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相比之下，汇文大学的办学目的没有发生改变。1916年，刘海澜重申了1890年汇文大学成立时的目标，贝施福在此基础上作出了更详细、更全面的解释。他虽然认为每一个学生对于宗教信仰或将来的职业都有绝对的自由，但他越来越相信如果教育不渗透着宗教，不以道德教育引导学生，又或限制着基督教，则难以教化人类建造崇高的品格。两校很快便合并为燕京大学。尽管在司徒雷登的领导下，燕京大学的办学宗旨发生了与之前相比近乎脱胎换骨的变化，但是通过对过往历史的考察不难发现，司徒雷登对于燕大的改造，与之前存在着难以割断的内在联系。燕大之后的基督教化，便是直接发端于此，而其学术化的风格，也可以在这一时期看出端倪。
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尽管司徒雷登在回忆录中说自己是“带着一些想法去北京的”，但他更深深懂得，“燕大是整个传教事业的一个组成部分，它的兴办是为了给教会人员的子女提供受教育的机会，而更为主要的，是为了给教会培养工作人员”，因为“这正是燕大能在中国土地上得以创办的唯一理由，也是它获得经费支持的唯一希望所在”。
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虽然燕京大学继承了汇文大学和华北协和大学的传统，但是从两所大学的历史中，司徒雷登认识到传统教育直接传教的方式所引发的中国人的反感。而另一方面，作为一个生于中国、长于中国的传教士，也没有哪个传教士能像司徒雷登这样了解中国的传统文化。他深刻地观察到，之前强调基督教与当地文化之间冲突的恰当性，以及用基督教文化取代当地文化的不可能性。
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燕京大学：1919-1952 [:1704754195]
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燕京大学：1919-1952 三、司徒雷登的突破
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作为一个虔诚的基督徒，司徒雷登显然存在着强烈的宗教情结，在1940年9月21日的《燕京新闻》中，他说道：“若非美国及其他国家一部分基督徒希望基督教教育对中国之进步有所贡献，则无燕京大学之存在。故燕京之本源与目的，乃系基督教的理想。”他希望此种理想融化于燕大生活的各方面，渗透于一切事物中，以达到学校“皆有基督教之性质者”这一目的。不过，尽管在宗教认同上司徒雷登与其父辈传教士有着一致性，但是在宗教思想上他已经超越了他们，下面的这段话，显示出司徒雷登与他的父辈传教士们相比的高明之处。他说：
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我所要求的是使燕大继续保持浓厚的基督教气氛和影响，而同时又使它不至成为（哪怕看起来是）宣教运动的一部分。
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为了达到这个目的，同时也是因为受到国内正在发生的非基督教运动的影响，司徒雷登采取的做法是：不硬要求学生去教堂做礼拜，或强求他们参加宗教仪式；不应在学业上优待那些立誓信教的学生，也不要给那些拒绝信教的人制造障碍。“它（燕京大学）必须是一所真正经得起考验的大学，允许自由地讲授真理。”(3)
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1925年，教育部公布私立学校立案条例之后，燕大干脆把宗教课也改为了选修。司徒雷登的做法虽然在燕园内受到了普遍欢迎，但在国外传教士圈子中却遭到不少反对。司徒雷登所在的长老会中国委员会主席路崇德（J. W. Lowrie）甚至主张长老会撤回对燕大的资助，撤出在燕大工作的人员。
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面对攻击和指责，司徒雷登尽力说明自己的立场，并且为燕大的做法辩护。1926年4月22日，他在写给纽约托事部的报告中专门论及这一问题。他说：“我们这些一直和中国大学生打交道的人认为，自己更有资格对能更好实现我们目标的方法作出选择。我们坚决认为，对耶稣基督的信仰所释放出的能量，总能以一种适合于自己环境的方式来表现。我们是在中国的首都建立大学，这所大学即使在外国条约所提供的保护和特权被取消以后，在所有的外国人撤离以后，仍将长期存在。因此，她必须在中国人的生活中获得承认，必须改变传统方法。”在对比燕大所采取的新方法与教会学校传统做法之间的利弊时，司徒雷登指出，由于教会学校实行《圣经》课必修和强迫参加宗教仪式已经很多年，人们习惯于用教堂中拥挤的人群和《圣经》课良好的出勤率来衡量宗教的成绩，然而人们常常忽视了这种强迫方式所产生的恶果。事实上，很多教会学校的学生由于这种强迫对基督教产生了反感(4)，而他们的反叛，进一步刺激了其他人对基督教的攻击。燕大所采用的方法，就是要避免这样的问题，使基督教影响渗透于学校生活的各方面，将基督教信仰建立在自愿的基础之上。
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基于这样的想法，燕大的基督化氛围更多靠的是司徒雷登和教师们与学生之间的个人交往和人际关系，以及由此而营造出来的环境熏染和精神影响。在燕京学生人数较少的时期，司徒雷登能够准确地说出任何一个学生的名字，后来学生逐渐增多，但是他依然努力做到这一点。据早期毕业于燕大的作家冰心回忆，“司徒雷登与燕大团体的关系是父母与子女的关系”，司徒雷登平常并不大谈宗教问题，一年偶尔讲一两次道，也并不得体，反倒不如他在圣诞节招待儿童时那么胜任和愉快。而据另一位早期燕大校友陈礼颂的回忆，当年燕京有个规定，未名湖里禁止钓鱼，但是有个学生忽视了规定，正当他手持鱼竿在未名湖畔悠然自得的时候，一个慈祥的声音在他身后响起来：“这湖里面的鱼不错吧？”他回头一看，正是校长司徒雷登。(5)
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如此一来，反而达到了这样的效果：学生毕业时能成为教徒固然好，即使没有接受洗礼，也能对教会有好评，对母校有感情。
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燕大营造基督化氛围的另一特色是于1926年组织起来的“基督教团契”，这一组织形式源于司徒雷登在10月份以校长的名义给燕大教职员工和学生所写的一封公开信。在这种组织形式下，“任何教职员、学生、工友，任何能跟燕大拉上点关系的人，任何教派的基督徒，甚至不是基督徒，都可以自由参加”，参加者被称为“契友”。这一组织一方面“既无信条，亦无教规，注重内心，不重典仪”，与一般宗教团体或教会组织存在明显不同；可另一方面，团契“又有自己的牧师，能施洗礼，收教徒”，对于宗教团体和教会组织的基本职能都能履行。司徒雷登更是清醒地认识到这种组织形式的好处：“这样就可以将宗教活动与学校行政管理工作区别开，也可以避免联合机构里出现宗派问题。那些按自己的意愿举行自己特有仪式的人，与团契也不会产生矛盾。这种纯粹出于自愿的做法也就避免了问题的复杂化，否则就会触怒中国的公众舆论，他们会指责说，我们利用精心制订的教育计划去进行宗教宣传。”
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司徒雷登的公开信发出之后，一时之间，燕大校园内各类团契如雨后春笋般组织起来，几乎成为各种课外活动组织的统称。至今，许多燕京人在回忆自己的燕京生涯时，对于当时的团契生活依然津津乐道。燕大校友王仁风在《燕京·光彩》一文中就回忆道：
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团契活动很富风采。加入团契的同学们，有的是“教徒”，多数是“非教徒”，每周在宗教楼里开例会一次。开会之初，首先是由主持人领诵《圣经》片段。会的内容多是智力游戏。有的还借导师（团契导师多是外籍教师兼）的住所开会，会后大家包饺子聚餐。……节假日郊游，更是团契活动中突出的内容，去颐和园、香山……每周四晚上有“Chorus”（圣诗合唱），我喜欢参加，但因学习忙，只参加过几次。每次活动时，大家看着手中的词谱，坐在成排的座椅上，由站在前排的主持人教唱。圣诞节晚上，结队进城（乘校车往返），穿上唱圣诗的服装，隆重歌唱。
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姊妹楼里，晚上常有音乐系师生主持的音乐会，四周坐满听众，主持者在中间设桌播放世界名曲，适时地加以口头讲解。生物楼里也常在晚上举行专题晚会，例如，开讲座——“试论血型与人的性格”。体育馆里常有球赛，还有独具风格的体操、舞蹈表演……适楼内也常有联欢晚会，演出小型独幕话剧、歌舞等（常是团契之间的联欢）。
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1929年12月15日，赵紫宸在《燕大基督教团契的宗教主张》一文中，对团契的性质和特点作了如下归纳：
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燕京大学：1919-1952
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赵紫宸先生（1888——1979），燕大宗教学院院长。
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燕京大学：1919-1952 宗教生活是自由的生活，是出于内容的，不是外露的；
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团契是由燕大工友、学生、教职员三方面创立和组织的，是一个平等的信众组织，这个契友平等的团契是为了发扬耶稣精神；