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后藤告辞后，秀甫立即召集全体理事开会，宣布坊门提出的合作条件，众人当然表示欢迎，之后，坊社之间经过数次谈判，终于在明治十九年七月十日达成协议。大致有这么几项内容：双方互尊对方的地位独立性，共为弘扬棋道而努力；本因坊秀荣先授秀甫八段免状，再把坊门家督让位给秀甫；秀甫以十八世本因坊身份，授予秀荣七段免状；方圆社此后发给免状，必须得本因坊家之副署；秀甫之后，继承人应由棋界最优者充任。
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后藤象次郎这条偷天换日之计，端得神鬼难测，终于收了奇效。表面看起来，方圆社大占便宜，故秀甫以下的社内棋士，人人欢喜。却不知秀荣暗地里得的好处更在其上。第一秀荣可名正言顺重回林家；第二替坊门安排好今后的财源，因为棋家收入多在发放免状上，现规定须由坊门副署，当然就有权利分成，此间好处着实不小；第三坊门当时不过是维持而已，若想有所作为，实在力不从心，如今有方圆社出来撑持烂摊子，将来局面好转后再行接收，岂非天大的便宜；第四便是秀荣舒舒服服得了一个正式七段。总之，秀荣和秀甫合作绝无吃亏的道理。
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秀甫接收坊门，成为十八世本因坊后，立即按预定计划团结井上、安井两家，并努力在各地筹建分社。当时井上家松本因硕年事已高，顽固作风也大为改观，故而十分赞同秀甫培植后进的计划，自己也在关西广收新血，进行配合。至于安井家的十世算英，秀甫心中更有把握。
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原来算英正值年轻有为之年，棋也相当厉害。早在万延元年（公元1860年），14岁的算英刚刚入段，同年第一次参加御城棋，就受三子杀败林家掌门人柏荣。次年御城棋赛对伊藤松和七段，受三子又中盘胜。算英15岁时升为三段，是年御城棋，他很想与秀策较量一番。秀策推辞道：“我自参加御城棋赛以来，一直不曾输过，更希望今后也保持全胜。假如算英是互先或让先的身份，我当然在所不辞。将来算英若升五段，我一定奉陪。”算英只得作罢。不料当年御城棋停止举办，不久秀策去世，此二人就永远无缘对局了。后来算英常以此为憾，曾对人叹道：“秀策号称棋圣，不知为什么不肯和我下二子局，真是怪事呀！”
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其实说怪也不怪，只因当时算英棋力早不止三段，秀策纵然让先也不敢保证绝对胜算，让二子自不必说了。秀策自珍羽毛，岂肯去下这等出力不讨好的棋。
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要说算英也是个精明强干之人，且很有应变能力，更兼安井家有些余财，故明治初期，坊门等其余三家焦头烂额之际，安井家元气却不曾大伤，算英仍能一心一意苦研棋艺。明治五年，27岁的算英晋升为五段。算英为人最少门户之见，常与坊门及方圆社棋士切磋棋艺，故坊门与方圆社之间发生矛盾，总是由他来回奔走，努力调停。明治十八年，算英应聘去甲府教棋，一去就是六年，所以秀荣与秀甫合作，他居然一无所知。当然，此时如算英在东京，或许能为棋界大同盟作出一番贡献。
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秀甫第二步棋，便是组织各地分社。除敦促泉秀节加速关西分社的创立工作外，还请中根凤次郎在神户成立了分社。同时，秀甫又和横滨的降矢冲三郎联络，请他主持横滨的分社。
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那降矢自幼好棋，9岁时偶遇林门入，被让九子下了一局。门入见他反应灵敏，棋形甚佳，是可造之才，便再三请求将其收为养子，但其父坚辞不肯。门入仰面长叹道：“此子有如此才华，却不得施展！真是暴殄天珍呀！”只得定约再会而去。
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果然，后来降矢因忙于事务而无力深研棋道，故棋艺一直平平。但因一些有名的棋士如秀甫、小林、高桥等，一到横滨便被降矢请到家中，殷勤款待，故棋界之人都知他大名。明治十八年，方圆社授予降矢二段以示嘉勉，所以他接到秀甫书信，自然积极开始运行。
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正值秀甫全力组织各地分社时，一件出人意料的事突然发生了。原来秀甫当年落魄关西的时候，因心情恶劣而酗酒无度，已损害了肝脏。明治十九年七月二十九日接收坊门后，又一直忙碌异常，不得休息。八月六日，他和秀荣进行十番棋的最后一局比赛（见图四十三），按秀甫全集所载，本局也是秀甫一生中的最后一局棋，结果秀荣黑棋四目胜。这十番棋就五五平分，皆大欢喜而告结束。
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此时秀甫身体状况已糟糕之至，只因就任本因坊乃为其毕生心愿，精神之兴奋遮盖了日趋严重的症状。同年八月十九日，秀甫在给降矢的信中还写道：“……遂为第十八事本因坊。现已定于十月之第二星期日，作盛大庆祝。届时必有一番盛况……”其得意之状，跃然纸上。
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十月十三日，秀甫、小林等为明日庆祝盛事的最后准备工作忙了一整天。晚上入寝前，秀甫还将小林、中川唤入房中，促膝而谈。小林见秀甫神态疲劳至极，却强打精神，话语仍滔滔不绝，恐怕他太过劳累，影响明日大典，便向中川使个眼色，中川会意，二人忙起身告辞。秀甫挽留不住，只得送出门口，脸上却是一副意犹未尽，依依不舍的神情。二人见状，心中也升起一种难舍难分之情，恨不能回去陪秀甫坐上一夜，说上一夜。当时，小林、中川二人万万不曾想到，这竟是他们与秀甫生离死别的最后一幕。
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第二天一早宾客盈门，一派喜庆气象。挨到十一时，却不见新任本因坊秀甫露面，众人不禁奇怪起来。小林忽然想到昨晚的情形，暗叫“不好”，飞奔入内，推门一看，不由得吃了一惊。只见秀甫身着礼服，面露笑容端坐在堂。小林连唤数声，不见回答，及近一扶，只觉秀甫手足冰冷，不禁失声惊叫起来。原来秀甫因兴奋过度，引起心脏病复发，不知何时仙逝了，享年只有49岁。庆祝会一变而为追悼会，真叫来宾们哭笑不得，也算是独一无二的尴尬场面了。
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纵观秀甫其人，可谓棋之骄子，尤其他在明治初期，只手挽狂澜，使已濒绝境的围棋重获新生，实为近代棋坛最了不起的功臣。
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先 本因坊秀荣～村濑秀甫
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1谱（1—100）
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图四十三
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先 本因坊秀荣～村濑秀甫
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2谱（101—173以下略）
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图四十三
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