这是一个坚实的业务，并有很好的全球性前景。”
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通过经营化学品船的定期班轮业务，如今，先进的思多尔特船舶有专门的设备和训练有素的人员，他们能够安全地处理超过600种不同的化学物质和其他散装液体——“弗莱迪号”与此相比已经相差甚远。
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重新定义竞争优势
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多年来，随着行业的成熟，竞争格局也随之改变。思多尔特·尼尔森公司的优势一度是拥有最先进的船舶，始终处于化学品船技术发展的最前沿是公司的一项重要优势。“但是时代已经改变，”尼尔斯说，“我认为船舶设计作为一项竞争优势不会再达到之前的高度。为思多尔特·尼尔森公司建造船舶的船厂已经学会了船舶的设计，并将其提供给其他公司。这便再也没有任何秘密可言了。与之相比，更重要的是你运营船舶的方式、你维护船舶的方式，以及你能提供的服务种类。”
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产品数量和种类的增长已经影响到两类化学品船的演变——日用化学品船和更复杂的化学品船。前者往往较大，大舱有独立区域，用以运载易于处理的产品。后者更小但更复杂，具有多达50个不同容量的不锈钢罐，拥有运载多种产品的能力，通常包括难以处理的高端化学品。前者成功的关键在于运价低，后者则在于安全性和质量控制。思多尔特油轮公司致力于从事复杂化学品运输贸易。
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2009年建成的43 478载重吨的化学品船“思多尔特·格陵兰号”（Stolt Groenland）。