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根据上述国税发（1997）第198号和国税函（1998）第333号的规定，中能有限公司整体变更为股份公司时，对于盈余公积金和未分配利润转增股本，中能有限公司自然人股东周爱贞、陈添旭应当按照各自的持股比例缴纳相应的个人所得税。但周爱贞、陈添旭尚未缴纳相应的个人所得税。
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周爱贞、陈添旭已于2007年8月20日向发行人承诺：本人作为福建中能电气股份有限公司的自然人股东，将依法向税务机关申报并以自有资金缴纳相应的个人所得税，纳税事项与公司无关。如本人未依法缴纳上述个人所得税，日后国家税务主管部门要求本人补缴相应税款时，本人将以连带责任方式、无条件全额承担应补缴的税款及因此所产生的所有相关费用，以避免给公司或公司其他股东造成损失或影响。
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综上，中能有限公司整体变更为股份公司涉及以盈余公积金和未分配利润转增股本，福州科域公司、上海信前公司、福州华金盛公司因其适用的税率高于中能电气的税率而需补缴相应的企业所得税；周爱贞、陈添旭应缴纳相应的个人所得税。发行人律师和保荐机构认为上述事项不会因此导致福州科域公司、上海信前公司、福州华金盛公司、周爱贞、陈添旭持有的发行人股份存在重大风险，也不会因此导致发行人存在重大风险。因此，中能有限公司整体变更为中能电气所涉及的个人所得税事宜对发行人本次发行和上市不构成法律障碍。
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二、士兰微（600460）：根据地方法规解释和股东承诺
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杭州士兰微电子有限公司应该是小兵所知道的最早对该问题做出详细解释的案例，后来也被很多同行作为参考。士兰微IPO审核中，证监会曾就此提出过反馈意见，国浩律师事务所答复为：
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1杭州士兰微电子有限公司变更股份有限公司，以经审计后的净资产1∶1折股，该过程不属于股份制企业送红股或转增注册资本的过程，且我国现行法律、法规没有规定有限责任公司变更为股份有限公司时，其自然人出资人应该交纳个人所得税，本所律师确认杭州士兰微电子有限公司的出资人无须为此交纳个人所得税。
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2基于下述理由，杭州士兰微电子有限公司的自然人出资人在2000年7月以未分配利润转增注册资本过程中，没有交纳个人所得税但这对士兰微本次申请上市不构成法律障碍：（1）根据杭州市人民政府《关于进一步鼓励科技人员在杭创办高新技术企业若干意见的通知》［杭政（2000）第1号］第11条的规定“科技人员所获的股权收益,用于高新技术成果转化项目投资的,在计征个人所得税时给予税基扣除”和杭州市人民政府办公室《关于贯彻杭政（2000）第1号文件实施意见的通知》［杭政办（2000）第8号］第10条第3款的规定，杭州士兰微电子有限公司的全体股东免交因本次以未分配利润转增股本所应缴纳的个人所得税。2002年5月20日，杭州市人民政府办公厅出具《关于杭州士兰微电子有限公司有关个人所得税问题的函》［杭政办函（2002）第80号］对此进行确认。（2）杭州士兰微电子有限公司的全体自然人出资人于2000年8月12日承诺“士兰微公司在2000年内以利润转增股本，并进行股份制改造，将原账面净资产按《公司法》要求折为股份，引起本人所持士兰微公司股份总额增加。如税务部门认定需缴纳个人所得税，特承诺由本人另行以自有资金自行申报缴纳，缴纳事项和杭州士兰微电子有限公司公司无关”。
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律师的答复分两层意思，其一是此种情况无须纳税；其二是即便需要纳税，实际没有纳税也不会对公司上市构成法律障碍，只不过是在死胡同里转了一圈而已。后来在一些项目中也同样出现了该问题，律师同样解释得比较牵强。杭州士兰微电子有限公司并未因该问题而影响发行审核，后成功上市。
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三、奥维通信（002237）：地方法规解释、税务机关批准、股东承诺
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奥维通信的招股说明书中披露：“公司根据《个人所得税法》第5条、《辽宁省地方税务局关于落实〈中共辽宁省委、辽宁省人民政府关于加强技术创新，发展高科技，实现产业化的若干决定〉有关地方税收政策的通知》［辽地税发（1999）第50号］减征个人所得税的规定，对本次由未分配利润形成的增资部分申请免征个人所得税，2006年2月20日获得沈阳市地方税务局高新技术产业开发区分局的批准。若今后沈阳市地方税务局要求公司股东缴纳公司未分配利润转增股本所涉及的个人所得税，公司全体发行前股东已承诺愿意按照税务机关的要求一次性补缴本人应缴纳的全部个人所得税，具体以税务机关通知的数额为准。”
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另外，小兵在最近的一个项目中，也涉及同样的问题，我们在当地税局机关也找到了相关法律依据，并且在以此与税务机关进行沟通后取得了免交个人所得税的结果。我们的解释如下：
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我公司拟由有限责任公司整体变更为股份有限责任公司，其中，涉及自然人股东缴纳个人所得税问题。
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根据1999年11月1日《中共辽宁省委、辽宁省人民政府关于加强技术创新，发展高科技，实现产业化的若干决定》［辽委发（1999）第17号］第14条的规定，“凡在高新技术企业占有股份或出资比例的，其应得收益再投入本企业生产经营部分，或用于高新技术成果转化项目投资，在计征个人所得税时给予税基扣除”。
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根据1999年12月15日《辽宁省地方税务局颁布关于贯彻落实〈中共辽宁省委、辽宁省人民政府关于加强技术创新，发展高科技，实现产业化的若干决定〉有关地方税收政策的通知》［辽地税发（1999）第50号］第6条的规定，“凡个人在高新技术企业占有股份或出资比例的，其应得收益再投入本企业生产经营的部分，或用于高新技术成果转化项目投资的，必须提供省级有关部门颁发的高新技术企业资格证书、认定的高新技术成果转化项目立项文件及税务机关要求出具的其他有关资料，经市级地税机关审批，可在计征个人所得税时给予税基扣除”。
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我公司已取得《高新技术企业认定证书》，且我公司根据新颁布《企业所得税法》和《高新技术企业认定管理办法》［国科发火（2008）第172号］的有关规定重新提出高新技术企业认定申请，材料业已受理。综上所述，我公司符合辽宁省地税局有关税收减免的规定，可以申请在我公司整体变更为股份有限公司时免征自然人股东个人所得税。
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四、嘉应制药（002198）：披露已经缴纳证监会还关注
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补充法律意见书（三）披露问题：2006年9月发行人以盈余公积金和未分配利润转增股本并分配了红利，请保荐人、律师对发行人是否履行了自然人股东个人所得税代扣代缴义务，是否存在税务风险进行核查并发表意见。
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回答：根据《个人所得税法》、国家税务总局《国家税务总局关于股份制企业转增股本和派发红股征免个人所得税的通知》［国税（1997）第198号］的规定，发行人以盈余公积金和未分配利润转增股本及分配红利，发行人股东应当就其转增股本及分配红利所得缴纳个人所得税。根据前述相关规定计算，本次转增股本及分配红利缴纳个人所得税的应纳税所得额合计为人民币3,234,99440元。根据梅州市地方税务局出具的《证明》，发行人全体股东因本次转增股本及分配红利产生的个人所得税共计人民币3,234,99440元，已由全体股东直接向梅州市地方税务局缴清，发行人及其全体股东不存在应缴税款而未缴的情形。本所律师认为，根据《个人所得税法》的规定，发行人作为扣缴义务人，对全体股东应缴纳的个人所得税负有代扣代缴义务，但梅州市地方税务局已同意由全体股东自行缴纳因本次转增股本及分配红利所产生的个人所得税，且根据梅州市地方税务局出具的《证明》，发行人全体股东已办理个人所得税缴纳手续，全部应缴税款均已缴纳完毕，发行人不再负有代扣代缴的义务，不存在被税务机关处罚或追缴的税务风险，亦不构成发行人发行上市的法律障碍。
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五、方圆支承（002147）：奖励的处理方式
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还有一种处理方式是，自然人股东在公司整体变更为股份公司之后，按照规定缴纳个人所得税，此后再由政府以奖励的形式返还。方圆支承在招股说明书中披露，方圆支承2006年12月15日整体变更为股份公司，整体变更时以扣税后的净资产折股，实际缴纳了因此产生的股东个人所得税950万元，马鞍山市政府根据《关于对拟上市公司奖励的暂行规定》的文件精神，于12月18日奖励全部49名股东934万元，由股东用于对股份公司增资。因此，实际上股东在整体变更过程中交纳的个人所得税已由政府给予的补偿返还回来了。
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如果企业再牛一点，可以采取的办法是：市财政局以奖励拟上市公司股东的名义，奖励给各位股东相应资金，股东再利用该资金缴纳公司变更为股份有限责任公司时的个人所得税给地方税务局。
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【案例评析】
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1其实关于整体变更个人所得税的问题，法律有明确的规定，只是投资实践中发明了一些变通的方法，从而有了讨论和研究的必要。简而言之，该问题的处理无非有以下几种方式：（1）按照法律规定，老老实实缴税，踏踏实实上市，你好我也好。（2）与当地税务局做好沟通，我先缴税，然后你再以财政补贴的方式返还，股东可能没有那么多钱来缴税，可能就需要在变更之前分红。（3）规定交的文件是国家税务局出的，后来很多省级地方税务局出台了与此相违背的文件，规定高科技企业在满足一定条件下可以免交个人所得税。以此作为不交的理由，证监会是认可的，有成功案例可查，其实按照证监会历来的审核思路，应该也是可以通过的，只要有部门替我担着责任就好。（4）不交也不说，有时候发审委员会问，有时候也不问。不问更好，问的时候也就老实回答没交，然后由股东出具承担补缴责任的承诺函，虽然此类承诺被认为是“证券市场最荒唐的承诺”，不过依旧很管用。
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2不管采取怎样的方式解决问题，都要与当地主管部门进行深入的沟通，这样才能在出现问题时，在寻求税务机关的帮助时取得主动权。争取取得税务主管部门同意缓缴个人所得税的批复，并对后续的纳税行为进行确认，以消除该问题带来的不确定性。
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3由公司自然人股东做出承诺：“我公司以利润转增股本，并进行股份制改造，将原账面净资产按《公司法》要求折为股份，引起本人所持公司股份总额增加。如税务部门认定需缴纳个人所得税，特承诺由本人另行以自有资金自行申报缴纳，缴纳事项和公司无关。”
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